賴昌星亡逃境外，但「住持」跑了廟還在。在8月20日，5箭齊發，取得相當多的證據後，專案組領導決策：端掉遠華這個走私指揮中心，查封遠華所有辦公場所，控制遠華的不動產，徹底摧毀依然留在廈門各個角落，還不時窺測風向的遠華走私分子的僥倖心理，迫使他們丟掉幻想，向人民投誠，提供破案有用的證據和線索。
據偵查人員偵查到的信息，在專案組進駐廈門前後，遠華的留守人員一刻也沒有停止過他們的活動。
8月23日，從各取證組抽調人員，加上一部分緝私警察和紀委幹部，組成一支30餘人的查封遠華的隊伍。現場指揮是北京關的傅處，查封的法律手續由廈門海關走私犯罪偵查分局辦理。這支隊伍事先分成幾個行動小組，目標分別是遠華集團總部「紅樓」、大華景園別墅、塘邊電子城、88層遠華國際大廈籌備處等場所。
時近中午，各組人員均聚集到國際大廈籌備處二層小樓裡。遠華的留守人員基本集中在這兒，其他各處均人去樓空，只留下保安看守。
傅處指令大家分頭行動，一要搜集所有賬冊資料，二要搜集所有印章，三要將遠華工作人員一一詢問登記，弄清各人身份。
其實，留下的只是一些負責日常工作的人員，其中身份最重要的是一個辦公室主任。當然，由於專案人員不熟悉情況，也有幾個撞入網內的重要人物讓其矇混過關，例如，賴的老婆曾明娜的秘書，當時就被放跑了！幾天後，此人被偵查小組「請」到專案組。
據帶回萬壽賓館被採取海關留置措施的遠華部分工作人員提供的情況，賴昌星在香港一直密切關注專案組的一舉一動，並不時遙控留守人員的行動。偵查人員根據掌握的情況，分別找到遠華公司發展部經理王某、車隊隊長許某、財務部負責人饒某，還有辦公室副主任吳某，曾明娜的秘書陶某，這些知情人提供了許多有價值的情況：賴昌星自從北京方面瞭解了中央「4·20」批示的內容以後，立即著手公司的善後事宜。他讓妻弟曾明育佈置財務部經理饒際雲，把1995至1998年的所有會計憑證整理出來，曾明育全部收走了這些憑證。
從5月份以後，只要遠華賬上有錢，就被提走，轉移資金達1000餘萬元人民幣。賴昌星8月11日出逃之前，已將公司事務托付給大哥賴水強。賴水強分別於8月12日在遠華國際大廈籌建處、8月14日在悅華大酒店、8月16日在燒厝賴水強家中3次召開「留守內閣」會議，主要議題是佈置留守人員堅守陣地、轉移資產、將資產變現等。8月12日，賴昌星指示陶某從原會展中心預付地價款的700萬元中提走350萬元。
8月24日，專案組查封遠華後第二天，賴水強打電話到北京找「中央法院」（歸案人員交待用語）咨詢，又打電話給廈門大學一名法律顧問，詢問辦案人員查封遠華是否合法。該顧問問了辦案人員是否出示法律手續等問題後，指教賴派人將查封現場情況拍照取證。賴水強當晚派人照辦。
8月24日以後，賴昌星先後4次打電話詢問：調查組負責人是誰，駐地何處，由誰帶頭，專案組人員分佈情況等等（第一次）；公司還有什麼人沒出走，調查組調查的情況（第二次）；現在形勢如何？楊前線有沒有交待問題？（第三次）；遠華目前被查的情況（第四次）。
事實教育了專案組人員：賴昌星從未終止過和專案組的對抗活動！