黃萬里還對「黃河清，聖人出」的憧憬提出了科學的質疑，他說，「指望黃河清是違背客觀規律的」。黃河流淌到中游時，黃土高原受雨水侵蝕，黃河及各支流對黃土層的切割是一個自然過程，即使黃河兩岸沒有人為的植被破壞，黃河也是含沙量很大的河流，下游河道的淤積改道也是必然的。黃萬里說：「出庫的清水將產生可怖的急速沖刷，防止它要費很大的力量。每秒6000立方米的清水可能比短期每秒10000立方米的渾水難以防治。就是一年四季只有每秒600立方米的清水，也是不易應付的。」
黃萬里的觀點被認為是危險的和「大逆不道」的，在那次規劃會上，他與其他專家激辯七日，終於不敵。日後，他回憶說，那些一致贊成修建三門峽大壩的專家們，實際上不是不懂其中的道理，但因為蘇聯專家說了能修，領導也說了能修，所以這些專家們就開始跟風。他在一篇題為《花叢小語》的散文中，很諷刺地寫道：「文人多無骨，原不足為奇，主要還是因為我國學者的政治性特別強。你看章某原有他自己的一套治理黃河的意見，等到三門峽的計劃一出來，他立刻敏捷地放棄己見，大大歌德一番，並且附和著說，『聖人出而黃河清』，下游治河，他竟放棄了水流必然趨向挾帶一定泥沙的原理，而顏地說黃水真會清的，下游真會一下子就治好，以討好領導他的黨和政府。試想，這樣做，對於人民和政府究竟是有利還是有害？他的動機是愛護政府還是愛護他自己的飯碗？」因為反對三門峽項目，黃萬里被打成右派，失去了教書的權利，被發配到密雲水庫當苦力。
1957年4月13日，三門峽水利樞紐工程隆重舉行開工典禮。1958年11月，三門峽工程開始黃河截流，1960年6月高壩築至340米，開始攔洪。1960年9月，三門峽大壩建成，大壩下閘蓄水。工程總投資達40億元，相當於40座武漢長江大橋的造價。
後來發生的事實不幸被黃萬里言中。蘇聯擁有在一般河流上梯級開發的豐富經驗，但是在他們的版圖上並沒有黃河這樣多泥沙的大河。由於對黃河流域生態環境及泥沙條件估計不足，就在大壩建成的當年，潼關以上渭河大淤，淹毀良田80萬畝。僅一年半之後，水庫中已經淤積泥沙15多億噸，遠遠超出預計，並在渭河河口形成了攔門沙，渭河也成了地上懸河，對關中平原造成了嚴重威脅，災難直逼西安。三門峽蓄水水位從此不敢再抬高。1967年黃河倒灌，渭河口的河槽全被淤塞，尤其是1968年渭河在陝西華縣一帶決口，造成大面積淹沒。三門峽水庫改為低水頭髮電，裝機容量一再減少，只有原設計的1/4。
三門峽成為建國後爭議最大的水利工程之一，其後數十年反思之聲不絕。1979年3月21日，陳雲在政治局會議上說：「156個大型工程項目中，三門峽工程是經過我手的，就不能說是成功的，是一次失敗的教訓。」2003年10月，中國科學院、中國工程院院士張光斗和前水利部部長、中國工程院院士錢正英共同呼籲：三門峽水庫應該盡快停止蓄水和發電。
除了水利成效不彰之外，三門峽的建設還毀壞了眾多人文景觀，其中最讓人痛心的是潼關的拆毀。
潼關地處關中平原東端，橫踞秦嶺和黃河之間，虎視長安（今西安），號稱「中原第一關」，是中國歷史上最著名的人文地標之一。自商周到唐宋，中國的政治中心曾長期在長安和洛陽之間游移擺動，在其之間，潼關就是肩挑兩京、力壓千鈞的支點。在這裡，大大小小發生過數百次戰爭，其中影響到整個中國命運的即達60多次，如殷周時聞太師與姜子牙之戰、三國馬超大戰曹操、唐代安祿山與哥舒翰之戰、黃巢起義軍攻佔潼關、明代李自成與明軍的決死之戰。在三門峽水庫的建設過程中，潼關正處在蘇聯專家所規劃的蓄水水位線之內，因此，潼關舊城被遷毀殆盡。但是事實上，三門峽的蓄水水位從來沒有到達和淹沒過潼關城，也就是說，一個技術性的誤判毀掉了中國歷史的一段記憶。
與潼關一起被拆毀的，還有蒲州、朝邑、陝州等古城池。黃萬里日後很哀傷地賦詩曰：「人間淺識一何多，斬斷流沙三門闔！」
「一五」時期，包括蘇援工程在內，中國建成了595個大中型建設項目，完成基本建設投資總額588.47億元，五年新增固定資產相當於1949年接收時的4倍，是1936年到1978年之間，經濟增長最快的一個時段。我們接著來解答兩個疑惑：第一，「一五」時期的大規模建設資金是從哪裡來的？第二，民營資本在這場大建設中扮演了怎樣的角色？
在500多億元的資金中，有3%是蘇聯貸款，其餘均為國家投資，其中79%來自中央財政。這麼龐大的資金供應，主要來自兩塊，一是全民勒緊腰帶抓工業，二是農業對工業的反哺。
為了在短時間內把重工業抓上去，從中央到地方傾全力而為之，計劃經濟的威力以及因此而形成的「舉國效應」發揮了重大作用。以用電量為例，「一五」期間，全國電力的八成以上都用於工業，農村用電只佔全國電量的0.6%，城市生活用電占13.5%。
此外，農業對工業的反哺非常之大。這也形成了延續數十年的城鄉「剪刀差」現象。
就在城裡大動土木的時候，廣袤的農村正在發生一場糧食危機。從1952年到1954年，華北和長江淮河流域發生洪災，再加上工業發展對糧食的需求大增，以及大量人口進城當工人，糧食短缺突然變得十分突出。
1952年7月到1953年6月的一年中，國家收入糧食547億斤，支出587億斤，赤字40億斤。1953年的城鎮人口比上一年增加600萬人，農村吃商品糧的人口也高達1億人。糧食形勢十分嚴峻，許多地方出現了搶購糧食的現象，農民更是囤糧惜售。在河南、湖廣等糧區，私人糧販再度大量出現，民間糧市的牌價比國家收購價格高出20%到30%。到1953年秋天，一些城鎮出現數千人以至上萬人在國家售糧點排隊爭購糧食的情景，甚至連北京和天津等大城市，也不得不實行限額配售。全國財經委員會召開緊急會議，討論的結果是：「問題很大，辦法不多，難以為繼。」
中央決策面臨兩難，陳雲自喻是「挑著一擔炸藥」。他說，我這個人屬於溫和派，不屬於激烈派，總是希望抵抗少一點。但我現在是挑著一擔炸藥，前面是黑色炸藥，後面是黃色炸藥，如果搞不到糧食，整個市場就要波動，如果採取徵購的辦法，農民又可能造反，兩個中間要選一個，都是危險傢伙。
最後，陳雲在深思熟慮之後，提出了最強硬的辦法，那就是在農村實行徵購，在城市實行配給，簡稱為「統購統銷」。1953年11月23日，政務院發佈《關於實行糧食的計劃收購和計劃供應的命令》，提出定產、定購、定銷的「三定」政策，要求全國各地以鄉為單位，確定全鄉每戶的常年計劃產量和全鄉糧食統購統銷的數量，糧食買賣納入國家的整體計劃。這一工作的難度非常之大，中共中央要求「全黨動手，全力以赴」，僅中南地區就動員了330萬幹部和積極分子下鄉做農民的思想工作，毛澤東也深知此事的艱難，說：「這樣做可能出的毛病，第一農民不滿，第二市民不滿，第三外國輿論不滿，問題是看我們的工作。」他要求，宣傳工作要大張旗鼓，但報紙一字不登。
在控制了糧食的購銷渠道後，隨即在城市實行定量供應。1955年8月25日，國務院全體會議第17次會議通過《市鎮糧食定量供應憑證印製暫行辦法》，從此，在中國經濟史上出現了一個新的名詞，糧票。所有城鎮居民都配發到一個《居民糧食供應本》，憑此到指定的國營糧店兌換。沒有糧票，將無法購買到一粒糧食。糧票的發明是計劃經濟最生動的體現，從此，中國進入「票證的年代」，隨後，各種民用商品如豬肉、食油、煤球、自行車、糕點、雞蛋、魚甚至火柴等，都需要用特定的票證才能購買。
比糧票還要早一年多的是布票。1954年全國棉紗、棉布統購統銷後，9月份就實行了憑「布票」（又稱棉布購買票、購布證、購布券）限量供應棉布的政策，這是工業消費品的第一種票證。
當時，根據南北各地的氣候不同、城鎮大小不同、對棉布的最低需求量不同，制定了不同的布票定量標準。例如，北京市每人每年發放17尺3寸布票，剛夠成人做一套藍布制服；天津市每人每年可領取13尺，江西省發放11尺；最北方冬季漫長又嚴寒的哈爾濱市每人每年24尺布票，可做一套棉衣；而南方亞熱帶地區城鎮每人每年7尺4寸布票。布票的取消，是在1984年，而糧票的取消則要到1993年。
票證的發明，不但將城鎮居民消費徹底納入計劃的軌道上，同時，它與戶籍制度形成一種結構性屏蔽，沒有票證的農民從此無法在城市裡購買到生活必需品，因而不可能任意進城，從而在物資短缺的年代裡，減輕了城市的人口壓力。
統購統銷政策的實行，在當時解決了糧食及商品危機，同時形成了農業對工業的反哺機制，它的後遺症也是深遠的。購銷兩頭被卡住後，農民產糧、產棉的利益被剛性化，再加上後來推行的人民公社制度，最終使生產積極性嚴重受挫，農作物產量長期徘徊不前。薄一波反思說：「問題和教訓在於，大躍進和十年動亂的大曲折，人口增長的失控，不僅使我們長期找不到機會來改變這一政策，而且還不得不從購銷兩頭越勒越死。」農業發展的停滯，進而造成原料物資及各種產成品的全面緊缺，中國經濟逐漸滑入短缺的週期中。
美國的《時代週刊》早在1954年3月的一篇報道中就報道了農民生產積極性下降的景象，稍微富裕的農民不敢借出生產工具，即使出借也不敢要租金，一些人乾脆把公牛賣了，這使得生產積極性下降，產量也隨之下降。1957年12月9日，它更將統購政策、城市配給制度以及工業化建設聯繫起來，它描述道：「北京也和其他城市一樣，豬肉實行著配給制。但是即使是在配給制狀態下，豬肉仍然供不應求。記者報道上海市民早晨3點鐘就起床，為的是在菜市場排在前面能夠買到肉。農村雖然不施行配給，但是農民現在吃的肉還不如過去的一半數量，因為國家用固定的底價壟斷地購買了豬肉，然後再按照壟斷的高價格出售，農民遠遠買不起這樣價格的豬肉。豬肉都去哪裡了？答案是政府用肉償還從蘇聯進口的工業產品……政府的雄心在於不惜代價地提高工業實力。」
農業對工業的反哺是巨大的。據董志凱和吳江的研究，在「一五」時期，全部工業產值中，以農產品為主要原料的產值約占50%左右，農副產品和用農業原料製成的工業品，在國內市場主要商品供應量中約占80%，在出口總額中約占75%。農民每年把淨收入的約7%作為農業稅上繳國家，同時，由於工農產品之間的差價，也就是「剪刀差」，農民又把相當於淨收入的約5%奉獻給國家積累，兩項合計為12%。以另外一種方式計算，國家預算收入中，農民所繳農業稅約占10%，由於農業及其副業品收購、加工、銷售和運輸等的利潤和稅收，間接構成財政收入的40%（其中包括工人所追加的價值），合計為50%。然而，「一五」時期國家對農業的投入比重為基本建設總額的7.1%，加上農村救災經費、推廣優良品種和新式農具、改良農業技術的經費，合計約等於農民繳納稅款的1/3。可見，工業化所需資金主要是由農業積累產生的。
糧食和棉花的統購統銷政策將一直執行到1985年，長達32年之久。2007年，中央黨校教授周天勇撰文認為：「建國後我們一直通過工農價格差、城鄉「剪刀差」向城市和工業提供豐厚的原始積累，農民為工業化和城市化提供的積累，最保守地估計高達30萬億元。」
在「一五」建設規劃中，私人企業和私人資本的參與度幾乎為零，它們已經被徹底地邊緣化。隨著計劃經濟體系的確立及國有資本的迅猛擴張，給予它們的空間已經越來越小。在這樣的情形下，資本家所期望的最後一件事情是，他們現有的資本及投資收益到底能否保全。