萊布尼茨還從另一個角度，也就是從物體的連續性和可分性的角度批判了笛卡兒的廣延性實體觀念。數學上的空間是一個連續統一體，是可以無限分割的。如果我從笛卡兒的純粹幾何學的角度出發，把物體世界看做廣延，那麼物質就是一種連續統一體，是可以無限分割的。萊布尼茨認識到，物理學意義上的物質與幾何學意義上的空間並不是一回事。數學意義上的連續統一體是一種想像中的觀念，它沒有現實性。它可以被任意分割，正是因為它是一種觀念，是一種思想中的觀念。現實的物質不能與純粹的廣延性相提並論，這證明了，萊布尼茨對此特別加以強調，用純粹廣延性概念無法解釋物體固有的惰性。而現實只能是由真正的部分組成，並且也絕不可以被任意分割。他看上去要把我們引向古希臘的原子論，或者要把我們引向萊布尼茨時代前不久的法國物理學家和自然哲學家皮埃爾·伽桑狄的原子論，伽桑狄是笛卡兒的反對者，並對古代原子論作了重新改造。
實際上，萊布尼茨曾經說過：「如果沒有我的單子論，或許斯賓諾莎就是對的。」但是，萊布尼茨並不滿足於古代的原子概念。儘管萊布尼茨極力為機械論自然觀如伽利略的自然觀。的合理性作辯護，然而他也試圖努力超越這種自然觀，並且深信，這樣一種自然觀的原則並非以自身為基礎，而是以形而上學的概念為基礎。萊布尼茨將機械論的原子概念與亞里士多德的隱得來希為萬物賦予靈魂和形式的力。概念結合到了一起，於是他就得到了單子這個概念，從字面意義上看，這個概念的意思是「單元」，或許他是從喬丹諾·布魯諾那裡借用來的。那麼單子究竟是什麼東西呢？如果我們把斯賓諾莎的無限實體分解為無數個星星點點的單個實體，這樣我們就可以更好地理解它了。我們可以從四個方面來考察單子：
１單子是點。這就是說，存在物的真正本原是點狀實體。它並不存在於一種連續統一體之中，這似乎與我們的感官知覺相矛盾，因為在我們看來，物質是一種廣延的充塞空間的連續統一體。萊布尼茨斷言，這種感官印象是錯覺。在這裡，自然科學研究的新成果肯定對他產生了影響，剛剛發明不久的顯微鏡一定引起了他的注意。顯微鏡使得人們對物質的深層結構有了更多的認識，而且也為他的觀點提供了佐證。
２單子是力，是力的中心。在萊布尼茨看來，一個物體就是由逐點的力的中心組成的集合體。這不僅為後來的康德和叔本華的批判哲學所證實，而且尤其為近代自然科學所證實。
３單子是靈魂。逐點的原始實體無一例外地是被賦予靈魂的，不過它們也有不同的級別。最低級的單子彷彿處於一種恍惚的或昏迷的狀態，它們只有混沌的無意識的觀念。較高級的單子，比如人的靈魂，是有意識的。最高級的單子，即上帝，具有無限的意識，是全知全能的。
４單子是個體。不存在兩個完全相同的單子。單子構成了一個完整的連續的系列，從最高級的神的單子到最簡單的一般單子。每個單子都有其不可替代的位置，每個單子都以其獨有的和唯一的方式反映宇宙，每個單子都是潛在的力，它們從各個側面反映整個宇宙。就單子是個體而言，單子也是封閉孤立的系統。單子是「沒有窗戶的」。在單子身上發生的一切都來自單子自身，來自單子的本性，上帝在創造單子之時就已經預先規定好了單子的發展歷程，所有單子都來自上帝的原始單子。
前定和諧
對笛卡兒來說，存在兩個實體，思維和廣延。他認為，很難解釋清楚這兩者之間的關係，尤其是它們在人身上的關係。在這個觀點上，萊布尼茨重新回到他的前輩思想家曾經思考過的問題上去了，只是他改換成為另一種形式。對萊布尼茨來說，存在無限多個實體，這就是單子。每個單子都有各自的觀念世界。整個世界就是由單子及其觀念組成的，而所有的單子又共同構成和諧的世界整體。如果每個單子都按照自己的規定性發展，而單子的觀念卻能相互協調一致，比如我們人類共同在這個世界上生存，並遵循著一定的規律思想和行動，那麼該作何解釋呢？單子本身是無法對此給出解釋的。我們同樣也可以設想，單子被創造出來，但是在它們不同的「世界」之間卻不存在相互協調一致。要想解釋這個問題，我們必須從所有單子的本源出發，這個本源就是神。
萊布尼茨用那個著名的「時鐘比喻」來形象地解釋他的觀點，這個比喻實際上也不是他的發明，而是來自前面提到過的格林克斯。我們設想有兩個時鐘，它們步調一致，沒有一點誤差。可以從三個方面來解釋這種一致性：要麼這兩個時鐘是通過一個機械裝置相連接的，一個時鐘與另一個時鐘在機械上相互依賴，因此它們彼此不會有誤差；要麼有一個機械師專門看管這兩個時鐘，他會不停地校準時鐘的指針；要麼這兩個時鐘的製作工藝精確無比，因此不可能出現誤差。
把這個比喻應用到不同的「實體」上面，這就意味著：首先，實體之間必然產生相互影響。笛卡兒面臨著兩難選擇，他既不能否認一個顯而易見的事實，即他的兩個實體之間的協調一致，特別是人身上靈魂與肉體的協調一致，他也不能贊成一種觀點，即其中的一方會對另一方施加影響，因為他的兩種實體從其概念上說是彼此不同的東西。其次，在這裡，偶因論者的第二種假設好像對解決問題有所幫助，他們讓上帝來扮演校準時鐘的機械師的角色，為了使實體之間能夠相互協調一致，上帝會經常出來干預。但是，對萊布尼茨來說，上述的兩條路都行不通，因為他的單子是「沒有窗戶的」，是彼此孤立的。在他看來，偶因論者的理論像是deusexmachina意外出現的救星。，可以幫助他用更自然的方式對此作出解釋。