作為六朝古都的南京，經歷了這場慘絕人寰的大屠殺。有多少手無寸鐵的市民；有多少放下武器的中國軍人。在這場腥風血雨中面對喪盡天良，嗜殺成性的日本鬼子的殘暴，他們開始了思考……
有人歸罪於內戰內行，外戰外行的無能政府；許多人卻認為塵世間的事情是神或者命運如此安排的，以致人們是無法改變的。事實上日軍的燒殺搶淫，無法改變，就是想方設法躲過這場劫難，也屬徒然。因為這個緣故，他們只能聽天由命，去任命運擺佈算了。那些長期保有南京這塊賴以生存的土地而今終於喪失了的南京人，決不應該埋怨命運，而應該責怪那些當權者們的疏忽和無能。因為平時他們目光只會盯著「異黨」，把精力全都用在打內戰和剷除不同政見者，為的是鞏固他們的統治地位。
一旦拂逆來臨，他們不會想到積極抵抗，而是驚慌失措直至逃難。受到欺騙和遺棄的平民百姓，被無惡不作的日本鬼子給激怒了，先覺悟者不得不依靠自己，依靠他們的勇敢和智慧來保護自己並打擊日本鬼子。
有人將命運比之於那些氾濫的洪水，當洪水來到之時，它能淹沒原野，沖走了樹木和房舍，將地面的土石泥沙從一個原地倦走，讓它們沉積在另外不同的地方。這時候，任何東西在它面前都顯得無能為力，一切都屈服於它的威力之下。洪水的性情雖然如此狂暴，我們的祖先對它早有認識，在遠古時就有大禹治水的故事，一直流傳至今。有理性和智慧的人，都應該懂得開浚溝渠，修築堤壩以備洪水氾濫之時，讓大水從人造的河道裡流去，使它的威力接受人為的控制，不再那麼危險。命運也是這樣，在不曾準備好力量來抵抗的地方，命運就會顯示其淫威來制服人；哪裡有了對命運有防控的力量主動抵抗，其暴力就無法施展。
在受盡野蠻日本鬼子蹂躪的南京城，人們將以怎樣的復仇渴望，怎樣堅定的信心，怎樣的盈眶熱淚，怎樣的忠誠祖國，怎樣的熱愛南京，來激發抗日的怒潮。日本鬼子進城沒有幾天，南京城裡就傳唱起一首抗日民謠：
有勇的人拿起刀槍，
有德的人發表宣言，
有力的人散發傳單，
反對日本人的狂猖；
抗日方式多種多樣，
男兒不怕戰死，怕窩囊，
盡忠報國精神重發揚，
南京人的血豈能白淌。
雖是民謠卻反映了民心，在南京還未站穩腳跟的山谷秀夫非常緊張。把一批新老漢奸召集到日軍憲兵司令部開會，匆匆忙忙拼揍了一個維持會，由陶錫三任會長，孟唯臣任副會長，責令他們盡快拿出剿滅南京城內的抗日分子。這些民族的敗類組成的漢奸維持會，對日本人既聽話又賣力。第二天，城裡的大街小巷就貼出了佈告，叫南京市民在十天限期內到各指定地點去登記領「良民證」，從今後必須隨身攜帶，便於皇軍核查，沒有「良民證」者，即視為支那暗藏軍人就地槍決。無論男女從十六歲到六十歲都要去登記領證。
佈告一出有些忠厚老實又不明真相的平民就紛紛趕往指定地點去登記領「良民證」了。在金陵大學校園內，本身就有萬人以上的難民，加上又從校外趕來登記的人，更是人滿為患。在朝陽的一幢教學校下，用課桌搭了個臨時講台。孟唯臣在台上聲嘶力竭地講著：「……你們當中要有當過兵現在還想當兵的人，請出來站到左邊去；你們有人過去當過兵，現在不想當兵了，若想回老家的皇軍發給路費讓你們回家，請出來站到右邊去；本市的市民，失業沒事做的，現在要打掃戰場，可以安排你們去做工，可以解決你們的吃飯問題，請出來站到後邊去。婦女老太太不要另外作登記。」聽了這話，混在人群中的阿蓉猶疑了一下，悄悄地離開了。孟唯臣見行動的人不多，又催促的說：「大家抓緊時間考慮，以上三種安排都是名額有限。想好了就趕快分隊站好。」
通往學校大門的那條大路上，停了六輛土黃色的日本軍用卡車。孟唯臣見三處的隊都排了百人以上，就叫錢佑銘吩咐下去各隊人分別滿滿地裝了兩卡車，每輛車都裝了五十來人。然後關上車門，卡車就一輛接一輛的開出了校門。
在場的人看到前面的人坐在汽車上走了，許多人都以為是到維護會去允現台上人的諾言。接著就按自己的想往分別去站好等候開出的汽車再回來接他們。果不出的料，開走的汽車過不多久就又開回來接人了。
不屬以上三種人，就到只能容一人通過的欄杆內從東向西排隊接受檢查，而後登記，發給登過記的人一張有巴掌大的用道林紙印刷的「良民證」。前半頁右上角印有：南京市良民證，良民證三個字大許多也比較顯眼。左下角印有：南京市維持會，連印章都沒有。中間也不貼相片，當年的中國，照相是件很奢侈的消費。所以，中間用於填寫姓名、性別、年齡、籍貫、住址、職業等。後半頁印有注意事項：不許借給別人，不許轉讓他人，要隨身帶著，以備檢查。如遇檢查沒有良民證者，就按支那軍處死。
在排隊欄杆的入口處有兩個日本兵，一個端著上了刺刀的步槍來回巡視，另一個手拿一根毛竹板子，看到哪個不順眼，上前就朝頭上敲一下。他專門挑掉人頭上的帽子看有無當兵戴帽子的壓印，再看手掌上有無當兵人特有的印跡，有可疑的人就不准排隊領良民證，而被趕到那三種人的隊伍中去。一老一小兩個和尚，小和尚只有十五、六歲，滿臉稚氣未脫，顯得有些害怕；師傅有五十多歲，身材不高還因病著顯得乾瘦，但他天生有一張像水滸傳裡那個黑旋風李逵的臉，因為天冷他的光頭怕受風寒，故用一條灰色的布頭巾包在頭上。當師徒二人惶恐不安地走到欄杆的入口處，拿竹板的日本兵見老和尚沒除掉頭巾，舉起竹板就對老和尚的額頭狠敲了一下，他被打得昏趴在欄杆上。
「師傅，師傅……」小和尚膽戰心驚地呼喊著扶起老和尚，並幫他解開頭巾，額頭上已腫起一個大包瘤。小和尚流著淚，攜扶著師傅跟著隊慢慢前移，過了一會才輕輕把頭巾給師傅包上。好不容易排到了，師徒二人經過登記，辦了兩張「良民證」，回到寺中，一生慈悲無量，阿彌陀佛不離口的老和尚一病再沒起床。最終了卻人間多少煩惱事，去了西方極樂世界。
冬天日頭很短，太陽快要落山的時候，那六輛土黃色的日本軍用卡車又回來裝滿了人，開出金陵大學的校門，全部拖到廣州路向西，過了隨家倉住戶人家就越來越少，進了清涼山就更顯荒涼，有竹園，有樹木，還有少量凹地被開墾種了過冬的小白菜。此時，在韓鐵軍營裡當過****排長的老兵心生懷疑？今天卡車運走的人，有不少是躲在學校裡的難民，怎麼去的人都沒見一個回學校呢？他用疑惑的目光朝車窗張望，好幾個小山頭上都有握槍的崗哨在暮色中影影晃晃，他恍然大悟，這是日本鬼子和漢奸串通好的誘騙秘密大屠殺。於是心中籌劃著如何活著逃出這個死亡谷，揭露日本鬼子和漢奸誘殺陰謀。正想著卡車已經開進兩山之間的一條小道，小道盡頭是一山谷凹地，中間還有一個大水塘。
****排長所乘的車剛好是第一輛，同車的人剛一下來，都驚慌失措，有的傻哭起來，有的大呼上當受騙，有的回頭想跑，只有這個排長沉著冷靜，面對這慘不忍睹的大屠殺現場心生一計，等六輛車上的人都被趕下之後，卡車都開走了，那些四處想逃的人統統被崗哨開槍打死，沒逃的人都相對集中站在一起。當半坡上架好的機構剛響，****排長很有經驗的就拽住身邊一個魁武的大漢趴下了，那大漢還沒弄清是怎麼回事？後來中彈的人就橫七豎八的倒在他倆的身上，這種身臨死亡絕境雖然非常恐怖，另一個活的希望在鼓勵著排長，他對那大漢鼓勵著說：「為今後的同胞兄弟不再受騙上當，我們要硬撐著，不管有多少死人壓在我們身上都要挺住，不能動，用裝死麻痺日本鬼子，使他們放鬆警惕，我們就有活著逃出去的希望。
也許是天色已晚，也許是殺了一天人的日本鬼子也累了，他們沒再到死屍中來檢查，都嘰哩哇啦的喊著離開了這遍屠場。****排長等山林都寂靜下來之後才與大漢慢慢把壓在自己身上的屍體移開，他倆仍躺在死人堆中沒有敢動，直到深夜他倆才悄悄地逃離那個死亡谷，然後回到金陵大學，把他倆看到的觸目驚心的誘騙大屠殺告訴了那裡的難民，大家都很氣憤的把這些事很快就傳開了。有不少善良勇敢的人，第二天還分頭到全市各個領發「良民證」的登記點偷偷宣傳。那大漢在與排長告別時再三謝恩，並告知他是南京洪幫二師兄毛仁義，家住蓮子營60號，有用得著的地方去找他言語一聲。三天沒到晚，各個登記點再沒有人去了。從此「良民證」一塊「袁大頭」一張，維持會的漢奸們還發了一筆不小的財。
由於國際友人的強烈譴責，日軍在南京大屠殺中所犯下的瘋狂野蠻的滔天罪行，引起了國際輿論的一片嘩然。佔領南京的日軍，幾周後不得不停止了沒有一點人性的屠殺，並開始清理在大屠殺中遭害者堆放在滿大街的屍體。
梅曼麗早已叫阿蓉從漢奸手中買來了幾張「良民證」，填了不同的名字和性別。有了這些「良民證」她和阿蓉就從戴笠家的防空洞回到丹鳳街外婆家。這才發現遭到日軍殺害的外公全家人，連死後都不得安寧，當天她和阿蓉把他們全家人的屍體清洗乾淨，換了衣服，集中放在堂屋裡。等到現在回來看到的又是另一幕場景，除了外公、外婆之外，其它人都讓野貓和老鼠啃得不成樣子，特別是小表弟更是不成人形了。野獸就是沒有人性，人一旦失去了人性，那麼他們同野獸還有什麼兩樣呢？
早晨，阿蓉從街上買了一點食品回來，興沖沖地跑到梅曼麗的房間告訴她。
「梅姐，街上有許多人開始清理屍體，打掃街道了。」
「是嗎？」正在梳頭的梅曼麗放下梳子，喜上眉梢的調過頭來，說：「這是我們混出城去的最好時機。」
「怎麼混出城去？」阿蓉不解的問。
「我們就以拖屍人的身份，把外公一家人拖出城去安葬。」梅曼麗邊說邊思索著。
「這個主意不錯，我聽你的。」阿蓉忽又為難起來，問：「我們拿什麼拖呢？」
「我發現魚市街那家肉鋪裡有輛架子車，我去看看那車在不在了。」梅曼麗說過就往外走。
「表小姐，還是我去吧！」
「我去，你去找兩張蘆席。」