為了把賴昌星走私集團的走私要犯徹底釘在歷史恥辱柱上，查私組領導上報海關總署同意，香煙組派出調查取證小組到境外調查。這又是賴昌星走私集團所萬萬沒有想到的，也是他們無力堵塞的大「漏洞」。
富天船務所租用裝載空箱假出口的船舶，向口岸各單位遞交的申報資料中有不少航次註明「指運港」為「馬尼拉」、「新加坡」，「消費國別」是「菲律賓」、「新加坡」。但搜集到的船舶航行資料卻記載著許多航次的中轉地或終點站是香港。
赴香港調查小組帶著大量待查的資料到境外查閱那些船舶的航次在香港裝卸貨的情況。結果眾多資料表明：海翔NO2等8艘船舶共計17個航次的實際終點站是香港，且在香港卸下的全是空箱。
同時，另一個境外取證小組，赴韓國釜山港、馬山港調查「蘇昌」、「青華」輪裝載上船的到底是什麼商品。在韓國關稅署以及釜山海關和馬山海關的配合支持下，直接調出了「蘇昌」、「青華」輪5個航次裝載香煙上船的證據。馬山海關的關員還證實：從韓國保稅倉庫中提出商品裝船靠泊馬山港無需向海關申報，這是韓國海關法規定做法。但他們在碼頭見到的去中國廈門港的船舶裝載的都是香煙。
境外證據的意義，是與國內歷經艱辛所獲取的書證、證人證言互相印證，證實了國內證據的真實可靠性。
香煙組19個辦案人員，自1999年9月7日起，歷經102天的艱難取證，從海關、外運、外代、商檢、港監、碼頭、船務公司等部門和涉案企業調取資料，反覆對照63個航次的幾千份檔案、上萬張單證，還調查了30餘家公司，查閱對比檔案1770冊，查問涉嫌走私人和知情人200多人次，做出300多份查問記錄和談話記錄，最後立卷歸檔證據材料100餘卷，終於查明廈門地區賴昌星走私集團走私香煙的全貌，查實了63個航次走私香煙的全部歷程。
香煙案移送審理組後，又經4個多月的補充偵查，順利進入移送起訴階段。2000年11月8日，首批審判的案犯中，有19人被判刑。2001年2月27日，第二批審判的案犯中，又有多人受到嚴懲。因走私香煙罪被判死刑（包括死緩）的有黃山鷹等6人，被判無期徒刑的又有6人。
賴昌星犯罪集團為使其大量走私的香煙合法入境，註冊了廈門遠華進出口公司，1999年3月至1999年5月，遠華走私集團由曾明娜負責資金調度，曾明育負責在境外組織香煙貨源，並聯繫需要將香煙走私入境的貨主，吳榮輝負責船務運輸，利用所租用的船舶從韓國馬山、釜山及新加坡、馬來西亞巴生港向境內運輸香煙。在裝運走私香煙的船舶到達廈門港海天碼頭之後，邵嘉喜指使陳天德到碼頭具體辦理進口集裝箱的交接手續，將進口集裝箱直接運到海鑫堆場。
運載走私香煙的集裝箱運達海鑫堆場後，由侯小虎、侯占武負責走私貨物的通關。在海關查驗進口集裝箱的貨物前，由侯小虎、侯占武勾結所收買的廈門海關東渡辦事處海鑫監管點的關員、廈門海關同安辦事處關員，事先確定海關要抽查的集裝箱箱號，之後將海關要查驗的進口重箱的封簽剪掉，搬出走私入境的香煙，裝入已準備好的空集裝箱內，並將事先已準備好的、與偽報品名相符的貨物裝入海關要查驗的集裝箱內，並封上侯占武提供的封簽後，接受海關查驗。
以上遠華走私集團走私香煙共164萬餘箱，共偷逃應繳稅額88億人民幣。