淳於越堅持實行分封制，激怒了秦始皇。秦始皇遂把他交給李斯處理。而李斯審查的結果，卻是非常奇怪：認為淳於越泥古不化、厚古薄今、以古非今等罪狀全是由於讀書尤其是讀古書的緣故，竟建議秦始皇下令焚書。按照李斯的規定，凡秦紀以外的史書，凡是博士收藏的詩、書、百家語等都要統統燒掉，只准留下醫藥、卜筮、種樹之書。此後，如果有人再敢談論詩書，就在鬧市區處死，並暴屍街頭；有敢以古非今的人，全族處死；官吏知道而不檢舉者，與之同罪；下令三十日仍不燒書者，面上刺字，並征發修築長城。毫無疑問這是對中國文化的一次大摧殘。
在焚書的第二年，即公元前212年，秦始皇對書生進行了一次更大的迫害。他竟下令將咸陽的儒生四百六十多人活埋，即為「坑儒」事件。
「焚書坑儒」是中國歷史上的重大事件，不僅給中國文化造成了極大的損失，也是對人類文明的一次極大的污辱，是對人的尊嚴的殘酷迫害。這個事件，固然與秦始皇的暴政主張分不開，但李斯的借題發揮乃至無中生有也確實起了推波助瀾的作用。在今天看來，李斯之所以這樣做，一方面是為了迎合秦始皇的心理，把秦始皇所要做的事情推向極端；另一方面恐怕也是為了從精神到物質上徹底消滅自己的競爭對手，使天下有才之士望秦卻步，李斯也就可以獨行秦廷了。李斯的目的應該說是達到了，但作為學者出身的李斯，竟能這樣背叛文化，殘害文化，實可謂天良喪盡。對這樣的「讀書人」，我們又能說什麼呢？
公元前210年，秦始皇為了宣揚皇威，鎮撫六國百姓，開始了他的第五次出遊。從咸陽出發，經武關，沿渭水、漢水到雲夢，再經長江東下直到會稽。登會稽山祭大禹，並刻石紀念。在北歸咸陽之時，秦始皇得了重病，不久即病死在沙丘。
當時隨行的有李斯、秦始皇的小兒子胡亥，和胡亥的老師趙高。秦始皇臨死之前，曾有書信召扶蘇送葬，按當時的習慣，長子承位是天經地義的，況且扶蘇又剛毅勇敢，較得人心。但趙高為了掌握大權，卻極力想把胡亥推向皇位，就扣留了秦始皇給扶蘇的書信。
秦始皇猝死，李斯怕引起天下大亂，便令人在秦始皇的車內偽裝成秦始皇，讓人照常送水送飯。趙高趁此機會拉攏李斯，採取攻心戰術，他們之間有一段精彩的對話。
趙高說：「皇帝臨死前寫了一封宣召扶蘇來送葬的書信，未及發出，便死了，這您知道。但現在這封信在胡亥的手裡，皇帝死了又沒有人知道，決定由誰繼位，全看胡亥和我了。您意下如何呢？」
李斯說：「這是亡國的言論，這哪裡是做臣子應該說的話。您這樣做，不覺得太過分了嗎？」
趙高說：「如果按始皇的意思去辦，也未嘗不可，對我毫無損害。我只想問您，您和蒙恬相比，誰更有才能呢？」
李斯說：「我不如蒙恬。」
趙高說：「那好。扶蘇剛毅勇武，又曾堅決反對您和始皇帝焚書坑儒。他繼位之後，必定任用他最為親近的蒙恬做丞相，到那時，您怎麼辦呢？」
李斯默然。趙高就這樣開門見山，緊緊抓住李斯貪戀權位富貴的心理，爭取了李斯。於是，兩人合謀，偽造秦始皇的書信，指斥扶蘇「不孝」，蒙恬「不忠」，令其自殺。扶蘇接信後自殺，蒙恬不肯自殺，後被囚禁，終於服毒而死。胡亥繼位，是為秦二世。李斯是一個可以犧牲任何良知來換取和保住功名的人。秦二世胡亥十分昏庸，只顧享樂，不理國政，秦朝已如厝火積薪，十分危險。但李斯為了保全自己的名位，雖然看得十分清楚，也不規勸。一次，胡亥竟向李斯問道：「你的同學韓非在文章裡說過，古代的帝王都是非常辛苦，難道做帝王就是為了受罪嗎？如果帝王連自己都不能滿足，又能如何治理天下呢？我看是臣子無能，才使君王受累。如今，我既想隨心所欲，又想治理好天下，你能替我想個辦法嗎？」
李斯不僅不直言相勸，反而揣摩胡亥的心理，獻上了一套「督責之術」。他說，賢主若能行「督責之術」，群臣百姓就不敢不勉力效勞，否則，那就比唐堯、虞舜還辛苦。所謂「督責」之術就是君王的獨斷專行加嚴刑酷法。胡亥一聽，這種哄小孩般的把戲，正中下懷，立即採用。結果弄得天下「忠臣」被殺，「明吏」遭戮，怨聲載道。
趙高和李斯本是互相利用的關係，日後的勾心鬥角、排除異己也就勢在必然。胡亥整日在宮中淫樂，根本就不理朝政，所有大小事務，全委託趙高辦理。一天，趙高往訪李斯，故意談及關東亂事，兩人相對欷歔。趙高說：「現在關東群盜如毛，警報頻傳，而主上恣意為樂，又徵調役夫，修築阿房宮，採辦狗馬等無用之物，充斥宮廷，不知自省。我們心急如焚，怎奈人微言輕，不如丞相德高望重，還望丞相進諫。」李斯說：「不是不願進諫，實是皇上並不出朝視事，無由得見。」趙高則說等他探得主上閒暇，便來報告。李斯還以為趙高是個忠臣，就很高興地答應了。
過了幾天，正當胡亥玩得高興的時候，趙高卻派一宦官急傳李斯入見。李斯穿好朝服，疾趨入宮，沒想到正碰在胡亥的興頭上，迎頭遭了一頓訓斥，只好回去。這樣往復三次，胡亥就十分氣惱李斯，怪他敗壞了他的遊樂之興。趙高趁機讒毀李斯說：「假造詔書讓您當皇帝的事，李斯參加了，他本以為功勞很大，皇上會封賞他的，現在未能如願，就心懷不滿。現在接連求見，恐怕不懷好意，要加提防。再說外邊風傳他與長子李由合謀反叛，雖未有確實，但關東盜賊猖獗，李由並不奮力撲擊，就是絕好的證據。請陛下下令拘捕，不要猶豫了。」胡亥雖然糊塗可笑，但畢竟還知道事情重大，就先派人調查。趙高暗地裡囑托使臣，讓他們誣諂李斯。
到了這時，李斯聽說有人在調查自己和兒子李由，才知道中了趙高的計。他立刻上書，歷數趙高的罪狀，妄圖挽回敗局。但胡亥看了奏章以後，十分氣憤，說：「趙高為人清廉，下知人情，上適朕意，朕不任趙君，將任何人？丞相心虛，還來誣劾趙君！」當即把李斯的奏章擲回。
李斯見胡亥不聽，竟去聯絡右丞相馮去疾、將軍馮劫聯名上書，請胡亥罷修阿房宮，並有隱斥趙高的語意。胡亥這才真正動怒，在他看來，天子富有天下，無論怎樣享樂都是應當的事情，而臣子不能平定盜賊，不能為君分憂，實屬不該。李斯沒想到自己獻上的「督責之術」在這裡「督責」起自己來了。再加上趙高在一旁慫恿，胡亥當即下令逮捕了三人，一併罷官，下獄論罪。馮去疾、馮劫不肯受辱而自殺，李斯卻貪戀富貴，不肯就死，被趙高打了一千多杖，昏死過去。李斯曾想上書申冤，但被趙高截留。李斯受不了嚴刑拷打，只好招供。長子李由又已戰死，正好死無對證。於是趙高就輕而易舉地羅織了一樁謀反罪名。胡亥見了案件材料以後，十分讚歎地說：「多虧趙卿破了這一大案，否則後果真是不堪想像了。」
胡亥令李斯受五刑，誅三族。李族的子弟族黨一併逮至市曹。李斯哭著對次子說：「我想和你再牽著黃犬，出上蔡東門，趕捕狡兔，已不可能了！」
李斯先被在面上刺字，再割去鼻子，再截去左右趾，然後殺頭，最後從腰中斬斷，砍為肉泥。其餘族黨一併處斬。這就是中國第一位政治家、權謀家、學者的最後下場！
【評議】
李斯是一位政治雄才，也是一位為了權力而不惜一切的人，但問題是他還是一位學者。在封建官場，尤其是在秦末這個特殊的時期，只要還稍有一點兒人的心腸，就難免不敗下陣來。
縱觀李斯的一生，為秦始皇統一中國出謀劃策，為建立郡縣制力駁群儒，其功勞確有不可埋沒之處，但其原發動機卻並非為了國家、百姓，甚至也不是為了哪一個朝代、君主，而是為了自己的權勢名位。回顧他的一生，也是劣跡斑斑，害死韓非，阿諛奉迎等姑且不說，只促成「焚書坑儒」之一事，已夠他萬世不得翻身的了。
李斯謀取名利富貴確有其術，只是抽身不及，弄個全族覆沒，不免令人歎息！不過，似乎更值得歎息的還不在這裡，為什麼傳統的中國就很少真正的憂國憂民之士呢？為什麼學者的憂國憂民，一旦做了官，就變成了憂身憂家了呢？更何況到處都是李斯這樣的不惜任何代價換取功名利祿的人！封建官場真是一口靈魂的大染缸，把一個民族都染了顏色！
但說句公道話，李斯畢竟是讀書人出身，還殘留著一絲正直和誠實。否則，他就不會中趙高之計，前去勸諫胡亥了。與趙高相比，既可看出讀書人的本色，又使人看到，真正的讀書人永遠成不了的權謀家。因為在他們的內心深處，總有一絲正義和善良不絕如縷，就是這一絲善良和正義，就足以使他們從封建官場上敗退下來！