1996年，全國的國有企業改革進入最艱難的時刻，在民營資本及跨國資本的雙向夾擊下，深受體制之困的國有企業在很多領域裡都出現了集體潰退的現象，不少地方財政已經無力支撐沉重的包袱。於是，「國退民進」成了現實的策略，出售或併購國有企業原本是一種被禁止或不受提倡的行為，現在也成了最可選擇的出路，各地政府紛紛推出老企業改組、嫁接的新政策，企業併購風起雲湧。正在擴張興頭上的趙新先無疑看到了這一趨勢。他在企業高層會上說：「社會上這麼多的資產閒置，是三九下山摘桃子的大好機會，千萬不能錯過，過了這個村，就沒了這個店。」很快，三九擬訂了大規模收購兼併的戰略。
三九第一次「下山摘桃子」就非常成功。四川的雅安製藥廠是國內生產中藥針劑最早的廠家之一，到1995年底，這家老牌國有企業已經到了山窮水盡的地步，全年產值只有1000多萬元，利潤僅2萬元。趙新先在一次出差中發現了這家企業，當即拍板投資1700萬元予以收購，並委派最得力的幹將入川經營。雅安廠的針劑貼上三九的品牌，通過三九的營銷網走向全國市場，一年後產值就達到了1億元，實現利稅2000多萬元。併購效應之顯著，出乎所有人的預料。
收購雅安的成功經驗頓時讓趙新先雄心萬丈。他認為，國有老企業的所有痼疾都是由體製造成的，只要將三九的機制和品牌注入，再加上適度的啟動資金，完全可以讓它們一夜之間鐵樹開花。1996年底，三九召開雅安經驗學習會。會後，趙新先宣佈成立三九投資管理公司，委派60多名幹部，奔赴全國各地，專事收購兼併工作。
筆架山上號令一響，一彪人馬浩浩蕩蕩衝下山去。在當時國內，三九品牌響徹天下，舉目四顧，像它這樣既有國有企業的正宗血統，又有資金、品牌和銷售網絡者，幾乎沒有幾家。把企業交給三九，不但能夠得以救活，而且沒有賤賣國有資產的嫌疑。因此，趙新先每到一個省，書記、省長必出面接待；到了市裡，更是驚動五大班子集體迎送，各地媒體更是追蹤報道，熱烈捧場。一些偏僻地方的企業聽說三九開始大併購，便千里迢迢地跑到深圳三九總部要求兼併。河南蘭考縣一下子就把7家企業都「送」給了三九；在西部某省，一個酒廠的廠長下跪懇請趙新先「吃」掉他的工廠。
趙新先併購企業，主要有3種方式：第一種是「承債式」，三九把企業的資產和債務全部打包吃下來；第二種是「控股式」，三九出一部分資金成為企業的控股方；第三種是「托管式」，只管經營，不承擔債務，從增長的效益中分成。總體而言，三九的併購成本非常之低。趙新先最倡導的併購理念是「輸出機制不投錢」，也就是說，當地政府把企業送給三九來管理，再搭上一大部分的股份，三九付出的是「三件寶」：機制、品牌和渠道。湖南的郴州藥廠是趙新先常常用來做宣傳的例子。這家老企業是婦科中藥生產基地，多年來獲得的藥品批號有50多個，可其經營卻一塌糊塗，在被三九兼併前，年年虧損，資產負債率高達99％。趙新先兼併該廠後做的第一件事情，就是給每個職工分送一本他主編的《論三九機制》，班組學習討論兩個星期，然後在企業內推行「幹部能上能下、職工能進能出、工資能高能低」的市場化管理，藥廠的產品也貼上三九的商標，進入三九的銷售渠道。1年後，藥廠實現產值2200萬元，創造利稅300多萬元。很顯然，這樣的案例跟雅安經驗一樣實在太富有戲劇性，足以讓所有的地方官員們怦然心動。
在外人看來，三九的一次次攻城略地無疑是輝煌而炫目的。通過併購式的擴張，三九的產品從沖劑向針劑延伸，從消化類中藥擴充到抗癌類、婦科類等多個門類，儼然已構成了一個中藥帝國的雛形。1999年9月，躊躇滿志的趙新先出席《財富》全球論壇上海年會並發表演講，暢談中醫、中藥是中華民族參與世界競爭非常有潛力的資源和最優秀的文化品牌。他提出，三九將用5年時間建成世界上最先進、最大的植物藥生產企業，用10年時間把集團建成亞洲最大、最強的綜合型製藥企業，用15年的時間進入世界500強的行列。美聯社記者問：「趙先生，您的演講是一個腦子裡的藍圖，還是戰略目標？」趙新先用軍人般的口吻堅定地說：「是一定要實現的戰略目標。」在那次論壇上，他見到了自己的偶像——GE的傑克·韋爾奇。後者在回到美國後評論他所見到過的中國企業家時說：「他們好像是在演戲。」
從1996年到2001年，三九出手併購了140多家地方企業，平均每個月併購2家。其中，承債式占45％，控股式占35％，托管式占20％。就在這種跑馬圈地式的瘋狂併購中，三九集團迅速擴張成全國最大的中醫藥企業，總資產猛增到186億元，所屬企業遍及全國，形成了醫藥、汽車、食品、制酒、旅遊飯店、商業、農業和房地產八大行業，其旗下甚至包括一家華南地區最大的夜總會。
2002年，三九廠慶，趙新先吩咐重新裝修廠史陳列室。設計人員在陳列室的入口處，放置了一艘航空母艦的模型，軍艦的甲板上放了56架飛機，它們分別代表了集團直屬的56家二級子公司，在它們的旗下則還有上百家三級、四級公司。趙新先對這個創意十分滿意，每有貴客來，他必在軍艦前一一介紹。他說：「這就是中國中藥產業的航空母艦，我們要讓飛機達到100架。」到他退休之前，飛機最多的時候為98架。
發生在20世紀90年代中後期的那場國有企業併購浪潮被認為是「最後的晚餐」，很多國有企業經營者乘機將企業廉價改造，佔為己有；有些人則上下其手，通過倒賣企業牟取暴利；也有一些企業則在這次浪潮中順勢而上，低成本地擴大了企業的規模。三九在併購中，便享受到了一系列的優惠政策，如掛賬免息、低息貸款，以及低價獲得土地等等。然而，在「摘桃子」的過程中，由於趙新先太過於心急，因此，也盲目地吃下了很多「爛桃子」。它們看上去是免費的，但是要真正消化它們卻耗費了三九很大的資源，有相當一部分最後還是拯救無術。1997年，三九以承債的方式兼併了太原洗滌劑廠，幾年經營下來始終重振乏力，並且與地方政府的關係也搞得越來越緊張，最終在這個項目上虧損7000萬元。此外，三九在蘭考的項目也虧損了5000萬元，鄭州的少林汽車項目虧損6000萬元，邯鄲啤酒項目虧損1500萬元，財務糾紛官司更是多達數十起。
據數據統計顯示，三九在醫藥行業內的併購成功率高達70％，而非醫藥行業則大半以失敗告終。擴張之初，企業的負債率為19％，而到1998年時，負債率卻已高達80％。在第一次擴張中，三九看上去變得兵多將廣，勢力遍及全國，但是沒有關聯度、缺乏整合的併購戰略其實已經埋下了十分危險的種子，它日日都在消耗三九的資本和品牌影響力。
第二次擴張：僅次於德隆的大鱷
正當趙新先宣誓打造全球第一中藥企業的時候，中國企業界的生態突然發生了變化。從20世紀80年代以來，實業型企業家一直是業界的主角，在家電、食品及醫藥領域湧現出了一大批善於運作、精於管理的企業家。然而，隨著互聯網的興起及資本市場在中國的甦醒，另一類型的企業家忽然成為新寵，他們更加年輕，更加善於運用資本這個放大器，同樣是白手起家，卻能在更短時間內完成財富的積累。面對這一勢不可當的商業潮流轉變，年近六旬的趙新先並沒有茫然失措。相反，他在資本市場和互聯網兩大領域中，都表現得異常激進。
2000年4月，三九集團的旗艦公司「三九醫藥」以「000999」的代碼在深圳證券交易所上市，國家藥品監督局副局長親自為股票上市敲槌開市，股票開盤當日昇幅為177.5％，募集資金近16.7億元，風光一時無二。
幾乎同時，中國證監會批准江西的一家上市公司宜春工程正式更名為「三九生化」。宜春工程是一家主營輪式裝載機及其配件的企業。它於1996年上市，3年後陷入經營困境。趙新先在四處併購的時候瞄中了它。三九購買了其上級公司手中持有的國有股，成為宜春工程的第一大股東，通過一系列的投資、重組，使其搖身一變為一家以生物製藥為主的上市公司。
同年11月，趙新先再度出手，他收購了上海膠帶股份有限公司29.5％的股份，成為該公司的第一大股東。膠帶股份於1992年在上海證券交易所上市，是有名的「老八股」之一，其主營業務是輸送帶、三角帶及其他橡膠製品。趙新先得手後，對其進行重組，使其變成一家主營生物基因工程藥物的上市公司。2003年，該公司更名為「三九發展」。
趙新先在不到1年的時間裡，強勢出招，一舉成為3家上市公司的主人，無疑稱得上是國有企業資本運作的第一人。在當時的資本市場上，只有唐萬新的「德隆系」同時控股了湘火炬、新疆屯河及合金投資3家上市公司。在一次與媒體記者的交談中，趙新先不無得意地說：「在資本市場上，三九的表現僅次於德隆。」
事實正是，趙新先僅用1年時間，就為三九構築了一個十分讓人眼紅的資本平台。在三九醫藥上市的同時，三九還獲得特許，注資3.08億元成立三九深圳金融租賃有限公司。這是國內最早由實業型企業發起並控制的金融租賃企業，它為三九的融資及併購提供了一個十分優越的管道。2001年3月，在公司的一次戰略決策會議上，趙新先更是進一步提出了培育10個上市公司的設想。他認為，三九在各地併購的很多企業，通過重組包裝，都具備了上市的條件。
跟草莽出身的新疆企業家唐萬新相比，趙新先有太多的優越條件。他併購上市公司，不必像地下老鼠那樣躲躲藏藏見不得人。作為一家大型國有企業的當家人，他的任何商業活動都代表了國有資本的利益，因而受到方方面面的關照和優惠；他的資金來源也沒有唐萬新那樣緊張，銀行的大門是朝著國有企業開的，尤其是三九這種效益良好的國有企業，無論哪個銀行都隨時願意為三九貸款——有一次，趙新先抱怨說，都是因為銀行不知節制地提供貸款，才讓三九的負債率越來越高。它有一個太成功的產品和品牌，所有的投資故事聽上去都是那麼的合理和富有想像空間。與趙新先形成鮮明對比的是，民間身份的唐萬新沒有顯赫的資本背景和如此寬鬆的運作空間，因而他不得不更加善於投機，不得不更加狡黠和兇猛，不得不去構築一個更加複雜而龐大的融資平台。因為資本屬性的不同，作為資本市場上國有和民營資本的代表性人物，趙新先和唐萬新的表現風格迥異，他們對中國資本市場的理解也完全不同。
趙新先有很深的實業情結，這也是他跟呂梁乃至唐萬新等股市莊家們最大的不同。三九在資本市場上所宣稱的項目，基本上都有投資和經營的痕跡，而不像其他資本炒家那樣不知羞恥、信口開河。趙新先曾透露，「德隆系」、「中科系」都曾經跟他接觸，希望聯手炒作高科技概念，而他在再三思考後都沒有答應。唐萬新因此曾嘲笑他說：「老趙是資本市場上的八旗子弟。」意指他家境顯赫、資源眾多而不知「利用」。