這些話當然傳到了蔣經國的耳中，已經從陳立夫手中奪過了中統，他正準備處心積慮擠走毛人鳳，抓過軍統，獨攬情治系統的大權。礙於時機不成熟，一時無法動作。沒想到，毛人鳳倒先跳了起來。
不久，蔣經國的手下偵知軍統有個情報人員因從事倒賣黃金被扣押了起來。於是，蔣經國上下活動，派人將這名情報人員處決了。但是，由於事發倉促，又把人抓錯了，製造出一起冤案。毛人鳳抓住把柄，一面指使冤死者的家屬四處告狀，一面指示手下煽風點火，居然鼓動一些民眾和團體在台北遊行示威。
蔣介石過問下來，毛人鳳趁機整理出一份材料，矛頭直指蔣經國，歷數其工作失誤，趁機老調重彈，要改革軍統。蔣介石閱過報告後，恨鐵不成鋼，將兒子叫去狠狠臭罵了一頓。蔣經國在蔣介石那裡畢恭畢敬，連連認錯，但下來後對毛人鳳更加切齒痛恨。
隨後，同樣工於心計的蔣經國不露聲色，準備採取挖牆角的辦法，來個斧底抽薪，將保密局二處處長葉翔之拉攏過來，委以重任。這樣，就能感召軍統內的骨幹，眾叛親離後，毛人鳳就只剩個光桿局長。
但毛人鳳也不是省油的燈。他得知蔣經國的行動後，一不做二不休，借蔣介石以「整肅紀律」為名，將葉翔之收受賄賂170根金條的罪證搜齊後，準備親自呈報給蔣介石。原來，一貫貪財好利的葉翔之在借辦案之機，將一位出名的富商抓起來，以「通匪」罪嚴刑拷打，最後勒索得170根金條。由於分贓不均，葉翔之手下一名小特務憤憤之餘，將葉欲轉投蔣經國和勒索錢財的事全部密報給了毛人鳳。
按照軍統對違紀特工的傳統處理，葉翔之既不會送交軍隊的軍法處，也不會交由地方司法查處，而是按所謂的軍統家規，用極其殘酷的手段當作叛逆處死。
葉翔之慌了神，哭哭啼啼地找到蔣經國，哀求說：「蔣主任，你一定要救救兄弟，毛局長借『整肅紀律』，要動家規（指保密局內部處理）。」
蔣經國一驚，忙安慰道：「葉處長不用擔心，總統那裡我去說。這樣吧，你來我這裡，擔任大陸工作處處長。」
葉翔之頓時感激涕零，蔣經國的大陸工作處握有大筆資金，而且很有大權。當即，他抹乾眼淚又將毛人鳳欲與蔣經國爭權的事從裡到外說了個透。蔣經國心裡清楚，毛人鳳是藉機整他，項莊舞劍，意在沛公。
旋即，他親自趕往蔣介石處，稱「保密局有個高級特工葉翔之，由於家庭生活困難，收了一點禮，毛人鳳便要嚴辦他。我覺得此人是個人才，過去在大陸完成了許多重要任務，又是初犯，且已經退了賄禮，能不能網開一面，讓他戴罪立功？」
「哦。現在要整肅紀律，收禮是不應該的。不過如果確實人才難得，對黨國忠心，還是可以留下來的嘛。這個葉翔之我清楚，制裁楊傑，他就幹得很出色。」蔣介石當然不會回絕兒子並不過分的要求，更何況他對葉翔之留有一貫的好印象。
蔣介石本就一心栽培兒子，今見蔣經國親與說項，更認定葉翔之可堪重用，當即便同意蔣經國的請求。
不曾料到，蔣經國手握尚方寶劍前腳剛走，毛人鳳隨後便把葉翔之的材料送來了，他想借「整肅紀律」之機幹掉這個不忠的部下，對蔣經國也是個警告。
哪知道蔣介石一看材料，大為生氣：「你們到底怎麼搞的？葉翔之明明是一個好幹部，為什麼非要整他？」
毛人鳳哪敢置辯，灰溜溜地走了。他再一次領教了蔣經國的厲害，終於明白他自己是鬥不過蔣經國的。他有點絕望了。
葉翔之因禍得福，調到蔣經國手下成了心腹。毛人鳳則更加苦惱，他明白自己不會再干多長時間了。
絕望中，他想到了宋美齡。於是，便厚著臉皮求上門去。這時，宋美齡與蔣經國因為權力之爭，已漸生齟齬。
「夫人，你是瞭解我的為人的。」毛人鳳可憐巴巴地哀求道：「多少年來，我一直追隨總統。這次的事，主要還是由於葉翔之的貪污行為才引發的，假如當時我瞭解到他與蔣主任的關係，我會和蔣主任商量的。這實在是一場誤會呀！」
「毛局長，我和總統都瞭解你，你是忠心耿耿為黨國效力的。」宋美齡誇獎完毛人鳳。然後，她略一沉吟：「好吧，這件事我替你們調解一下，你們都是做情報工作的，要同心協力才對。」
毛人鳳感激得不知說什麼才好：「多謝夫人，多謝夫人。」
經過宋美齡的調解，蔣經國總算收回了要搞垮保密局的打算。然而，他和毛人鳳卻一直沒有搞好關係。
毛人鳳僥倖逃過了這場大禍，但他再也無力挽救軍統的衰敗之勢了。
蔣經國與毛人鳳表面上的相安無事並未給後者帶來生機。
1955年春，周恩來總理率中國代表團出席萬隆會議。毛人鳳得知後，像抓了根救命稻草似的立刻密報與蔣介石，然後醞釀出一個驚天大陰謀。準備利用周總理乘坐的印度航空公司的包機「克什米爾公主」號預先在香港啟德機場停留之際，用定時炸彈進行暗殺。
蔣介石像打了支強心針似的立刻興奮起來，命令毛人鳳著手實施，準備給新生的人民政權一個沉重的打擊。
毛人鳳拍著胸膛說：「請總裁放心，學生保證完成任務，萬無一失。」