「認識的對象是和認識能力相應的。認識能力有三等：一種認識能力是感覺，它是一個物質機體的活動；因此，每一感覺能力的對象都是存在於有形物質中的一種形式；這樣的物質是個體化的本原，所以感覺部分的每種能力所取得的知識只能是個體的知識。另一種認識能力既不是一個物質機體的活動，也和有形體的物質沒有任何關係。這就是天使的理智。這種認識能力的對象是脫離物質而存在的一種形式。天使雖然認識物質事物，但也只有從非物質事物的地位去認識。再一種是人類的理智，處於中間地位。它不是一個機體的活動，而是靈魂的一種能力。靈魂本是身體的形式。所以，它在有形物質中去認識單個的存在著的形式，是適當的。不過，不可認為這形式就存在於這一單個的物質中。從個別物質中去認識其形式而不把它當做存在於那樣的物質中，這就是從表現為影像的個別物質中抽出其形式。所以，我們必須說：我們的理智是用對種種影像進行抽像的方法來瞭解物質事物，而我們正是通過這樣瞭解的物質事物獲得某些非物質事物的知識，反之，天使卻是通過非物質事物來認識物質事物……」
基督教信仰的真正秘密上帝的三位一體、上帝的人格化和道成肉身。恰恰不屬於哲學研究的範疇。在托馬斯眼裡，這些都是超自然的真理，我們只能虔誠地把它作為神聖啟示來接受。如果說我們的認識是客觀的和真實的，那這還不夠。在哲學和形而上學的認識世界之上，還有一個超自然的真理的世界。單靠自然的思維能力，我們不可能認識這種超自然的真理。在這個問題上，托馬斯與早期經院哲學家如厄留根納和安瑟爾謨觀點相異，後者曾經試圖用理性來審視和解釋整個基督教教義。
在知識和信仰這兩個範圍內，永遠都不會存在矛盾。雖然基督教的真理是超越理性的，但它不是違背理性的。真理只能是一個，因為它來自上帝。倘若有人站在理性的立場上針對基督教信仰提出異議，那麼它自身必然也是違背理性的最高思維原則的，因此我們可以用理性的工具對其加以駁斥。這也正是托馬斯堅持不懈地在他的論辯性著作中針對異教徒和基督教異端分子所做的重要事情。
此外，也有關於上帝的真理，我們的理性能夠認識這種真理，比如，上帝的存在，比如只存在一個上帝。當然，由於缺乏天賦，由於懶惰，而且還由於必須花費很多精力用於完成一些瑣碎的人生事務比如要維持自己的生存和照料家庭。，大部分人都沒有能力專心致志地思考問題並去接近真理。所以，神聖智慧將那些本來能夠被理性所認識的信仰真理也變成超自然的啟示。
「我首先想提醒你，在與那些無信仰的人辯論的時候，你不要試圖用具有說服力的理性理由去證明信仰真理。這會損害信仰的崇高性……我們的信仰不能用有說服力的理性理由加以證明，因為它是超越理性的，我們的信仰也不可能被有說服力的理性理由所推翻，因為它是真實的，因而它不可能與理性相違背。基督教的辯護士們與其努力用哲學來證明信仰真理，倒不如通過駁倒對立雙方的異議，從而闡明天主教信仰不是錯誤的。」倘若某些宗教真理能夠被理性所認識，那麼哲學在某種程度上也就可以為信仰和神學服務。此外，哲學還可以用來證明那些針對信仰提出的理由是錯誤的和站不住腳的。當然，哲學的任務也僅限於此，它不能證明超自然的真理，而只能對那些自相矛盾的論據加以駁斥。在這方面，作為服務於神學目的的工具，經院哲學的作用達到了它的頂峰。
上帝的存在與本質
「上帝的存在」這句話並非一種自明的真理，也不是人的天賦真理。它必須首先被證明。在托馬斯看來，上帝的存在是可以通過理性加以證明的。不過，托馬斯對坎特伯雷的安瑟爾謨的那種本體論的上帝之證是持否定態度的，因為安瑟爾謨是想從上帝的概念本身推導出上帝的存在。托馬斯的對上帝存在的證明是以亞里士多德和奧古斯丁的學說為依托的。在解釋上帝的本質方面，托馬斯試圖尋找一條中間道路，一條介於人格化的上帝觀念和新柏拉圖主義的上帝觀念之間的道路。《神學大全》裡按順序列舉出了證明上帝存在的五種理由，我們摘錄如下：
上帝的存在，可從五方面證明：
第一，從事物的運動或變化方面論證。在世界上，有些事物是在運動著，這在我們的感覺上是明白的，也是確實的。凡事物運動，總是受其他事物推動；但是，一件事物如果沒有被推向一處的潛能性，也是不可能的……一件事物不可能在同一方面、同一方向上說是推動的，又是被推動的。如果一件事物本身在動，而又必受其他事物推動，那麼其他事物又必定受另一其他事物推動，但我們在此決不能一個一個地推到無限。因為，這樣就會既沒有第一推動者，因此也會沒有第二、第三推動者。因為第一推動者是其後的推動者產生的原因，正如手杖動只是因為我們的手推動。所以，最後追到有一個不受其他事物推動的第一推動者，這是必然的。每個人都知道這個第一推動者就是上帝。
第二，從動力因的性質來討論上帝的存在。在現象世界中，我們發現有一個動力因的秩序。這裡，我們決找不到一件自身就是動力因的事物。如果有，那就應該先於動力因自身而存在，但這是不可能的。動力因，也不可能推溯到無限，因為一切動力因都遵循一定秩序……因此，有一個最初的動力因，乃是必然的。這個最初動力因，大家都稱為上帝。
第三，從可能和必然性來論證上帝的存在。我們看到自然界的事物，都是在產生和消滅的過程中，所以它們又存在，又不存在。它們要長久存在下去，是不可能的。這種不能長久存在的東西，終不免要消失。所以，如果一切事物都會不存在，那麼遲早都會失去其存在。但是，如果這是真實的，世界就始終不該有事物存在了。因為事物若不憑借某種存在的東西，就不會產生……不過，每一必然的事物，其必然性有的是由於其他事物所引起，有的則不是。要把由其他事物引起必然性的事物推展到無限，這是不可能的……因此我們不能不承認有某一東西：它自身就具有自己的必然性，而不是有賴於其他事物得到必然性，不但如此，它還使其他事物得到它們的必然性。這某一東西，一切人都說它是上帝。
第四，從事物中發現真實性的等級論證上帝的存在。……世界上一定有一種最真實的東西，一種最美好的東西，一種最高貴的東西，由此可以推論，一定有一種最完全的存在。……因此，世界上必然有一種東西作為世界上一切事物得以存在和具有良好以及其他完美性的原因。我們稱這種原因為上帝。
第五，從世界的秩序來論證上帝的存在。我們看到：那些無知識的人，甚至那些生物，也為著一個目標而活動；他們活動起來，總是或常常是遵循同一途徑，以求獲得最好的結果。顯然，他們謀求自己的目標並不是偶然的，而是有計劃的。但是，一個無知者如果不受某一個有知識和智慧的存在者的指揮，如像箭受射者指揮一樣，那他也不能移動到目的地。所以，必定有一個有智慧的存在者，一切自然的事物都靠它指向著他們的目的。這個存在者，我們稱為上帝。
我們關於上帝的認識有三個特徵：首先，它是一種間接的認識，也就是通過上帝在自然中的影響來認識上帝；其次，它是一種類推的認識，也就是依據造物與被造物之間的相似性關係推論出上帝的存在；最後，它是一種整合的認識，我們只能從各個不同的側面逐步地認識上帝無限完美的本質。總之，這種認識是不完善的，但它畢竟是一種認識，它會教導我們，把上帝看做一種以自身為原因的完美存在。
神聖啟示告訴我們，上帝是宇宙的創造者在托馬斯看來，創世是只有通過啟示才可認識的真理。在創世中，上帝實現了他的神聖理念——在這裡，我們看到了柏拉圖理念論的再現，當然是以一種改變了的形式。
人與靈魂，我們略過托馬斯的宇宙學理論托馬斯堅持認為，地球是宇宙的中心。而直接轉向他的心理學理論，也是他的思想體系中的一個重要環節。對托馬斯來說，人的靈魂是值得我們深入研究和思考的對象。在他的許多著作中，他都討論過人的感情、記憶、個體心靈的能力和它們之間的相互關係，以及人的認識。
在這裡，亞里士多德的學說即物質是被動的，形式是主動的和起作用的原則。仍然是托馬斯的理論基礎。靈魂是賦予一切生命現象以形式的基本原則。這個原則應用到人身上也就意味著：「思維活動的原則、理性靈魂是人的肉體的本質形式。」托馬斯解釋說，人的靈魂是非物質的，也就是說，它是非物質的純粹形式，是一種純粹精神的不依賴於物質的實體。由此便產生了它的不可摧毀性和不朽性。由於靈魂是不依賴於肉體的獨立實體，因此它不會隨著肉體的消亡而消亡，並且作為純粹的形式它也不可能自我毀滅。人對永生的渴望並非純粹臆想，對托馬斯來說，這正好為靈魂實體的不朽性提供了證據，在這一點上，他與阿威羅伊主義者不同，因為他們只承認超個體的靈魂的不朽性。
有植物靈魂，它有代謝和繁殖能力；也有動物靈魂，它有感官知覺、慾望和自由活動能力。而在人那裡，除了以上這些能力之外，他還有理智能力，即人的理性。托馬斯賦予理性以絕對優先地位，理性高於意志。因此，托馬斯主義的靈魂和認識理論是理性主義的。在心理學方面，作為多米尼克教徒的托馬斯的觀點與同一時期的聖方濟各修士們的觀點是截然對立的。聖方濟各修士的神學理論是以奧古斯丁和柏拉圖的學說為依據的，他們強調人的認識的主動性特點。而托馬斯則以亞里士多德的理論為依據，強調認識的被動和接受的特徵。他認識到，認識主體與被認識的客體之間存在相似性。如果心靈中的形象與現實達成一致，那麼也就獲得了正確認識。在個別靈魂力量或能力問題上，托馬斯仍然承襲了亞里士多德的理論。
對於如何才能獲得正確的認識這個問題，托馬斯給出的答案是：並非通過分享神的觀念或回憶神的觀念。，而只是通過人的感官經驗。因此可以說，托馬斯是個經驗主義者。我們所有的認識材料都來自我們的感官。當然它們還只是材料而已。我們的理智將對這些材料作進一步的處理。感官經驗只向我們顯示個別事物。但是，理智的真正對像則是寓於個別事物之中的本質。為了認識這種本質，精神必須借助於「想像」。在這裡，康德的認識論已經以一種特別的方式預先被表達了出來，根據他的理論，認識產生於正在形成中的形象，這些形象是借助於人心靈中的思維和直觀形式並通過感官知覺而獲得的現象。剩下的問題只是，「想像」在感性直觀的繼續發展中是如何進行的，我們認識的哪些部分來自感性，哪些部分來自我們自己心靈的一般形式和特性。
緊接著是托馬斯的靈魂和認識理論，我們再來看他的倫理學思想。
托馬斯說：「要獲得幸福，人必須知道三件事情：第一，要知道他信仰什麼；第二，要知道他渴望得到什麼；第三，要知道他應該做什麼。」
作為道德行為的前提，托馬斯強調了人的意志自由。在這裡，托馬斯的觀點與奧古斯丁以及聖方濟各修會的神學理論也是截然對立的。在內心深處，托馬斯接近於一種決定論。涉及人的具體德行，托馬斯吸收了希臘的四種傳統的基本德行，即智慧、勇敢、節制和正義，並附加上三種基督教的德行：信、望、愛。托馬斯的倫理學思想結構是極其複雜的，但是他的基本思想卻很簡單：
理性是人的本性。只要他是人，那麼人的至善就在於：理性能夠在認識真理中獲得完善，人的欲求要以理性為準繩。人之為人，就因為他能夠掌握理性。一個人具備好的認識力並不意味著他就是一個好人，要成為一個好人，他必須具備好的意志。沉思的人生要高於庸碌的人生，倘若一個人能夠放棄掉一部分他對沉思的愛好，而對他的鄰人的幸福做點事情，那麼他就能夠更好地實現上帝的意志。凡是違背理性的事情，也必然違背人的本性。