達爾文還指出，動物為了忍受一年中最困難的幾個月，做出一種獨特的適應方法——冬眠。
9月8日，在一名高楚人嚮導的陪伴下，達爾文離開了布蘭卡港。沿著荒涼的平原，來到了文塔那山脈。在一路平坦的平原上，很突兀地出現這一群高一千米左右的山崖，這些僻靜的山脈幾乎從未被勘察過。
一路前行，到達了塔巴爾康山山麓下，這地方突然降下一陣蘋果般大小的冰雹。冰雹砸死了十五隻鴕鳥、二十頭鹿，許多小鳥、野鴨、鷂和雷鳥。
在薩拉多河彼岸，快接近布宜諾斯艾利斯時，達爾文看到了這裡的草地，被茂盛的綠草覆蓋著。他聽這裡的人說，家畜以它們的糞便為土地施肥，所以，這種好草總是生長在放牧家畜的地方。
在德爾蒙特這個優美的小城鎮附近，可以看到河溝邊沿上分佈著大量的歐洲植物，不過，這些植物都是人為的規劃種植的。達爾文不禁想起賴爾在《地質學原理》第二卷中寫的一句話：「在擴展某些植物的地域性這方面，人類是最主要的活動者。」
9月12日，達爾文到了布宜諾斯艾利斯。
在這裡還沒停留幾天，他就沿著巴拉那河，又開始到聖菲鎮進行一次新的旅行。在被暴雨完全沖毀的泥濘道路上，他艱難地行走著。鼫是這裡的草原上主要的齧齒動物，小貓頭鷹經常住在它的洞裡，它們是形影不離的伴侶。鼫總是不厭其煩地把許多不同雜物拖到洞口，它這樣做，是為了在單調的草原中辨認自己的穴洞。再往南，鼫只分佈到裡奧內格羅，因為這種囓齒目動物適合居住在黏土或沙土中挖掘的洞穴裡，需要豐富的植物。烏拉圭河是鼫分佈的分界線，所以，雖然馬爾多納多四郊的土壤和植物與這裡差不多，但在那裡根本看不到鼫。鼫經常出沒在烏拉圭河與巴拉那河之間的地帶，但在烏拉圭河以東，就完全看不到了。這種情況也證實了這種觀點（動物的種類是為一定的環境、一定的地點而產生的）是不正確的，就鼫的生長條件而言，烏拉圭河以東這片地方時最有利的。達爾文覺得這一情況很有意義。
達爾文渡過了幾條小河，來到了巴拉那河的支流。他在去聖尼科拉斯的途中看到了壯觀的巴拉那河，這條河的河水極為渾濁。在提爾西羅河一帶，他找到了一些巨大的箭齒象牙齒化石，還有一些分散的骨骼。他聽這裡的船夫說，這些突出地面的骨骼它們早就發現了，但他們不知道這是怎麼回事，也不知道它們是怎麼來的，就認為這些化石是一種大型野獸穴居在洞裡。去聖菲的路上，沿途全是森林。他還看到一具印第安人的乾屍吊在樹上，還有一些遭到洗劫的房屋，看來最後這段路不怎麼安全。
10月2日，達爾文來到聖菲。這裡長滿了觀賞樹葉的商陸樹，這裡的氣候比其他地方暖和，所以，樹都比一般的地方高一些。他還發現不少新鳥類，還發現了仙人掌和其他植物的新品種。這裡的天氣很熱，土壤吸收了很多熱量，縷縷熱氣緩緩上升；蜘蛛結出的蛛網被這些正在上升的氣流托起，因此，你能看到許多附著蜘蛛的蛛網在半空中隨風搖曳。
這次旅行因為環境很艱苦，達爾文患了頭痛病，在當地，治療頭痛的方法竟然是這樣的：在兩邊的太陽穴上各貼上一片橙樹葉或一半豆瓣。在聖菲耽擱了兩天，隨後渡過巴拉那河，到達東岸的聖菲巴雅達，他在此地停留了幾天。研究了這裡的地質情況後，他認為，這裡以前是一個半淡水的海灣，南美洲東岸曾經有一次劇烈的上升，所以動物的屍體被河水沖積到這裡來。
在動物的遺骸中，他發現了箭齒象和柱齒象的牙齒，還有一個巨大的犰狳化石甲殼。他還發現了一顆馬牙。後來，奧溫認為，早在歐洲馬運入美洲以前，這種馬就是在美洲絕種的特種馬。
達爾文在這次旅行中還曾聽到許多關於動物的故事。人們告訴他說，在1828∼1830年的大旱時期，有大批動物死亡。在聖菲省的南部和布宜諾斯艾利斯省的北部，所有的河流都乾涸了，所有的植物都旱死了。鹿聚集在院子裡，在水井邊找水喝；鷓鴣因為太渴，連飛的力氣都沒有了；最後，大概一共有一百萬頭牛死於大旱期間。有一次，幾千頭牛因為太渴,一起衝向巴拉那河，那裡早已沒水，已經成了一片沼澤地，那幾千頭牛再也沒有出來。流經聖佩德羅的河流的支流裡積滿了腐爛的獸屍，達爾文這才明白，在同一個地方，為什麼一下子能挖掘出這麼多動物化石或遺骨。
10月12日，達爾文又開始頭痛，他決定即刻返回布宜諾斯艾利斯。他搭乘一隻小單桅船，一路經過了樹木眾多的群島，他看到了許多水豚，還有美洲豹這種猛獸，美洲豹以食水豚為生。在歐洲，人民經常談論美洲豹。這種動物在這裡並不少見，經常能看到它們在樹林裡出沒。它們經常襲擊人和畜，特別是樵夫。他聽當地人說過這樣一件事：有一隻美洲豹，鑽進了聖菲的一間教堂，咬死了牧師。為了開槍打死美洲豹，人們不得不從上面拆掉一個牆角；你也許會說，直接開門進去不就打死了嗎，這樣的話，估計你還沒開槍就先死了。用爪子從樹幹上一塊塊把樹皮揭下來，是美洲豹經常幹的事。當地人認為，它們是為了磨利自己的爪子。達爾文經過考察，發現這裡確實有美洲豹生活過的蹤跡。
達爾文在這裡還看到過剪嘴鳥，這種鳥與燕鷗相似。它的嘴呈窄條形，上半片嘴不長，但下半片嘴卻出奇地長。剪嘴鳥用下半片嘴貼著水面飛來飛去，不一會兒，它的嘴所碰到的小魚，全部被它從水中靈活地叼出來。
10月20日，他在達巴拉那河的河口上了岸，他怕趕不上「貝格爾」號。
在布宜諾斯艾利斯市等了兩個星期，達爾文也沒有等著「貝格爾」號，他索性不等了，正好開往蒙得維的亞的郵船要起航了，他便搭乘了這條郵船。
11月4日，在蒙得維的亞，他找到了「貝格爾」號。為了畫完所有的海岸圖（資料是由一些小縱帆船收集來的），艦長決定把起航日期拖延到12月初。達爾文心想，還有一個月的時間呢，便決定到當時叫本達·奧利德、現在叫烏拉圭的國家去旅行一次。這次旅行，他用了兩個星期。
去之前，達爾文就想好了去的地點，那地方在蒙得維的亞以西的科洛尼亞·德爾·薩克拉明托城。他打算從沿烏拉圭河上流出發，經過烏拉圭河的一條支流河，到達沿岸的小村落梅塞德斯。然後，從梅塞德斯返回蒙得維的亞。
達爾文剛出發就遇到了拉普拉塔河的汛期，他乘著小船，不得不多次渡過流入的河流。完全不習慣於游泳的馬，竟然游過了一些足有五百米寬的河流，這讓他甚是驚奇。達爾文在前幾次陸地旅行的時候，看到的都是極為平坦的平原；他現在他看到的地方是丘陵，呈現出高低不平的狀況。這裡有許多小溪，有碧綠繁茂的草原，風景如畫。出發後的第三天，達爾文到達科洛尼亞·德爾·薩克拉明托。烏拉圭為爭取獨立，同巴西發生了戰爭，在戰爭期間，該城受到嚴重的破壞，變成一片廢墟。此外，還有一些建築物毀於大雷雨。在附近的畜牧場裡，有一種樣子像獅子狗的本地牛，本地人稱做「尼阿塔」。達爾文指出，這種牛屬於奇特的動物品種，由於上唇短，它們只能吃長得很高的草類，而吃不到長得很矮的草類，所以在大旱期間，它們很容易死掉。
沿著清澈的河水，達爾文在向南迅速駛去，經過壯麗的烏拉圭河岸時，往北拐去。在畜牧場裡，他遇見了熱情有禮的高楚農民，但這些人的愚昧，也讓他吃驚。例如，你對他們說，地球是圓的，這些人不相信。
達爾文在這裡換乘了馬匹，他騎馬穿過一望無際的樹叢，終於到了烏拉圭河的一條支流。站在山上，向這條河望去，又寬又深，水流湍急，風景美麗如畫。河流的拐彎處，一邊是森林帶，一邊是碧綠的草原。
回到蒙得維的亞，達爾文在市區休整了幾天。一個星期後，聽說「貝格爾」號快起航了，便搬到了艦上。
12月7日，「貝格爾」號帶著「埃德文切爾」號（向洛烏買的那條縱桅帆船）往南朝巴塔哥尼亞方向駛去。
這次航行一帆風順。不過，中間有一個小插曲。航行的途中，天空突然出現一望無際的一群群白色的東西，這些白色的東西是蝴蝶，它們向「貝格爾」號飛襲而來，所幸的是，沒造成什麼損失，事後，水手們說是「下了一場蝴蝶雪」。
有一次，達爾文往海裡撒了一張小網，撈上來計多在海中的浮游活甲蟲，其中一部分是陸棲甲蟲，一部分是淡水甲蟲。達爾文認為，也許有一條來自淡水湖的小河流進海裡。
12月12日，「貝格爾」號和「埃德文切爾」號到了希望港口。上岸後，達爾文發現這是一片荒漠，在這一片遼闊的平原裡，長著棕袍色粗硬的草的地塊寥寥無幾，多刺的灌木叢覆蓋在它的上面，到處有淡白色泥土的圓形礫石。荒漠的主要特徵就是食物、植物和動物奇缺。西班牙人剛發現這裡的時候，打算在這裡定居下來；後來，因為印第安人的反抗和惡劣的自然條件，不得不打消這個念頭。
在不知不覺中，達爾文在「貝格爾」號上的旅行生活又過去一年。這一年，達爾文仍繼續研究南美洲的地質情況，他對自己的研究工作十分耐心、孜孜不倦，在困難的環境中，他發揚了自己的堅韌精神。旅行不是件簡單的事，要有令當地的陌生人信任的本領，要有作正確判斷的卓越才能。青年時代的採集、收藏和打獵為他這次能安然的航行打下了基礎，現在，他已鍛煉成為一個善於思考、善於給自己提出問題、並且設法解決不同問題的博物學家了。經過了兩年的歷練，此時的達爾文已經成長為一個博物學家和旅行家。
物種起源問題越來越多地出現在他的腦海裡。