孟德爾從豌豆雜交實驗結果，得出了相對性狀中存在著顯性和隱性的原理。雖然還有不少例外，但它仍然是一個原理。
孟德爾根據自己在實驗中發現的原理，進一步做了推想。他認為決定豌豆花色的物質一定是存在於細胞裡的顆粒性的遺傳單位，也就是具有穩定性的遺傳因子。他設想在身體細胞裡，遺傳因子是成雙存在的；在生殖細胞裡，遺傳因子是成單存在的。例如，豌豆的花粉是一種雄性生殖細胞，遺傳因子是成單存在的。在豌豆的根、莖、葉等身體細胞裡，遺傳因子是成雙存在的。
這就是說，孟德爾認為可以觀察到的花的顏色是由有關的遺傳因子決定的。
如果用R代表紅花的遺傳因子，它是顯性；用r代表白花的遺傳因子，它是隱性。這樣，豌豆花色的雜交實驗，就可以這樣解釋：
紅花×白花
（純種） RR rr（身體細胞，遺傳因子成雙存在）
↓ ↓
R r（生殖細胞，遺傳因子成單存在）
＼ ／
Rr
（雜種） 紅花
因為雜種的遺傳基礎物質是由R和r組成的，因此，它的後代（子2）就可能出現白花（rr）了。
這就是說，隱性的遺傳因子在從親代到後代的傳遞中，它可以不表現。但是它是穩定的，並沒有消失。
現在，遺傳學上把這個遺傳因子或遺傳單位，叫做基因。研究基因的科學就是遺傳學。基因學說就是現代遺傳學的中心理論。
很清楚，基因概念是孟德爾在推想中提出來的，雖然當時他並沒有提出「基因」這個科學名詞。
孟德爾認為遺傳單位（基因）具有高度的穩定性。一個顯性基因和它相對的隱性基因在一起的時候，彼此都具有穩定性，不會改變性質。
例如，豌豆的紅花基因R和白花基因r在一起，彼此不會因為相對基因在一起而發生變化，在一代一代的傳遞中，R和r都能長期保持自己的顏色特徵。
孟德爾的結論正好跟長期流傳的融合遺傳理論相對立。
融合遺傳理論是怎麼回事兒呢？它的基本論點是：遺傳因子或遺傳物質相遇的時候，彼此會相互混合，相互融化，而成為中間類型的東西。
根據融合理論來推理，甲和乙雜交，就會產生出混血兒，甲的遺傳因子和乙的遺傳因子，都變成了中間類型的東西。好比兩種液體混合在一起似的，親代的遺傳因子都因為融合而消失了。
根據融合理論來推理，豌豆的紅花遺傳因子R跟白花遺傳因子r在一起的時候也就會融合成為新的東西，R和r都不再存在了。
顯然，融合理論是錯誤的，因為它沒有科學事實的支持。它只是一種推測和猜想，不能解釋所有的表現不同的遺傳現象。
中間類型是有的。這是相對的基因相互作用而產生的性狀，基因本身並沒有改變。例如，紅花的紫茉莉和白花的紫茉莉雜交，子一代的花是粉紅色的。可是子二代，這些粉紅色茉莉的後代，卻有三種不同的性狀：粉紅花、紅花和白花。
從這裡也可以看到，現象和本質雖然有著密切的關係，但是它們之間是有區別的，不能簡單地把現象和本質等同起來。
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