查協和醫院一案。本年正月初十日，本部已咨復外務部轉復英使：飭該醫士將堂開辦年月、教科課程、學生人數呈報；本部派員考查，果與定章相符，准予立案。將來畢業時，與官立學堂一律辦理云云。彼既承上文而言，自無可以拒絕之理。但此時章程未定，措詞稍有不當，以後甚難處理。先復以本部初立，正在核議一切章程，俟定議施行再行核辦。然此非延宕之意，則章程不可不速定也。外人所立學堂之學生，與官立學堂一律獎勵。所可慮者，於我國本有之學術一無所知，一也。自幼與外國人相習，將來為國家辦事，界限恐難分明，二也。然按照本部所定課程考驗，則第一端之弊無虞。惟今日百廢具興，需才孔亟。其考驗雖不及格，而片長薄技足以效用者，亦宜予以文憑，俾無湮沒。至第二端，挽救之道，惟有引為己用，不稍異視，庶可默為轉移。若拒絕之，正所以堅其去志耳。且默察近日大勢，我國人於愛國合群之道，亦稍稍有所覺悟。苟善為用之，未必竟如上文所言也。以上二弊，其發見之處即在於獎勵實官，而外人之設立學堂者，亦最注重此事。
不惟外人所設學堂然也，即我國人自立學堂，其分省界、爭學額，呶呶不已者，亦無不集矢於此。故奏定章程中，各學堂獎勵章程不可不改。尚有一事，則外人所設學堂之學生，必有歸依彼教者，一律獎勵，不無窒礙。此事於吾國前途關係極大，然事至今日，不能不通盤籌算。元濟僑居滬瀆，已歷八年。默觀外人議論教會情形，與夫各處教案之所由起，竊思尚有可以挽回之策。然其論未免驚人，所謂猶四十年前之議築鐵路是也。他不具論，論其關於學堂。而為本部權力之所可行者，推原今日教案之所由起，莫不由於容納莠民。教士豈樂於比匪？上流社會不與相接（昔在總署見袁爽秋太常條陳有潤飾邪教經典一款，深佩其所見之廣，奉旨交議。後來不知如何議復也，只得來者不拒，亦慰情聊勝於無耳）；上流社會何以不與相接？則以為輿論所不許；輿論何以不許？則以朝廷之視彼教終未融浹故。然欲民教相安，必有上流社會身入其中，為之主持，而後莠民無所施其伎倆。而能操此轉移之權者，則在我學部。轉移之道若何？則取耶教學生考驗合格者，照將來改定章程一律獎勵是也。請言其所以必須獎勵之故。
一、山西高等學堂現為教會中人管理，其卒業學生獎給舉人、優拔貢者已兩次矣（昨見山西巡撫咨文，請於本系舉人者，獎給實官。此層亟宜併入，改定獎勵章程辦理）。其他教會學堂援例以請，恐難拒絕。則何如先為之地，免求而後許？而轉立於被動地位也。
二、今各省學堂聘教會學生為教習者，不知凡幾，即京師學堂亦有之。其他如稅關，如郵政，如鐵路，如電報，無一不有教會中人執役其間。此皆國家之所任用者也，亦既不能不任用矣，則又何惜此獎勵乎？且於其學堂畢業之時，不得受考驗蒙獎勵。及後來任用之時，設令追念前日，必有疑國家之歧視者。此念一萌，無數之障窒生矣。
三、現在留學美國學生有畢業大學堂（如耶爾、如康奈爾），而得博士學士學位者，以元濟所知，頗有彼教中人。設不獎勵，何以勸將來；設不擢用，何以行新政。引此拒彼，於事亦未為平也。
以是之故，而耶教學生之不宜歧視明矣。然元濟更有請者，方今各國教育幾無不與宗教相雜，實積千百年之閱歷始能及此。本部奏請明定教育宗一折，春秋釋奠及孔子誕日必在學堂致祭，實已糅合宗教教育為一，與上文所言教育公理及近日全球公許所謂信仰自由者未免不合。此章程實含有凡不拜孔子者，即不得入學堂。彼奉耶教者雖為中國人，我國家亦不教育之意。將來教會中人持此相詰，恐將無詞以對。倘彼或竟發明此義，建學招生，豈非更張其勢力乎？且各學堂華教員之奉耶教者，必不遵辦（昔在南洋公學屢見此事。前山東學堂學習赫士，因此大起爭端信），其將辭去之乎？則教習多虛，而且招外人之誚謗，其將默許之乎？掩耳盜鈴，何貴有此章程，其將明認之乎？則教員以身作則之道又將何在？惟事已具奏，無可挽回。必不得已，則於學堂章程中補列一條：許學生之奉耶教者免其行禮。有此一法，亦未始不可補救。元濟今為此言，亦知必為世人詬病。然真理所在，不敢不言，或不責其狂戇也。
就學堂章程草案致學部堂官書
（1906年）
謹按章程各條，大都以裁抑外人，勿令有妨我國政教為旨，保存國粹，完固主權。陳義至高，極可敬佩。惟立法貴於能行，而外交尤宜審慎。咸豐八年，法國條約第十款，有法國人可以建造學房字樣（只限在通商各口）；咸豐十年，法國續約第六款，有將所充學堂等件，應賠還交法國欽差大臣轉該處奉教之人（原文未曾指所充學堂在通商口岸，抑在內地）等語。是國家已明許外國人在國內設立學堂，且明許教士設立學校矣。約文僅有學房學堂字樣，甚為渾括，並未指定何種學堂。是第四第五第八第九等條，與條約未能符合。宜酌者一。
外國人所設學堂遍於各地，無不與教堂相附，蓋亦視為傳教之一事。按諸咸豐十年法國續約第六款「任傳教土在各省租買田產，建造自便」及光緒二十九年美國新約第十四款「美國教會准在中國各處租賃及永租房屋地基，作為教會公產，以備傳教之用」之語，恐不能令其移歸使館界及租界以內。宜酌者二。
原議亦謂「此項章程頒發以後，或外國人出而反對，或雖不反對而竟不遵行，確為事實之所有」等語，然仍定此章程者，無非欲張我國固有之權也。然元濟竊謂：欲張主權，宜就切實可行之處為之，而不宜於空虛無著之處為之。且此項章程一出，設外國人據以上所列約文來爭，責我違約，恐將無詞以對。鄙見目前斷斷不宜發佈，且俟後來機會可也。
李君景濂、汪君康年、彭君紹宗皆主不干涉，然於外人所設學堂有所疑忌。然元濟竊謂可以不必。以宗教言，用近日信仰自由之旨，便無墨礙。詳見教會學堂議略，茲不贅述。以政治言，則欲謀其國，必愚其民。政法海陸軍之學，皆所以覺民強國之具。盜兵寇糧，彼豈無懼？謂有來者，歡迎不暇，而何必拒絕之也。
查日本於外國人在境內所設學堂，絕不干涉。陳君毅譯日本明治三十五年一月出版木場貞長所著《教育行政法總論》第四章曰「奉耶穌教之學校不受內務省之管轄，不受文部省之監督，自得一種治外法權之姿」云云（見總論第十二三頁）。固由日本教育宗旨不欲牽涉宗教，然亦未始非因國力不足，故為退讓也。此正日本外交之妙，似可師法。凡外人設立學堂，聽其自便。一面趕緊定立各學堂章程及獎勵章程，獎勵之法只能用學士博士名號。以官立大學堂卒業者為限，其他無論官立公立私立概稱某學堂卒業生，不加獎勵。將來選為官吏，必須別加考試。如此則外國入所設學堂之學生，亦皆就我範圍，而不能全然拋棄中學矣。
協和醫學堂來請存案。現在各項章程未定，只宜復以本部甫經設立，正在核議一切章程，俟章程定後，再行核辦。將來訂立章程，似可聲明「凡公立私立學堂，無論在本部呈請立案與否，本部有監督管轄之權，但視為可以無需者則免之」等語。既有此條，則將來許其立案，亦兩無窒礙矣。戴君展試所議宗旨相合而議論不能盡同，故另具議略。合併陳明，是否有當，伏候鈞裁。
為寺廟辦學致學部堂官書
（1906年）
昨於文案處，見佛教學務公所稟牘兩件，並未交議。然元濟竊謂其事頗關緊要，不敢緘默，謹為我堂憲言之。
各省紳士思得寺產以興學堂辦理不得其平，於是有浙江隆興寺水陸寺之案。自去年三月十八日奉上諭保護寺產，僧徒之心稍安，然各省建設學堂。仍有封閉寺院者（去年漢口官場爭之最烈）。向日僧徒大都托庇紳士，使其地紳士皆以分撥寺產建設學堂為然。則雖有保護之諭旨，而緇衣斷髮之流要能叩君門而陳訴也，故其始稍安而終不免於自危。一二有識者思為先發制人之計，捐產興學，名則急公，實則自衛，用心之苦，亦大可憐。且此種飽食終日無所用心之人，必終歸於天然之淘汰，其欲保護，亦不能有教而無養也。元濟以為遇有此事，俱宜竭力提倡，許以保護。而不宜淡漠視之，其益有四，試舉如下：
一、可以杜絕外人之覬覦。日本僧徒時欲執我國佛教之權，浙江福建湖南廣東事已屢見。窺破我國近日內情往來，寺無不以勸設學堂為詞。今中國僧徒既能自設學堂，又得本部之保護，外人亦無從抵隙而入矣。
二、可以增進社會之生計。僧徒不耕而食，不織而衣，亦一種無業遊民也，使能稍有普通之知識。而責其注重農林工藝，合全國之僧徒而皆為國生利，其裨益亦豈淺也。
三、可以圖風俗之改良。佛教雖衰，然在下流社會勢力猶盛。著僧徒稍有普通知識，必能啟導愚民，減殺迷信。
四、可以補助教育之普及。官立學堂斷難普遍，必須借公立私立以為之助。寺僧捐款興學，亦公立私立之一種，為數雖少而則自成多矣。
使其為之，利固可見。若不為之，害將立至。僧徒慄慄自危，欲自設學堂以為抵制。而在上不加維護，必仍為不肖官紳所魚肉，則惟有相率而歸於日本已耳。元濟竊恐數年以後，天主教案又將增一釋氏教案也。即此一端，而害已不可勝言矣。前日佛教公所兩稟，竊以為宜加獎勵之語，轉咨該省，飭屬切實保護，並將辦法呈報本部。將來派員隨時查究，再於註冊一層，則我國對於他教究竟如何待遇，尚未定見，不可遽許。以後遇有此等稟牘，均宜照此辦理。然此不過一時應付之法，而統籌全局，則宜由本部專折具奏。切陳利害，懇清明詔，曉諭僧徒。然後由本部調集各省著名寺院住持，到京會議，妥擬章程，期於彼此相安，實事求是。至道教亦可仿照並辦，似於宗教教育前途不無裨益。元濟為維持大局起見，急迫上陳，伏維垂察！
議管理留學歐美學生辦法致學部堂官書
（1906年）
昨奉鈞諭，屬將所知留學歐美諸生開呈名單，以備錄用。仰見堂憲求才若渴，欽感無既。元濟聞見有限，所知者不過數人，所未知者為數尚眾。方今需才孔亟，任其廢棄，殊為可惜。擬請電達英美德各國駐使，查明畢業諸生姓名籍貫、學科年期，分別已未回國。即日電復本部，並傳諭告諸生之未回國者，即日內渡（其願留外國精求深造者，許自陳請信）。由本部奏請獎勵錄用（屆時擇其尤者數人破格錄用，其他或派辦學堂，或薦充教習，或令興實業。總有用處，決不至於為難，俗所謂樂得做現成人情者是也信）。如是則士心歸附，必樂為朝廷效用。而凡留學外國及本國學堂肄業諸生，皆知所感奮矣。然既任用留學生，則凡留學生之未畢業者，本部不可無管理考核之法（留學日本人數太多，當別論，此專論在歐美者信），按日本國派遣留學外國學生，除海陸軍省、農商務省、遞信省所派專歸各該省管轄外，其他皆由文部省直接管理。本部既設，應仿照定一章程，然欲定章程，欲加管理。有亟應辦理者若幹事，條舉如下：
一、查明各省咨送西洋學生公文。造具清冊，有不全備者，速咨各省補報，以便查考。