中國前駐印度大使程瑞聲說：「由於中巴邊界協定對克什米爾問題作了必要的和適當的處理，這不僅有利於中巴兩國維護邊界的安寧，加強中巴兩國的友誼，而且也不會損害印巴各自對克什米爾的立場，有利於印巴以後解決它們之間的爭端。」程瑞聲，《南亞的熱點克什米爾》，國際文化出版公司，2007年，第85頁。1964年8月29日，印巴談判破裂3個月之後，巴基斯坦和中國在卡拉奇簽訂航空條約，使兩國的航線能夠在彼此的領土上運行，並為確保各自領土所有具體地點飛行的暢通而提供一切必要的設施。
中巴關係親近之後，巴基斯坦在冷戰中沒有改變立場，然而目前它在「中央條約組織」和「東南亞條約組織」的存在純屬象徵性的了。巴基斯坦沒有脫離這兩個條約，只是為了不讓美國公開難堪。巴基斯坦的國際關係增添了新的方位，這一定向明顯穿透了美國在南亞地區的戰略〔巴〕阿爾塔夫·高哈著，《阿尤布·汗——巴基斯坦的首位軍人統治者》，鄧俊秉譯，世界知識出版社，2002年，第166－167頁。阿里？布托還想讓巴基斯坦審議一直讓中國人耿耿於懷的巴基斯坦作為「中央條約組織」成員的問題。這樣做，阿尤布·汗認為只會加劇美國和巴基斯坦之間越來越大的裂痕，對巴基斯坦也無特別的好處。阿尤布·汗對於讓他離開美國人自己獨立走每一步都很痛苦。他不指望蘇聯人會援助巴基斯坦，阿尤布·汗真正懼怕的是，如果巴基斯坦走得太遠，美國政府可能「做出蠢事」，屆時中國人也無能力收拾殘局上引書，第186頁。1965年3月2－9日，阿尤布·汗訪問中國。
這次訪問最重要的成果是簽訂兩國邊界議定書，表明了兩國通過陸地勘察和空中攝影而共同進行的具體定界工作業已完成中巴邊界中的另一個問題是坎巨提的歸屬。坎巨提位於巴控克什米爾境內，與我國新疆的南部接壤。它面積不大，本是喀喇崑崙山區的一個小土邦，居民普遍信仰伊斯蘭教。我國元朝時，曾派兵佔領該地，並把它作為中國的屬地。到19世紀末的時候，它與查謨和克什米爾、英印帝國、中國的新疆地方以及滿清政府都有宗藩關係。後來，這個土邦的酋長宣佈脫離中國，接受巴基斯坦的管轄。這樣，坎巨提實際上早已成為巴基斯坦的地方。但是，在民國時期印製的一些地圖中，仍把坎巨提作為中國在巴基斯坦境內的一塊飛地。中巴兩國政府通過和平協商，在中巴邊界條約簽訂之前就已經妥善地解決了這個問題。（參見《耿飆回憶錄（1949－1992）》，第108頁。）。3月10日，印度發表了一個氣勢洶洶的抗議照會，聲稱巴基斯坦同中國沒有共同邊界，巴基斯坦之所以在克什米爾北部存在是由於侵略和非法佔領。
第三節第二次克什米爾戰爭
一、印控克什米爾動亂和卡奇衝突
巴克希？吳拉姆？穆罕默德替換謝赫·阿卜杜拉任印控克什米爾的總理之後，採取了一系列措施削弱克什米爾的特殊地位，印度也把許多聯邦法律擴展適用於查謨和克什米爾邦，使它逐漸與印度其他邦平等。1957年10月9日，印度情報局指控一些克什米爾人與巴基斯坦秘密勾結，企圖顛覆查謨和克什米爾邦的合法政府，並使克什米爾加入印度無效Kaul，R杄N杄，SheikhMohammadAbdullah，politicalphoenix，NewDelhi:SterlingPublishers，1985，p杄79杄。這一事件被稱作「克什米爾陰謀案」。
為了應對這種危險，印度政府在1958年1月8日把謝赫·阿卜杜拉釋放出獄。出獄之後，謝赫·阿卜杜拉攻擊巴克希？吳拉姆？穆罕默德，指責他是克什米爾穆斯林的叛徒。這使得巴克希？吳拉姆？穆罕默德有如芒刺在背，感覺到巨大的威脅，於是千方百計想把謝赫·阿卜杜拉誆進「克什米爾陰謀案」。2月21日，謝赫·阿卜杜拉發表了一通激烈的反印演講，煽動克什米爾人民起義。因此，他在4月30日再次被捕入獄Kaul，R杄N杄，SheikhMohammadAbdullah，politicalphoenix，NewDelhi:SterlingPublishers，1985，p杄80杄。
1963年10月3日，巴克希？吳拉姆？穆罕默德在克什米爾議會宣佈，今後查謨和克什米爾邦的元首改稱邦長；政府首腦稱作首席部長，而不再叫總理。此外，印度聯邦議會中的查謨和克什米爾邦的議員，將由直接選舉產生，不再由克什米爾議會提名。他還表示，1964年2月將通過查謨和克什米爾邦憲法的修正案，規定查謨和克什米爾土邦一勞永逸和無法更改地併入印度聯邦。印控克什米爾政治地位的改變，引起當地穆斯林的強烈不滿。
1963年12月26日，斯利那加西北邊的哈茲拉特貝爾清真寺發生了一起嚴重的盜竊事件。先知穆罕默德的一縷頭髮，作為聖物保存在一個小木盒的一根小玻璃管裡，被人偷走了。這成了印控克什米爾穆斯林發洩憤怒的導火索，並演變為大規模的公眾騷亂。克什米爾穆斯林的各界著名人士成立了一個「聖物行動委員會」，要求印度政府調查此事。尼赫魯感覺到克什米爾民眾的離心力在加強，讓印度政府介入此案的偵察工作。1964年1月4日，聖物離奇地找回並重新供奉在清真寺裡。
印控克什米爾政府因為聖物案被迫解散；2月28日，克什米爾社會主義黨領袖G杄M杄薩迪克接任印控查謨和克什米爾邦德首席部長。印度政府在整個印控克什米爾實行戒嚴，禁止公眾聚會和遊行示威，克什米爾陷入1947年以來最嚴重的政治危機。克什米爾的動亂局面使巴基斯坦情報部門同動亂的領導人建立了聯繫，並從中獲得了克什米爾內部的情報。不久，巴基斯坦外交部的高級官員們確信，印度人已處於極其脆弱的境地：只要得到巴基斯坦的一些幫助，勇敢的克什米爾人就會將印度軍隊趕出克什米爾〔巴〕阿爾塔夫·高哈著，《阿尤布·汗：巴基斯坦的首位軍人統治者》，鄧俊秉譯，世界知識出版社，2002年，第174頁。
克什米爾的動亂局勢非常嚴重，尼赫魯打算依靠謝赫·阿卜杜拉來加以安撫平息。R杄N杄考爾說：「尼赫魯知道，除非並且直到克什米爾人民感覺到他們與印度的關係是安全的，他們才會對印度感到放心，這一點是不能依靠虛假的外力去強迫他們接受。克什米爾與印度之間的這一自願聯繫或感情團結的關鍵在於謝赫·阿卜杜拉。」Kaul，R杄N杄，SheikhMohammadAbdullah，apoliticalphoenix，NewDelhi:SterlingPublishers，1985，p杄91杄此外，尼赫魯已經感覺到自己來日無多，極其渴望在自己手中徹底解決印巴之間包括克什米爾問題的所有矛盾，認為只有謝赫·阿卜杜拉才能協助實現這一目標，因此在1964年4月8日把他釋放出獄。阿爾塔夫·高哈說：「謝赫·阿卜杜拉的獲釋被巴基斯坦政府看作克什米爾人民的勝利：手無寸鐵的百姓終於使強大的印度軍隊顏面掃地。要是獲得一些武器和訓練，難道他們就不能永久地將印度人趕走，實現他們爭取自由的崇高目標？」〔巴〕阿爾塔夫·高哈著，《阿尤布·汗：巴基斯坦的首位軍人統治者》，鄧俊秉譯，世界知識出版社，2002年，第175頁。
尼赫魯去世後，南亞邦聯計劃也隨之擱淺。1965年3月，謝赫·阿卜杜拉前往麥加朝聖，然後轉往阿爾及利亞訪問。程瑞聲說：「3月30日，他在阿爾及爾會見了在當地訪問的中國總理周恩來，期間討論了克什米爾問題。周恩來邀請謝赫·阿卜杜拉訪問中國，他接受了邀請，但沒有確定日期。」程瑞聲，《南亞的熱點克什米爾》，國際文化出版公司，2007年，第90頁。蘭姆說：「這被印度看作一個證據，表明謝赫·阿卜杜拉現在變成中巴針對印度陰謀的一個工具。印度僅僅引證一份雜誌的報道而非經過深入調查就得出了這個結論，因此其中的企圖就不能簡單地予以忽略。」Lamb，Alastair，Kashmir:ADisputedLegacy（1846—1990），Hertingforbury:RoxfordBooks，1991，p杄257杄
1964年10月16日，中國成功地爆炸了原子彈；印控克什米爾此時由於哈茲拉特貝爾清真寺聖物盜竊案仍然處於動亂之中；中國和巴基斯坦則在1965年3月27日在拉瓦爾品第簽訂了《中國巴基斯坦邊界議定書》。因此，印度對克什米爾的形勢極為敏感和警惕。1965年5月8日，謝赫·阿卜杜拉及其主要助手阿弗澤爾？貝格一回到孟買就遭到逮捕，並迅速被移到南印度拘留起來。斯利那加和印控克什米爾其他地區立刻爆發了騷亂。
中印戰爭之後，針對印度與西方國家親近的現象，巴基斯坦和蘇聯加強發展友好關係。1965年4月3日，阿尤布·汗開始對蘇聯進行訪問；5日，在與蘇聯部長會議主席柯西金進行會談期間，他向蘇聯領導人表示，願意對巴基斯坦是「東南亞條約組織」和「中央條約組織」成員的問題重新加以考慮，並直言有可能不再續租美國在巴基斯坦的通訊基地，這顯然說服了他們審議蘇聯對克什米爾問題採取的立場〔巴〕阿爾塔夫·高哈著，《阿尤布·汗——巴基斯坦的首位軍人統治者》，鄧俊秉譯，世界知識出版社，2002年，第204頁。
阿尤布·汗對蘇聯在聯合國安理會否決克什米爾問題的決議案表示失望，認為正是蘇聯的否決才給了印度拒絕達成解決克什米爾方案的機會。柯西金說，蘇聯沒有否決聯合國在1948年8月和1949年1月通過的克什米爾問題決議案，根據這兩個決議，印度應該在查謨和克什米爾土邦舉行自由和公正的公民投票。阿尤布·汗還表示了對印度的擴張主義政策的擔心，蘇聯卻對此不置可否。阿尤布·汗說，美國同印度簽訂了雙邊軍事援助條約，結果卻是這兩個國家在印度的鄰國之中都失去了影響。他警告，如果印度的鄰國受其侵略，它們沒有希望獲得蘇聯的幫助，那蘇聯的影響也會受挫；印度的鄰國別無選擇，為了自身安全，只得轉向中國〔巴〕阿爾塔夫·高哈著，《阿尤布·汗——巴基斯坦的首位軍人統治者》，鄧俊秉譯，世界知識出版社，2002年，第205頁。
中印戰爭之後，印度迅速向美英等西方國家靠攏，蘇聯對此非常不滿和警惕，試圖與巴基斯坦建立比以前更加緊密的關係。此外，蘇聯為了防止巴基斯坦與中國過於親近，開始向它提供大量軍事援助。巴基斯坦也希望蘇聯轉變它在克什米爾問題上過於親印度的立場，即便不親巴，至少也要保持中立，也樂意與它發展進一步的關係Sympson，PatriciaColway，Ph.D.，TheKashmirDisputeinWorldPolitics，ST杄John𠖥sUniversity，1968，p杄142杄。勃列日涅夫上台之後，蘇聯對南亞的態度做了重大調整。所以，柯西金向阿尤布·汗表示，蘇聯對克什米爾的政策將要靈活得多。阿尤布·汗的訪問獲得很大成功，巴蘇兩國的關係大為改善。美國總統約翰遜對阿尤布訪問蘇聯及其相關言論非常不滿，推遲了他訪問華盛頓的時間。
印巴之間的這次戰爭首先並沒有在查謨和克什米爾地區發生，而是在千里之外的卡奇沼澤地開火。位於巴基斯坦信德省和印度古吉拉特邦之間有一片荒無人煙的內陸湖區，屬於以前的卡奇土邦，因而被稱作卡奇沼澤地。巴基斯坦聲稱北緯24度以北3500平方英里為其領土，印度人則聲稱整個8400平方英里的沼澤地區為其領土。鑒於邊界未劃定，雙方村民仍在稱為「貝特」的草原上放牧。1965年3月，印度以軍事演習的名義向當地集結兵力；4月6日，巴基斯坦派軍隊進去作戰。在英國的調停下，印巴兩國在4月27日非正式停火；7月1日，停火正式生效。印軍在卡奇交火中遭到打擊。巴基斯坦國民為此情緒激昂，軍界也欣喜若狂，彷彿印度再次遭受了1962年那樣的慘敗。
1965年5月9日，蘇聯塔斯社發表了一篇無關痛癢的聲明，說：「無論如何，不難理解的是，用軍事手段解決印巴之間的這個衝突將違背兩國的利益。卡奇沼澤地的事件加劇了兩國間的緊張關係：它們的發展，遠談不上導致該問題得到解決，正在日益加劇印巴之間原有的緊張關係。如果該事件不結束，發展下去它將耗盡印巴兩國的軍力，並可能導致大量人員傷亡，危及亞洲和平。唯有西方列強中的帝國主義集團能從這一事件的發展中獲益。