「經過仔細考慮，我知道教皇是十分看重這件聖·洛朗的作品的。而教皇不讓我為生計所累，賞賜我月俸，也是為了能使我加快工作進程。但我卻拒絕了您的好意，這其實也是在耽誤工作嘛。因此，我改變了初衷。對於之前我一直不要的這份月俸，現在，出於各種難言之隱，我想重新得到它……不知您是否願意賜予我，從曾經答應過我的那一天算起？……請問您希望我何時去取？」
或許是對方想教訓一下他，於是便裝聾作啞。就這樣兩個月過去了，他沒有拿到一分錢。後來，他不得不一而再、再而三地要求月俸。在他苦惱不堪的工作過程中，他抱怨這些煩憂把他的想像力堵塞了。
「……煩惱使我受到了極大的影響……人無法手上做著一件事腦袋裡卻在做另一件事，尤其是在雕塑創作方面。有人說所有的煩惱可以啟發刺激我創作的靈感，可我卻不以為然，我認為這些只會刺壞我，讓我倒退。我已經有一年多沒拿到月俸了，所以我一直在同貧困鬥爭：我孤獨地陷在艱難之中，而且我的艱難已經夠大的了，致使我無心顧及藝術，我也無法僱人來幫我。」
有時，克雷蒙七世會因他所受的痛苦而打動，於是命人將自己的同情心友好地傳達給米開朗基羅。克雷蒙七世向他保證，「只要他活一天，他就會恩寵他一天」。但沒事找事的梅迪契家族卻不甘寂寞，又來找他的麻煩。他們不僅沒有減輕他的重擔，反而提出了更高的要求：其中要有一個無聊的巨像，巨像頭上要頂著一座鐘樓，而胳膊要做成一個壁爐。米開朗基羅不得不為這一怪念頭花費很長一段時間。除此之外，他還不得不解決他與他的工人們、泥瓦匠們、車伕們之間的問題，因為他們受到八小時工作制的先驅者們的蠱惑。
同時，家庭的煩惱也有增無減。父親的年紀越來越大，他的脾氣也隨年紀的增加而增大，有時甚至蠻不講理。有一天，父親竟然從佛羅倫薩逃走，而且還說是被米開朗基羅趕走的。於是他給父親寫了封感人至深的信：
「親愛的父親，昨天回家時沒有見到您，頓時嚇得我不知所措。現在，我知道您是在埋怨我，還說是我將您趕走的，對此我更加驚愕不已。從我出生以來，我敢說我沒做過絲毫令您不高興的事。而我所忍受的所有痛苦，也都源於我對您的愛……我始終站在您這邊……就在前幾天，我還同您說起，只要我活著，我就將我全部的精力奉獻給您，我現在再一次向您承諾。你怎麼能這麼快就把這些給忘了，真讓我感到驚詫。您應該是很瞭解我的，這三十年來，您和您的兒子們都知道，我是如何自始至終盡自己最大的能力對你們好的，無論是思想上還是行動上。
您為何還要到處散播是我把您趕走的呢？您看不出這種事情對我的名聲有多大的影響嗎？現在讓我心煩的事情已經夠多的了，而且所有的煩心事都因您而來！您就這樣回報我嗎？……但是，該怎樣就怎樣吧。我心中無愧，我深信自己從未讓您丟臉，也從未帶給您傷害。可是我還是希望您能原諒我，就當我的確做了什麼對不起您的事吧。請您原諒我，就當是在原諒一個放蕩不羈、只知道給您添麻煩、幹盡壞事的兒子吧。我再次懇求您，求您原諒我這麼一個悲苦的人。請不要再把那種所謂把您攆走的惡名加在我頭上，因為對我而言，我的名譽要比您所認為的重要得多。無論怎樣，我都是您的兒子呀！」
如此深刻的愛、如此多的謙卑，也僅僅使這位頑固的老人家暫時平息怒火。一段時間過後，他又指責兒子偷了他的錢。被逼無奈的米開朗基羅又給父親寫了一封信：
「我不知道您究竟要我怎麼樣？如果我活著會帶給你痛苦，讓您受累的話，那麼我想您已經找到辦法將我擺脫了，不久之後，您就能夠掌握您認為我擁有的財寶的鑰匙。當然，您這樣做很好，因為每一個佛羅倫薩人都知道您無比富有，都聽說過我總偷您的錢，都認為我應該受到懲罰。而您將被眾人頌揚！……您想要我怎樣，就儘管說、儘管喊吧，但請不要再給我寫信了，因為我會因此無法工作。您逼得我向您索要二十五年來我所給您的一切。我原本並不想說，但最終我不得不說！……您要清楚……人只能死一回，一旦死去就無法彌補自己所做的錯事。您不要不見棺材不落淚啊。願上帝保佑您！」[1523年6月，他寫給父親的信。
這就是米開朗基羅從他的家人那兒得到的關愛與幫助。
「忍耐吧！」在他寫給一位朋友的信中，他如此歎息。「只求上帝不要使他感到不快的事情也讓我不愉快！」
處在這種愁苦之中的人，工作自然得不到進展。1527年，當那些將意大利弄得天翻地覆的政治事件突然降臨時，梅迪契家族小教堂的雕像一個都沒有完成。因此，從1520至1527年這段時期，米開朗基羅唯一增添的只是比他前一階段的幻滅與疲憊更多的幻滅與疲憊。對於米開朗基羅來說，這十多年來，他沒有帶來一件完成之作、一項實現了的計劃，也更沒有歡樂。
三絕望
對於所有煩惱的事物以及他對自己的厭惡，1527年，佛羅倫薩爆發的洪流將他捲了進去。
在這段時間，米開朗基羅在政治事務上，表現出了以往的猶豫與畏懼，這與他在生活和藝術上所受的苦一樣。他永遠無法調動自己的情感來協調梅迪契家族的相關事宜。這個性情柔弱而又暴躁的天才在行動中始終是膽怯的。面對世界上的強權，他不敢冒險與之在政治或宗教上進行鬥爭。從他的信件中，自始至終都反映著他在為自身、在為家人擔憂，害怕他們受到牽連。萬一哪一天他因一時的氣憤而說了些反對專制行為的話，惹來麻煩。他經常寫信給家裡人，囑咐他們要小心謹慎，必要時少說為妙，如果出現什麼情況就趕快逃離。
「就像瘟疫時那樣，要成為最先逃離的一波人……與錢財相比生命更有價值……要息事寧人，不可樹敵；除了上帝，不要輕易相信任何人，也不要隨口說誰的好話或壞話，因為任何人都無法預知未來，所以我們只要管好自己的事就行了……不要亂攪和任何事。」
身邊的兄弟及朋友都在嘲笑米開朗基羅膽小怕事，並且認為他是個瘋子。[1515年9月，寫給弟弟博納羅托的信中提到：「你不是你們所認為的瘋子……」
「請不要嘲笑我，」他傷心地說，「一個人不該嘲笑其他人。」
事實上，這位偉大的天才的戰戰兢兢並沒有什麼可笑之處。但對於他那病態的神經卻是值得人們同情，這種神經使他成了恐懼的玩偶，雖然，他同恐懼進行了鬥爭，但最終也沒能戰勝它。危險即將到來時，他第一個反應就是逃走，但在經過了一番磨難的洗禮下，他竟能強逼著自己的肉體與精神去承受如此大的危險，這樣一來，他更加的了不起。另外，他比任何人都更有理由害怕，因為他更加聰明，而他的悲觀主義精神使他能夠更清楚地預見意大利的種種不幸。可是，為了讓天生怯弱的米開朗基羅捲入佛羅倫薩這場革命的洪流中去，則必須讓他處於一種絕望的激憤之中，才能夠讓他發現自己靈魂深處的底蘊。
這是一個富於反省的靈魂，但是這個靈魂中卻充滿了強烈的共和思想。對此，我們可以從他信心十足或激情狂熱時所流露出來的話語中感覺得到，尤其是他後期同他的朋友們，例如盧伊吉·德·裡喬、安德尼爾·佩特羅和多納托·傑羅蒂亞[米開朗基羅的《布魯圖胸像》就是為多納托·傑羅蒂亞創作的。
]等人，在談話時的表現就更加明顯。傑羅蒂亞曾在其《但丁神曲對話錄》中引述過他們的談話。[其中談論的問題是，但丁究竟在地獄中度過了多長時間，是從星期五的晚上到星期六的晚上，還是從星期四的晚上到星期天的早上？於是，他們向米開朗基羅請教，因為他是最熟悉但丁的作品的。
]朋友們都感到很驚訝，對於但丁會把布魯圖斯和卡修斯放在地獄的最後一層，而把愷撒放在其上感到疑惑。當朋友們向他問起這件事時，米開朗基羅則向刺殺暴君者大加頌揚，說道：
「假如你們認真地閱讀過首段的詩篇，那麼你們就會瞭解到，其實但丁對暴君們的本性知之甚詳，而且他十分清楚暴君所犯下的罪惡其實正是神人共棄的罪惡。於是他將暴君們歸屬到『殘害同胞』這一類人之中，罰他們入第七層地獄，終日忍受沸水的煎熬……既然但丁如此看待這一問題，那麼他必然會將愷撒視為他的祖國的暴君，而布魯圖斯和卡修斯刺殺他也純屬正當之事，因為殺暴君，並不是真的殺人，而只是在殺一個長有人頭的野獸。所有的暴君都毫無疑問地失去了真正的人類的愛，他們是喪失人性的獸。他們對同類沒有絲毫憐愛之心，不然他們就不會搶奪原本屬於別人的東西了，更不會成為踐踏他人的暴君了……由此可見，誅戮暴君的人算不得亂臣賊子。而布魯圖斯和卡修斯刺殺愷撒也並不是犯罪。首先，他們刺殺的是一個令每個羅馬公民都堅持要依照法律殺掉的人；再者，他們殺的並不是一個人，而是一頭野獸。」[米開朗基羅還將暴君、世襲君王，以及合法的王公貴族區別開來：「這裡，我所指的不是那些擁有百年權威或民意的大公，他們以與人民協調一致的精神成為城市的統治者……」
因此，當羅馬被查理五世的大軍攻陷、梅迪契一家被放逐的消息傳到佛羅倫薩時，當地人民的國家意識與共和觀念頓時被激發出來，準備揭竿起義。而一向對政治唯唯諾諾的米開朗基羅竟然衝到了佛羅倫薩起義隊伍的最前面。平日裡，這個勸誡家人要像躲瘟疫那樣逃避政治的人，此刻卻處於一種極度狂熱的狀態之中，好像對什麼都無所畏懼。米開朗基羅留在了瘟疫與革命肆虐的佛羅倫薩。他的兄弟博納羅托因為感染瘟疫死掉了，並且死在了他的懷抱中。1528年10月，米開朗基羅參加了守城會議。第二年年初，他被選為城市防禦工程的監管。同年4月6日，他又被任命為佛羅倫薩城的防工事總監，任期一年。6月，他被派往比薩、阿雷佐和裡沃那等城市，視察城市的防護工作。7月和8月，他又來到費拉雷，檢查那裡最著名的防禦工事，並且同公爵兼防禦工程的專家商討相關問題。
在米開朗基羅看來，佛羅倫薩的防禦重中之重就是聖米尼亞托高地，因此他決定建一些炮台以加強這個地區的防禦能力。但是，不知何故，行政長官坎寧培十分反對他這種決定，而且還想方設法地要把米開朗基羅從佛羅倫薩趕出去。米開朗基羅也疑心坎寧培和梅迪契黨人有意要甩掉他，不讓他守護佛羅倫薩城，於是他便在聖米尼亞托住了下來，再沒搬到別的地方去。可是，身在一座被圍困的城市中，他那生性多疑的毛病，令他很容易就相信流傳在整座城裡種種叛變的傳言。而這一次的傳言卻是空穴來風。弗朗切斯科·卡爾杜奇頂替了可疑的坎寧培，成為新一屆的行政長官，但令人不安的馬拉泰斯塔·巴利翁卻被任命為佛羅倫薩軍隊的司令，最終他卻將整個城拱手讓給了教皇。預感到馬拉泰斯塔會叛變的米開朗基羅將自己的惶恐與擔憂告訴了市政議會。「市政長官卡爾杜奇非但沒有感謝他，反而還臭罵了他一頓，斥責他就是個疑神疑鬼、膽小怕事的人。」[根據克蒂維的記述：卡爾杜奇真應該聽取他的這番好意，因為當梅迪契捲土重來時，便將他處死了。
]後來，馬拉泰斯塔得知米開朗基羅在背後揭發他，便在城裡散佈謠言，說：「像米開朗基羅這種德行的人，為了躲避一個危險的對手，什麼事情都做得出來。」馬拉泰斯塔在佛羅倫薩有權有勢，像個大元帥似的。米開朗基羅知道自己算是完蛋了。
「然而，我早已做好了準備，我將毫不畏懼地等待戰爭的結局。」米開朗基羅這樣寫道，「但是，就在9月21日的早上，一個人跑到聖尼古拉門外——我當時正在炮台上——悄悄地對我說，假如我想活命的話，就不能再待在佛羅倫薩。於是我請他一起回到了我的住處，並同他一起吃了飯。他將我的馬牽過來，目送我出了佛羅倫薩，他才離去。」[1529年9月25日，寫給巴蒂斯塔·戴拉·帕拉的信。
韋爾奇另外補充道：「米開朗基羅將一萬二千金弗洛令縫在了三件襯衫上，然後還將這三件襯衫改製成了短裙。在逃離佛羅倫薩城的時候並不順利，他是從把守不是很嚴的正義門逃出城的，當時與他一起逃的還有裡納多·科爾西尼和他的學生安德尼爾·米尼。」
幾天後，米開朗基羅這樣寫道：「我的背後，不知道是神還是鬼在一直推著我。」
其實，使他有這種怪異感覺的，正是他那慣常的荒唐恐懼的魔鬼在慫恿著他。據說，就在他們逃到卡斯泰爾諾沃時，他在前任行政長官坎寧培的住處下榻時，他將自己的遭遇與預感繪聲繪色地描述給他，竟使老人受驚過度，九天後便死去了！如果這是真實的，那麼可以想像，當時的米開朗基羅是處於怎樣的恐懼之中。[根據克蒂維的記述。
9月23日，米開朗基羅來到費拉雷。處在狂亂中的天才拒絕了公爵的盛情邀請，不肯留在城堡，他要繼續逃亡。兩天後，他便逃到了威尼斯。市政議會得知這一消息後，立即派人找到他，提出可以滿足他的一切要求。但是，羞愧粗獷的米開朗基羅再一次拒絕權勢之人，選擇在烏德卡隱居。其實他認為自己躲得還不夠遠，他想逃到法蘭西。就在他到達威尼斯的當天，就寫了一封急切的信，致弗朗斯瓦爾一世在意大利採購藝術品的代理人帕蒂斯坦·德·巴拉：