公元前195年左右，西漢高祖十二年。中原戰亂四起。燕人衛滿率部千餘人逃往箕氏朝鮮，後於公元前2世紀初推翻箕氏的後代准王，建立了衛氏朝鮮，其統治中心在現大同江中游一帶，之後，又有大量燕人向朝鮮半島的北部遷入。
公元前108年，漢武帝滅了衛氏朝鮮，在朝鮮半島的北部建立了樂浪、臨屯、真番、玄菟等郡縣，史稱「漢四郡」，大量漢人遷到朝鮮半島。漢魏之時，在朝鮮半島南部分3個部落聯盟集團，即馬韓、辰韓、弁韓,史稱三韓。
公元1世紀開始，中國東北地區興起的高句麗人，通常認為其主源為夫餘人等貊族後裔，沿鴨綠江流域南下，佔據朝鮮半島北部，並於427年遷居平壤，大量的漢人遷入，在高句麗統治下，一起又融合成新的民族；同時，部分高句麗人南下，與半島南部的馬韓人一道建立了百濟國；辰韓建立了新羅國家。朝鮮半島上形成三雄爭霸的局面，史稱三國時期。高句麗、百濟和新羅三國之間互相爭鬥，一直打到公元七世紀。
自6世紀中葉開始，新羅國力日益強盛。在唐朝支持下，新羅與唐朝軍隊組成聯軍，於663年和668年先後征服百濟和高句麗。在朝鮮半島的大部分地區建立起統一的民族國家。[8]
在世界地圖上，日本位於亞洲東面，太平洋的西北角。約1.5萬年前，日本列島仍舊與亞洲大陸相連，冰川期過後,出現了日本海，先後形成了朝鮮海峽、津輕海峽、宗谷海峽等。此後，日本逐漸脫離大陸。距今１萬年前，形成現在的日本列島。從日本向東，是浩瀚的太平洋。向北，是荒涼的西伯利亞大陸。向南，是太平洋最深的馬裡亞納海溝。
與朝鮮史相比，日本的史書較為混亂，大量充斥著半真半假的神話與偽史。據研究日本的土壤呈酸性，人和動物的骨頭難以長期存在，因而不能變為化石。而考古人員只能靠找遠古地層中的石器來瞭解當時人類的文明。日本考古學會宣佈，日本尚未發現石器時代早、中期遺址，也沒有在列島找到存在過猿人的證據。
日本人種學家埴原和郎經過研究指出，日本人起源有「二重結構模式」。該模式認為，在日本主要存在兩個人群分支演化，一是從繩文時代人到現代阿伊努人；二是從彌生人到現代日本人。繩文人的祖先來自更新世晚期的東南亞古人類，彌生人的祖先則來自亞洲大陸東北部，包括西伯利亞東部、中國東北部和蒙古地區，他們到達日本後，與原住居民發生混血而形成現代日本人的主要成分。據人口每年增長的速率和頭骨形態長期變化而做的計算機模擬顯示，從彌生時代開始到8世紀的1000多年間,來自亞洲大陸的移民的整個數量被估計為從40萬到超過100萬，數量與規模巨大。日本NHK曾經播放過一檔專題節目，指出本州日本人獨有的線粒體基因類型僅佔4.8%，而一半與韓國(24.2%)以及中國(25.8%)共有。日本人種學家佐原真在其《日本人的誕生》一書中，引據Y染色體的研究結果，指出在1.2萬年前攜帶D2系統進入日本的「渡來人」，占當時繩紋人的34%，一萬年前攜帶N系統的占5%，而兩者都從朝鮮半島而來。
一萬多年前，日本地區的居民是阿伊努人（Ainu)，他們是最早遷過來的人群，從事漁獵，近親屬棕種人。他們創造了繩紋文化，帶來了陶器，這種狀態持續了數千年，而在公元前2世紀以後，帶有鐵器的中國大陸黃色人種通過朝鮮半島，穿越海峽進入了日本，由於擁有鐵器文明，這一族群數量開始爆炸，並融合了原住民，形成了日本民族的基礎，今天日本人大多數的父系祖先來自大陸遷移者。
在古代，日本進入大陸的主要途徑只有朝鮮半島，因此，日本開化較晚，中華文明有文字記載的歷史就已經有了5000多年，從中華文明進入成熟期的漢朝開始，日本文明才在文明史上露出身影，世界上用文字記載日本史的不是日本人，而是中國人。
在日本在處在石器時代（繩紋時代）時，中國已經處於春秋戰國時代，形成了由富裕的貴族和貧窮的平民組成的帝王之國；帝國中出現了有高牆保護的城鎮，人居住其中，國家處於向中央集權過渡階段，不久，中國變成了世界上最大的帝國。到了這時候，中國人至少已經有了900年文字書寫史，1500年金屬工具史，已發明世界上第一個鐵器，這些技術傳播到朝鮮半島。
據英國學者肯尼斯·韓歇爾的《日本小史》記載，日本人對於彌生時代的瞭解，基本來自中國文獻。公元２世紀後，中國進入到漢朝的鼎盛期，隨著大陸移民不斷的遷入，日本列島的人口和生產技術都有了提高，貧富分化加劇，各部族戰爭形態也日益激烈，日本列島部族開始了大混戰。在公元82年成書的《漢書·地理志》中，提到日本列島由100個王國組成的倭地，倭人定期攜貢物來漢朝在朝鮮的領地樂浪郡朝貢。當時的日本，還處於刀耕火種的蠻荒時代，日本人只能住在土洞裡，其土木建築技術是朝鮮人傳授的。這時的日本人還沒有自己的服裝，沒有針、剪，穿得很不成樣式，《魏志·倭人傳》記載，日本的男子「其衣橫幅，但結束相連，略無縫」；日本的女子「作衣如單被，穿其中央，貫頭衣之」。而且男子無論大小，都「鯨面文身，以朱丹塗其身」。即此時日本男人身上如同纏個麻袋，女人身上如背了床單被，渾身刺滿了圖騰物，還處於原始部落社會的狀態。
在古代，「人多勢眾」往往是一個強國的基本條件，唯有先成為強國，才有可能最後一統天下。日本上古人口稀少，國力不振，因此極歡迎東亞大陸的「歸化人」。日本在彌生末期（公元3世紀左右）人口估測約為200萬至300萬人，大和時代人口則顯著增長，至500萬人。而日本300至500萬左右的人口，相對於當時漢朝6000多萬人口仍很少。
據《後漢書倭傳》，建武中元二年，日本國王遣使入漢都洛陽進貢，願為漢臣藩。求漢皇賜名，漢遂賜「倭國」。其王又求漢皇賜封，光武帝又賜其為「倭奴王」，受賜「漢倭奴國王印」，安帝永初元年,「倭國王帥升等獻生口百六十人,願請見」。所謂獻貢「生口」，即奴隸，在當時，能夠作為貢品的,對於這些原始的部族集團來說,除了某些天然產品之外,就是奴隸——「生口」。1784年(清乾隆四十九年、日天明四年)，在日本北九州地區博多灣志賀島，即出土一枚刻有「漢倭奴國王」五個字的金印。
在《三國誌》《魏志·東夷傳》中，用了約兩千字的篇幅介紹了三國時代倭國的情況。書中提到了當時在日本有一個很大的女王國稱「邪馬台國」，下屬30多個小國。統治該國的女王為「卑彌呼」。書中提道，邪馬台國雖然歷代也以男人為王，但是在連續六七十年的戰爭之後，他們擁立了卑彌呼擔任女王。卑彌呼擅用鬼神之事迷惑百姓，年紀很大卻沒有結婚，只有弟弟輔佐朝政。卑彌呼為王以來從來沒有外人能夠見到她的面，只有千名仕女以及一名送伙食的男人出入宮闈。
據歷史學家考證，邪馬台國就在日本九州島和本州島，也是日本列島中離中國大陸最近的地方，這一國對日本人歷史文化產生了巨大影響，日本民族精神與風俗在這個國家得以奠定成型，中國語言學家鄭張尚芳認為邪馬台是Yamato(日語大和)的音譯。二者之間的傳承關係可見一斑。
邪馬台國官吏從中央到地方分七級。中央一級官員由大倭、大率、大夫組成。大倭管理市場,大率是巡視地方的監察官，大夫是刺史。據記載，公元238年，卑彌呼女王派遣使者朝見魏帝曹睿。魏帝賜予卑彌呼以刻有「親魏倭王」的紫綬金印一枚，包括銅鏡百枚在內的禮物若干。邪馬台國與列島另一大勢力狗奴國向來不和，卑彌呼女王曾特地遣使者來到魏國求助。而那些不接受邪馬台統治的小國，則認為自己是吳泰伯（春秋戰國時期吳國第一代君主）之後，與吳國親近。
在邪馬台國，政治制度建立在嚴格社會等級之上的，人群被劃分為貴族（大人）、平民（下戶）、奴隸（生口和奴婢）幾個等級，大人皆四、五個妻子，是上層統治者，下戶則有二、三個妻子。兩者間的地位與尊卑差別明顯。而奴婢和生口則具有奴隸性質。政治權力在以國王為中心的貴族中按等級分配。邪馬台國以及在此基礎上形成的大和國都奉行嚴格的等級制度。
據美國布朗大學歷史學教授詹姆斯·麥克萊恩的《日本史》一書，大和國又稱倭國、大倭國，晚於日本邪馬台國，為4至7世紀日本奴隸制國家。大化改新後天皇執政，大和時期結束。
《日本書紀》是日本最早史書，成書於公元720年(唐開元8年)，記載了早期的日本歷史。該書模仿中國史書的體裁稱「書」稱「紀」，記錄皇家歷史。就像隋唐以前中國史書的「本紀」一樣，在記載初代帝王時，闌入很多神話和傳說資料，以突顯皇族的神聖淵源。
《日本書紀》分為「神代」和「人代」兩個部分，「神代」是其神話傳說時代，而「人代」則是日本皇族的歷史。「人代」開篇於第一代「神武天皇」，稱其在「辛酉年」(公元前660年)即位，開始了日本皇室「萬世一系」的脈絡。
日本第一代天皇神武天皇一直是個謎，被稱為天照大神後裔，其在《日本書紀》中被稱作為神日本磐余彥，在《古事記》中則名為神倭伊波禮毗古命。
《日本書紀》將神武天皇的譜系神祇化，追溯其玄祖為「天照大神」，而「天照大神」的父母則是「神世七代」的天神伊耶那岐、伊耶那美夫婦神。從「神武天皇」到《書紀》成書時的「今上」——「女帝」元正天皇(715-724在位)，近1400年，共有44代天皇。據日本歷史學家考證，至少前十餘代天皇，缺乏史料佐證，其後的譜系也多有不足憑信之處。而日本進入現代社會後，在很長時間內仍然將其視為信史，並寫入近代日本第一部根本大法《明治憲法》(1889)，標榜天皇的法統，直至二戰結束。
在日本明治時代，許多學者開始接納日本歷史上充斥著「渡來人」（移民）的說法，其中不少學者認定大和民族使這些陸續湧進的渡來人「和化」，即被歸化與同化，單一民族「國體論」又變為「混合種族論」，之後又成為後來日本侵佔台灣和朝鮮半島的「借口」之一。既然日本皇族的血統都來自朝鮮半島，那就證明古時候就是「日朝同族」，朝鮮半島自然就是天皇的屬地之一。這種「同文同種」之說又擴大到中國東北，又擴大到整個中國，成為日本軍隊侵華的依據之一。民族起源論，最後變成政治指南和國家行為的依據。
1872年，日本明治政府將神武天皇「踐祚」之日用西曆推算出來，定每年二月十一日為「紀元節」，作為日本的國慶日，全國慶祝。在戰後，昭和天皇發表了「人間宣言」，宣佈自己和所有日本人一樣也是「凡人」，放棄皇族譜系的「神」性，1948年「紀元節」被廢止。日本人推崇皇族的「萬世一系」，正是想顯示日本文化的正統和獨特。雖然天皇在盟國佔領軍的脅迫之下放棄了日本皇族的「神」性，但很多日本人並不願意放棄對自己民族的優越感。1966年在佐籐政權的運作之下，將「紀元節」改名為「建國紀念日」，恢復為法定節日，把被美國人切斷的歷史又重新連接起來。
在東亞地圖上，日本西南面距離中國大陸約900公里，中間沒有島嶼作為連接點。日本的九州島距朝鮮半島僅180公里，並且還有對馬島做連接點。中日間900公里的海洋距離並不遠，但在古代卻是很難投送軍事力量的距離，大海與補給線難以輕鬆逾越。如從陸路進攻日本列島，要穿過崎嶇的朝鮮山脈，及準備好強大的海軍力量，因此，日本一直處於一個安全的位置，可自主定位與中國的關係。由於朝鮮半島夾在日本列島與中國大陸之間，因此，半島上的族群常受到中國北方的遊牧民族及日本的雙重力量擠壓，就很難強大起來。
歷史上，中國與日本在甲午戰爭之前，大規模的戰爭有三次，分別為唐朝白村江戰爭，元朝蒙古侵日戰爭，明朝萬曆戰爭，除元朝蒙古侵日戰爭外，戰爭均以日本失敗告終。但冷兵器時代的背景下，日本沒有足夠的資源來實現其目標。而日本明治維新後捲土重來，之後的戰爭即是中日曆史上的第四次戰爭。[9]