他區別了「天下之法」與「一家之法」。他把所謂「三代以上之法」理想化，認為「三代以上之法」是為天下而設立的，是為天下人民的生養教化而設立的，目的在於解決人民的物質生活與文化生活的問題。而「三代以下」的法，是為保持私家的政權而設立的，專制君主，既取得了政權，唯恐自己政權的命運不長久，子孫不能保持，預先考慮一些防備的辦法，「思患於未然以為之法」，這只是「一家之法」。制定這種法，是為了保持私家的政權，為了獨佔一切利益，「利不欲其遺於下，福必欲其斂於上」。於是這法不得不很細密。「故其法不得不密。法愈密而天下之亂即生於法之中。」法制越細密而流弊也就生出來了。這種法是有害於天下人民的。
「前王不勝其利慾之私以創之，後王或不勝其利慾之私以壞之。壞之者圖足以害天下，其創之者亦未始非害天下者也。」黃宗羲這樣抨擊了專制主義的法律，指明了封建社會的法制是專門保護君主私人利益而損害人民的。
黃宗羲認為應該廢除專制主義的「一家之法」，而恢復「天下之法」。他提出「有治法而後有治人」的學說。必須有正當的法制，然後依法辦事，才能辦出成績。如果法制不合理，即使有「能治之人」，也受法的牽制，為避免嫌疑而左顧右盼，只能在法所允許的範圍內辦事，不可能作出特殊成就來。
他說：「自非法之法桎梏天下人之手足，即有能冶之人，終不勝其牽挽嫌疑之顧盼，有所設施，亦就其分之所得，安於苟簡，而不能有度外之功名。」這就是說，改革法制是必要的，假如不從根本上改變制度，社會的情況是無從變好的。他強調了改革法制的必要性。
黃宗羲更提出了以學校為議政機關的思想。他認為，應該擴大學校的職能，使一切治理天下的設施都出於學校，然後設立學校的意義才算完備——「必使治天下之具皆出於學校，而後設學校之意始備」。這樣，學校應該是決定「是非」的最高機關。「天子之所是未必是，天子之所非未必非，天子亦遂不敢自為非是，而公其非是於學校。」皇帝應該聽從學校的公議，政治上決定是非的最高權力應該歸於學校。
他指出，東漢太學生的「危言深論」，北宋太學生的主持公議，都是正當的。假如當時的朝廷以學校的是非為是非，國家就可以保持平安了。「學官」，即學校的校長和教師，不應由政府任命，應由公眾推舉。「郡縣學官」，由「郡縣公議，請名儒主之」。首都大學的校長，更須由大儒擔任。「太學祭酒，推擇當世大儒，其重與宰相等。或宰相退處為之。」這祭酒應是皇帝的師傅。每月初一，皇帝到太學，宰相六卿諫議等官都跟著，「祭酒南面講學，天子亦就弟子之列。政有缺失，祭酒直言無諱」。祭酒對於朝政應有監督指導的作用。而郡縣學官應監督指導郡縣政事。在郡縣，每月初一、十五，召集紳士和讀書人開大會，「學官講學，郡縣官就弟子列」，郡縣官有政事缺失，小的就批評糾正，大的就敲鼓宣佈於公眾之前。這樣，皇帝以至官吏在思想上都應受學校的指導。
黃宗羲所謂學校，有議政的權力，有監督的作用，培養輿論，決定是非，監督政府，進退官吏，這可以說是各階層知識分子參與政權的機構。這所謂學校，從議政的功能來講，在一定程度上類似於議會，可以說是地主階級知識分子的議會。
應該肯定，黃氏所提出的擴大學校職能的學說是中國歷史上最早的關於議會的設想。這種設想在當時當然是空想，沒有實現的可能，然而在當時反對封建專制獨裁，也還具有進步的意義。
《明夷待訪錄》一書，在清代被列入禁書。到清代末年，進步的知識分子把這本書刊布出來，進行民主主義思想的宣傳，當時這本書發生了很大的啟發鼓舞的作用。
三、「氣外無理」、「心即是氣」
關於理氣問題，黃宗羲贊同明代一些唯物主義者的見解，肯定「理為氣之理，無氣則無理」。他認為，從宇宙整體來看，「氣無窮盡，理無窮盡」，都是永恆無限的，無始無終的；從萬事萬物來看，「日新不已」，氣有變化，理也隨而有變化，「不以已往之氣為方來之氣，亦不以已往之理為方來之理」。
這就是說，理是依氣而存在，隨氣而變化的。他堅決否認理的獨立存在，他說：「天地之間，只有氣，更無理。所謂理者，以氣自有條理，放立此名耳。」
這就是說，氣是實體，理只是氣中的條理，並非另外一個實體。黃宗羲反對程朱學派以理為最高實體的客觀唯心主義，他接受了一部分唯物主義者的理在氣中的觀點。陸王學派從陸九淵以來即強調形上形下的統一，反對程朱理在氣先的觀點，黃宗羲講氣外無理，在一定意義上也可以說是繼承和改造了陸王學派的傳統；但他明確肯定明代唯物主義者王廷相等人在這一方面的學說，他顯然接受了唯物主義的思想。
但黃宗羲又認為，世界是氣的世界，又是心的世界，心才是最高的實體。他說：「盈天地皆心也。變化不測，不能不萬殊。」「故窮理者，窮此心之萬殊，非窮萬物之萬殊也。」（《明儒學案》自序）世界萬物只是此心的變化，這也就是認為，世界只是心的表現。他更提出「心即氣」的學說，認為：天地之間充滿了氣，生出人來，生出物來。「人稟是氣以生，心即氣之靈處。理不可見，見之於氣。性不可見，見之於心。心即氣也。」（《孟子師說》卷二）心就是氣的「靈處」，所謂靈處即強調認識作用。理氣關係和性心關係是一致的，性就是理，所以心就是氣。他又說：「氣未有不靈者，氣之行處皆是心，不僅腔子內始是心也。即腔子內亦未始不是氣耳。」
黃宗羲的哲學思想有兩方面。一方面，在理氣問題上，他宣揚了「理在氣中」的唯物主義觀點，批判了程朱學派的客觀唯心主義；另一方面，在心物問題上，他又宣揚「一切皆心」，接受了王守仁的「心外無理」的主觀唯心主義，堅決反對理在心外的唯物主義觀點。他的哲學思想可以說是搖擺於唯物主義與唯心主義之間。氣沒有不靈的，所以氣就是心，心就是氣了。陸九淵、王守仁講「心即理」，即認為心外無理，理在心中；黃宗羲講「心即氣」，也就是認為心外無氣，氣在心中，即認為一切存在都是心的表現。
黃宗羲講心，也有與陸王不同之處。第一，陸王講「人同此心，心同此理」，強調心的永恆不變與唯一無二。黃宗羲卻認為心是萬殊的，是變化不測的。第二，陸九淵講「本心」，王守仁講「心之本體」，黃宗羲卻說：「心無本體，工夫所至，即其本體。」這否認了心有本來狀態，修養所達到的境界就是心的本來狀態。這裡，他強調了「變化」，強調了「工夫」。他認為，學術途徑很多，「其途亦不得不殊」，如果「必欲出於一途」，是沒有好處的。他強調說：「夫先儒之語錄，人人不同，只是印我心體之變動不居，若執定成局，終是受用不得。」
黃宗羲受王守仁的影響很深，他所寫的《明儒學案》以王守仁為明代學術的中心人物，他更堅持王守仁「心外無理」的唯心主義觀點。他曾說：「天地萬物之理實不外於腔子裡，故見心之廣大。」如果「以天地萬物之理即吾心之理，求於天地萬物以為廣大」，即認為心外之理與心內之理內容相同，而心外也有理，故應求之於天地萬物，那就是「仍為舊說所拘」。
他這樣完全否認不以人的意志為轉移的客觀規律的存在。在這些方面，他不能夠從王守仁的唯心主義影響下解放出來。
他這樣反對「執定成局」，主張自辟途徑，也可以說是在一定程度上主張學術思想自由。在這點上，可以說富於啟蒙思想的色彩。