如此令人驚愕的衛生狀況，正如他父親所料到的，米開朗基羅也因此常常生病。在他的信件中，人們竟發現他生過十四五次大病。其間幾次發燒，差點兒讓他送了命。他的眼睛、牙齒、頭、心臟都有毛病。神經痛更是家常便飯，尤其是在睡覺的時候，所以對他來說，睡覺是一件非常痛苦的事。米開朗基羅未老先衰，四十二歲時，他就感到自己已經進入垂暮階段了。四十八歲時，他在信中說，如果工作一整天，他就得休息四五天。但他寧死也不肯去看醫生。
與這種肉體所受到的痛苦相比，這種瘋狂的工作對他精神上的影響有過之而無不及，而且他還要忍受著悲觀情緒的侵蝕。這對於他而言，是一種家族遺傳病。在他年輕時，他就絞盡腦汁寬慰他的父親，因為當時的米開朗基羅就經常被過度狂亂的苦痛所折磨。米開朗基羅的病情比受他照料的人的病情更加嚴重。這種不間斷的勞動，這種從來得不到休息的高度疲勞，使他生性多疑的精神毫無防範地陷入種種迷惘、狂亂之中。他開始懷疑他的仇敵、他的朋友，甚至他的家族、兄弟、繼子。他懷疑他們迫不及待地盼著自己早點死。
米開朗基羅為此忐忑不安[ 「我在無休止的猜疑中痛苦地生活著……我不相信任何人，即使睡覺，我都會睜著眼睛……」
]；他的家人也嘲笑他這種整天心神不寧的狀態。[1515年，在致其兄弟博納羅托的信中，說道：「……請不要嘲笑我所寫的東西……任何人都沒有理由隨意嘲笑別人。在這個時代裡，為了自己的靈魂與肉體有所擔心並非壞事……任何時候，還應該小心為妙……」
]就像他所說的，他是「在一種憂傷或者說癲狂的狀態下」[米開朗基羅常稱自己是「憂鬱與瘋狂的人」，或者是「瘋子與惡人」。而他還曾為自己的瘋狂辯護，說瘋狂只會對自己造成影響。
]生活的。由於長年的痛苦，他將痛苦變成了嗜好，並且從中覓得了一種悲苦的樂趣：
「愈是讓我痛苦，我就愈快樂。」（《詩集》152）
對他來說，沒有誰能比他更樂少苦多的了。一切都是痛苦的來源，包括愛和善[米開朗基羅曾經寫道：「所有的事物都使我感到悲哀，即便是善，也因為它的短暫而讓我的心靈充滿苦痛。」
]。
「我的歡樂就是憂傷。」（《詩集》81）
任何人都不會像他那樣地傾向痛苦而拒快樂於千里之外。在他眼中充滿了痛苦，甚至在廣袤無垠的宇宙中，他唯一的感受就是痛苦。世間所有的悲觀失望全凝聚在這句絕望、偏執的吶喊之中：
「無盡的歡樂也抵不過小小的苦痛！……」（《詩集》卷74）
「他那無處施放的力量，」克蒂維[克蒂維，意大利畫家、雕塑家和作家。他也是米開朗基羅的學生兼好友。
]說，「幾乎已經使他同整個人類社會完全隔離開來。」
他孤單一人。——他恨別人，也被人恨。他愛別人，卻不為人所愛。人們對他的感情也是欽佩與畏懼相矛盾的。晚年時期的他，使人產生一種宗教般的敬畏。他威臨著他的時代，致使他能稍微心安。他從高處看別人，而別人則從低處向上看他。他從未同時居於高處和低處。他一直忙碌著，即使最卑微的人所享受的那種溫馨他都沒有享受過，一生之中連一分鐘躺在別人的愛撫中酣然入睡的機會都沒有。他與女人的愛注定是無緣的。在荒涼的天空中，唯有維多麗亞·科洛娜[維多麗亞·科洛娜，意大利著名女詩人。
]的友誼，像純潔閃亮的星，劃過夜空。而後周圍又是一片漆黑之夜，他的思想像熾熱的流星一般，匆匆穿過，這是他慾望與狂亂的夢幻——這是貝多芬所從未有過的情境。因為這樣的夜晚只存在於米開朗基羅的心底。貝多芬的憂傷來自人們的過錯，他本人是活潑開朗、渴望歡樂的；而米開朗基羅的憂傷深藏於心，致使周圍的人感到害怕，敬而遠之。於是，他的周圍是一片空白。
這還不算糟，孤獨也不是最糟糕的，最糟糕的是他對自己的自閉。他甚至無法同自己生活在一起，無法主宰自己，而且自己否定自己，自己與自己鬥爭，自己摧殘自己。他的靈魂永遠在背叛他的才能。人們常說他擁有一種「反抗自己」的宿命，也正因為這種宿命，使他任何偉大的計劃都無法實現。這種宿命，就是他自己。這就是他不幸的關鍵，以及他一生全部悲劇的源泉——大家很難看到或不敢去看的東西——只是他缺乏意志力和怯懦的性格。
在藝術和政治上，他所有的行動和思想都是優柔寡斷的。假如在兩件作品、兩項計劃或兩種辦法之間讓他選一個，他都無法選擇。對此，在修建尤利烏斯二世的紀念碑、聖·洛朗教堂的面牆、梅迪契的陵墓時，都足以表明他的猶豫。他總是反覆地開始，卻始終不能得出結果。他要、又不要，剛一做出抉擇，立刻又產生懷疑。在他晚年時，他幾乎再也沒有完成什麼大作：他對這一切感到厭倦。有人稱：他的工作都是被別人強加的。有人把他的這種舉棋不定、猶豫不決的責任歸咎於他的買主們。但大家忘了，如果他決定拒絕的話，他的買主們是絕沒有辦法強逼他幹的。可是他不敢拒絕。
他很脆弱，在各個方面都是弱者，因為道德也因為膽怯。他會為各種思慮而感到苦惱，可若是換做性格堅強一些的人，那麼這些思慮都會變得不值一提。但是，米開朗基羅擁有一種極大的責任心，致使他不得不去幹一些平庸的工作，[在他為聖洛倫佐雕塑墓像時，他在塞拉維扎採石場待過幾年。
]而這種工作卻是任何一個工匠都能做得比他更好的活兒。於是，米開朗基羅既不能履行合同，又不能忘了這些合同，交給別人去做。
他的怯弱源自謹慎與膽小。尤利烏斯二世稱他是「可怕的人」，而他在瓦薩裡[瓦薩裡，意大利著名畫家、藝術史學家，著有《美術家傳記》。
]的眼中，卻又是個「謹小慎微的人」——他簡直是謹小慎微到了極點。這個「令大家，乃至教皇們都害怕的人」，卻膽小得害怕所有人。與親王們在一起時，他雖然是膽怯的，可他對那些在親王權貴面前盡顯唯諾的人卻十分鄙視，稱他們是「為親王們荷重的驢子」[出自米開朗基羅與瓦薩裡的談話。
]。他一直想逃離教皇，但他卻躲不開，而且還要唯命是從。他能夠容忍買主們一封封蠻橫無理的信件，並且還會恭恭敬敬地答覆他們。[1518年2月2日，紅衣教主尤利烏斯·梅迪契懷疑米開朗基羅被他人收買，便洩露一封帶有侮辱性的信。米開朗基羅屈服了，在回信時，說：「在這個世界上，我一心只想取悅於你。」
]有時候，他也會氣得跳起來，用高傲的語氣說話——但自始至終他都是讓步者。直到臨死前，他都在努力掙扎，但此時他已無力鬥爭。克萊蒙七世與其他人的說法總是相反的，他是所有教皇中對他最仁慈的一個，他瞭解米開朗基羅的弱點，並且很憐憫他。[參照佛羅倫薩被攻陷後，米開朗基羅與塞巴斯蒂安諾·德爾·皮翁博之間的信件。克萊蒙七世十分擔心他的健康和苦惱，並且還為他辯護，說好話。
在愛情方面，米開朗基羅已經沒有絲毫的尊嚴，即使在像懷博·特·勃齊奧這樣的怪人面前，他都顯得非常謙卑。他能夠把一個可愛但卻平庸的人，就像托馬索·特·坎瓦尼裡那樣的人，當作一個「偉大的天才」。
然而不可否認的是，愛情令米開朗基羅的這些弱點顯得頗為感人。當他因膽小畏懼而變得軟弱時，這些軟弱也僅僅是痛苦的——大家不敢說是「可恥的」——表現。他突然被巨大的恐懼攫住了。於是，他不得不在意大利各處奔竄。1494年，因被一個幻象嚇壞了，他便逃離了佛羅倫薩。1529年，他負責守衛的佛羅倫薩被圍，他再次從這裡逃走，逃到威尼斯，此時的米開朗基羅甚至做好了準備要逃到法國去。隨後，他對自己的這種慌亂感到羞恥，他決心彌補自己的錯誤，重新回到了佛羅倫薩，完成自己的使命，直到圍城結束。但是，佛羅倫薩被攻陷後，城內許多人都被流戍放逐，他又被嚇得渾身發抖！他甚至卑微地恭維放逐官員華洛利——那個剛剛把自己的朋友、高貴的帕蒂斯坦·德·巴拉處死的傢伙。唉！他甚至不承認他們是自己的朋友——那些被流放的佛羅倫薩人。
他又開始恐懼，他為自己的畏懼而羞恥。他瞧不起自己，這種憎厭自己的心情最終使他病倒了，甚至讓他產生了自殺的想法。大家都認為他會死去，但他不能死，在他的內心之中，還存有一份瘋狂的求生力量。這力量每天都會提醒著他、緊緊拉住他，而這也讓他忍受了更多的痛苦。——如果他不再有所行動該多好！可是他不能這樣，他必須繼續行動。——然而他的行動是源自主動嗎？其實，他是在被迫地行動，他像但丁的受難者一樣，被捲入自己那瘋狂的矛盾的激情中，掙扎著生活。
他該有多麼的苦悶！
「讓我痛苦吧！繼續痛苦吧！在往日的歲月中，我找不到哪一天是真正屬於我的！」（《詩集》49）
他曾向上帝發出絕望的呼救：
「噢，上帝！噢，親愛的上帝！有誰可以比我自己更能左右自己？」（《詩集》6）
如果說他渴望死亡，那是因為他能夠從死亡中看見這種令人發瘋的奴役生活的結束。當他談到死去的那些人時，他是多麼的羨慕啊！
「你們無須再為生命的嬗變和慾念的轉換而感到畏懼……未來的日月不會對你們施暴；必須與偶然都不可能再左右你們了……寫這些話時，我很難不羨慕。」[此句源自米開朗基羅在1534年，為悼念去世的父親創作的詩篇。
]（《詩集58》）
死亡！不再存在於世！不再是自身。逃開萬物的桎梏！擺脫對自己的幻想！
「啊！使我，使我無法回復我自己！」（《詩集》135）
我們聽見這悲愴的呼聲從那張痛苦的臉上發出來；他的那兩隻惶恐不安的眼睛仍然在首都博物館裡注視我們。[此種描寫是根據後世畫家、藝術家們所畫的米開朗基羅的肖像而得。
他中等身材，寬肩闊背，四肢發達，肌肉結實。因為過度勞作，身體有些變形，走路時，頭往上仰著，佝僂著背，腆著肚子。從弗朗西斯科·特·奧蘭達[弗朗西斯科·特·奧蘭達，葡萄牙微型畫畫家、作家。
]的一幅米開朗基羅肖像畫上，我們看到的他就是這副模樣：他側著身子站立著，身上穿了一件黑衣服；肩頭披了一件羅馬式大衣；頭上纏著一條頭巾，外戴一頂深黑色大呢帽，壓得低低的。他的腦袋略圓，佈滿皺紋的額頭向外突出。黑色微卷的頭髮亂蓬蓬地虯結著。一雙小且憂傷但卻很敏銳的深褐色眼睛裡，有著黃褐和藍褐的斑點。鼻子飽滿寬直，中間隆起，但曾被塔裡詹尼[塔裡詹尼，佛羅倫薩派雕刻家、畫家。移居英國後，成為英國第一位意大利文藝復興風格的倡導者。
]的拳頭擊破過。從鼻孔到嘴角有一些深深的皺紋。薄薄的嘴唇長得很細膩，下嘴唇微微前突。頰髯稀疏，長四五寸，像農牧神似的鬍鬚都有了分叉。顴骨突起，面頰塌陷，圈在毛髮之中。
從米開朗基羅的整體相貌上，我們可以看到籠罩著他的那份悲哀與猶豫的神情。這完全是詩人塔索時代的面像，深深地烙印著不安與被懷疑所侵蝕的痕跡。他那雙犀利的眼睛啟迪、呼喚著人們的同情。
關於同情，我們不要同他斤斤計較了，就將他追逐一生而並未能獲得的那份愛給了他吧。他已經嘗到了世間所能嘗到的巨大痛苦。他看見自己的祖國遭受蹂躪；他看見意大利落入他人之手數百年；他看到自由的死亡；他看到他所愛的人一個個相繼消失；他眼見藝術上的全部光輝，在一束一束地熄滅。
當黑夜降臨時，他依舊孤獨地留在最後。而在死亡的門檻前，當他回首望去時，他甚至無法聊以自慰地對自己說，他做了自己該做的一切，做了他可能做的一切。他覺得一生虛度了。一生沒有歡樂也是枉然。他把一生獻給了藝術也是枉然。
在他九十年的人生歲月中，沒有一天是快樂的，沒有一天能夠享受真正的人生。期間，他一直強迫自己去做那巨大的工作，竟然未能執行他偉大計劃中的任何一項。他的那些偉大作品——他最看重的那些作品——沒有一件是完成了的。命運的嘲弄使得這位雕塑家[米開朗基羅稱自己是「雕塑家」而不是「畫家」。
]只能完成他並不願意去做的繪畫作品。
在那些既給他帶來自豪的希望又帶來無數的痛苦的作品中，有一些如《比薩之戰》的圖稿、尤利烏斯二世的銅像，在他生前就被毀掉了；另外一些如尤利烏斯的陵墓、梅迪契小教堂也被毀掉了，只剩下他構思的草圖了。
在雕塑家吉貝爾蒂[吉貝爾蒂，文藝復興時期佛羅倫薩著名的青銅器雕塑家。
]的《評論集》中，講述了巴納德公爵的一個可憐的德國首飾匠的故事。故事中說，「他可以同希臘古代雕塑家相媲美」，但在他晚年時，他看見自己花費了一生的心血創作的作品被毀掉了。——「他看到自己全部的辛勞都白費了，他便跪倒在地，大聲喊道：『啊，主啊，天地的主宰，萬能的神啊，別再讓我迷失方向，別再讓我跟隨除你而外的任何人吧，可憐可憐我吧！』他立刻把自己所有的財產全都分給了窮人，然後退隱山林，了卻一生……」