第二階段是查私的主戰役階段，時間一直延續到春節前夕。
這階段的工作異常艱辛，查私組人員最多時增加到106人。全體人員不分晝夜核實單證，落實走私證據。辦案人員到10餘個進出口管理部門查閱，調取了大量的檔案、單證、票據，查閱了數百萬條的電腦數據，先後對200餘家涉嫌走私和購買私貨的企業進行調查，搜尋走私證據，140多人次赴外地取證，足跡遍及全國10多個省市，獲取數百卷的筆錄和書證材料。
在此階段內，植物油、成品油、西藥、香煙走私案查結移交審理組，查實的走私案值已達230億元人民幣，查明的廈門地區走私案值已逾400億元人民幣。「查明」走私情況和「查實」走私情況要求的內容完全不一樣。湛江走私大案查明的走私案值高達110億元人民幣，但在法庭審判中依據查實的走私罪追究刑事責任，公佈的數字是29億走私案值。因為走私犯罪情況複雜。「查明」的要求是，只要認定進出口貨物逃避了海關監管，就可基本判定這就是走私，但是「查實」的要求就嚴格多了：必須搞清誰走私，走私什麼，數量多少，價值多大，怎樣走私，走私的結果怎樣，走私貨物的走向，贏利多少等等。不然，你跟誰去算法律賬？怎樣認定他有罪，且罪行大小？
查案過程中，建議專案組並按法律程序對32人採取「兩規」措施，對18人採取刑事拘留措施，對21人採取監視居住措施，對23人採取取保候審措施。賴昌星集團的走私網絡和相互交織的人際關係被查清。隨著專案查處工作不斷向前推進，抓捕案犯的任務越來越重。偵捕組的職能範圍不斷擴大，通緝、邊（境）（布）控、抓捕、技偵、協查、預審等等工作，所需人員越來越多。偵捕組最多時有89人。由查私組、內查組提請抓捕對像最多時竟達數百人之眾。被抓捕歸案的先後有215人，捕獲率達52％，也算創下了該項記錄。
到案人員越來越多，只進不出，給專案組造成巨大壓力。
為此，1999年10月17日由緝私警為主體的審理組組建起來，其職能是將查私組移送的案件和嫌疑人，認真取證、準確定性、擴大戰果，成熟時移送檢察院起訴，直至送上法庭判罪。
所以，審理組的工作十分繁雜，他們工作的最終目標是要訴罪到人。該組先後從全國各地海關42個走私犯罪偵查分局抽調了123個緝私警察，從全國19個公安機關抽調公安辦案民警37人，組成了11個辦案小組。緝私警察利用刑事執法權自己抓獲犯罪嫌疑人200餘人，先後審理了500餘個嫌疑犯，將其中的319人採取強制措施。
對植物油案，專案組咬緊開元公司這個目標毫不放鬆，窮追猛打。查私組於1999年10月基本查清走私事實，將書證材料19卷、筆錄材料12卷移交審理組去進行第二個環節的工作。這是「4·20」專案第一個查結移交的大案，其時已固定案值19個億、確認偷逃稅款12個億。
審理組接案後，在定罪到人方面做了大量工作。查私且隨案移交犯罪嫌疑人24人，經補充取證、固定證據，移送檢察院起訴時，以法人走私起訴開元外貿，以走私普通貨物罪起訴到案罪犯10人。這10人中包括了開元公司的領導層中的副總經理陳黎崗、黨支部書記蔣均生、總經理助理兼業務5部經理李瑛、財務部經理李衛華，以及保稅部、子公司的經理和具體責任人員。可以說，開元外貿「一班人」被一網打盡。