這些蘋果授權店中只允許銷售貼過「MFI」標籤的蘋果配件——「MFI」即英文「MadeforiPod」，「MadeforiPad」，「MadeforiPhone」的簡稱。這些由蘋果公司統一設計的logo在使用時有著非常嚴格的規定，就連每個圖案的字體大小、顏色、分辨率都有著詳細的標準。且每售出一個授權配件，蘋果就會收取20%至25%的分成。
在2005年，不到一年時間之內，蘋果中國區曾三次更換總經理、四度更換全國總代理。
2007年之後，蘋果中國明顯加強了對零售終端的管理，要求各級經銷商向蘋果定期匯報，並對銷售終端展開頻繁檢查。此外，蘋果還加強了在中國的售後服務體系。
在蘋果的自身渠道中，旗艦店是非常重要的一個環節，因為在蘋果旗艦店內，用戶可以免費享受維修（不更換零部件）、軟件下載、技術咨詢等服務，同時還能全面體驗蘋果的新技術、新產品。
喬布斯聘用塔吉特零售店的前高管羅恩·約翰遜負責蘋果的零售業務。約翰遜和喬布斯很快將蘋果專賣店的理念定位在了「為生活添彩」上，拋棄了傳統零售店在店舖設計、選址和員工決策上的條條框框。
蘋果在中國的旗艦店幾乎都開設在中國主要城市的黃金位置，擁有很大的人流量，例如上海的陸家嘴和淮海路。蘋果在這些旗艦店上投入了巨額資金，例如上海陸家嘴旗艦店據稱耗資過億，這家店舖內部根據紐約旗艦店的設計，安置玻璃旋轉樓梯，並採用木質方桌與球形座椅的經典配置，打造全球一致的店舖風格。
蘋果的旗艦店只選用三種材料來裝飾（不銹鋼、玻璃和斯堪的納維亞木板），並強調做到敞亮、寬敞、通風。
整個玻璃建築由高科技鋼化玻璃製成，不僅十分堅固，且具有防紫外線、防輻射等功能，每塊要價在150萬元人民幣左右。在建設過程中，曾有一塊玻璃從高處墜下，結果一點都沒有損傷。此外，店內還鋪設了眾多鋼化玻璃作為階梯等，這些玻璃同樣價值不菲，據說每塊均價也要幾萬元人民幣。
這些旗艦店的人員招聘也非常嚴格。當初紐約曼哈頓招聘時，收到的有效申請超過10000個，而最終錄取的僅為200人，只有2%的人能申請成功。而美國哈佛大學的招生比例是7%。就數字統計而言，進哈佛要比去AppleStore上班容易多了。
約翰遜問過他的團隊，他們所經歷過的最棒的客戶服務有哪些。絕大多數人都提及了諸如「四季」這樣的酒店，這給了約翰遜在店舖中設一個吧檯的靈感——這便是日後蘋果著名的「天才吧」。
喬布斯在第一家蘋果旗艦店巡視過一番後，要求把所有的產品都集中在前四分之一的空間裡陳列，後面的區域都要為了提供解決方案而佈置——這裡屬於「天才吧」。「天才吧」為遇到各種問題的蘋果用戶解決麻煩。
此外，蘋果的旗艦店還強調讓用戶親身試用產品——蘋果旗艦店內所有的產品都可以上網，這裡的iPhone甚至還能對外免費撥打電話。
蘋果宣佈將在中國開出25家旗艦店——這些商店都是由蘋果直營的。
蘋果如此大規模的直營店擴張計劃，同原有的蘋果代理商之間產生了一定的競爭關係。在一些經銷商看來，渠道模式重塑帶來的則是「五味雜陳」。
「蘋果在中國如此龐大的開店計劃，對我們代理商的銷售肯定是有影響的。」一位蘋果的中國總代理表示，蘋果直營旗艦店不可避免地和通過代理商渠道銷售的蘋果產品形成了直接競爭，這在北京、上海這樣的一線城市體現得更加明顯。
「蘋果光在上海就要開3個店，這讓我們代理商不得不考慮重新佈局自己的業務。」上述蘋果代理商表示，蘋果旗艦店的規模、專業化程度都讓一些代理商感到威脅，他們擔心自己的生意會紛紛被蘋果旗艦店吸走。
而北京翰林匯信息產業公司負責蘋果代理業務的一位女士則表示，蘋果在北京和上海的旗艦店更多的還是承載展示、服務功能，並不能完全取代各級經銷商的作用。「樣機展示的磨損很大。」該女士指出，在一些規模較小的經銷商那裡，用戶很難獲得足夠的機會親身試用蘋果的產品，而這些零星產品展示產生的消耗費用，也會攤薄經銷商的利潤。
在旗艦店擴張的同時，蘋果仍然在增加中國的授權零售商數量，僅2010年第一季度，蘋果新增了800家授權零售商，使總數達到了2000家，這說明蘋果產品在各級銷售渠道都在受到熱捧。
分歧嚴重，中國移動與蘋果談崩
這一定是一個有趣的場景，當中國移動（ChinaMobile）的掌門人王建宙給蘋果CEO喬布斯打來電話，兩個作風同樣強硬的人開始就將iPhone引入中國的問題談判，那將是怎樣一番情景？
王建宙領導的中國移動是世界上最大的移動運營商，這家擁有5億移動用戶的巨無霸企業，多年來都是中國最賺錢的企業之一，其在中國移動通信市場的壟斷地位，長期以來無人能夠撼動。
而喬布斯領導下的蘋果正依靠iPhone在世界範圍內勢如破竹，他受到各地無數移動運營商的合作邀請。
2008年6月，喬布斯在剛剛發佈的3G版iPhone上寫上一個漢字「果」，他同時也宣告了一個「宏偉」的計劃：「今年晚些時候，你們就能在中國和俄羅斯看到它（iPhone）。」顯然，喬布斯意識到iPhone早晚要進入到中國這個世界最大移動通信市場。
早在2007年下半年，中國移動就為引入iPhone與蘋果開始接觸，據事後披露出來的信息顯示，王建宙多次通過電話會議與喬布斯密談，中國移動也專門成立談判團隊與對方商談合作細節。
中國移動派出了數據部部長高唸書專程飛往美國，與蘋果接觸。但這次接觸最終不歡而散，甚至引發中國移動和蘋果都認為對方過於強勢，而且沒有誠意。
2008年1月，高唸書在通信經濟年會上這樣解釋：「中國移動不能接受蘋果要控制價值鏈的做法。」此外，iPhone無法收發彩信以及通信功能太弱也被中國移動所詬病。總之，蘋果的模式讓高傲的中國移動無法接受。
幾乎同一時間，喬布斯接受CNBC（消費者新聞與商業頻道）採訪時對此事有另一番描述，他說，中國移動只派出過一名高管，飛往蘋果總部所在地加州Cupertino僅僅一次。「整件事太匆忙，所謂談判分分合合、進行了一輪又一輪，並不準確」。
在此期間，雙方雖然在商業模式和利益分配問題上產生較大分歧，談判一度陷入僵局，但雙方都沒有放棄。
雙方談判一開始時僵持於蘋果要求中國移動每月與其分享由iPhone帶來的收入的20%—30%。雖然一開始蘋果公司在美國與AT&T的最早的iPhone合作中採用了這種收入分成的商業模式，但之後蘋果將其的運作模式轉變為了更為傳統的合作關係，例如對設備終端採用補貼的方式。
即便如此，蘋果和中國移動也無法在運營商的補貼額方面達成共識，中國移動反對蘋果每隻iPhone須支付600美元的要求。
而最終導致雙方徹底「分手」的是中國移動的TD標準。TD標準是中國自主提出的3G標準，在中國政府的要求下，當時中國運營商中實力最強的中國移動開始主導這一標準。此時，TD標準下並沒有像iPhone這麼強大的手機終端。
力推TD標準的中國移動要求蘋果推出iPhone的TD版本，這對蘋果而言意味著一筆不小的成本，蘋果對此始終無動於衷，這最終激怒了中國移動。
導致雙方談判破裂的另一個源頭在於蘋果的AppStore，因為中國移動不願放鬆對中國移動互聯網上內容提供的嚴格控制。在雙方的第三輪談判中，因蘋果堅持自己通過其在線商店將iPhone應用程序直接出售給客戶而不需通過中國移動而宣告破產。
王建宙認為這個提議是對中國移動在中國移動互聯網產業霸主地位的威脅，因為在這種模式下，蘋果可以繞開中國移動直接從客戶手中獲得收入。中國移動於2009年推出了類似於蘋果AppStore的MM商店（MobileMarket），並對此寄予了厚望。在MM商店，中國移動的用戶可以在裡面下載軟件。
由於中國移動向來在中國市場極其強勢，許多世界知名手機製造商到了中國也不得不作出讓步，給出中國移動更多的優惠條件。例如另一大智能手機製造商RIM，在中國和中移動聯合推出黑莓（Blackberry）手機時，不得不放棄掉許多功能，讓位給中國移動的MM商店，並且忍受中國移動指定的過高的資費標準，最終導致黑莓手機在中國連續好幾年銷售不佳。
「王建宙說，為了保持中國移動的優勢，應該由中國移動本身來運營應用程序商店。」一位知情人士指出。
王建宙同時指出，在世界其他地方的iPhone用戶都是通過信用卡來為應用程序付費，而這種支付手段在用戶更願意通過其移動電話賬戶內的餘額進行支付的中國是行不通的。消息來源指出，根據稍後雙方達成的協議，中國移動會在中國iPhone應用程序的銷售中起到管理付費的作用。
顯而易見的是，一貫強勢的中國移動和同樣強勢的蘋果坐在一起，當雙方都不願意作出讓步的時候，這場合作注定難以持續。
在雙方長時間的膠著之後，另一家更需要iPhone的中國運營商——中國聯通適時向蘋果提出合作意向，一場頗具戲劇性的合縱聯橫就要上演了。