中亞船務公司的全面突破拓寬了辦案人員調查取證的思路：賴昌星集團儘管進行了有組織有計劃的銷毀走私證據的犯罪活動，但僅限於廈門地區且是與之有共同利益的單位和部門。而在廈門地區以外，走私活動遺留的痕跡應該比較完整地保留著。
為此，辦案人員在突破中亞的同時，又派出兩路人馬飛赴福州、深圳調查取證。
福州一路主要是獲取「海峰山」輪的假出口的證據。該輪的船東是福建省輪船總公司。福建輪船總公司提供了反映海峰山9702X航次向總公司報告的船舶航次、運載情況的「船舶、航次動態日報表」和「生產實績匯總表」。這兩張報表上清楚地記載著該航次從廈門港運載空箱出口的有關數據。辦案人員找到了該航次的船長邵某、大副吳某，兩人均證實了裝上船的是空箱的事實。
深圳一路主要是尋找通興輪其時的行蹤，準備上船查抄。通興輪的船東是煙台救撈局，被深圳通海公司長期承租，期間曾有若干航次承租給中亞，中亞又轉租給富天。
辦案人員到了深圳後得知通興輪將在防城港停靠，就急飛防城。由於1996至1998年間航行的船長、大副一個也不在當班，而且船上交出的資料也未有有用的東西，辦案人員不得不親自重新查抄。翻遍了船上的各個角落，最後在6個儲藏室的3個中抄出了極具價值的資料：通興輪9612、9706N兩個航次的韓國釜山港的理貨單；大副梁×的個人工作筆記本，上面有7個航次的離靠港時間、裝卸貨物的實際情況，其中6個航次明確記著在釜山卸下的是空箱，而9606N航次記載著重櫃卸下，但有塗改液塗後重新記載的明顯痕跡；航海日誌中有兩個航次記載了卸下的是空箱。應該說，此行收穫頗豐，至少是得到了通興輪共10個航次在釜山、那霸港卸下空箱的書面證據。
11月中旬，辦案人員飛赴煙台，找到了1996至1998年間涉嫌參與走私的2個船長、3個大副並帶回廈門，讓他們對留存於口岸有關單位的出口艙單、載貨清單以及理貨單等書證進行確認。他們確認的結果是：通興輪整船運裝香煙從廈門出口的16個航次的單據中，除9707N和9712N的大副梁某的簽名是真的，其餘全系假冒簽名。而同益碼頭的理貨員張福民證實，假冒簽名系富天船務駐廈辦事處陳濱所為。9707N和9712N的單據上假簽名曾被梁某於無意中發現，陳濱花去數千元買通梁某自己簽上真名。不想，這成了參與犯罪的記錄。
梁某筆記本上9606N航次的記錄塗改為重櫃又是怎麼回事呢？原來，通興輪上富天船務派駐了一個台灣籍的退休老船長江某為航運監督。江在9606N航次期間發現梁記載廈門口岸裝上空箱的情況，個別對梁施以利誘，僅以1000元代價就買走了作為一個大副的良心，梁先用塗改液塗掉原來記載的真實情況而改寫上重櫃的字樣。並且由於江的監督，航海日誌上幾個航次均偽記上重櫃裝卸的內容。而有的大副既不願違背良心，又不敢冒犯江某，乾脆不記裝卸內容。有兩個航次在中轉港口那霸和香港卸下空櫃的情況被客觀地記上了。
老船長楊某回憶他輪值船長的航次結束後，自己都要列一件「某某航次終結報告」，內有用油量、裝卸貨的真實記載，主要用於向中亞結算費用。當晚12點，辦案人員再次查抄中亞駐廈代表處，終於獲得9702X、9704N、9705N、9706N4航次的「航次終結報告」，證實了4航次在廈裝空箱上船，在釜山卸空箱下船的事實。