自蔡元培倡教授治校制後，北大校長雖為全校最高領導，然而以下4種機關擁有很大權力，即管立法的評議會，管行政的行政會，管教務的教務會和教務處，以及管事務的總務處。其中評議會的權力最大。馬裕藻是校評議會成員，因此有權力積極參加校務管理。他自然是鼎力協助蔡元培在北大實行教育改革的，為此周作人曾經回憶說：「馬幼漁性甚和易，對人很是謙恭，雖是熟識朋友，也總是稱某某先生。這似平是馬氏兄弟的一種風氣，因為他們都是如此的。與舊友談天頗喜詼諧，唯自己不善劇談，只是旁聽微笑而已。……他又容易激怒，在評議會的會場上遇見不合理的評論，特別是後來『正人君子』的一派，他便要大聲叱吒，一點不留面子，與平常的態度截然不同。」
周作人畢竟是他的老朋友，知道馬裕藻性格中的冰火兩重天。一方面別人可以開他的玩笑，他只管微笑謙恭，另一方面他又是極容易激怒的，會大聲叱吒，一點不留面子，與平常的態度截然不同。周作人附逆之後就嘗到了這位老朋友的脾氣，他一次次上門，要拉他下水，馬裕藻則讓兒子對周作人說：我不認識你，給他吃了閉門羹。據說，在他任系主任時，家裡有個年輕人要報考北大。有一次，不知是有意還是無意探問馬裕藻：「不知道今年國文會出哪類題？」馬裕藻頓時大怒：「你是混蛋！想叫我告訴你考題嗎？」
實際上，看20世紀初當時的文化人如何行事，只要看他們對五四運動的態度，就最清楚的了。馬裕藻在五四運動的風口浪尖上，對愛國學生可以說是稱得上一意孤行地支持，絕不妥協的。1919年5月4日，北大學生火燒趙家樓，當局命軍警鎮壓，北大學生30餘人遭逮捕。蔡元培於5月9日憤然辭職離京。第二天，馬裕藻等4人就作為北大教師代表前往教育部請願去了，表示如蔡不留任，北大教職員「即一致總辭職」。一個多月之後的6月22日，馬裕藻又作為北京教職員聯合會、學生聯合會、北大師生以及教育部的代表，和湯爾和、熊夢飛等人，趕到杭州，親自迎接蔡元培回京復任。
面對強權與血腥統治，馬裕藻數次和魯迅先生一起，稱得上是石骨鐵硬寧波硬骨頭。1925年初，北京女師大校長楊蔭榆壓迫學生，排除異己，藉故開除劉和珍、許廣平等6名學生自治會代表，從而引發女師大風潮。為了聲援女師大同學的正義鬥爭，馬裕藻與魯迅等7人一起，簽署了《對於北京女子師範大學風潮宣言》。許廣平後來始終保存這一宣言的鉛印件，並在旁附註：「魯迅擬稿，針對楊蔭榆的《感言》仗義執言，並邀請馬裕藻先生轉請其他先生連名的宣言。」
那個時代的知識分子，其膽識的確讓人大佩服，和反動政府對著干時，一點也不含糊。你狠！你狠我比你更狠！8月6日教育總長章士釗下令解散女師大，十天之後北大評議會決議：章士釗為教育界罪人，北大與教育部脫離關係。又過三天，魯迅、馬裕藻等人就發表了《北大評議員反章士釗宣言》，不承認章為教育總長。當女師大學生們被楊蔭榆、章士釗率領「男女武將」強拉出校，非法解散時，馬裕藻和魯迅、許壽裳等人，「對此暴行，自難坐觀，遂分別組織維持會，以盡國民天職」。一月後宣佈，他們在西城宗帽胡同「覓定校舍，仍照北京女子師範大學原稱及向章，繼續開學，以救官僚之失敗，竟學子之全功」。馬裕藻不僅義務授課，還被推為總務主任，與教務主任許壽裳共同管理校政，直到鬥爭取得完全勝利。
維護正義，挺身而出，將其視為「國民天職」！馬裕藻那怒目金剛的正義形象，何曾有半絲「好好先生」的軟弱。
1927年，轟轟烈烈的大革命中途夭折，北大教授也呈分化趨勢。一些教授如朱家驊、王世傑和學生領袖羅家倫、段錫明等都離校到南京做官去了，另一些教師如許德衍、範文瀾等仍然為維護孫中山的三大政策而鬥爭，馬裕藻雖游離於兩派之間，但濃厚的愛國心和正義感，使其在思想上傾向於進步一側。
魯迅對馬裕藻的為人也十分瞭解，1929年6月1日，魯迅在給許廣平的信中慨然寫道：「南北統一後，『正人君子』們樹倒猢猻散，離開北平，而他們的衣缽卻沒有帶走，被先前和他們戰鬥的有些人給拾去了，未改其原來面目者，據我所見，殆惟幼漁、兼士而已。」
馬裕藻的確稱得上是那種不二法門的人物。1933年，李大釗逝世6年之後，北大同事感李大釗之事跡，相與發起厚葬，13位發起人有：蔣夢麟、胡適、沈尹默、周作人、傅斯年、劉半農、錢玄同、馬裕藻、馬衡、沈兼士、何基鴻、王烈、樊際昌等，這張捐款清單現保存在首都博物館，其中馬氏兄弟赫然在目。
一個人從歷史的風口浪尖，到退出歷史舞台，肯定有著許多特別複雜的原因。比如1934年的4月，北大校長蔣夢麟認為國文系守舊，已成為學校進步的障礙了，準備將該系系主任一職由文學院院長胡適兼任。那果然是馬裕藻守舊了嗎，還是別有他因。看得出來，有人的確對馬裕藻恨之如骨，胡氏弟子傅斯年在1934年5月8日致蔣夢麟的信中說馬裕藻是罪魁禍首，如今惡貫滿盈，宜乘此除之，不必給他一年乾薪和名譽教授的待遇。對一個資深厚道的北大教授用如此惡毒的文字形容，一方面說明胡適這位弟子的狹隘，另一方面也說明馬裕藻以往亦斷非「好好先生」與「沙龍教授」，他是有其鮮明的政治立場的，局外人未必可知，但敵人與真正的朋友卻能知曉他。
系主任馬裕藻免職一事雖遭多人反對，引起了一場軒然大波，最後還是被實施了。那年馬裕藻56歲了，有人評價說馬裕藻辭去系主任職務，便帶著「好好先生」的頭銜從人們視野中消失，即便偶爾被提起，也往往是作為陪襯，歷史幾乎遺漏了這位老人在笑臉背後深藏的躍動姿態。然而在馬裕藻而言，恰如魯迅所言，他仍然是那個不改其衷的關鍵時刻挺身而出的俠士。免職數月之後，1934年8月，國民黨政府在北平逮捕了愛國人士許德珩、侯外廬、範文瀾等，馬裕藻不顧個人安危，立刻與人聯名上書，強烈要求當局立即無條件釋放上述人士，這種氣概，何其勇也，哪裡是一個「好好先生」之所為。
1936年對馬裕藻而言，是悲痛的一年。他失去了他的老師章太炎，又失去了他的摯友魯迅。魯迅逝世，各界敬悼的輓聯甚多，馬裕藻的輓聯，真乃令人回味無窮。其聯云:豫才尊兄千古熱烈情緒冷酷文章直筆遙師菿漢閣；清任高風均平理想同心深契樂亭君。
敬挽上句，表彰魯迅與章太炎的師承關係，太炎晚年，設館講學於蘇州，自稱「菿漢閣主」。下句頌揚魯迅與李大釗的戰友之誼。悼魯迅而又追念章太炎和李大釗，一幅輓聯，痛悼了中國近代革命史上的三位偉人。
生命的晚鐘終於敲響，馬裕藻晚年的家國生涯，可說是與國難當頭的時局緊密結合在了一起。抗戰起，北大、清華、南開三校師生相繼南下，而校地、房子和大批圖書、儀器留在北京，同時留在北平的，還有四位因身心或家庭等因素沒有隨國民黨政府遷移的留平教授，他們正是周作人、孟森、馮祖荀和馬裕藻。
北大教授吳曉鈴先生曾經回憶道：「馬幼漁(裕藻)先生在學術界居五馬之首，在日本時曾和魯迅先生同師章太炎。我在離開北平時去向他辭行。他用古體文寫下了如下幾句贈言：『余病居邊城，遠雲嶺，臨岐恫苦，贈處無言，惟祈曉鈴默識余衷，互相砥勵而已。』真是『滿懷心腹事，盡在不言中』……」
當此強寇入侵，書生想到的首先還是書。馬裕藻的惟一嗜好是收藏古舊書籍。對住房的要求便就有了兩個要求：一是要有足夠的書房，至少要有三四間，室內四周都是大書架，還有大書桌。再一是離北大要近。馬裕藻除了上課以外，就是總在他的書房裡。他的藏書大多是用朱紅標點過的。讀書備課，這是他一生最大的樂趣。空閒時他就到琉璃廠書肆去選購。時間長了，書店老闆們都摸熟了他搜羅的範圍，遇到合他胃口的書就主動送去。而今強虜來侵，馬裕藻不願他心愛的書籍散落敵手，分裝了幾十個大木箱，存到孔德學校的書庫裡。
1937年7月29日，北平淪陷，馬裕藻隱姓埋名，住在北京一條小胡同裡，足不出戶在家讀書，拒絕出山為日寇效勞。沈尹默在重慶曾賦詩形容馬裕藻當時的處境。詩曰：「門外黃塵不可除，從來寂寞於雲居。」短短兩句詩反映了馬裕藻寧願過失業清貧的生活，不願賣國求榮的凜然正氣。只此一件，便可分出他與周作人的雲泥之別。
他與周作人曾經有許多的一樣，他們都是浙江人，都在日本留學，都是章門弟子，都是北大教授，都在國文系教學，都是新文化運動的中堅。國難當頭，他們都是因為種種原因無法離開北平的老人。然而，此時此刻，只有一件事情，就把他們劃到了此岸與彼岸。周作人不但附逆，還從命日本侵略者，數次來找馬裕藻，以舊交之誼，欲請馬裕藻出山任教。當此民族大義面前，馬裕藻讓幼子馬泰拒之門外不見。周作人還來糾纏，最後馬裕藻讓馬泰對周作人說：「我父親說了，他不認識你。」愛國氣節可見一斑。周作人也算是唾面自乾，從此再不曾來，兩人一生友情，自此以馬裕藻毅然斬斷。
馬裕藻是寂寞的，兄弟五人雲集京城的陣容已不復存在，他懷念從前的一切，懷念北大紅樓中的相識，他有一種類似宗教情節的愛國感情，他的學生張中行每次去看他，見面第一句話總是聽他問：聽到什麼好消息嗎？
然而說馬裕藻只是寂寞也不盡然。在日本法西斯白色恐怖統治下，馬裕藻仍與錢玄同、夏康農等幾位知已經常來往。夏康農家裡有一台短波收音機，能聽到抗戰後方的廣播。當平型關、台兒莊大捷的喜訊傳來時，他遣其子齊懷遠邀馬裕藻到他家秘密聽廣播。有一次，同學李君請馬先生寫些字，留作紀念。馬先生沉吟了一會，不好意思地說：真對不起，現在國土淪陷，我忍辱偷生，絕不能寫什麼，將來國土光復，我一定報答你，叫我寫什麼，叫我寫多少我寫多少。
1945年初，67歲的馬裕藻走完了他的人生歷程，在黎明前的黑暗中憂鬱病逝，未能看到抗戰的勝利，未能與當年就回到北京的他的兄弟們團圓。大學者馬裕藻唯一能在此時報效祖國的就是留下遺囑，讓家人在抗戰勝利之後，將他的珍貴藏書21000冊，全部獻給了北大圖書館。