「一日見不到你，我就得不到安寧。一旦見到你，就像飢餓的人見到了食物……當你對我微笑，或者你在街上與我打招呼時，我的心就會騰地燃燒起來……當你同我說話時，我的臉會激動得發紅，導致我說不出話來，而我那巨大的慾望會頓時消失……」
接下來一聲聲痛苦的哀呼：
「啊！無窮無盡的苦痛，當我一想到我鍾情的女子根本不愛我時，我就感到肝腸寸斷！讓我怎麼活呀？……」
在梅迪契家庭小教堂聖母像的畫稿旁，米開朗基羅曾寫下這樣一句話：
「當溫暖的陽光普照大地時，我卻獨自在陰暗中忍受煎熬。每個人都沉浸在歡樂之中，而我卻躺在冰冷的地上，在痛苦中呻吟，哭泣。」
在米開朗基羅獨具代表性的雕刻與繪畫中，唯獨缺少愛的一面。在作品中，他只表露出自己最英勇的思想。他似乎認為在作品中加入心靈脆弱的一面是可恥的。他僅在詩歌中傾訴自己內心軟弱的情感。只有到詩歌中，才能尋找到這顆被粗獷的外表包裹著的膽怯而溫柔的心的秘密：
「我在愛；我為什麼來到人世？」
西斯廷的任務完成了，尤利烏斯二世也去世了。[尤利烏斯二世逝世於1513年2月21日，當時正是西斯廷天頂畫完成的三個半月。
]米開朗基羅終於回到了佛羅倫薩，回到了他一心牽掛著的事業上來：建造尤利烏斯二世的陵寢。他簽了合同，保證在七年之內完成這項工程[此次合同中的新計劃要比舊計劃更加讓人吃驚，因為其中包括了三十二座雕像。
]。而在之後的三年時間裡，他幾乎全身心地投入到工作之中[在這段時期，米開朗基羅只接受了一項工作，即《彌涅瓦的基督》。
]。在這段相對平靜的時期——事實上，這是一段憂傷但寧靜的成熟時期，西斯廷時期的狂熱也漸漸平緩下來，就像波濤洶湧的大海恢復了平靜一般。米開朗基羅創作了最完美的作品，這是一個完美實現了其激情與意志平衡的作品：《摩西》和藏於盧浮宮的《奴隸》。
但這種平靜轉瞬即逝，生命的狂潮幾乎在頃刻間重新掀起；他再次墮入黑夜之中。
新教皇利奧十世竭盡全力地想要把米開朗基羅從前任教皇的光輝中拉出來，而讓他為自己的家族大唱凱歌。對於新教皇來說，這只是自尊的問題，而不是真的欣賞米開朗基羅的才華。因為單單憑借他那伊壁鳩魯派的思想，是根本無法理解米開朗基羅的憂鬱的天賦。他將所有的恩寵都傾注在拉斐爾一人身上。但是為西斯廷大教堂增光的那個人是意大利的驕傲，所以利奧十世想讓這個人成為自己的奴隸。
利奧十世要米開朗基羅修造佛羅倫薩的梅迪契家族教堂——聖·洛朗教堂的正門。米開朗基羅想要與拉斐爾一爭高低——因為在他不在的這段時間，拉斐爾已經成為羅馬藝術上的君主。這也使米開朗基羅不由自主地又增加了一項新的任務，而他又不想放棄之前的工作——修建陵寢。但事實上，要想兼顧這兩項工作是不可能的，這將成為他無盡的煩惱愁苦的緣由。他信心十足地認為自己讓尤利烏斯二世的陵寢與聖·洛朗的正門齊頭並進。於是，他打算把大部分工作交給一名助手去幹，自己只塑幾個主要的雕像。但是不久後，他無法容忍自己與他人分享榮譽。而他又擔心教皇收回成命，於是他懇求利奧十世把自己拴在這新的鎖鏈上。
他已經不能再建造前任教皇的陵寢了，但更可悲的是，他甚至連聖·洛朗教堂的正門也沒有修建好。他不但拒絕了所有合作者，而且他那可怕的怪癖——任何事情都親力親為，喜歡單槍匹馬——使他無法踏實地在佛羅倫薩做自己的事情，反而跑到卡拉雷去監督採石工作。在那裡，他遇到了各式各樣的困難。梅迪契家人希望使用佛羅倫薩最近剛被收購的皮耶特拉桑塔採石場的石料，他們並不喜歡卡拉雷採石場的石料。但米開朗基羅的觀點卻與之相反。由此，米開朗基羅被新教皇無端地指責被人收買了。為了服從教皇的命令，米開朗基羅又遭到卡拉雷採石場的責難，他們與航運水手聯合起來，讓米開朗基羅找不到一條船來運送他的石料。於是，他不得不再修築一條穿山越嶺的路，其中有一段路還是架在木樁上的，以便穿過沼澤地帶。當地的工人又不願意為築路付出，而且還不會幹活兒。採石場是新建的，工匠們也都是新手。米開朗基羅不由得發出感歎：
「我想征服山巒，把藝術帶到這裡來，可這件事卻同讓死人復活一樣的艱難。」
儘管這樣，他依舊堅持著：
「我承諾的事，就一定會做到，無論遇到多少艱難。我將成就一項在意大利從未出現過的最漂亮的事業，如果上帝願意幫助我的話。」
多少力量，多少熱情，多少才氣，全都枉費了！因為疲勞與煩惱，再加上過度操心，米開朗基羅病倒在塞拉韋扎。他很清楚自己的健康與夢想都被這苦役活兒給損毀了。他被終將開始幹活兒的慾望與無法幹活兒的焦慮死死地纏繞著。還有其他無法兌現的承諾[這裡指的是《彌涅瓦的基督》和尤利烏斯二世的陵墓。
]也一直在追逼著他。
「我急得就壞死掉了，這些揮之不去的厄運讓我無法做我想做的事情……我痛苦得要命，我令別人誤會，認為我是個大騙子，雖然這並不是我自己的過失……」
回到佛羅倫薩，米開朗基羅十分焦急地等待著大理石運過來的時間。但此時的阿爾諾河乾涸了，滿載著石料的船隻無法溯流而上。
石料終於被運來了：這下該可以開工了吧？不行。他再一次回到採石場。他堅持必須等到大理石料堆積成山（如同當初建造尤利烏斯二世的陵寢時那樣）方可開工。他把開工日期一拖再拖，也許他害怕開工。他是不是誇口說了大話？許諾接手這麼巨大的一項建築工程，他是不是太冒失了？這根本就不是他的專長，他到哪兒學去？此時此刻，他進退兩難。
費盡千辛萬苦也沒有確保大理石能安全運輸。在運往佛羅倫薩的六根獨石巨柱中，有四根在途中斷裂了，還有一根在剛到佛羅倫薩時也斷裂了。顯然，他上了自己的工人們的當。
最後，教皇和梅迪契紅衣主教眼見這麼多寶貴的時間被白白浪費在採石場和泥濘的路上，開始不耐煩起來。1520年3月10日，教皇頒布一道敕令：取消了在1518年與米開朗基羅簽訂的關於加高聖·洛朗教堂面牆的合同。但米開朗基羅並不知情，直到他看到一隊隊代替他的工人到達皮耶特拉桑塔時。他受到了殘酷而又沉重的打擊。
米開朗基羅後來說道：「我不會同紅衣主教計較我在這裡所浪費掉的三年光陰，我也不願哭訴自己這個聖·洛朗的活計毀損到了怎樣的地步，我更不想和他討論這些年別人對我是如何的侮辱。他這般急匆匆地委任我，而又匆匆地將我撤銷：我甚至連其中的原因都來不及搞清楚！也就更沒有必要和他計較我為此所損失的全部開支了……現在，這件事情可以總結為：利奧教皇收回了已經被選用的石料的採石場，而我也只剩下手中的五百杜卡托，以及你們還給我的自由！」
事實上，米開朗基羅很清楚一點，他不應該指責他的保護者們，而是他自己。這也是他最痛苦的地方。因為他始終是在跟自己爭鬥。1515至1520年間，正是米開朗基羅才華橫溢精力充沛之時，可他都做了什麼？黯然無色的《密涅瓦基督》——一件根本看不出米開朗基羅成分的米開朗基羅的作品！而這部作品也是他的未完成。
在偉大的文藝復興的最後幾年裡，即1515至1520年，當各種災難尚未葬送意大利的春天時，拉斐爾創作了《演員化妝室》、《火室》，以及各種題材的傑作，其中包括修建公主別墅，領導建造聖彼得大教堂，領導眾人進行古跡挖掘，籌備慶典，修建紀念碑，掌管藝術，還創立了極被追捧的畫派，之後，拉斐爾滿載著豐碩的成果溘然長逝。
在經歷了幻滅的悲苦、時光在浪費後的絕望、夢想的破滅、意志的瓦解後，米開朗基羅在之後的一些作品中，充分表達了自己這段時期陰暗的一面。例如梅迪契家族的陵墓，尤利烏斯二世紀念碑上的那些新雕像[這裡指的是雕像《勝利者》。
]。
重獲自由的米開朗基羅，終生處在從一個羈絆轉換到另一個羈絆的過程中，他不自願地更換著主人。不久後，紅衣主教尤利烏斯·德·梅迪契當上了教皇，更名為克雷蒙七世。從1520至1534年，這位新教皇成了他的主宰者。
上台後的克雷蒙七世在民眾口中有許多非議。毫無疑問，他同其他教皇一樣，也想把米開朗基羅佔有己有，成為誇揚自己家族的工具。但米開朗基羅一如既往地對教皇沒有太多的抱怨，因為沒有一個教皇會像克雷蒙七世這樣，對他恩愛有加，也沒有哪一位教皇能夠對他的作品表現出持久而強烈的熱情，更沒有誰像他那樣，如此瞭解米開朗基羅脆弱的意志，懂得在必要時如何鼓勵他，讓他振作，阻止他不要做枉費精力的事情。即使在佛羅倫薩發生騷亂和米開朗基羅反叛之後，克雷蒙七世對他的愛護仍然不減。但是，僅僅靠一個教皇的慈悲是無法醫治這顆偉大心靈的煩躁、狂亂、悲觀和致命的憂愁。一個主人的慈悲又有何用？他畢竟是主人啊！……
後來，米開朗基羅說道：「我曾為諸多教皇服務，但那都是一種無奈與逼迫。」[出自1548年米開朗基羅寫給他的侄子的信。
一點點榮耀和一兩件佳作不值得一提。這與他的夢想相差甚遠！……但老已將至。身邊的一切都變得暗淡、陰沉。文藝復興之火似乎就要熄滅，羅馬即將受到蠻族的入侵與蹂躪。一個悲哀、可怕的神的陰影即將重重地壓在意大利的思想上。米開朗基羅已經感受到悲慘即要到來的徵兆，他陷入了一種令人窒息的焦慮苦惱之中。
可以說，是克雷蒙七世把深陷憂慮及焦頭爛額的米開朗基羅從艱難的工作中拯救出來了，他希望在自己的力量下，使米開朗基羅將才華運用到一個全新的領域中，他開始密切注視米開朗基羅。克雷蒙七世最先指派他的任務就是建造梅迪契家族的小教堂和陵墓[此項工程早在1521年就動工了，可是直到1523年11月，在克雷蒙七世的積極推動下，才繼續修建，同時，米開朗基羅還接受了聖洛倫佐圖書館的建築任務。
]。他想讓米開朗基羅全身心地為自己效力，於是他勸說其加入教派[此處指方濟各教派。
]，承諾會贈給他一筆教會俸祿，可是米開朗基羅拒絕了。執著的克雷蒙七世並不介意，仍給了他一筆月薪，並且是高於他所要求的三倍之多，並且把一幢與聖·洛朗教堂毗鄰的房子贈給了他。
一切似乎進展得很順利，教堂的工程也積極地進行著。但是突然間，米開朗基羅提出要放棄那幢房屋，並拒絕接受克雷蒙七世按月發給他的薪俸。他又要經歷一場灰心退縮的危機。因為尤利烏斯二世的繼承者們不能饒恕他放棄已開始的工作；他們威脅他說要控告他，指責他為人不誠懇老實。一想到要打官司，米開朗基羅就嚇得發了瘋。他那顆脆弱而又善良的心告訴他，他的對手們言之有理，於是他責怪自己失約。所以，他認為只要沒將他從尤利烏斯二世那兒拿到的錢退還回去，他就不可能接受克雷蒙七世的錢。
「我無法再工作下去了，我快活不成了。」[1525年4月19日，寫給教皇的管事的信。
]他這樣寫道。他懇求新教皇能夠幫他在尤利烏斯二世的繼承者面前疏通疏通，然後幫他償還他欠他們的全部錢：
「我將賣掉屬於我的一切，來償還欠您的錢。」
或者准許他放下手中的工作，而讓他全身心地投入到尤利烏斯二世紀念碑的建造上：
「我乞求從這項義務中解脫出來，這種急切的奢望比求生的奢望還要強烈。」
一想到克雷蒙七世哪一天突然去世，他就會受到他的敵人們的追逼，像小孩子一般絕望地哭泣。他曾這樣說道：
「如果教皇把我撇下，那麼我將無法再生存於世……我搞不清楚自己在寫什麼，因為我已經昏頭漲腦了……」
然而，克雷蒙七世並沒把這位藝術家的絕望放在心上，他堅持要他繼續修建梅迪契家族的小教堂。就連藝術家的朋友們也弄不明白他的種種顧慮，只是勸說他不要再出什麼洋相，不該拒絕月薪。一些朋友以為他這樣做是一種不假思索的胡鬧，所以請求他以後不要再這樣由著自己的性子來。也有一些朋友給他寫信，說：
「我聽說您拒絕了您的薪俸，而且還放棄了教皇賜予你的那幢房子，現在的你甚至還停止幹活兒了，我認為這些純粹是瘋癲的行為。我親愛的朋友，我善良的夥伴，您不啻和你自己為敵，這樣只會使親者痛，仇者快……您沒有必要再去管尤利烏斯二世的陵寢了，你應該欣然地收下您的薪俸，因為他們是真心誠意地給您的。」
米開朗基羅仍然很執拗。教廷的司庫就此戲耍他，當真取消了他的月薪。可憐的米開朗基羅窮途末路，僅僅幾個月之後，他便不得不重新向教皇請求他原本拒絕的那份錢。最初，米開朗基羅十分羞慚、畏怯地要求：
「親愛的喬凡尼，既然羽毛筆比舌頭更大膽，那麼我將要把我想說又羞於開口的話，通過寫信的方式傳達給您：請問，我還能得到月俸嗎？……即使我確信自己不可能再獲得，我也不會改變自己的態度：我仍將盡自己最大的力量為教皇服務。但我會調整我所做的事情。」
後來，受生活所迫，米開朗基羅又寫了一封信：