李景隆本是褲褲子弟，素不知兵，「寡謀而驕，色厲而餒」。九月，李景隆至德州，收集耿炳文的潰散兵將，並調各路軍馬，共計50萬，進抵河澗駐紮。當朱棣偵知李景隆軍中的部署後，笑著說，兵法有五敗，李氏全犯了，其兵必敗無疑，這就是政令不修，上下離心；兵將不適北平霜雪氣候，糧草不足；不計險易，深入趨利；求勝心切，剛愎自用，但智信不足，仁勇俱無；所部儘是烏合之眾，且不團結。為了引誘南軍深入，朱棣決計姚廣孝協助世子朱高熾留守北平，自己親率大軍去援救被遼東軍進攻的永平，並告誡朱高熾說：「李景隆來，只宜堅守，不能出戰。」朱棣還撤去了蘆溝橋的守兵。朱棣這一招果然靈驗，李景隆聽說朱棣率軍赴援永平，就率師於十月直趨北平城下。經過蘆溝橋時見無守兵，禁不住歡喜，說：不守此橋，我看朱棣是無能為力了。這時朱高熾在北平城內嚴密佈署，拚死守衛。李景隆則號令不嚴，指揮失當，幾次攻城，皆被擊退。南軍都督瞿能曾率千餘精騎，殺人張掖門，但後援不至，只好停止進攻。又因李景隆貪功，要瞿能等待大部隊一起進攻，錯過了時機。燕軍則因此得到喘息，連夜往城牆上潑水，天冷結冰，待到次日，南軍也無法攀城進攻了。朱棣解救永平之後，率師直趨大寧。
大寧為寧王朱權的封藩，所屬朵顏諸衛，多為蒙古騎兵，驍勇善戰。朱棣攻破大寧後，挾持寧王回北平，合併了寧王的部屬及朵顏三衛的軍隊。朱棣帶著這些精兵強將於十一月回師至北平郊外，進逼李景隆軍營。燕軍內外夾攻，南軍不敵，李景隆乘夜率先逃跑，退至德州。次日，士兵聽說主帥已逃，「乃棄兵糧，晨夜南奔」。
建文帝為大臣所蒙蔽，反而獎勵打了敗仗的李景隆。朱棣圍攻濟南三月未下，遂回撤北平。李景隆一敗再敗，建文帝撤免了他的大將軍職務，代之以盛庸。燕軍屢勝輕敵，被南軍大敗，朱棣親信將領張玉死於戰陣，朱棣自己也被包圍，借朱能援軍的接應才得以突圍。東昌戰役是雙方交戰以來，南軍取得的第一次大勝利。兵敗後，朱棣總結說：東昌之役，接戰即退，前功盡棄，今後不能輕敵，不能退卻，要奮不顧身，不懼生死，打敗敵手。
建文三年二月，朱棣率軍出擊，先後於滹沱河、夾河、真定等地打敗南軍。接著，又攻下了順德、廣平、大名等地。燕軍奪得的城池雖多，但往往得而復失，不能鞏固。正在朱棣為此而苦惱之際，南京宮廷裡不滿建文帝的太監送來了南京城空虛宜直取的情報。朱棣據此決定舉兵南下，直指京城。
建文帝顯然不是他叔叔的對手。從這一年的六月到十二月，短短半年時間，損兵折將不下百萬，有的乾脆就是望風而逃，或者率軍來降。僅八月的真定一仗，建文帝的勤王之師就被他叔叔朱棣的「靖難之師」斬首三萬級。
到了燕王朱棣兵臨城下，建文帝朱允文似手只給自己留下了自焚一條路。谷王穗、李景隆等開門迎「靖難之師」，都城落在了朱棣手中也就等於大明江山落在了朱棣手中。朱棣沒有急著入住皇城，而是有條不紊地安排妥守城部隊，下令四處張貼佈告，安撫軍民，同時派人大肆搜捕齊泰、方孝儒等五十多名「奸臣」，自己率領其餘人馬回反龍江營地。第二天，群臣上表勸進，朱棣無任何表示。等到朱棣不不慌不忙地拜謁完孝陵步下台階，才見得群臣早已準備好了天子的儀仗，捧著玉璽，齊涮涮地跪成一片，「萬歲、萬歲、萬萬歲」不絕於耳，朱棣大大方方坐上天子的乘輦，到奉天殿舉行登基儀式。
在整個「靖難」過程，朱棣至始至終沒說過一句一定要當皇帝，或這個皇帝的位子本該就是他的之類的話，但他一步步就走到了這個位置上，這也正是封建社會正統觀念對朱棣不依不饒的一個「爛污」！
朱棣佔領京城後，立即揭榜黃子澄、齊秦、方孝孺、鐵鉉等數十人，並清宮三日，誅弒宮人，女官及內官無數，只留下了一幫曾給他通風報信的太監，並幽禁建文帝母親於懿文陵，弒掉了其餘三個兄弟。而建文帝和他的兩個二歲的小孩都「不知所蹤」，其結果也就可想而知了！
建文帝弒人的可怕，讀其描寫都讓人不寒而慄，看幾個例子：
殺方孝孺：朱棣要方孝孺為其「寫詔與天下」，方孝孺亂寫數字，並邊哭邊罵：「死即死而，詔不可草！」朱棣大怒，叫道：「怎能讓你痛快一死，即死，難道你不怕我誅你九族嗎？」方孝孺大喝：「便誅我十族又奈我何！」朱棣頓呈殘暴本性。他命人用大刀把方孝孺嘴唇割開，一直劃裂至耳邊。然後，命人逮捕其九族親眷外加學生，湊成十族，共八百七十三人，依次碎剮弒戮於方孝孺面前。方孝孺忍淚不顧，最後被凌遲於聚寶門外，時年四十六歲。
臨終前提絕命詩：
天降亂離兮孰知其尤，奸臣得計兮謀國用猶。
忠臣發憤兮血淚交流，以此殉君兮抑又何求。
嗚呼哀哉，庶不我尤！
殺鐵鉉：朱棣坐於御座，鐵鉉背立殿庭，至死不轉身面對朱棣。朱棣派人割掉鐵鉉耳鼻，在熱鍋中燒熟，然後硬塞進這位忠臣口中，問：「此肉甘甜否？」鐵鉉厲聲回答：「忠臣孝子之肉有何不甘！」於是朱棣下令寸磔鐵鉉，鐵鉉至死笑罵不止。朱棣其後，流其父母於海南，弒其二子，並硬逼鐵鉉妻子楊氏和兩個子兒入教坊充錄妓女。
直到二十二年後，朱棣的兒子明仁宗朱高熾繼位才下詔稱：「建文諸臣家屬在教坊司、錦衣衛、浣衣局及習匠、功臣家為奴者，悉宥為民」。
後世講起朱棣，大多褒大於貶。對外方面，特別是他五征漠北，先後擊敗瓦剌和韃靼諸部。同時，他又在西北設「關西七衛」，增設貴州布政司，在安南設交趾布政司。對內方面，他發展經濟，休養生息，使國家歲糧收入大幅增加；同時剝奪藩王實權，進一步加強中央集權。文化方面，他授命臣下編纂《永樂大典》（當然主要目的是為了給他自己歌功頌德和篡改史實），對文化典籍進行系統整理。因此，《明史》中對他讚揚道：「文皇少長習兵，據幽燕形勝之地，乘建文孱弱，長驅內向，奄有四海。即位以後，慕行節儉，水旱朝告夕賑，無有壅蔽。知人善任，表裡洞達，雄武之略，同符高祖。六師屢出，漠北塵清。至其季年，威德遐被，四方賓服，明命而入貢者殆三十國。幅員之廣，遠邁漢、唐。成功駿烈，卓乎盛矣！」