李隆生估計整個明朝中國從國外輸入了約14750萬噸白銀，儘管這一數量在他看來，只有唐、宋、元、明四朝自產白銀總量的六成左右，但考慮到這是在明亡前100年的流入量，相當於同一時期明朝中國國內白銀產量的近10倍，就不難理解它對中國所產生的重大影響。
飛來橫禍：死裡逃生馬尼拉
月港開放，改變了許多漳泉人的生活。
因明朝時中國的棉布、生絲、絲綢等受到葡西商人及海外市場的普遍認可，很多漳泉人就移居菲律賓從事這一中介貿易。在16~17世紀，到呂宋一地的福建月港（海澄）人就佔了絕大多數。明人高克正在《折呂宋采金議》中說：「澄民習夷，什家而七。」
福建人一貫的做法是，與西班牙人約定價格，然後回國代為採辦。1591年西班牙的菲律賓總督發現，當地土著因為使用中國的衣料，不再種棉織布，中國棉布很快成為土著居民的生活必需品。1592年馬尼拉總督向西班牙國王報告說，中國商人收購菲律賓的棉花，轉眼就從中國運來棉布。棉布已成為中國在菲律賓銷路最大的商品。
但回國採辦也有硬傷，那就是商品運輸不方便，增加成本，部分福建人索性將部分生產環節轉到菲律賓，於是在菲律賓出現了大批由華人經營的圍繞棉布、絲織業做文章的作坊商店，這是中國移民史上非常值得回味的一幕，也是400多年前國際分工合作下中國向周邊國家的一次產業轉移。
作為菲律賓的首府，馬尼拉是一座以耶穌名字命名的城市。自1571年西班牙人佔領馬尼拉之後的300年間，這座城市接踵而來了荷蘭人、英國人、美國人，而來的最多的，還是福建商民。
在馬尼拉貿易之初，就已有150多名華人生活在這裡，除許多來自中國的水手外，馬尼拉的建造者主要是中國的技術人員和工人。1582年，馬尼拉出現華人區。再稍晚，也就20多年的光景，馬尼拉華人就達到2萬多人，華商日益成為一股力量。
就是這個時候，因與西班牙人做生意成為佼佼者的華商李旦躍升為馬尼拉華人社會的領袖。李旦，大約在1560年出生於泉州府同安，是一位百貨業大王，從印度尼西亞泗水到日本長崎，從大到小的生活必需品，都能在李旦經營的百貨店裡找到。
當菲律賓總督氣急敗壞地下令禁止土著使用中國衣料（絲綢、棉布）時，在西屬拉美市場上，西班牙貨也相繼被中國的棉布、絲綢所驅趕。中國的棉絲在世界市場有所向披靡之勢，這得益於它們的價廉物美。一直到18世紀末，中國絲綢等商品佔據墨西哥進口總值的63%。期間，墨西哥市場上中國絲織品價格是西班牙同類產品的1/3，秘魯的1/9，在東南亞是荷蘭同類產品的1/3，在歐洲是歐洲產品的1/4~1/3。甚至，中國鐵釘在菲律賓市場價格只是西班牙產品的1/4，致使秘魯總督卡涅特於1590年專門派人赴菲律賓購買中國銅、鐵製品。
大量棉絲織品湧入西屬殖民地，這種建立在棉絲與白銀之間的交易，在西班牙國內，引起了以格拉那達和安達盧西亞的紡織業及商運集團最為強烈的反對。在王室看來，這種貿易關乎西班牙的國際戰略，他們認為，「最好是購買中國貨，不購買歐洲貨，因為中國永遠不會構成對歐洲的威脅；而歐洲一旦以西班牙的白銀養肥了自己，就會用武力來對付西班牙」。
王室也作出了某些妥協，那就是只允許馬尼拉的西班牙商人與墨西哥進行貿易，而規定其不得進入其他西屬美洲殖民地（1582年），甚至在1585年禁止墨西哥進口中國商品，此後到1727年，西班牙國王又至少18次下令禁止中國絲織品在美洲的轉銷。
這些禁令也遭到大帆船貨運集團、馬尼拉的西班牙商人集團以及菲律賓和墨西哥等殖民當局不約而同的抵制，從而使得禁令難以奏效。1594年，西班牙國王再次發佈命令，禁止菲律賓、墨西哥直接對華貿易，將此項貿易特權留予澳門葡萄牙人獨享，其他人不得染指。
17世紀初，墨西哥人穿絲綢多於穿棉布。1602年秘魯總督報告說：「身居利馬的西班牙人都穿用價格昂貴的綢緞，其婦女衣著之華麗舉世難尋。」不僅利馬如此，稍後，「從智利到巴拿馬，到處都售賣和穿著中國絲綢」。
1586~1590年，馬尼拉從中國商品所徵收的進口稅才只佔全部進口稅的36%，到17世紀初就上升到80%，最高年時達92.06%，貿易額超過100萬比索，這一時期的中國商船牢牢控制了馬尼拉貿易。
這一切構成了1603年馬尼拉大屠殺的宏觀背景，而導火索多被傳言與一個謠傳有關。為迎合萬曆皇帝對金銀的需求，具有海歸背景的泉州同安人張嶷妄稱，菲律賓呂宋島上有一個叫機易山的地方，每年出產10萬兩黃金和30萬兩白銀。福建礦稅聽說後，就滿懷憧憬地上報給了萬曆皇帝。
儘管科道官員強烈抗議，但萬曆皇帝仍奏准並派人前去查證，於是海澄縣丞王時和與百戶於一成抵菲律賓勘探。1597年，明政府前腳剛走，西菲殖民當局便下令大量驅逐華人出境。在西班牙當局的揣測看來，明政府官員前來求證是假，聯絡華人裡應外合是真，西班牙當局瀰漫著些許恐慌，並為此採取了預防措施，搜查中國居民的武器甚至鐵器。
恐慌隨之在華人中蔓延，華人村社馬上開始設法自衛，接著演變成為一場西班牙軍隊和華人村社之間的名副其實的戰爭。戰爭從馬尼拉開始，被打敗的中國人被趕到了八打雁，在那裡被掀動的土著菲律賓人也襲擊了他們。
對於這次事件發生的起因還有其他一些蛛絲馬跡。2007年3月25日菲律賓《世界日報》刊文指出，1603年馬尼拉大屠殺與李旦有一定關係。李旦是龐大的廈門海上貿易網絡的首領，時間跨度達30年。很多西班牙人欠他錢，因為怨恨他擁有的財富，他們就挑起一場爭吵，逮捕了他並沒收了其財產，其中包括超過40000根的金條。傳說這只是他隱藏的大量金錠和銀錠的一小部分，這件事情激起了馬尼拉華人的憤怒。
關於死亡人數的版本較多，從15000~30000人不等，而當時馬尼拉的西班牙人才只有2000人（包括軍隊在內）左右。這一事件被拖了一年才上報給萬曆皇帝，張嶷遂被處死，馬尼拉與福建月港及廈門的貿易往來一度中斷。
與被屠殺人數有多個版本一樣，生還者也是一個糊塗數字。不管怎樣，當時的呂宋華僑首領黃康就因此不幸被殺。他創辦於泉州的黃合興商號的控制權，就此落入掌櫃黃明佐手中。儘管西班牙殖民者為安撫和繼續招攬華僑採取了一定措施，但是大屠殺造成的影響，短時間內難以在泉漳等地抹去。1604年，僅有13艘中國船抵菲律賓貿易，不到以往的1/3。
在這次屠殺中，華人的財產和貨物幾乎都被西班牙人沒收。從事後的拍賣情況看，36000多比索被西班牙撥為軍用，30000多比索繳入皇家金庫，這其中也包括李旦的財物。不過，他還是保住了一條性命。
作為大屠殺的倖存者，李旦遭到西班牙人懲罰，在一艘叫「galeyen」的船上做了多年苦役，於1607年逃走，後移居日本長崎平戶，並娶日本女為妻。
一張單薄的華人貿易網
李旦到達日本時，新上任的德川幕府正有意改善與明政府的關係。
馬尼拉大屠殺之年，也是由豐臣秀吉一手締造的政權覆亡之年。同年，一直延續到1867年明治維新前的德川幕府上台。
當時旅居日本的中國僑民已有兩三萬人。旅日華人主要集中在長崎和平戶，甚至在今平戶島戶木引町一帶還形成了「唐人町」。就連福建巡撫南居益也說：「閩越三吳之人，住於倭島者，不知幾千百家，與倭婚媾，長子孫，名曰唐市。」
儘管明政府禁止商民去日本貿易，但出海商民行蹤難控，他們往往先南行，然後再調頭東去日本。為什麼要爭著往日本去？福建巡撫譚綸一語中的：「御之怠嚴，則其值愈厚，而趨之愈眾。」同是福建巡撫的陳子貞也曾說：「販日本之利，倍於呂宋。」
因無法獲得福建當局頒發的正式貿易許可證，以有限的開放來成就全國絕大部分沿海地區的海禁，又反過來讓事實上的走私變成未捅破的窗戶紙。
對明朝商民來日走私貿易，德川幕府持鼓勵態度。1615年，德川幕府給赴日的中國商船授以「朱印狀」。對於官控貿易的德川幕府來說，這就是蓋有官印的貿易通行特許證，獲得特許的商船就是「御朱印船」。
李旦善於結交長崎、平戶兩地的權貴，與長崎奉行（相當於長崎市長）長谷川權六籐正、平戶島主法印鎮信一家關係都很好，慢慢成為當地的頭面人物，是繼王直之後，又一位在日本的頭號華人傳奇人物。王直是最早到日本平戶定居的華人，他的到來受到當時島主道可隆信的禮遇厚待，而法印鎮信是道可隆信長子。
長袖善舞的李旦就是「朱印船主」之一，他逐漸成為在日本的華人所選出的「甲必丹」（「甲必丹」是日本人對葡萄牙語「Capito」的音譯，具有船長、司令官或首領之意）。
1613年，第一批英國人到達平戶時，李旦已是當地華人社區的首領，在當地有相當大的影響，他的商船來往於中國台灣、廈門、澳門、柬埔寨之間，被外國人稱為「非常富有的中國人」。他與當地權勢松浦大名有互相關照得益的私人友情。英國人約翰·薩利斯奉命在日本建立商館時，得到允許，租了李旦的房舍作為英國東印度公司在日本的總部。1613年，李旦在家養病之時，約翰·薩利斯和松浦法印的女婿還前往問候。
在這一過程中，身在日本平戶的李旦，與同在日本長崎的張敬泉（漳州龍溪人）和歐華宇、福建廈門的許心素（漳州人）等，以及先後在泰國大泥和印度尼西亞的李錦、菲律賓的黃明佐（漳州詔安人）、巴達維亞（今印度尼西亞的雅加達）的蘇鳴崗（泉州府同安人）等，結成了一張華人關係網和亞洲貿易網。
其中，在東線貿易圈中，李旦、歐華宇、許心素不但是生意上的合作夥伴，還是結拜兄弟，而歐華宇與張敬泉關係親密，兩人都是日本德川幕府承認到越南等地貿易的「朱印船主」，並在1600年前後共創悟真寺，參加策劃建立唐人墓地，是17世紀初期頗具份量的長崎華商領袖。
在東南亞航線中，蘇鳴崗與IngieWatting（巴城漢人「甲必丹」的寡婦），JanCon與茂哥、林六哥等人有姻親關係。
作為長崎華人社會的福建幫領袖，張敬泉於1636年逝世。而歐華宇在1619年前後就已去世。也就是在1619年，荷蘭人佔據巴達維亞，蘇鳴崗被荷蘭東印度公司總督特命為首任華僑「甲必丹」，作為「華人之領袖，管理一切民事訴訟」。
蘇鳴崗，少時念過私塾，能文善武，15歲就赴印度尼西亞謀生，初經商於西爪哇蘇丹王國所在地萬丹，後遷居巴達維亞，通曉馬來語和葡萄牙語，1644年去世。他的陵墓巍峨華美，一條特築小道被命名為蘇鳴崗巷，就是今天印度尼西亞雅加達達親王大街。
許心素身份特殊，他一方面是總兵俞咨皋（抗倭名將俞大猷之子）的心腹，在廈門擔任中級軍職的把總，僅次於守備，一方面又是李旦在廈門生意的實際代理人。李旦能不戰而屈人之兵，與許心素的牽線搭橋關係很大。