故宮文物西遷，是中國人民保護珍貴歷史的壯舉，也是第二次世界大戰中保存人類文化遺產的奇跡。1947年9月3日，馬衡在北平廣播電台，專門做了《抗戰期間故宮文物之保管》的著名演講，其中詳實說明了文物西遷過程，卻沒有絲毫提及個人在這艱苦卓絕的十年中的貢獻。
有誰知道，正是在他披肝瀝膽救搞國寶之際，他那從軍的小兒子馬文沖在南京保衛戰中身負重傷，撤之武漢救治，住院70多天。正在主持中路文物運輸的馬衡路過武漢，前去醫院，兒子剛做完手術，還沒有從深度麻醉中醒來，馬衡在他床邊守候良久，男兒有淚不輕彈，只因未到傷心處。從不落淚的馬衡此時落淚了。他不能守候在死亡線上掙扎的兒子身邊，國寶在等待他的組織保護，他有兒子，但他更是中國人民的兒子。如此揮淚而去，終不能與兒子說一句話。而病榻前昏睡的馬文沖甚至不能領略如此舐犢情深的表露……
又有誰知道，當馬衡護衛著國寶長途跋涉時，1940年，他的身在上海的妻子葉薇卿卻終因病重而逝。烽火連天，夫妻不得互扶，葉薇卿終年才56歲。
幸有郭沫若這樣的大人物對馬衡之大功還是清楚的，在《凡將齋金石叢稿》一書的序言中作了充分的肯定：前日本帝國主義發動大規模侵華戰爭期間，馬先生擔任故宮博物院院長之職，故宮所藏文物，即蒙多方維護，運往西南地區保存。即以秦刻石鼓十具而論，其裝運之艱巨是可以想見的，但馬先生從不以此自矜功伐。
馬衡為人的崇高品德，為人方正，他的剛直無私，淡泊名利，他的愛國思想與民族氣節，甚至就是在國難當頭中，也似乎只是不動聲色地流露出來。他是一個大默如雷之人。
馬衡對國寶文物的又一個卓越的貢獻，是在1948年前後，他千方百計地保護下了留在北平的珍貴文物，使其不曾離開故宮。
有誰會想到，無比珍貴的故宮國寶會經受如此之多的磨難，而故宮文物的捍衛者又要經受如此之多的命運的抉擇。1948年11月10日，故宮博物院召開理事會，在院長馬衡缺席的情況下，決定把存放在南京的文物中選擇精品運往台灣。而北平文物的遷運工作，卻一拖再拖，每次上面催促，馬衡都有理由，比如機場不安全，暫不能運出等。朱家溍先生回憶說：北平和平解放了，有一天，我問馬院長：「是不是本意就不打算空運古物？」馬院長點燃一枝雪茄，連吸幾口，從鼻孔冒出兩縷煙，微笑著說：「我們彼此會心不遠吧。」……他告訴我：他的兒子馬彥祥在解放區，早就設法和他聯繫過，所以他決定不走，並且盡可能使空運古物不成事實。
事實上，馬衡的氣節也使他不願意離開大陸。1949年1月，南京政府派專機來接北平國民黨高級將領和文化界知名人士時，馬衡是名列其中的，但他一拖再拖，終於留在了大陸。
馬衡的選擇，不僅僅是他個人的選擇，也是他整個家族的選擇。他的大兒子馬太龍早在抗戰初期就離開了重慶政府，不願意再與這個沒有前途的腐敗政府綁在一起。他的次子馬彥祥早已作為共產黨的骨幹活躍在中國戲壇之上。1949年春天，他是作為北平軍管會所屬的文化接管委員會首批人員進入的北京，當時的職務是文管會文藝部副部長兼舊劇處處長。他的小兒子馬文沖經歷最為坎坷，抗戰初期重傷之後，被馬衡接到重慶故宮博物院辦事處，養了近一年的傷，剛好黃埔軍校入川，馬文沖就歸校擔任了騎兵科助教，一年後又回軍隊任職，重返前線。
抗戰勝利之後父親就勸其子早日轉業。1946年馬文沖所在部隊上了內戰前線，辭行時馬衡正告其子：國家大病之後，滿目瘡痍，哀鴻遍野，你切勿捲入內戰，否則將死無葬生之地。馬文沖說：軍人以服從為天職，豈可惜死？馬衡聽後大怒曰：我豈教你貪生怕死，當年你奔赴抗日前線，我不是教導你要英勇殺敵嗎？為保衛祖國而戰，戰死也光榮。如今你為少數人的意志賣命，進行禍國殃民的內戰，你穿這身軍裝走在人前，人皆側目而視，你不覺得可恥嗎？
父親的當頭捧喝喚醒了夢中人，馬文沖未曾把槍口對準共產黨的軍隊，但他也無力擺脫那舊有的軌道，他去了台灣。然而父親的召喚竟然會如此振聾發聵，馬文衝回憶:「他那時候教育我，國家只有一個中央政府，中央政府是祖國的代表。」中華人民共和國剛剛建立，馬衡就通過他在香港大學教書的五弟馬鑑勸馬文沖快快回來。一年之後，馬文沖帶著妻兒竟然奇跡般地從台灣回到了大陸，回到了他親愛的父親身邊。
母親，我並不想在馬衡先生的晚年為我們這個時代發生過的不幸和稀泥，將曾經有過的深深的隱痛化解為烏有，就像我並不想把我母系家族曾經發生過的悲歡離合從我記憶中輕易抹掉一樣。
馬衡先生面臨著的是一個完全不同的語境。在那個語境裡，他不是大師，而是幼兒園小朋友，一切都得從頭學起了。從言談舉止，到靈魂深處。
而這一切，馬衡是缺乏準備的，或者說，他根本就沒想去準備。他全部的精力，一以貫之地花在他終身熱愛的金石文物工作上。1951年，故宮對建院以來的舊體制開始進行改革，工作是相當的繁重，馬衡的心思卻沒有化在政治上，他精神十足地開始收購大量珍寶，其中著名的「三希堂法貼」，就是當時的他和王冶秋一起去香港鑒定收回的。
如此地不重視學習，不講究政治，不洗心革面，不靈魂深處暴發革命，對時局的演變又如此懵懂，糊塗一片，自然就會換來第一陣暴風驟雨的狂轟。1952年，「三反運動」來了，馬衡和故宮的一批幹部被揪了出來，開始了沒完沒了的審查交代。有一種奇怪的邏輯在故宮幽靈般流傳：深山必有老虎，馬衡既然在故宮工作了30多年，他就不可能沒有貪污盜竊的隱情。這種假設有罪的邏輯，讓玉人般的馬衡連回駁的準備都沒有。這一切都實在是太荒唐了，從馬衡這裡自然是什麼也問不出來的，於是便去訊問馬衡的司機，司機話;馬院長上班下班，從來就是空手來去，連包都不拿，而且他上下車全部在大廳廣眾下進行，他怎麼可能盜竊貪污呢。
查了馬衡兩個月的問題，什麼也沒有查出來，只得做罷。但就此罷體又太便宜了馬衡，於是找了馬衡的別的缺點，架子大，和勞動人民缺乏感情。這是當時對知識分子普遍的意見。有人竟然用這樣的辦法來整治他，讓這個七十歲的古稀老人每天拿一個小板凳到故宮後門外和那些人力車伕坐在一起學習。馬衡這麼大的一個學問家，一輩子與書打交道，何嘗遇到這樣的精神上打擊。幸而不久之後郭沫若知道了這一消息，連忙讓人通知他回去，他這才算是得了解放。
雖然用不著再和人力車伕坐在一起學習了，但馬衡的故宮博物院院長之職卻也因此被解職，他被調任全國文物委員會任主任委員。這對馬衡是一個極其重大的打擊。他為故宮博物院整整服務了27年，其中有19年擔任院長之職。這19年中多值戰亂，烽煙遍地，故宮文物南遷、西運，新舊政權交相更替，他始終以保護故宮文物為己任，盡職盡責，此情此心，可謂杜鵑泣血，披肝瀝膽。他那為保護中華民族珍貴文化遺產的勞苦與功績本該永載青史，誰曾想還要受到如此地污蔑。他一生性格平和、為人慎獨嚴謹，從不輕下判斷，他在歷史的關頭做出了相信共產黨的重大抉擇，他不能懷疑自己的抉擇，又不能接受某些人對他的污辱。他的晚年進入了精神上極大的苦悶之中。
另有一件事情也讓他心事重重。他好不容易才把小兒子從台灣召喚回來，但小兒子的生活並不盡人意。從台灣回來後他就參加了革命培訓班，最後被分配在了山東單縣教書，作為內控的人員，馬文沖得不到政府的信任。此時的父親已經無力像戰時那樣照顧這個小兒子，只能讓他在當地好好工作。
儘管他精神很苦悶，馬衡還是準備把所有文物捐獻給故宮，馬衡一生搜購文物花錢從不吝嗇，他收集的圖書、書畫、碑帖等文物堆滿了４間屋子。1952年就捐獻了一批，兒女看他的房子都已經破了，勸他賣兩件文物，修修破了的房子。馬衡說不賣，也不留給子女，只說死後全部捐獻給故宮。馬衡去世後，其子女遵其遺願，將其所遺文稿數十萬言，以及歷年所藏萬餘冊圖書及９０００餘金石拓本等文物，悉數無償地捐獻給故宮博物院。
馬衡就是以這樣的赤子之心來回答那些懷疑他、污辱他人格的聲音的，就是以這樣深深的愛來擁抱那與他相依為命的故宮博物院的。
長期的憂鬱，終於讓七十歲的老人患上了癌症，1955年3月26日，馬衡病逝在北大醫院的急症病房中。臨終時的馬衡，懷著的又是怎麼樣的無盡的隱痛和巨大的遺憾啊，他沒有能夠看到他最疼愛的小兒子馬文沖。因為就在同一天，發生了刻骨銘心的悲劇性的一幕，遠在山東的馬文沖被當作台灣特務逮捕入獄了。聽到北京傳來父親去世的消息，悲痛欲絕的馬文沖想起了被迫離開故宮的父親在小院裡和自己的一起拓碑的場景，他想起了父親曾經告訴過他，他收藏的寶貝，最終都是要捐獻給故宮的。他大聲痛哭。辦案人員告訴他不能讓他回京，因為害怕他就此潛逃，父子倆個無論如何也不會想到，從那天開始，馬文沖被關押了整整20年。
時光荏苒，歲月自有它極強的糾偏能力，六十年過去，生活來到了馬衡先生生前所希望的時代。2005年是故宮博物院成立80週年，也是馬衡去世50週年。現任院長鄭欣淼為紀念老院長向故宮捐獻的兩批文物約兩萬多件，特地著文寫道:
抗日戰爭勝利後，馬衡院長領導故宮博物院奉命復原，組織西遷文物東歸，接收流散文物，並順應歷史潮流，依靠進步職工，使南京政府空運北平本院文物珍品去台灣的設想落空，拒絕了要其赴台的電令，毅然選擇了新生的人民政權。馬衡先生1952年離開了他以身相許的故宮博物院，心情當是很複雜的。但他對故宮的摯愛不僅沒有改變，反而得到了昇華，也就在這一年，他將珍藏的包括宋拓唐刻顏真卿《麻姑仙壇記》卷在內的甲骨、碑帖等400多件文物捐獻給了故宮博物院。在他去世後，子女遵其遺願，又將1.4萬餘件（冊）文物捐給了故宮博物院。這是馬衡先生日積月累收購來的，花費了他一輩子的心血，全部捐給了國家，捐給了與他生命聯結在一起的故宮博物院，表現出馬先生的品格和襟懷，更是培育故宮人精神和形成故宮傳統的寶貴的精神財富。」
行文至此，我突然想起一件近日發生的文化盛事。母親，昨天晚上的新聞聯播您看了嗎，媒體報道了北京故宮和台北故宮將共同舉辦各種有關國寶文物活動的消息。那正是在馬衡先生手裡一件件整理搜集起來的國寶啊！六十年海峽兩岸的分離，中國的國寶，終於即將又會合在一起了。馬衡先生，您若泉下有知，會不會又將大聲喚酒，痛飲慶賀呢？
會的！