1543年，葡萄牙人到達日本九州，爾後便開展了對日直接貿易。在馬六甲與日本之間，雙嶼成為他們理想的臨時停駐和補給點，從而形成了以日本、閩浙、馬六甲為支點的一個三角貿易區。在這個鏈條中，他們從馬六甲等地販賣胡椒、香料等東南亞商品，在雙嶼或者月港與當地商人交換絲綢、棉布，然後運往日本銷售，換回白銀，再到中國買絲或布，賣到馬六甲。葡萄牙人甚至還通過果阿將貨物販賣到了歐洲，這條線成為澳葡獲利最豐的黃金航線。1636年，澳葡與日貿易仍處歷史的最高點，達到314萬兩白銀。
日本白銀的大量開採和出口，是在16世紀40年代以後，也就是晚明嘉靖年間。經過陝西、江南、山西等地以周忱、李敏、葉淇為代表的納糧、租稅、鹽稅、開中折銀改制之後，中國白銀貨幣化進程已經由稅賦納銀演變到了徭役納銀階段，市場迫切需要更多白銀以滿足流通的需求。因此，日本銀礦出產的突然急劇增長，應該說不是孤立存在的，而是在中國巨大需求的刺激下促發的。日本對中國絲與絲織品的巨大需求，構成了日本銀產量激增的動力。
就這樣，在供求關係的作用下，日本成為以中國為軸心的世界白銀貿易中的重要一翼，處於海盜身份背景下的海商與澳葡商人則一起搭起了這一黃金通道。
朱紈之死
葡萄牙人是1542年在漳州人領航下，從澳門轉泊漳州，沿閩南經琉球到達日本的。同年，寧波知府曹浩以「通番船招致海寇」為名，逮捕了一些通番商人。
地方士紳因獲利豐厚，為之說情解脫；豪門權貴因貪戀海外奢侈之物，為之庇護；狡吏黠官也奔走引線，以至於曹浩說：「今日也說通番，明日也說通番，通得血流滿地方止。」
因為懼怕倭番，官兵前去剿滅，反為之所敗，但這事並沒有掀起波瀾，倒是1547年海商內部一次帶有黑惡性質的殺人放火事件，被縣令以「倭賊入寇」為名倉促上報，震驚朝野。
《嘉靖實錄》記載說：「余姚謝氏某者」與王直、徐海等走私商有著合作關係，他習慣拖欠貨款，遭到走私商的催逼，就恐嚇說，「吾將首汝於官」，走私商一不做二不休，就糾集一干人馬和「番客」，夜裡攻入謝家，殺人放火，燒了謝家，並掠財而去。「余姚謝氏某者」是寧波典型的參與走私的官宦之家，余姚縣令一時不能查清緣由，就張冠李戴上報了這一事件。
這次事件直接成為嘉靖皇帝決意抗倭的導火索，副都御史朱紈隨後被授予「巡撫浙江兼制福、興、漳、泉、建寧五府軍事」的身份，前去抗倭。
朱紈，蘇州人，在嘉靖帝登基的當年（1522年）中了進士，此時被賦予兩省抗倭之職，旨在「通攝」各處，以對付「出沒無常」的海寇，且他握有「王命旗牌」，具有因地制宜的行事大權，文官五品以下，武官四品以下，可以自裁軍法從事。自此到1566年近20年間，海盜商人遭遇了滅頂之災。
換句話說，在1548年朱紈平定舟山雙嶼港以前的26年間，是舟山海域基本無寇亂的時期。但這時的雙嶼被抗倭派稱做「根抵窟穴」，「倭寇」其實基本上都是中國武裝走私商人。
在朱紈看來，抗倭至少可以剿除通倭的內鬼。當朱紈暗中調兵遣將之時，在雙嶼島上的海盜商人們尚不知覆巢之危將至。
因為海盜擁有武裝力量，雙方在九山洋發生激戰，許棟被擒殺，自此，中國武裝走私商人及葡萄牙人在雙嶼的據點被拔掉。朱紈下令，以木石築填通往雙嶼港的南北各水口，使所有船隻無法進入內港，中外私商苦心經營多年的雙嶼遂成廢墟。
之後，經過大小數十戰，這些私商被趕出浙江海域，部分殘餘逃往福建浯嶼，沒有死心的葡萄牙人糾集大量中國海盜南下福建，進犯漳州、月港、招安、走馬溪，浙江最早的軍事長官盧鏜與巡海副使林喬，率領明朝官軍迎擊葡萄牙人的進犯。
在走馬溪之役中，明軍生擒葡萄牙人16名，並便宜行事將96名明朝海盜就地問斬，拔除了倭寇在福建的侵略據點。朱紈在報捷奏折中寫下了「全閩海防，千里肅清」八字，宣告福建抗倭鬥爭取得勝利，但在此時的北京政壇，主張通番與反對通番卻上升為一場政治鬥爭。
1547年，伴隨抗倭還發生了一件事情。日本以周良為代表的使團提前近一年來華朝貢，並且所來人數和貢船數量都超過了限制，即便據理力爭，但仍被阻隔在舟山群島停泊了10個月之久，直至次年春天貢期到後，才准入貢。在處置日本貢使問題上，朱紈與專門掌賓禮及接待外賓事務的主客司、福建籍的林懋和發生了矛盾，招致閩人官僚仇恨。
1548年，根據福建籍御史周亮及負責監察六部諸司、彈劾百官的給事中葉鏜之言，吏部上奏將朱紈由巡撫改為巡視，以弱其權。1549年年初，福建籍另一名御史陳九德上奏朝廷，彈劾朱紈擅殺，專門針對其未經朝廷批准便殺死96名涉嫌走私的福建百姓事件。對於其擅殺，朝中眾多官僚，尤其是閩浙籍官員極為不滿。兵部侍郎詹榮、兵部尚書翁萬建等人因此相繼上奏彈劾朱紈。
對於眾人指責，朱紈先後上章辯解，「臣看得閩中衣食父母盡在此中，一時奸宄切齒，稍遲必貽後悔」，「浙閩大姓素為倭內主者，因失利而怨聲四起」。尤為要害的，朱紈公開上奏他所說的通倭的官宦之家，並在《甓余雜集》中點名批評林希元等地方官紳，「不惜名檢，招亡納叛，廣佈爪牙，武斷鄉曲，把持官府。下海通番之人，借其貲本、藉其人船，動稱某府出入無忌，船貨回還，先除原借，本利相對，其餘贓物平分」。
市舶司廢除之後，對於海盜的管理、緝拿之鬆緊，全在地方官紳的把握，當地官僚睜一隻眼閉一隻眼，也都是事實。當地紳商望族，交結官僚，向海商借本或者轉用船隻，利益共享，這種情況也並非無中生有。
林希元比朱紈年長11歲。早在嘉靖二十年（1542年），林希元就被黜歸家，此時他是一個閒人。1530年，林希元升任南京大理寺丞，次年遼東兵變，他上書說「兵變起於姑息政策」，與權臣夏言意見相左，被貶為欽州知州，之後他仍屢次上書，對主撫派大加抨擊，直到被夏言罷官，返鄉精研理學。1558年倭寇進犯同安時，78歲高齡的他，仍上書提出抗倭保境之策。
對於朱紈的批評，林希元在《與翁見愚別駕書》中說：「佛郎機之來，皆以其地胡椒，蘇木，象牙，蘇油，沉、束、檀、乳諸香，與邊民交易，其價尤平，其日用飲食之資於吾民者，如米面豬雞之數，其價皆倍於常，故邊民樂與為市，未嘗侵累我邊疆，殺戮我人民，劫掠我財物。」
林希元不是一般的主戰派，他堅決反對外敵入侵及官方的綏靖政策。他雖主張用兵，但在海禁與通商政策的選擇上，又是積極的通商主義者。他的觀點也並非沒有局限，甚至為佛郎機人辯解，說他們初來時，也曾擔心海盜掠奪自己，為此，他們也曾驅逐橫行海上連官府也不能治的強盜林剪。據此，林希元認為，「佛郎機未嘗為盜，且為御盜，未嘗害吾民，且有利於吾民也」。林希元也坦承，佛郎機人收買華人子女有罪，但在他看來，「罪未至於強盜。邊民略誘賣與，尤為可惡，其罪不專在彼」。對此，《提督之死》作者李遠江寫道：
與朱紈只管埋頭做官不同，林希元十分關注國計民生。他自幼生長在福建海濱，對家鄉百姓泛海求生的艱辛深有體會，因而對求食海上的走私貿易有著深切的理解與同情。在他看來，保護和資助當地百姓下海通番，甚至從中獲利雖不合天朝法度，但絕不是什麼傷天害理的事情。
面對福建官僚的群起彈劾，朱紈被暫行解職，回原籍聽候處理，同時朝廷派兩位非閩浙籍官僚兵部給事中杜汝禎和福建巡按御史陳宗夔調查事情真相。調查後得知：所謂葡萄牙人其實是馬六甲王國的商人，每年私招沿海無賴之徒，往來海中販賣外國貨物，未嘗有僭號流劫之事。之後，被俘虜的葡萄牙人都被認為是馬六甲王國的來市者，而非佛郎機行劫者，遂被流放到廣西桂林。
嘉靖皇帝遂下詔要拘捕朱紈到北京詢問，朱紈得訊，悲憤交加，上書給嘉靖皇帝說，「縱天子不欲死我，閩浙人必殺我」，「去外夷之盜易，去中國之盜難，去中國之盜易，去中國衣冠之盜難」。
1549年1月底，他寫好《都察院右副都御史秋崖朱公紈壙志》，服藥而死，終年57歲。明末著名史學家談遷的《國榷》說朱紈作為十年中丞，「田不畝辟，家徒壁立」。
朱紈死得剛烈，死得傲氣，他在《壙志》中表明心跡說，一不負天子，二不負君子，「命如之何？丹心青史」。
朱紈用服藥自殺的方式了結自己，對明政府的忠誠天地可鑒，但他沒有兼顧到朝廷上下閩浙官僚及其身後以海洋為生的百姓情緒。在宦官集團和文官集團之間，那些既能把握政府（某種程度上是宦官）意圖，又能號准民間輿情脈搏的文官，才能博得民間好評，從而在官位上行之既遠。明朝的輿論氛圍有參政群體擴大化和輿論控制民間化之勢，從這種意義上，與其說朱紈是被閩浙人逼死，不如說他是逆了一種趨勢而死。
後來，企圖私吞船上貨物的抗倭將領盧鏜以及朱紈的另一位副手柯喬也被定為死罪，關在按察司獄裡，直到另一位蘇州人王舒就任浙閩巡撫後，才得赦出，而此時，浙閩巡撫一職已經空了4年。
王直：在對抗與招撫之間
盧鏜出獄後，與隨後亮相的戚繼光、俞大猷等一起面對的對手，就是在上述戰役中僥倖逃脫的王直。
王直在雙嶼戰役後，率餘部北上定海的烈港，也就是烈表山，距舟山縣城30公里。1549年，因官方在遣散剿殺雙嶼港的福清捕盜船時不支糧餉，導致大半兵船投奔王直麾下，使王直集團成為舟山海域獨一無二的大勢力，名聲大作，並逐步成為繼李光頭、許棟之後獨霸江湖的走私商人集團首領。
1550年，海盜盧七集團搶劫戰船，攻擊杭州江頭西興壩堰，劫掠婦女、財貨。浙江的海道副使丁湛以「拿賊投獻始容互市」為條件，要王直前去剿滅盧七集團，王直遂打垮盧七、沈九等海盜，繳獲船隻十餘艘，消滅千餘人。
1551年，海道副使李文進命令負責寧波府監察之職的通判唐時雍、把總張四維（此四維非彼四維）前去和王直商議，希望合力消滅陳思盼海盜集團。陳思盼曾將帶船前來投奔他的海商王丹殺死，吞併其船隊，王直就與原來屬於王丹的陳部取得聯繫，以海道官兵以及寧波慈溪縣柴美德及其家丁數百人為外援，裡應外合，斬殺了陳思盼，並將其侄子陳四及屬下400多人押送海道。
此數役後，王直確立了自己的海上霸主地位。他自號「五峰船主」，海上船隻只有插上「五峰旗」方能進退。在實力最為鼎盛時，他擁眾20萬人，巨艦百餘艘，並讓毛海峰、徐碧溪等分領船隊，往來日本、暹羅諸國，自稱徽王。
朱紈搗毀國際走私基地雙嶼港後，舟山的走私海商分裂成互市派與寇掠派。王直便是主張通商的互市派，儘管海上快意縱橫，但他始終沒有放棄「開放海禁」的願望，以謀取「合法經商」的地位。在捕殺陳思盼時，他以此為功，再次向朝廷提出開放海禁的要求，但只得到百石米的饋贈，互市之求被擱置一旁。
1552年，王直公然在舟山開市貿易，傅衣凌在《明代徽州商人》一文中提到，王直曾言倭國缺絲棉，必須開市，海患乃平，但這僅是王直的一廂情願，1552年，王舒抵達浙東之時，標誌著王直與官府「合作」的短暫「蜜月期」結束，一場新的血雨腥風即將來臨。
之後，王舒遣俞大猷等人率兵夜襲烈港。王直猝不及防，於慌亂中乘船突圍而出。有人說王直在日本避了4年，也有人說王直勾結日本浪人，派部屬回來進行了極端報復，導致1553年的「壬子之變」，史書稱海寇「蔽海而來，浙東西，江南北，濱海數千里，同時告警」。
海盜來勢洶洶，勢不可擋，閩浙海道，由暗中走私惡化為公開武裝對抗，並另行開闢了日本—台灣—澎湖—福建大金、浯嶼和粵東南澳的海上通道。在明政府眼中，他們的做法已經不是一般的出格。
相反，學得乖巧的葡萄牙人在1553年取得了在澳門的居住權，這也是明政府化解倭亂的一大舉措。4年後，葡萄牙人以租借澳門的方式，獨享了之後百餘年間澳門作為廣州外港的獨特優勢。在倭亂期間，葡萄牙人通過澳門和日本平戶等港直接貿易，這是東海海域唯一不受海禁影響的航線。
在荷蘭霸佔馬六甲的1641年之前，澳門逐漸發展成為世界貿易體系中的重要一環。葡萄牙史學家儒塞斯記載了這個貿易鏈條：