他尊荀貶孔，鄙視王守仁和曾國藩，同康、梁保皇黨尊孔辟荀，吹捧王守仁和曾國藩，形成了明顯對比。在同康有為的論戰中，他還揭露說，清王朝「尊事孔子，奉行儒術」，完全是為了「便其南面之術，愚民之計」。從政治上揭露了保皇黨的尊孔論的真實用意。
針對康有為竭力神化孔子的企圖，章炳麟對孔子在歷史上的地位作了評價。他認為，孔子並不是「神」的化身、不是什麼「大教主」，孔子頂多不過是一位歷史學家和教育家，同司馬遷、劉歆是一類的人物。他還認為，孔子一向不贊成宗教迷信，主張「敬鬼神而遠之」，孔子是個「泛神論」者。據此，他指出，康有為等今文經學派，「以孔子為巫師」，搬出來《公羊春秋》的神秘主義，講什麼「三統三世」，把孔子奉為「神」，其目的無非是借孔子的招牌宣揚「滿漢不分，君民同治」，為鞏固清王朝的統治效忠。章炳麟把孔子說成是一個泛神論者，是對孔子學說的歪曲。但他之所以如此評論孔子，在於反對康有為的「建立孔教論」。
章炳麟雖然譴責了孔子，也認為「提倡國粹不是要人尊信孔教」，但有時自己又以孔子自居，說什麼「上天以國粹付余」，他如果死了，使中國「閎碩壯美之學」絕於余手，是則余之罪也」。
他還反對男女平等，反對文字改革，反對提倡白話文；他沒有把對封建舊文化的批判同反對封建制度聯繫起來，不能揭露孔子學說的實質。為了宣揚國粹主義，他還是把孔子抬了出來，說什麼「世無孔子，憲章不傳，學術不振，則國淪戎狄而不復，民陷卑賤而不升」，又把孔子吹捧為「救國救民」的「大聖人」。顯然，這是不可能駁倒保皇黨的尊孔論的。
三、唯物主義無神論思想
章炳麟是我國近代史上有名的無神論者。他開始是一個唯物主義無神論者，繼承了我國古代無神論的傳統，結合西方的生物進化論和資產階級的人種學，反對了宗教迷信和封建神權論。從1906年以後，他轉入了唯心主義，又從主觀唯心論的觀點批評了有神論。他之所以反對有神論，原因之一正如他自己表白的：「唯物之說，猶近平等；唯神之說，崇奉一尊，則與平等絕遠也。欲使眾生平等，不得不先破神教。」
他的無神論的主要鋒芒，是打擊一神教的說教，其目的之一在於宣傳資產階級的自由、平等觀念，是為資產階級革命服務的。
1899年，他先後寫了《天論》、《儒術真論》、《視天論》、《菌說》等文，闡發了荀子、王充和范縝等人的無神論思想，批判了靈魂不死、上帝創世說和目的論等唯心主義有神論。依據當時天文學的知識，他指出，所謂「天」，不是像古人說的是一個積氣而成的實體。因為離開地球若干尺以上，越往上而氣體越稀薄，所以他說：「若夫天體，余嘗謂蒼蒼之天，非有形質，亦非有大圜之氣。」那麼，所謂「蒼蒼之天」究竟是什麼東西呢？他認為，這實際上是籠罩在地球外部的大氣。他說：「余嘗持視天之說，以為遠望蒼然者，皆內蒙於空氣，外蒙於阿屯（Atom原子）以太而成是形，非果有包於各耀（星球）而成太圜之體者也。」又說：「蓋日與恆星，皆有地球，其阿屯以太，上薄無際，其間空氣復厚，而人視之蒼然，皆眾日之餘氣，固非有天也。」這就是說，所謂「天」，實際上就是「地氣」。所以他又說：「在地曰氣，仰瞻則曰天，猶雲與兩也，非有二質，故其所見異爾。」
章炳麟斷言既沒有「天」，又沒有「帝」和「鬼神」，這是對古今中外神權論的嚴重打擊，因而也從根本上否定了為封建政權作辯護的「天命」論。康有為等保皇黨，在戊戌變法失敗後，大肆宣揚「天命」，說什麼光緒皇帝未死，「有天命存焉」，中國他日必能立憲。章炳麟揭露說，這同漢朝王莽在滅亡前夕求救於「天命」一樣可笑，神權論的說教，同樣救不了保皇黨的命。他說：「撥亂反正，不在天命之有無，而在人力之難易。」他指出，改造社會，推動歷史前進，不是靠「天命」，只能靠革命。可以看出，章炳麟的無神論反對封建有神論的鬥爭，正是近代史上兩條政治路線的鬥爭在哲學上的反映。
由此他得出一個結論：宇宙中除了恆星和行星以外，並沒有「天」。他認為，一切恆星都是太陽，太陽都有自己的「地球」（行星），人類所要的地球是從太陽中生出來的，地球上的萬物都依賴太陽而生存，所以古人崇拜「天」、「祭天」，實際上是崇拜太陽，「假言曰帝，其真即日」。
章炳麟充分肯定荀子「明於天人之分」的唯物主義觀點，認為這是「以天為不明」的光輝思想，它否定了「以日為天，以天為帝」，以「上帝」「有恩威生殺之志」，「有福善禍淫之說」。這就是說，章炳麟認為，太陽是一個物質實體，並非人格神。他還說：「萬物之生滅消長，皆由太陽之光熱致之，而蒼蒼者無與焉。」
這是說，萬物生滅與太陽的關係完全是一種物質的自然關係，而根本不存在什麼神秘的「天」的意志。再則，關於日和地、日和眾日之間的關係，他也根據當時天文學的知識指出，這是由於物質引力的作用，「以己力繞本軸，以攝力繞重心」。又說，「體大者必能攝小體」，「地球為日所攝」，「日球亦因攝而動」，「地球及諸恆星之統於天河，夫何待言矣」。據此他認為，追尋太陽的「所自出」，是「卒不可得」的，結論只能是「日無所自出也」，「何必上帝」？於是，他明確宣稱：「若夫天與帝，則未嘗有矣。」這是依據唯物主義的自然觀有力地反對了有神論的說教。
章炳麟依據生物進化論又進一步駁斥了「上帝造萬物」的目的論。他指出，基督教的上帝創世說同漢代《淮南子》中講的「黃帝造人」說是一類的貨色，這種理論早被無神論者王充的「天道自然」、「萬物自生」的學說駁倒了。他闡發王充的觀點說，地球上的生物都是靠太陽的照射和風雨的資助生出來的，生出來以後，都因自己的「智愚馗健」的不同，互相吞食；通過競爭，大蝙蝠變成了恐龍，大蜥蜴變成了鱷魚。人類也是從動物發展來的，人開始不過是「一尺之鱗」，後來發展為猿猴，猿猴又逐漸變成了人。人類進化有早晚，在生存競爭中，有的進化為文明種族，有的成了野蠻人種。他還認為，萬物生長的老根是太陽，陽光對待人類和草木的滋長並沒有什麼區別，太陽並非鍾愛於人。因此他又得出結論說：「物生於日而其為禍福，則日勿與焉。」這樣，又駁斥了認為老鼠生來就是為了給貓吃的目的論。章炳麟認為，生物間的互相勝負是由於智愚的差別造成的，而智力的大小又是被其形體的大小決定的。這是宣揚一種機械論的自然觀。他反對目的論的鬥爭並沒有超出機械論的水平。
1906年，章炳麟發表了《無神論》，從邏輯上駁斥了基督教的神學理論。基督教神學曾宣稱：上帝耶和華，「無始無終，全知全能，絕對無二，無所不備」，所以是「眾生之父」，是造物主。章炳麟指出，這些說法同上帝創世說在邏輯上都是自相矛盾的。他駁斥說：基督教承認上帝七天創造了世界，又宣稱世界有末日，可見世界是有始有終的；既然有始有終，創造世界的上帝之心也一定生滅無常。因為上帝是「體」，世界是「用」，現象不離開本體，現象有生滅，本體的性質也必有生滅，所以上帝並非無始無終。關於「全智全能」，他駁斥說：如果說上帝全智全能，他就不應該創造出魔鬼來與自己對立；如果說，魔鬼不是上帝創造的，上帝就不是全智全能的了。
關於「絕對無二」，他駁斥說：上帝用「質料」創造了萬有，如果說「質料」存在於上帝自身之中，萬有則從上帝身中「自然流出」，便談不上創造；如果說「質料」存於上帝之外，與上帝並立，上帝就不是絕對無二了。關於「無所不備」，他又駁斥說：如果上帝無所不備，萬善具足，便不應創造人類，以增其善；如果說上帝創造人類是為了求善去惡，上帝就不是無所不備了。他還駁斥說：如果上帝是「眾生之父」，他一定有人格，既有人格，就要有配偶才能生殖子女；既有配偶，他就不是獨一無二的。如果上帝不需要配偶便能生殖，上帝便是最下等的單細胞動物。最後，他得出結論說：「若萬物必有作者，則作者亦更有作者，推而極之至於無窮力。」這是說，萬物如果是神創造的，神又待別的東西來創造它，如此推論下去，便沒有窮盡。章炳麟認為，這就犯了邏輯學上「循環論證」的錯誤。所以結論只能是「無神」，沒有造物主。
章炳麟的這些辯論，都在於證明「上帝」的觀念是人們虛構出來的，正因為它是虛構的東西，所以其論點不能自圓其說，必然是自相矛盾。章炳麟的這些辯論，揭露了基督教神學在理論上的虛構，不僅顯示了邏輯的力量，而且生動有趣，富有戰鬥性，為我國無神論史增添了新的一頁。
章炳麟對西方基督教神學的批判，在一定程度上表現了革命民主派對帝國主義文化侵略的反抗精神。他指出，基督教崇拜一神，其害在「使人人思想自由一概堵塞不行」，中國人信基督教就要「退入野蠻」時代。他說：在中國有些人信仰基督教，「不是崇拜上帝，實是崇拜西帝」，基督教毒害了中國人的民族意識。
章炳麟在對一神教的批判中，還稱讚了西方近代唯物主義者斯賓諾莎的泛神論，認為「不立一神而以神為寓於萬物」，「離於世界，更無他神」——這些觀點都是很深刻的，美中不足的是保存了「神」的稱號。他認為，既然叫做「泛神」，「神」的名字便可以去掉了。在對有神論的批判中，章炳麟還斥責了康德的不可知論。康德認為，上帝有無問題，超出人的認識範圍之外，所以既不能肯定為有，也不能斷定為無。章炳麟批駁說：一個東西的存在，不外通過感覺（「見量」）、內心省察（「自證」）和推理（「比量」）來證明，可是關於上帝的存在，既不被感官所證實，也不為內心所覺察，而且推論起來邏輯上又自相矛盾。因此，只能是「虛撰其名」，如同沒有實體的影子，不妨斷其為無（同上）。章炳麟認為，既然人的各種認識能力都不能證明神的存在，神就是不存在的。這是從左的方面批判了康德為宗教迷信保留地盤的不可知論。以上這些觀點，都具有唯物主義的性質，同樣是章炳麟的無神論中的積極因素。
章炳麟在反對有神論的鬥爭中，還分析了宗教迷信產生的根源。他認為，宗教迷信起源於人的愚昧無知。他說：由於古人對奮異的自然現象不可理解，於是以為「必有鬼神以司之」，這樣，祭天祀鬼、崇拜神靈等迷信便產生了。如古人所說的「河伯」、「海若」等神，其實都是大烏龜，因為不常見，其力勝人，所以被尊之為「神」。又如，人死以後，形體腐朽，智力消失，並沒有不死的靈魂。可是由於古人對死亡無知，親戚死後，總不忍心其死去，於是擺設供品；祭祀亡靈，以為馨香的氣味足以感動其魂魄來嘗，這樣又產生了鬼神崇拜。章炳麟指出，這些迷信早被古代的無神論者董無心和王充識破了，他稱讚董無心說：「其聖足以干百王之蠱。」他還分析了原始的怪力崇拜，把這種迷信稱之為「熒惑」。他說：人生來就有欲求，對他所追求的東西總想得到滿足，晝夜思念，達到狂熱的程度，便產生一種幻覺，以為真有一個神聖的東西能驅使他的形體，於是向它頂禮膜拜。章炳麟把這些宗教迷信總稱之為「幽靈崇拜」，認為它是同野蠻人的知識未開的狀況聯繫在一起的，進入了文明時代，這些迷信自然就消失了。
從1906年開始，他就搬出佛教唯心論，一方面用來反對一神教；一方面又用來建立他的「無神教」。按照章炳麟的說法，佛教追求的是「絕對本體」，即「真如」、「涅槃」、「阿賴耶識」等，不是人格神的上帝，它不在天上，而在「眾生」的心中，人們在精神上把一切差別對立的念頭都破除了，就能把握住這個「絕對本體」，就可以從塵世中解脫出來，成為有高尚道德的人。這是用主觀唯心主義的手法來宣揚有神論。