當年青史贈劉向，此日蒼生屬謝安。
經國儲胥群莫測，宅心冰雪物難干。
昌黎徒費千書紙，故悵修門未識韓。
翁文灝據其原韻，也作詩與其唱和：立志非徒在作官，願供駑力列朝鸞。
曾勤學術廿年事，期獲邦家百載安。
決計犧身終不惜，宅心如水豈能幹。
欲求宏效臻旦夕，法治於今憶讀韓。
從這首詩裡，我們可以清晰地讀到翁文灝的家國情懷。然而，事實並未如翁文灝所一廂情願的那樣。可以說，1935年翁文灝出任行政院秘書長，是實際參加蔣介石政權的開始，不過翁文灝還是沒有就此丟下學術。他到南京後，立刻就把地質調查所也遷到南京。一晃七年過去了，翁文灝再也不必站在躺著吸大煙的老闆面前籌款建房了。現在是以國家的名義蓋的地質所，他自己則仍住在地質調查所內，以所為家，照常照料該所工作。
翁文灝是帶著他的理想情操入閣的，一方面，他請了《獨立評論》的主要撰稿人、清華大學教授吳景超出任了他的高級秘書；另一方面，他又延請了另一位清華大學的教授蔣廷黻出任了行政院的政務處長。當時以翁文灝為首的這批在政府中從政的學者，被人統稱為「學者從政派」。
母親，你只要想一想「學者從政派」這五個字，你就可以想像社會對他們的半首肯半嘲諷的態度了。這樣一批學者文人一入政府，立刻就陷入了官僚體制下的巨大國家機器之中。行政院每天要接受文件900餘件，發文500件，翁文灝就這樣埋入了文山會海之中。被翁文灝形容為「瓷器店中的猛牛」的蔣廷黻，給胡適報告翁文灝的執政情況時說：你知道各部部長對詠霓兄的信仰甚大，他不大說話，說則有相當效果。於無形之中，他的用處很大。……他於政治很像他辦地質調查所，於不露聲色中，先責己後責人，準備費十年、二十年的功夫，在艱難困苦之中求成績。所以他不願大刀闊斧干。然而現在的局面，不大幹不能成功，小干是無濟於事的。
「猛牛」蔣廷黻代表的正是那個時代的主導情緒。災難深重的中國人民不願意再耐心等待下去了，翁文灝進入的是一個處在驚心動魄的時代中的內閣，國家臨難，危如累卵，翁文灝小心翼翼如履薄冰，最擔心的就是薄冰上砸下一塊巨石。但最不願意看到的偏讓他趕上了，中國現代史上著名的一二九學生運動，以最迅雷不及掩耳的方式爆發。1935年12月9日，北平數千名學生，為救亡圖存，發起了學生運動。翁文灝的次女燕娟投身其中，在與當局抗爭中，竟然被軍警打斷了好幾根肋骨，還是靠了老朋友胡適的搭救才送進了醫院。
家國就此在政治上分裂，而此時的翁文灝根本顧不上愛女安危，他正忙著要去平息這場學生運動。這頭自己的女兒被打得住院，那頭，他還得代表蔣介石出面跟學生代表談判，無非是表達抗日決心，希望學生繼續安心讀書。與此同時，一個不祥的消息從湖南衡陽傳來——他的莫逆之交丁文江，因煤氣中毒病危。他立刻稟報蔣介石並得到同意，乘坐蔣介石的專機趕到湖南。回想一年半前的1934年2月，當翁文灝遭遇車禍九死一生之際，是丁文江陪床始終，將其在死亡線上搶救過來，而此番丁文江陷入生命絕境，他翁文灝卻因為12、9運動如火如荼，他這個行政院秘書長不能不在一線滅火，痛心疾首之後還不得不離開他生命垂危的最好的摯友，趕回南京。不料數日之後，噩耗傳來，丁文江與世長辭，年僅48歲。
丁文江是翁文灝人生第一知已，他們在地質學領域的貢獻可謂昆仲，而在政治上他們的立場又是頗為一致的。丁文江曾經與蔡元培等人為建立中國社會的「好人政府」而實踐努力，最後以夢想的破滅而告終。翁文灝較之於丁文江，更具有艱忍不拔的政務能力。這兩個莫逆之交，關於中國的未來，有過許多美好的設計，誰也不曾想到，在人生的中途，兩人就這樣人天永隔了。
丁文江指定翁文灝為遺囑執行人之一。1936年5月4日，翁文灝趕赴長沙岳麓山，為這位中國現代地質科學的拓荒者舉行了隆重的葬禮。
半年之後，中國歷史上又一樁重大的事件爆發，西安事變爆發，翁文灝的政治伯樂蔣介石被張學良扣壓了起來。事變之後，翁文灝前往寧波老家探望蔣介石，他那些勵精圖治的政治主張，亦在家鄉美好的田園景色中一一向蔣介石稟報。
翁文灝在他的政治生涯中，曾經有過數度去寧波老家看望蔣介石的「殊榮」，我想，他們應該真的算是有鄉誼的吧。然而，這和翁文灝與丁文江這樣的友誼有著本質上多麼巨大的差異。蔣介石是絕不會真正依靠這些中國知識分子力量的，權力才是一切的中心。翁文灝以為他的藍圖從此會徐徐打開，但事實完全不是這樣，在那些政壇巨頭的鉤心鬥角中，一切都付之東流。
翁文灝第一次感到他的理想與現實之間的南轅北轍。1937年，他出使歐洲，在漫漫海路上，他反思兩年來他的執政生涯，前途茫茫，如何走向？他給他的好朋友胡適寫了一信，初顯退意，結果被他的老朋友一頓教育，說他如中世紀修士般嚴厲，又事必躬親，這是不可取的，要他繼續幹下去。
此番出使中，他竟然還在希特勒的鷹巢裡見到了這位法西斯元首。他也出訪了蘇聯。最後得出的執政主張則是：中國當折衷取勝，以國防意義為中心，由政府多負責任，促進國營事業，奠其基本，管制民營事業以正其取向，方可殊途同歸，速增國家實力。對於民生主要事業亦宜統籌管制，分配合理，市場不致紊亂。蓋民生之利，必賴有這種國力以為保護，中國為復興計，勢非於最短期間認真建設不可，自須以政府為中心，捨短從長，領導前進。
這是他日後主持經濟部的基本思想。
翁文灝懂政治嗎？他不是不懂政治，但那是他所理解的政治。政者，正也，他是願意成為有抱負的政治家的，但一個受過嚴格儒家學說教育和西方科學精神醺陶的學者，在骨子裡容不下政客小人，從這個角度上說，翁文灝又是不懂中國政治的。二千年封建統治，半封建半殖民地的社會現實，一介清明書生，你要到哪裡才能夠找到「政者正也」的執政空間！1939年，他寫下了一首詩，題目就叫《痛哭》，我們可以想見翁文灝內心的煎熬已經到了何種地步。詩曰：涕流太息賈長沙，此恨於今更有加。
天子多才重貴戚，王公有意植私家。
……
這個私家，翁文灝是有所指的，在國民黨政府中，翁文灝最無法忍受的就是蔣介石的連襟孔祥熙。翁文灝與這個「私家」怎麼也搞不到一塊兒去，又不屑與這些皇親國戚一爭高下，這讓他進入了兩難境遇。和他們去鬥，無疑就是跳進陰溝和他們抱成一團翻滾，最後搞得自己也漆黑一團；不和他們鬥，這些人就往你身上潑髒水，照樣蘸得你穢氣一身。翁文灝只好用傳統士大夫的修身養性來慰藉自己，並一再向蔣介石提出辭職。
讓翁文灝最為痛心的還有一件大事，那就是「山頂洞人頭蓋骨」的失蹤。「北京人」頭蓋骨化石自裴文中等科學家在周口店發現之後，便交由美國人控制的北平協和醫學院負責保管。1941年底，太平洋戰爭爆發之前，時任國民黨政府經濟部長翁文灝從重慶給在北平負責「北京人」頭蓋骨保管事宜的裴文中寫信，對「北京人」與「山頂洞人」頭蓋骨化石轉移之事做了如下安排：先找美國公使館對「北京人」轉移之事，作個周密的計劃安排，請他們委託有關部門將「北京人」化石標本運到美國，然後再交給國民政府駐美大使胡適先生。待戰爭結束後，務必再將「北京人」化石重新運回中國。
然而，隨著珍珠港事件與太平洋戰爭爆發，日軍佔領北平，「北京人」在美國人手中從此下落不明瞭。翁文灝作為當年發現山頂洞人頭蓋骨的重要主持人，如今從了政，卻保不住自己發現的國寶，怎能不仰天痛哭！
雖然痛哭，但未曾放下家國之責，痛苦中尤重建設。中華民族到了最危亡的時刻，為了戰勝日本帝國主義，中國必須擁有自己的石油。抗戰期間，翁文灝的工作重點是發展資源委員會的國營工礦企業，特別重視能源工業。為解決後方燃料短缺的燃眉之急、他一手抓煤，另一手伸向石油。
1938年國民政府由南京遷往武漢，翁文灝出任經濟部長兼資源委員會主任委員時，決定由資委會前去探勘玉門油礦。資委會經過經濟部把預算送到行政院，再轉到國防最高委員會審議，由錢昌照報告玉門油礦開發計劃經過和預算款項。沒想到首先反對者便是江浙同鄉湖州人氏、當時的教育部長朱家驊。
朱家驊本來倒是留學德國研究地質的，但紙上談兵，並沒有實際做過地質工作，此時因兼管著文化，曾去敦煌考察莫高窟文化古跡，在嘉峪關外路過玉門油礦，順便看了探勘油礦情況，知道一點皮毛，便說：我去過玉門油礦，地方僻遠，戈壁灘上不毛之地，四週一望無際，沒有人煙，開發很難，抗戰期內用不上。現在外匯主要用在抗戰購兵工設備上，不要用在遠水救不了近火的玉門油礦上去嘛。大家聽了認為他是內行人，說話有理。此時行政院長兼財政部長孔祥熙沒有出席，次長徐堪起來附和，陳果夫也反對，錢昌照再說也無用，翁文灝見此形勢，一言不發。最終無結果散會。
翁文灝是不會就此放下這樣重大的經國要事的，他有他的打算。會後他要孫越崎陪著他去見他們倆人都特別討厭的孔祥熙，1938年孔祥熙從行政院副院長升為行政院長，同時繼續擔任財政部長和中央銀行總裁的要職，成為領導抗戰時期國民政府行政和經濟事務的最高長官。向他說點好話，只要孔同意，其他的人就好辦了。清高的大學者跑到「私家」那裡，放下身段，互相配合，一通高帽子戴下來，保證三年以內汽油可供西北公路局和後勤司令部之用，院長如能同意，將對抗戰勝利立下不朽之功，等等等等……
一通「麻油」澆下，孔祥熙聽了自己將有「不朽之功」非常高興，拉著孫越崎的手連連點頭，這就算答應了。回走的路上，孫越崎對翁文灝說：向孔祥熙說好話，心裡真難受。翁文灝笑說：我們是為公又不是為私，大事成功了，有什麼可難受？有錢了，趕快派人去買機器吧。
事情就這樣做起來了，書生不是為五斗米折的腰，是為中華民族的國難而低下高貴頭顱的，值得。看來評價翁文灝是個只會做事不懂政治的人未必正確，在玉門油礦的問題上，翁文灝就是一個懂「政治」的人。
1942年底，玉門油礦已年產汽油180萬加侖及其他煤油、柴油等油料，供應一部分抗戰後方軍用交通及民用等需要，同時也培養了中國第一代油礦技術和管理員工，成為中國開發石油工業的搖籃。
在翁文灝主持和推動下，抗戰時期特別是抗戰前期，西部後方工業出現了蓬勃發展的態勢，各省經濟獲得了重大發展。以數量計，到1944年，後方四川、湖南、廣西、雲南、貴州、陝西及甘肅七省工廠數量，已佔大後方工廠總數的88.63%，占實繳資本總數的93.52%，占幣值資本總數的91.92%，占工人總數的85.61%。
在翁文灝的主持下，抗戰時期西部現代工業獲得了迅速發展，原本落後的西部省份獲得重大發展，中國工業化畸形分佈狀態有所改變，西部原本薄弱的重工業取得巨大進步，民營工業得到相當發展，國營工業所佔比重迅速上升。
家國之事實為堪憂。翁文灝家庭，與中華民族的諸多家庭一樣，在此共赴國難之際，做出了自己最大的犧牲。
1936年翁文灝從政之後，曾在南京築小舍，全家遷入新居。此時的長子翁心源，正在湖南參加粵漢鐵路建設，而他的次子翁心翰，則在杭州筧橋接受軍事飛行訓練。抗戰之後，舉家入川，居於重慶，新居在沙坪壩，取名「蕉園」。他淡泊寧靜，精忠報國，八個子女中，最看重的是唯一的軍人、次子翁心翰。
翁心翰字鳳書，1917年12月29日出生在北京。他從小由祖父母帶大，備受寵愛，性情格外活潑開朗好動。學習成績優異，且有很強的正義感。1935年，他報名參加北平黃寺駐軍關麟征部舉辦的高中學生暑期軍訓，誰知軍訓剛開始不久，就因日方的威脅抗議而被迫中止，參加軍訓的青年學生無不感到奇恥大辱，悲憤萬分。正是在那個時候，翁心翰對天起誓，一定要洗滌這一恥辱。他立志投筆從戎，以身保國，不久便瞞著最疼愛他的祖父報名投考南京中央軍官學校，以空軍入伍生從戎，被錄取為空軍軍官學校第八期學員。
愛子的壯舉使翁文灝無比欣慰，當時的翁文灝正由歐洲返國，想起身列戎行、即將駕機迎寇的愛子，在飛機上口占一詩，寄贈心翰，勉其英勇殺敵，報效國家，詩曰：飄然一葉入雲霄，壯志英懷儕輩超。
報國心忠追往哲，獻身志切在今朝。
千尋奮擊空中鬥，百世長垂勳績昭。
殲滅匈奴當日願，家風賴汝霍驃驍。
在這首詩裡，翁文灝再次論及了家國之間的關係，認為兒子心瀚要發揚廣大翁家的家風，就要以「匈奴不滅何以家為」的霍去病為榜樣了。