趙新先在很長一段時間裡，沒有思考過這個問題。1998年，國有企業改革進入攻堅階段，產權明晰化試驗一度受到默許，不少企業都開始嘗試經營層MBO，南方的TCL、美的等企業先行一步完成了產權改造。對此，趙新先表現得很無所謂，對前來採訪他的記者說：「三九是我做大的，MBO多此一舉。」到後來，他開始意識到產權的重要性，但也僅僅輕描淡寫地一句：「這個問題我考慮沒有用，這要我的『婆婆』去考慮才行啊。」1998年底，中央下達軍商脫鉤的命令，三九與解放軍總後勤部脫鉤，歸口中央大型企業工委管理；到2003年，國務院成立國有資產監督管理委員會，三九作為中國直屬187家企業之一，轉屬其管理。隨著「婆婆」的變更，趙新先在產權改造上的主動性漸漸變得越來越小。
當2003年秋天的財務危機總爆發的時候，趙新先突然覺得這是一個可以利用的機會。
他算了一筆賬：「三九發展到今天，上繳給國家的利稅是40多個億，上繳給銀行的利息是30多個億，上繳給上級將近10個億。這個數字跟三九在銀行的貸款數字相近，都在80億元左右。」由此，他提出了兩個要求：「一是實現出資到位的問題，解決50億元淨資產的最終歸屬；二是完成股份制改造，建立規範的法人治理結構，最終完成激勵機制和監督機制的完善。」在一次媒體訪談中，當有記者提問「三九如何走出困境，繼續去完成整合中國中藥產業的使命」時，他直截了當地回答道：「不把我的產權問題解決好，三九就沒有辦法去整合這個產業，只有三九把產權問題解決了，它才有整合的力量、整合的動機。」
2004年3月，在北京召開的全國「兩會」上，作為全國政協委員的趙新先在接受中外記者採訪時，再度把矛頭直指國資委。他說，國資委管轄的中央企業裡，存在著部分這樣的企業，即國家並沒有投入資本金，企業是靠向原來的上級單位借款發展起來的，不僅在當初的兩三年內還清了借款，而且向上級上繳了相當於借款數十倍的利潤，這樣的企業雖然歸屬國有企業，但國家早已沒有了實際的、直接的資本金投入。因此，作為國有資產的代表機構，國資委應當擔負起企業股東為獲得發展的流動資金增加投資，投入新的資本金的職能。
趙新先的這些言論其實是拿他的職業生命當了賭注。他大膽逼宮國資委，無非想達到兩個目的：其一，國資委擔負起出資人的職能，對三九注資50億元，這樣，銀行逼債風波自然化解；其二，國資委同意三九進行股份制改造，那麼他及其團隊就可以順勢成為三九的真正主人。這兩個目的無論達成哪一個都是令人滿意的。而他之所以敢於如此動作的原因是，三九自創辦以來一直由他掌控，從人事、財務到產業沒有第二人了然全盤，如今亂局如麻，除他之外何人敢接、誰人能解？
然而，事態的發展並非如他所願。果不其然，就在北京「兩會」期間發言的兩個月後，5月16日，國資委黨委書記李毅中親赴深圳，突然宣佈免去趙新先三九企業集團總經理、黨委書記職務。其公開的理由是，國資委管轄的幹部60歲必須退休，而趙新先已經63歲了，離職退休是正常的。他同時給予了趙新先很高的評價，稱他「40年如一日，為我國的醫藥事業，為三九企業集團的發展，作出了突出貢獻」。
趙新先的經歷再次證明，企業家是一個多麼殘酷的職業。
1995年，正如日中天的趙新先作為特聘兼職教授，受邀參加清華大學經濟管理學院的元旦座談會。時任國務院副總理兼經濟管理學院院長的朱鎔基對他說：「你放心，即使南方藥廠垮了，我還要請你當教授，為什麼？因為你可以從這裡總結經驗，企業是怎麼垮的。當然我不希望垮。」此言悠悠，竟藏無窮憂慮。
2004年10月，一直深受趙新先重用的三九集團副總裁、年僅43歲的陳重因病猝亡，在清理他的辦公室時，發現數額巨大的不明存款；隨後，審計署介入對三九的審計事宜，集團副總裁榮龍章、三九廣州醫院院長崔崇林、三九生化總經理張欣戎、三九汽車公司經理陳達成、三九工程公司總經理林長興等相繼被「雙規」或通緝。種種跡象表明，這些三九重臣們的問題都與趙新先有絲縷牽連。
根據後來的信息披露，趙新先涉嫌「向境外轉移資產」。香港特別行政區公司註冊處提供的資料顯示，三九在香港註冊了50多家公司，其類別均為「私人公司」，趙新先出任多家公司的董事長；而且在三九健康城等項目中，有數億元資金不知去向。香港科技大學郎鹹平教授在研究了三九的財務狀況後，總結了趙新先的「撈錢六招鮮」：截、借、墊、套、挪、賴。
除了資金上的違法行為外，《財經》雜誌則另外給出了一種觀察的結果：趙新先被突然宣佈退休後，其繼任者一直難以開展工作。一方面，三九的各項業務均出現崩塌跡象，用「一地雞毛」來形容一點不為過。號稱投資數十億元的健康城因土地審批問題胎死腹中，連鎖藥店項目難以為繼，最後不得不以區區400萬元的低廉價格轉讓。2005年5月，三九集團將其所持有的三九發展和三九生化的國有法人股，分別以3500萬元和2.05億元的價格出售給浙江、山西的兩家民營企業，從這兩家上市公司中徹底退出，所謂的「三九系」宣告瓦解。到秋季，有媒體報道，龐大的三九集團共有500多家企業，從總公司到分支公司共分五級管理，到第三級公司大多已出現鳥獸散的失控局面。另一方面，面對如此複雜、艱巨的重組工作，趙新先的一些舊部仍佔住「小山頭」不放，並且相信趙新先能再度復出。在此情形下，有關部門果斷出手將趙新先「拿下」。
無論如何，原本以為能安全著陸的趙新先在退休兩年多後又成了焦點人物。
趙新先被捕的經過是這樣的：
2005年11月19日，趙新先去北京頤和園遊玩，那天他的心情不錯，一路上讓家人拍了不少照片。在出園的時候，幾名警察攔住了他。第二天，趙新先出現在南方的深圳梅林看守所。它位於筆架山西南側一個很冷僻的山坳裡，四周長滿細高筆直的桉樹和碩大樹冠的荔枝樹。趙新先被關押在一間只有幾個平方米的囚室裡，囚室的窗口很高，踮著腳往外望，瞧得見南方浩瀚的星空。從這個地方向東走1000多米，再拐一個彎，就是當年趙新先睡過狗棚的地方。
從狗棚到囚室，趙新先走了整整20年。
【三九大事記】
1985年8月7日，趙新先率14人上深圳筆架山，創辦南方藥廠。
1988年，趙新先首創出租車燈箱廣告和明星代言廣告。南方藥廠實現產值18億元，利稅４億元，居全國500家最大工業企業的第82位。
1989年4月，解放軍總後勤部向全軍作出了《關於向趙新先同志學習的決定》。9月，趙新先被國務院授予「全國勞動模範」的稱號。
1992年9月，朱鎔基視察三九集團。趙新先的「一人機制」轟動全國。
1995年5月1日，在美國紐約曼哈頓時代廣場，豎起了第一塊中國公司的廣告牌——「999三九藥業」的霓虹燈廣告。
從1996年到2001年，三九出手併購了140多家地方企業，平均每個月併購2家，迅速擴張成全國最大的中醫藥企業，總資產猛增到186億元。
2000年，三九集團的旗艦公司「三九醫藥」上市，同時併購江西和上海的兩家上市公司，趙新先成為國有企業資本運作的第一人。
2000年4月，創辦號稱全國最大醫藥健康網站999健康網。到2003年，三九名下共有13個公眾服務網站和29個企業網站。
2001年8月27日，三九在猝不及防的情況下遭到中國證監會的警告。中國證監會公開通報批評三九大股東及關聯方佔用上市公司資金超過25億元，占公司淨資產的96％。通報還公開點名譴責趙新先。
2002年，趙新先提出在國際和國內兩大戰線同時出擊，分別實施「麥當勞計劃」和「沃爾瑪戰略」，後都中途夭折。
2003年5月，曼哈頓時代廣場上的廣告牌被悄然拆除。9月28日，媒體刊文《98億貸款：銀行逼債三九集團》，三九的資金危機全面爆發。
2004年3月，北京召開全國兩會，全國政協委員趙新先大膽逼宮國資委，聲稱：國有出資人是存在的，但卻沒有實際出資。他要求國資委為三九注資50億元，或讓三九產權明晰化。
2004年5月16日，國資委黨委書記李毅中親赴深圳，突然宣佈免去趙新先的一切職務。
2005年，擁有500多家公司的三九集團呈現失控局面，「三九系」宣告瓦解。11月19日，趙新先涉嫌經濟犯罪，在北京被拘捕。
趙新先出局後，三九重組成為眾多重量級企業爭奪的目標。上海實業集團、復星集團、德意志銀行、華潤集團和新世界集團等參與競爭。2007年3月，國資委決定，由央企華潤集團重組三九。
【後續故事】
趙新先一直被關在看守所裡，從未被投入監獄。2007年6月27日，他因「國有公司人員濫用職權罪」，被深圳市羅湖區人民法院一審判處有期徒刑一年零九個月。由於抵扣羈押時間，趙新先的刑期至2007年9月20日到期。也就是說，只要他認罪，在宣判兩個月後就可以獲得自由。面對一審判決結果，他「在綜合考慮之下」，決定不上訴。
一年後，趙新先以顧問身份加盟南京小營藥業集團。該集團前身為南京小營製藥廠，隸屬南京軍區空軍司令部，於2005年被永泰投資控股有限公司採用溢價方式收購改組。此外，他還受聘擔任深圳清華大學研究院中藥、天然藥物研究中心主任。
據熟悉他的人稱，趙新先一直「心有不甘」。他認為，自己當年以不到5億元的價格買入大龍健康城項目，並因此獲「濫用職權罪」，而到2009年地價已升至20億元，「足證這一決策的正確」。趙新先自稱是「中國最老的農民工」、「三無人員」。因為軍轉民銜接不暢，趙新先的退休手續一直辦不下來，沒有退休金、醫療保險，沒有產權房，還在深圳住著三九集團的職工宿舍。年近70歲的趙新先在大連尚有九十高齡的父母，自謂仍須打工以盡孝養。
沒有了趙新先的三九醫藥卻呈現完全不同的命運。在被央企華潤集團重組後，公司更名為「華潤三九醫藥股份有限公司」。2008年，華潤三九獲評中國上市公司價值百強企業，被列入滬深300指數、深證100成分指數。2009年，公司實現營業收入48.53億元。
【八方說詞】
趙新先的「撈錢六招鮮」
無節制的擴張、急速膨脹的債務和迅速上升的成本，無可避免地導致「三九系」資金鏈的緊張。為了解決資金的困境，趙新先通過三九集團旗下的3家上市公司進行資本運作，所用手法並非獨創，但是其動作之大膽、視法規及股東利益為無物則非常罕見。財務專家郎鹹平將之總結為「撈錢六招鮮」，六招分別是：截、借、墊、挪、套、賴。
截字訣——直接截流上市公司從市場上融資所得的資金。2001年10月，深圳證券交易所公開譴責三九醫藥大股東三九集團佔用上市公司資金25億元。三九醫藥從股市實際募集資金16.7億元。25億元是16.7億元的1.5倍，相當於三九醫藥淨資產的96％，這意味著三九醫藥的資金幾乎被全部佔用，只剩下一個空殼。
借字訣——三九集團向下屬上市公司借錢，往往有借無還。根據三九醫藥2002年的財務年報，集團累計向它拆借了21.9億元的資金，還讓它為另外一家三九數字健康管理有限公司「代墊費用」近4900萬元。