「幸運的是，在他摔下來之後，他的一位朋友，佛羅倫薩非常有頭腦的醫生巴喬·隆蒂尼——與他關係甚篤，十分同情、可憐他——有一天到他家拜訪。敲了一陣門，無人應聲，他便徑直上樓，一個房間一個房間地找。當躺在床上的米開朗基羅看見他時，很不高興。但巴喬並沒有馬上離開，而是一直為他治療，痊癒後才離去。」（據萬塞裡耳記述）
「正如尤利烏斯二世那樣，保羅三世教皇經常在禮儀長比阿奇奧·德·切塞納的陪同下前來欣賞米開朗基羅的畫，邊看邊徵詢他對作品的意見。」萬塞裡耳記述道：「一天，保羅三世問切塞納對作品有什麼看法。切塞納是個非常迂腐的人，他聲稱在如此莊嚴的地方畫那麼多猥褻的裸體是大不敬。另外，他還補充一點：像這類畫只配裝飾浴室、休息室或者旅店。對此米開朗基羅只能克制自己的憤怒，等切塞納離開之後，就憑借自己的記憶把這個令人厭惡的傢伙畫到畫中，把他畫成判官米諾斯的樣子，永遠深陷地獄之中，與一群鬼怪為伴，被毒蛇纏住腿。
後來，切塞納跑到保羅三世的面前抱怨、訴苦。而保羅三世卻打趣他說：『如果米開朗基羅把你放進了煉獄裡，我還能想想辦法救救你，可惜他把你放進了地獄裡，我是愛莫能助了：一旦進入地獄，就永遠無法挽救。』」
其實，認為米開朗基羅的畫有傷大雅的人，並不只有切塞納一個。整個意大利正在提倡世風貞節活動。當時，距離韋羅內塞[韋羅內塞，威尼斯畫派的著名畫家，他也是在運用色彩方面的大師級人物。
]因為一部被認定是有傷風雅的《西門家的基督的最後晚餐》而被送上宗教裁判所的時間已經不遠了。許多人在看到《最後的審判》時，都大叫有傷大雅，其中叫喊得最凶的就是阿雷蒂諾。這位淫穢大師竭力想給貞潔的米開朗基羅上上課，[這是一種報復。阿雷蒂諾曾經多次向米開朗基羅索要作品，都被拒絕了。後來他為《最後的審判》設計的草圖，也被米開朗基羅拒絕。因此，他要讓米開朗基羅因蔑視他而付出代價。
]於是他給米開朗基羅寫了一封極其無恥的答爾丟夫[此處指的是莫裡哀的《答爾丟夫》的藝術特徵。
]式的信。他痛斥米開朗基羅所表現的都是些「連妓女看了都要臉紅的東西」，而且還向剛成立的宗教裁判所密報，說米開朗基羅不虔誠。阿雷蒂諾說：「如此褻瀆他人的信仰要比他自己不信教更加罪孽深重。」阿雷蒂諾向教皇發出請求，希望教皇下令把壁畫毀掉。在指控米開朗基羅是路德派的殘餘時，他還卑鄙地誹謗米開朗基羅道德敗壞，[他在信中含沙射影地污蔑無辜的格拉爾多·佩裡尼和托馬索·德爾·卡瓦列裡。
]而且，為了將米開朗基羅置於死地，他誣陷米開朗基羅偷了尤利烏斯二世的錢。這封卑鄙無恥的信將米開朗基羅心靈中最深刻的東西——虔誠、友誼、榮譽感——統統玷辱殆盡。
面對這封信，米開朗基羅不禁報以輕蔑的一笑，可是也不禁憤懣痛哭，但他並不想給以任何回擊。想必他想到了自己在提到某些敵人時，用一種不屑的神情說過的：「這些人不值得給以還擊，因為戰勝他們是毫無意義的。」而且，當阿雷蒂諾和切塞納對《最後的審判》的看法日益佔據上風時，米開朗基羅沒有任何反應，也沒有做任何事情加以阻止。當他的作品被當作「路德派的垃圾」時，他什麼也沒說。當教皇下令卸下他的壁畫時，[1596年，教皇克雷蒙八世也有意要毀掉《最後的審判》。
]他依舊一聲不吭。當達尼安·德·沃爾泰爾接到教皇的命令，為他的那些英雄「穿褲子」時，[沃爾泰爾是米開朗基羅的朋友，他將自己的修改工作稱作是「穿褲子」。米開朗基羅的另一位朋友，雕塑家阿馬納蒂，也認為表現裸體是很下流的。就此事情，他的信徒們也不再支持他了。
]他還是什麼都沒說。當教皇訊問他的意見時，他毫不動氣，表現得十分平靜但話語中卻帶有譏諷和憐惜，他說：「稟告教皇，這只是一樁小事，很容易整頓的。但願教皇也能把世界整頓一下：整頓一幅畫又能費多大事。」他很清楚自己是在怎樣熱烈的信念下，在與科洛娜的宗教話題中，在她那顆聖潔的靈魂的庇護下，完成這件作品的。而要捍衛這些寄托著自己英雄思想的貞潔的裸體雕塑，要抗禦那些偽君子、靈魂卑劣的人提出的骯髒猜測、影射，他就會感到羞慚。
在完成了西斯廷的壁畫時，[1541年12月25日，《最後的審判》落成。引來全意大利、法國、德國、佛朗德列等人的參觀。
]米開朗基羅原以為自己終於有權建造完尤利烏斯二世的陵寢了。但貪婪的教皇卻要讓這位年事已高（七十高齡）的老人接著繪製波利內教堂的壁畫。這使得米開朗基羅差一點兒就沒能完成放在尤利烏斯二世陵寢的幾尊雕像，那是用來裝飾小教堂的。值得慶幸的是，他可以同尤利烏斯二世的繼承人簽訂第五份，也是最後一份合約了。根據此合約，他要將已完成的雕像交給對方，並雇了兩名雕塑家來借助他完成陵寢的收尾工作。這樣一來，米開朗基羅便永遠擺脫了其他一切責任了。
然而，他的苦難並沒有真正結束。尤利烏斯二世的繼承人始終逼他償還他們所認為的那筆之前支付給他的費用。教皇則命人通知他不要去想這些事情，專心搞他的波利內教堂的壁畫。米開朗基羅則回答說：
「可是，我們畢竟是用腦子去畫，而不是用手。對自己的問題不聞不問的人是不知榮辱的，所以只要我心裡有事，我就找不到絲毫靈感或好的東西……我的一生曾與這個寢陵緊密相連；然後我浪費掉自己的青春來到利奧十世和克雷蒙七世面前，為自己辯白；最終我還是被自己那份過於認真的良心給擊敗了。一切都是命中注定的！我看見很多人每年都能賺到兩三千埃居；而我呢，無論怎樣玩命干，最終還是受窮。有時甚至會被人當作竊賊！……在人們面前——我不說是在神的面前——我自認自己是個誠實的人，從未欺騙過誰……而且我不是竊賊，在佛羅倫薩，我是一個有產者，出身高貴，是一位體面之人的兒子……然而當我不得不同這幫混蛋鬥爭時，我最終變成了瘋子！……」
為了賠償他的對手們，他親手做了《積極的生命》和《凝思的生命》，這是合約上所沒有的。
1545年1月，尤利烏斯二世的陵寢終於在溫科利的聖彼得大教堂落成。最初的美好計劃中剩下了什麼？只有《摩西》了，當初它只是個局部映襯，現在變成了中心。這是一幅偉大計劃的諷刺畫！
結束了，所有的負擔都結束了。米開朗基羅終於從一生的噩夢中擺脫出來了。
二信仰
在維多麗亞·科洛娜去世後，米開朗基羅原計劃要回到佛羅倫薩，以便「讓自己的老骨頭歇息在父親身邊」。但是，在他在為幾位教皇盡心盡力地勞作之後，他倒要把自己餘下的時光奉獻給上帝。也許他這一想法是受了那位女友的影響，也許他是想了卻自己最後一個心願。1547年1月1日，維多麗亞·科洛娜死後的一個月，保羅三世下令委任米開朗基羅為聖彼得大教堂的總建築師，受命全權修造這座建築物。接受這項任務並非毫無難色，而且也不是因為教皇的一再堅持才是他決定用自己七十高齡老人的肩膀，擔起這份從未接受過的最重的重擔。他反而認為這是他應盡的義務，屬於神的使命：
「很多人都認為——而且我也認為——是上帝將我安置在這個職位上的。」他這樣寫道，「無論我多麼衰老，我都不願放棄它，因為我是出於對上帝的愛而甘願服務一輩子，現在我將全部希望都寄托在上帝的身上了。」[1557年7月7日，米開朗基羅寫給侄子的信。
]
為了這項神聖的使命，米開朗基羅拒絕任何報酬。
在這件事上，他曾多次與敵人交手，正如萬塞裡耳所說的，敵人就像「桑迦羅派」，以及所有的管理人員、供貨商、工程承包商等。米開朗基羅將他們營私舞弊的醜聞揭示出來，但桑迦羅卻視而不見，不聞不問。萬塞裡耳說：「多虧了米開朗基羅，是他將聖彼羅從竊賊與強盜的手中救了出來。」
這些敵人聯合起來反對米開朗基羅，他們的領導是一個厚顏無恥的建築師巴喬·比奇奧。萬塞裡耳曾指斥比奇奧偷了米開朗基羅的財物，並伺機要取而代之。但也有一部分人散佈謠言，說米開朗基羅根本不懂建築，完全是在浪費錢，他就是在毀壞前人的作品，甚至連聖彼得大教堂行政委員的人也都反對米開朗基羅。就在1551年，在教皇的主持下，他們搞了一次慎重的調查。在薩爾維亞蒂和切爾維尼兩位紅衣主教的支持下，監工和工人們都跑來指證米開朗基羅。而米開朗基羅對此卻不願做任何申辯：他拒絕所有為自己的辯論。他對切爾維尼紅衣主教說：「我沒有必要將自己應該做或想要做的事告訴您，或者其他人。您的任務就是監督財政支出，剩下的事情只和我有關。」米開朗基羅想來都是這樣驕傲難纏，從不肯告訴別人自己有什麼計劃。對於他身邊一味抱怨的工人，他回答道：「你們的任務是抹灰，鑿石，鋸木，把自己的事情幹好，執行我的命令就可以了。至於你們想知道我的腦子裡想了什麼，你們是永遠都不會知道的，因為這有損於我的尊嚴。」
幸好有教皇們對他的恩寵，為他擋住了那些由他自己激起的仇恨，否則他別想有一刻的安生，因此，就在尤利烏斯三世去世，切爾維尼成為教皇時，米開朗基羅決定要離開羅馬。但是馬爾賽魯斯二世登上教皇寶座後不久，便逝世了，保羅四世承繼教皇之位。米開朗基羅重新獲得了新教皇的庇護，得以繼續奮鬥。在他看來，放棄這個創作，是一件丟人的事情，靈魂都將得不到救贖。
「我是情不自禁地承擔這項任務的，」他說，「八年來，我陷身於各種煩惱與疲憊之中，徒勞地消耗著自己的精力。現在，工程已經有了一定的進展，都可以造圓頂了。如果我這個時候離開羅馬，會使作品功虧一簣。對我而言，這是莫大的恥辱，而且，對我的靈魂來說，也是一種罪孽。」[出自1555年5月11日寫給侄子里昂那多的信。
那些敵人們絲毫沒有退讓的意思，在一段時間內，鬥爭帶上了一種悲劇的特色。1563年，在修建聖彼得大教堂的過程中，米開朗基羅最忠實的助手比爾·呂伊吉·加埃塔被人誣告盜竊，送進了監獄；而這項工程的總管切薩爾·德·卡斯泰爾迪朗特也被人刺殺了。米開朗基羅為了報復這些敵人，便任命加埃塔接替切薩爾的工作。但行政委員會的人卻強行將加埃塔趕走了，反而任命米開朗基羅的敵人蘭尼·迪·巴喬·比奇奧為他的助手。米開朗基羅勃然大怒，不再去聖彼得大教堂查看工程進度了。於是，一時間人們議論紛紛，都說他被解雇了，而且行政委員會還委派蘭尼接替他。接到命令的蘭尼立即以主宰自居，他想通過各種方法讓這個被重病纏身的八十八歲的老人感到心灰意冷。但蘭尼並不瞭解這個對手的真正實力。米開朗基羅當下就去見教皇，他威脅說，如果教皇不還他公道，那麼他只能離開羅馬了。他堅持重新調查，用事實證明蘭尼的無能和他所編造的撒謊，然後將他趕走。這是1563年9月，米開朗基羅去世前四個月的事情。[就在米開朗基羅去世後的第二天，蘭尼就懇求科斯梅大公，希望能繼任米開朗基羅在聖彼得教堂的職位。
]由此可見，直到他走到人生的最後一刻，都無法擺脫同嫉妒與仇恨的鬥爭。
我們無須為他抱不平。米開朗基羅是一個善於自我保護的人，即使在臨終時，他也能憑借自己的力量——如他以前對弟弟喬凡·西莫內所說的那樣——「將這幫畜生打得落花流水」。