米開朗基羅回到了羅馬。尤利烏斯二世又命令他去做另一件意想不到的事情，而且是更加艱巨的任務。他命令這位對壁畫技巧一竅不通的畫家去繪製一幅西斯廷教堂的拱頂畫。這位教皇彷彿就是喜歡強人所難，而且滿懷信心地認為米開朗基羅一定能完成。
布拉曼特看到米開朗基羅似乎又要受寵了，他又想方設法地為難他。布拉曼特認為，這次交給米開朗基羅的任務可以讓他名譽掃地。而對於米開朗基羅來說，這不僅是一次，而且是帶有極高危險性的考驗，因為就在1508年，他的對手拉斐爾懷著無比幸福之情繪製梵蒂岡宮的組畫。米開朗基羅來到教皇面前，竭盡全力地想推辭掉這項可怕的榮耀，他甚至建議拉斐爾取而代之。他再三強調壁畫不是他的專長，他絕對完成不了這項重任。可是教皇卻執意不肯改變主意，米開朗基羅也只能聽之任之。
布拉曼特幫助米開朗基羅在西斯廷大教堂裡豎起了一個腳手架，並從佛羅倫薩請來了幾位有創作壁畫經驗的畫家幫他的忙。可對於米開朗基羅來說，任何助手都是多餘的。一開始，米開朗基羅就表示布拉曼特的腳手架是不合用的，他自己另外搭了一個。至於那些來自於佛羅倫薩的畫家，他也覺得有些討厭，二話沒說，就把他們給打發了。「一天早上，他叫人把他們畫的東西全砸了。他常把自己關在教堂裡，不給那些畫家開門，而即使是在自己的屋子裡，他也關著門不見任何人。這些畫家見此情景，決定回到佛羅倫薩去，因為他們感到自己受了莫大的侮辱。」[根據萬塞裡耳記述。
後來，米開朗基羅獨自一人帶著幾個小工開始工作。這項艱巨的任務並未使他膽怯，反而讓他有所突破，他決定不僅要像原定的那樣畫拱頂，而且四周的牆壁也要給畫上。
1508年5月10日，米開朗基羅的巨大工程動工了。而這一年，卻是陰暗的一年——這是他一生中最陰暗但卻最偉大的時期！他是一個傳奇的人，是西斯廷大教堂的英雄，他偉大的形象因為這些壁畫被人類深深地印在記憶之中。
然而在創作過程中，他痛苦不堪。我們可以從他當時寫的那些信上感受得到他極大的沮喪，即使他那神聖的思想也無法使他擺脫：
「我現在處於極大的沮喪之中：已經一年了，教皇沒有發給我一分錢；我也沒有提任何要求，因為我的工作進展得不是很好，所以自己覺得不配得到什麼報酬。但我的工作真是太難了，而且這根本就不是我的專長。因此，我是在白白地浪費時間。願上帝保佑我！」
他的作品《大洪水》剛完成，就開始發霉，而且情況很糟，到最後你都無法辨認各個人物的相貌了。米開朗基羅拒絕繼續工作下去。但教皇不聽他的理由。他只好繼續工作下去。
除了身體上的疲勞和心理上的煩躁，家族的糾纏更讓米開朗基羅忙中添亂。全家人不僅都靠他養活，而且家人們還拚命盤剝他、壓搾他。他的父親終日為沒有錢而哀歎、呻吟。他不得不用大量的時間給父親安慰與鼓勵，讓父親振作精神，雖然他自己已經是不堪重負了。
「您無須煩躁，這些事根本算不得是人生折磨……只要我有什麼，我就保證您不會缺什麼……即使您失去了這個世界上的一切，只要有我，您將永遠不會缺少什麼……我寧願自己受窮，只要有您在，即使擁有全世界的金子也抵不過你的存在……如果您無法像其他人那樣，爭得一絲榮譽，那麼，在這個世上您只要有吃有穿就足矣了。就像我現在這樣，忠誠地與基督生活在一起，我雖很窮，但我不用為生活、榮譽而苦惱。事實上，我生活在極大的艱難與無盡的猜疑之中。這十五年來，我不曾過一天好日子。我全身心地贍養您，可是您卻從未承認也不相信。願上帝寬恕我們吧！我已做好了準備，我要永遠這樣做下去，只要我能夠！」[1509年至1512年間，寫給他父親的信。
他的三個弟弟也都依賴著他，經常等著他寄錢給他們，等著他給他們謀職位。他們毫無顧忌地搜刮著他在佛羅倫薩積攢下來的那筆小小的資產。他們經常到羅馬來，住他的吃他的。博納羅托和喬凡·西莫內要他幫忙盤一個店舖，而西吉斯蒙多則要這個兄弟為自己在佛羅倫薩附近購置田產。然而無論米開朗基羅為他們做什麼，他們都不知道感激，反而認為是他欠他們的。米開朗基羅明知道自己被他們剝削，可礙於面子的他不願拒絕，以示自己無能，所以一直都對他們百依百順。但這幾個傢伙卻得寸進尺，他們趁米開朗基羅不在家時，虐待父親。這件事激怒了米開朗基羅。他像對待壞小子那樣用鞭子抽打他的兄弟們。他恨不得把他們統統殺光。
「喬凡·西莫內：
俗話說，善待好人會使自己更好，而善待惡人則會讓惡人更惡。多年來，我一直努力地對你好言相勸，苦苦地懇求你改惡從善，與父親和我們友好相處，但你卻越來越過分了……我可以同你好好談談，但我發現那只是白費口舌。我乾脆跟你說吧，在這個世界上，你是一個一無所有的人，是我在維持你的生活，而這是出於我對上帝的愛，因為我認為你和其他人一樣，都是我的兄弟。但此刻，我發現你不是我的兄弟，因為，如果你是的話，那麼你就不會恐嚇我的父親。你就是個畜生，以後我將像對待畜生那樣來對待你。
你要知道，任何人看見自己的父親被威脅被虐待都會為父拚命……下不為例！……我已經說過了，在這個世上，你一無所有。假如我再聽到關於你的哪怕一點點惡行，我就收回你所有的財產，並且把不屬於你的房屋和田地放火燒掉。別以為自己很了不起，如果我出現在你身邊，我將讓你看樣東西，你一定會痛哭流涕，知道自己是靠了什麼才這麼囂張狂妄……如果你願改過自新，你願意尊敬照看你的父親，我將幫助你就像幫助別的兄弟一樣，而且，不久之後，我會幫你選一家很好的店舖。但是，如果你不照做的話，那我一定會回去好好處理你的事情。我會讓你知道自己究竟個什麼玩意兒，讓你明確自己在這個世界上到底擁有什麼……就說到這裡吧！語言上若有什麼欠缺，我將用事實來補充好。
米開朗基羅於羅馬
另外補充一句：過去的這十二年裡，我在意大利過著一種非常悲慘的生活，我忍受著各種羞辱與艱難，過度的勞累讓我的身體有些吃不消了，因為我在用我的性命去拼去搏。我之所以這樣做，全是為了我們這個家。但是到目前為止，我只是將我們的家業重整起來一點，而你卻在一旁嘻嘻哈哈地將我那麼多年來吃苦受累創下的一點基業毀於一旦！……我向上帝發誓，這不算什麼！如果可以的話，我能把這樣的人分裂成碎片，分成成千上萬塊。——因此，你最好學乖一些，不要把對你懷有熱情的人逼得無路可走！」
然後，他又寫信給西吉斯蒙多：
「我現在生活得很苦悶，我極度疲憊。在這裡我沒有朋友，當然我也不想有朋友……平日裡我很少有時間自由自在地吃頓飯，所以請不要再和我說一些煩惱的事情了，因為我已經無法忍受絲毫煩惱了。」
最後是他第三個弟弟博納羅托——在施特洛家的商店裡工作。他向米開朗基羅索要了一大筆錢，之後還恬不知恥地繼續搜刮他的哥哥，而且宣揚自己花在哥哥身上的錢要比哥哥寄給他的多得多。
「我對你的這種忘恩負義很感興趣，」米開朗基羅在寫給他的信中說，「我很想知道你的錢都是從哪來的；我很好奇你是否知道你們從新聖瑪麗亞銀行取走了屬於我的二百二十八杜卡托？當你拿走我寄回家裡的另外好幾百金幣時，你是否知道你在用我的錢？是否知道我是多麼的辛苦來資助你們。我十分想知道你是否明白這一切！——如果你還有一點智慧和勇氣承認事實的話，請不要再說『我花了自己好多好多的錢』，而且你也不會跑到我這裡來訴說你那些令我煩躁的事情了，把我過去為你們所做的一切忘在腦後。或許你會說：『米開朗基羅很清楚他對我們說了什麼，如果他現在還沒有做，那一定是他被一些我們不得而知的事情給耽擱了：我們耐心等待吧。』當馬兒奮力向前奔跑時，就不應再用馬刺戳它，讓它跑得超出它的能力所限。你們從來都不瞭解我，現在也一樣。願上帝饒恕你們！是上帝賜予我恩澤，讓我能盡力地幫助你們。或許只有當我不在人世時，你們才能真的瞭解我。」
米開朗基羅深陷於這種忘恩負義與妒羨的環境之中，一面忍受著盤剝他的可恥家庭，一面躲避著窺伺他的失敗的頑固敵人，米開朗基羅苦苦地掙扎著。可他，就在這種情況下，他竟然完成了西斯廷大教堂那件了不起的作品。這背後他花費了何等可悲的代價啊——他差點兒拋開這一切，再次逃走。他以為自己就要死了，也許是他自己想死。
教皇因米開朗基羅的遲緩，且堅持不讓他看作品而憤怒。他倆驕傲的性格就像陣雨來臨前的烏雲發生相撞一般。克蒂維曾經說道：「有一天，教皇問他什麼時候能畫完，米開朗基羅依照自己的習慣回答他：『當我能畫完的時候。』教皇聽後，氣就不打一處來，舉起手中的枴杖就向他打去，嘴裡還連連重複：『當我能畫完的時候！當我能畫完的時候！』米開朗基羅跑回自己的住處後，便收拾行裝，準備離開羅馬。但教皇馬上派了一個人到他家，並且帶給他五百杜卡托，竭力撫慰他，請他原諒教皇。米開朗基羅接受了教皇的致歉。」
可是第二天，倆人之間的戰爭又開始了。終於有一天，教皇怒氣沖沖地對他說：「難道你希望我把你從腳手架上扔下來嗎？」米開朗基羅見狀不敢再說什麼，只好讓人撤去腳手架，展露出自己的大作，而這一天，正巧是1512年的萬聖節。
可以說，這一天是盛大而又陰沉的節日，是祭奠亡靈的日子，也最適合讓這件駭人的作品揭幕的日子。因為這部作品充滿生殺一切的神靈——這是像暴風雨般聚集著一切生命之力的神明，具有橫掃一切的力量。
二在崩裂的力
從這項需要巨人之力的工作解放出來的米開朗基羅雖然感到一絲榮耀，卻已經精疲力竭了。一連好幾個月，他都要仰著頭畫西斯廷大教堂的拱頂，「他的眼睛都被弄壞了，以致好長一段時間，當他讀一封信或看一件東西時，他都習慣性地把它們舉到頭頂上，才看得清楚。」[根據瓦薩裡的記述。
]有時，他也會對自己的殘疾自嘲：
「艱難困苦使我變了樣，就像那些被水泡脹了的倫巴第……我的肚子尖伸向下巴，我的鬍子衝向天，我的腦袋彎向肩，我的胸好似一隻鷹；畫筆的顏色滴在我臉上，畫成了一幅富麗圖案。我的腰部向體內縮進，使臀部成為控制平衡的關鍵。我摸索著行走，卻看不清自己的腳在哪裡。我的皮肉前面長後面短，就像一張敘利亞的弓。我的智力與我的身軀一樣的怪誕，因為彎曲的蘆葦是無法吹出曲子來的……」[出自米開朗基羅的《詩集》卷9。
我們千萬別被米開朗基羅這種玩笑似的話語所蒙蔽。他十分苦惱自己竟會變得如此這般醜陋，因為他比誰都更喜歡形體美。對他來說，醜陋是一種恥辱。[亨利·托德在他的《米開朗基羅與文藝復興的終結》中，就強調了他的這一性格特徵。
]這一點我們可以從他的幾首短小的情詩中看出來。米開朗基羅的憂傷因為愛的煎熬而尤為劇烈。他的一生幾乎沒有得到一絲愛的回報。因此，他常常把自己封閉起來，通過詩歌來發洩自己的情和苦。
童年時期的米開朗基羅就能夠創作詩歌，而作詩也是他熱烈需要的。在他的素描本、信件、散頁上，都寫滿了經過他反覆推敲、潤色的詩句。遺憾的是，1518年，他把自己青年時代大部分詩稿都焚燒掉了，剩下的部分也大多在他去世前毀掉了。但他留下的少數詩歌也足以顯示他對詩歌創作的熱情。
米開朗基羅最早的詩似乎是1504年在佛羅倫薩創作的[在寫詩的這張紙上，還畫有戰鬥時的人和馬。
]：
「愛神啊，如果我能勝利地抵抗住你的瘋狂，我的生活該有多麼幸福啊！但是現在，唉！我涕淚沾襟，我感受到了你強大的力量……」
1504至1511年間，他創作的兩首短小的情詩，或許是寫給同一個女子的，其中的詞句真是飽含悲痛之情，令人揪心：
「是誰硬將我牽引到你身邊？……唉！唉！唉！……我被緊緊地捆綁住了。但我依舊是自由的！……我怎會不復屬於我自己呢？噢，上帝！噢，上帝！噢，上帝！……是誰在硬生生地將我與自己分離？……誰能比我更瞭解我自己？噢，上帝！噢，上帝！……」[出自米開朗基羅的《詩集》。
1507年12月，在一封從博洛尼亞發出的信的背面上，寫著這樣一首十四行詩。其中對於肉慾的精確描繪，很容易讓人回想起波提切利來：
「鮮艷的花冠戴在她的金色的秀髮上，她是多麼幸福啊！鮮花競相輕撫她的額頭，誰能夠第一個親吻她？終日緊束著她的胸部的長袍實在是個幸運兒。金色的衣料不知疲倦地摩擦著她的面頰與香頸。要數最幸運的，應該是那條輕束著豐乳的金絲帶。這條腰帶好像在說：『我願永遠將她摟住……』啊！……那我的雙臂又能做什麼呢！」
在一首帶有自省意義的長詩中——很難確切引述，米開朗基羅運用非常直白的詞語表達了自己悲傷的愛情：