谷牧回憶說：「我滿心期望，這些問題經過討論後，能得到明確指示，以便具體辦理。哪裡想到，會議只開了半天，下午就停開了。」停開的原因是，鄧小平、李富春被緊急電召到杭州開中央政治局會議，國務院副總理、人民解放軍總參謀長羅瑞卿大將突然被「打倒」了，政治氣氛變得緊張起來。回到北京後，谷牧去見李富春，說：「昆明那個會什麼時候再接著開，有許多問題等待著解決呢！」李富春沉默片刻，慢慢地說：「這樁事可能一時顧不上了。」
後來的事實是，「這樁事」從此再也沒有被顧上過。
在對三線建設進行歷史性審視時，還有一個十分重要的對比現象值得關注。
自1964年以後，國家把大量資金投入三線地區，從而基本放棄了對東南沿海諸省的投資。據谷牧的回憶，1964年5月底的中央工作會議就決定，「沿海能搬的項目都搬遷，兩年內不能見效的續建項目一律縮小建設規模；對沿海增加建設投資的要求一律頂住」。從此以後，浙江、廣東及福建作為「台海戰爭的前線地區」，再沒有重大的工業建設項目。到1978年之前，這三個省份得到的中央工業投資總共不到100億元，相比較，僅甘肅一省，在三線建設時期就得到了155.53億元的投資。這造成的結果是，東南諸省的國有工業經濟長期徘徊不前，國營管制能力薄弱，民間經濟比例略重。
以浙江省為例，從1964年到1978年的十多年中，工業增加值年均增長率僅為1.8%，工業占國民收入的比重只上升了2.7個百分點。在工業總產值中，中央企業和大中型企業所佔比重僅為2.6%和16%，比全國分別低了4.2和27.4個百分點，其產業結構呈現出「輕、小、集、加」（輕工業、小企業、集體工業和加工業）的特徵。到1978年初，浙江的非國有工業已佔到全部工業總產值的38.7%，居全國之首。
1961年被趕回蕭山老家的魯冠球就是草根創業的典型案例。他後來回憶了自己在那段時期的經歷：
修自行車的生意很清淡，他看到家家吃大麥、小麥都要剝外面的殼，就聯合幾個人搞了一個糧食加工廠。雖然他們是農村加工服務社的社員，但個體經濟那時很不好搞，工廠要用電，但沒人給接。這裡剛接上，那裡又被拔掉。6年裡，他的工廠換了7個地方。糧食加工做不好，他又去修自行車，修車做不下去，他去給農民做爆米花用的設備。
再後來，不允許搞個人工商業，魯冠球把所有的家底一共是1150塊錢盤點好，連同賬本、印章全部交給大隊，然後領回來一塊公社大隊農機修配廠的牌子，這樣算是搞集體工業了。資產歸公後，他做的東西比以前多了起來，開始為錢塘江工程管理局服務，生產鐵路上小軌道的零部件。這樣一干又是三年。1969年的一天，一位在縣城當幹部的鄰居告訴他，中央發了一份文件，說每個大隊可以搞一個人民公社農機修配廠。魯冠球馬上打了報告，加入人民公社，工廠改名成寧圍公社農機修理廠。這時他已經有了4000多塊錢。很多年後，魯冠球就把自己的創業之年定在了1969年。
在江浙一帶，像魯冠球這樣的工廠小作坊並不少見，它們如野草般自生自滅，在當時微不足道。誰會料到，在改革開放到來的時候，它們竟意外地成了體制優勢者。為了發展地方經濟，「手中無米」的沿海各省政府被迫依賴民間力量，而國有資本的羸弱，反倒為民營企業預留了成長的縫隙。相反，大型國營企業集中的東北、華北乃至三線各省，則首先要化解體制上的困擾，昔日的「投資重點」竟成了改革的「包袱」。此消彼長，斗轉星移，這種極富戲劇性的優劣勢轉化，十分耐人尋味。
如果說，從「吃穿用計劃」到三線建設的戰略轉變讓中國工業經濟的格局再次發生變數，那麼，就是在1964年，理論界也出現過一股重新認識價值規律的思潮。這似乎意味著，儘管包產到戶的試驗在1961年底被打壓了下去，但是，對計劃經濟的反思卻從來沒有停止。
打開頭炮的是中國共產黨的早期最高領導人之一張聞天（1900~1976，曾用名「洛甫」），他是1925年入黨的老黨員，曾在20世紀30年代當過中華蘇維埃共和國人民委員會主席，一度主持中央日常工作。建國之後，他曾出任駐蘇聯大使，後被罷官，到中國社會科學院經濟研究所當了一名「特約研究員」。1964年2月，時年64歲的張聞天寫出《試論社會主義商品貨幣關係和價值規律的新內容》一文，鮮明地提出了新價值規律——積極倡導在社會主義社會中搞自由競爭。
張聞天的文章顯然鼓勵了其他的思考者。5月，時任全國物價委員會主任的薛暮橋寫了三篇關於價格問題的論文，提出糧食價格的購銷倒掛問題，建議提高農村中返銷糧的銷售價格，提高到購銷拉平，以此為突破口，理順已呈僵化態勢的物價體系。他日後回憶說：「我一直認為，在物價的計劃管理體制下，價格往往背離價值，不利於調節各類產品按比例發展，達到供求平衡。我主張必須對物價進行調整。」6月，薛暮橋的論文在經濟所進行了討論，會上，孫冶方和顧准都贊同他的觀點，顧准還專門寫了《糧價問題初探》一文，主張提高糧價和煤價，降低人民幣對外匯率。此外，楊堅白、張卓元及何建章等人也紛紛發表論文，主張以資金利潤率作為評價社會主義經濟活動的標準，以生產價格為基礎定價。這些思想都聚焦於生產和流通領域的計劃性弊端，市場和價格的自由化成為焦點。
進入秋天，這股市場化的思潮受到了批判，極左理論家陳伯達、康生（時任中央書記處書記）組織了多場座談會，對這些觀點進行「清剿」。在這一過程中，孫冶方被鎖定為最主要的批判對象，他是經濟所的所長，而「自由化」言論大多出自該所。在過去的幾年裡，孫冶方不但保護了顧准、張聞天等人，還先後寫了20多篇論文，論述計劃經濟與價值規律的關係，如《要用歷史觀點來認識社會主義社會的商品生產》、《論價值》、《社會主義計劃經濟管理體制中的利潤指標》等。1962年，孫冶方與陳伯達就一些經濟概念發生了書面爭執，孫冶方認為，不應該在計劃供應與憑證供應之間畫等號，不要把集貿市場叫做「自由市場」。1963年底，孫冶方還在中科院哲學社會科學部委員會擴大會議上，專門作了一次關於利潤問題的演講。據經濟學家劉國光的回憶，在演講前，有年輕學者勸孫冶方別講了，提醒他說：「你講利潤，人家會說是修正主義。現在還是不講為好，風聲已經這麼緊了。」孫冶方淡淡地答：「風聲是什麼？我不是研究氣象學的。」
雙方矛盾在《紅旗》雜誌社組織的一場座談會上全面激化。
在這次會議上，楊堅白、張卓元撰寫的《生產價格論》等兩篇論文遭到點名批判，發言者的調子越唱越高，「帽子」越扣越大，氣氛十分緊張。孫冶方被點名務必參會，但沒有安排發言。這時，坐在一角的他實在按捺不住，站起來大聲說：「不要再批他們了，文章觀點是我的，我來承擔責任！我應戰，我喜歡赤膊上陣。」
接著，孫冶方操著一口濃重的蘇南口音論述自己的觀點：「許多國家，包括中國，從蘇聯承襲了一種觀點，這種觀點認為，價值規律與社會主義計劃經濟是對立的，相互排斥的，這種觀點幾乎已經形成了一種規範模式，嚴重束縛了人們對客觀經濟規律的認識和探索……」
有人當即質問：「請問，你宣揚的規律是什麼？」
孫冶方答：「千規律，萬規律，價值規律是第一條！」
會後，楊堅白與孫冶方一起出門，楊堅白悄聲說：「這是批我嘛，你何必站起來報名呢？」孫冶方說：「他們是醉翁之意不在酒，文章觀點是我的，我來承擔責任。」
10月，陳伯達和康生派出70人組成的工作隊進駐經濟所，以「張（聞天）、孫（冶方）反黨聯盟」的罪名對孫冶方進行批鬥。孫冶方被批判的觀點主要有兩個：一是反對無產階級國家統一管理經濟，主張企業獨立自治；二是反對按社會需要調節生產，主張以利潤調節生產。因此，孫冶方的經濟觀點的實質就是「使社會主義和平演變為資本主義，是徹頭徹尾的修正主義理論」，他被判定是「中國最大的修正主義者」，撤銷黨內外一切職務，每天打掃廁所，刷洗痰盂，在其後的一年內被批判39場。
孫冶方因此成為建國後第一個被公開點名批鬥的著名經濟學家。這個倔強的蘇南人卻不肯低頭認罪。他寫出了一份又一份檢查材料，進一步清晰地闡述自己的觀點，工作組對他的評價是「抗拒黨和群眾對他的原則批評，態度十分驕橫」。1965年9月，他被下放到北京城郊的房山縣周口店公社大韓集大隊進行勞動改造。
孫冶方的朋友們也紛紛遭殃，張卓元、桂世鏞等人被認定是「張、孫反黨聯盟」的「八大金剛」，一直受到他庇護的老「右派」顧准這次自然也是在劫難逃，他被隔離審查，掛牌批鬥，然後同樣送到周口店勞動改造。在日記中他很內疚地寫道：「我更進一步猜測，孫冶方的問題是任用我這個右派分子而引起的，我這個人，到哪裡都要害人，這回又害了這個老朋友，覺得很對不起他。」顧准的愛妻汪璧為了替五個子女著想，提出與他離婚，在給顧准弟弟陳敏之的信中，她說：「只要顧准有一天脫掉右派帽子，就可立即復婚。」可惜，她與顧准都沒有等到那一天。
發生在1964年的這場關於價值規律的思潮，是1978年之前的最後一次「迴光返照」，它很輕易地被擊潰了。而隨後展開的批鬥，事實上也成為即將拉開序幕的「文化大革命」的前哨戰。
1965年11月10日，正在周口店公社的菜地裡一起澆糞抬土的孫冶方和顧准從上海《文匯報》上讀到了一篇題為《評新編歷史劇〈海瑞罷官〉》的長篇評論，作者為姚文元。它十分罕見地點名批評北京市副市長、歷史學家吳晗。這是一篇充滿了不容辯駁的「革命」口吻的討伐性雄文，而批判吳晗的首要事實就是一個經濟話題——退田。
吳晗在《海瑞罷官》一劇中，主要講述了明代清官海瑞在出任應天巡撫期間，針對當時豪強地主大肆兼併土地，佃農深受剝削的現狀，採取了退田分耕的政策，此舉受到豪強抵制，海瑞以「罷官」來推動改革。姚文元寫道：戲劇衝突圍繞「退田」展開。雖然吳晗同志在序言中自稱劇本「改以除霸為主題」，但實際上冤獄是從占田開始，「除霸」、「平冤獄」的行動也是圍繞著「退田」進行的。「退田」被寫成是「幫助窮農民辦法的一種」，作為戲劇衝突最高潮的「罷官」，就是罷在「退田」這件事上……海瑞一道號令，「發出榜文，限令各家鄉官，十日內把一應霸佔良民田產，如數歸還」。退田以後，尖銳的階級矛盾忽然都不起作用了，「眾鄉民」向海瑞叩頭道：「大老爺為民做主，江南貧民今後有好日子過了！」
姚文元用大量的「史實」證明，吳晗對「退田」的描寫是虛假的，海瑞的改革政策只對小地主和富農有益，是「地主階級內部的矛盾」。緊接著，他的筆觸很快銜接到了幾年前的包產到戶：大家知道，1961年，正是我國因為連續三年自然災害而遇到暫時的經濟困難的時候，在帝國主義、各國反動派和現代修正主義一再發動反華高潮的情況下，牛鬼蛇神們刮過一陣「單干風」、「翻案風」。他們鼓吹什麼「單干」的「優越性」，要求恢復個體經濟，要求「退田」，就是要拆掉人民公社的台，恢復地主富農的罪惡統治。……《海瑞罷官》就是這種階級鬥爭的一種形式的反映。如果吳晗同志不同意這種分析，那麼請他明確回答：在1961年，人民從歪曲歷史真實的《海瑞罷官》中到底能「學習」到一些什麼東西呢？我們認為：《海瑞罷官》並不是芬芳的香花，而是一株毒草。
在這篇當時十分轟動、日後非常著名的文章中，姚文元創造了一種判斷方式：任何對計劃經濟的反思或推敲，都是階級鬥爭的新動向，是反革命的行為。這樣的霸道邏輯，讓崇尚理性的孫冶方和顧准不寒而慄，直覺告訴他們，此文來頭不小，絕非偶然。一場史無前例的暴風雨正在劇烈而可怕的醞釀中。