記者被打發走後，徐遠舉大發雷霆，要督察安國華追查怎麼會讓一個「共產黨記者」跑進處長辦公室。隨即發電至台北保密局局本部，請示如何對付。
記者們哪裡知道，西南長官公署第二處，在行政上屬公署領導，業務上卻屬南京國民黨國防部二廳指揮；其實不止兩線領導關係，它屬於軍統控制的公開機構，故還要受軍統秘密領導，後面的領導線還要重於前二線。
在鄭介民與毛人鳳角逐軍統頭目時，第二處處長徐遠舉左右逢源，兩邊討好，利用鄭、毛之間的矛盾，鞏固其在西南的地位；同時還靠攏政學系，接近張群（張兩度出任國民黨西南長官，政學系頭頭）、劉壽朋、張篤倫（楊森前任之重慶市長）。張篤倫與徐還有「裙帶關係」。
毛人鳳隨蔣引退，成為國民黨總裁（蔣介石）辦公室要員，實際指揮保密局的活動。他指示保密局重慶站擴大為「西南特區」，除領導西南幾省保密站外，還指揮部分「湖北站」和「西北區」。實際「西南特區」也就成了除當時大陸上「待解放區」的軍統指揮機構。
按照軍統組織原則，秘密組織要有一個對外公開機關掩護，但公開機關要受被掩護的秘密組織領導。西南長官公署第二處屬公開機關，還要受軍統重慶站領導。
毛人鳳「隨蔣引退」後成立「西南特區」，就派徐遠舉兼特區區長，更主要是需要他以二處來掩護「西南特區」。
徐遠舉一躍而為「區長」，成為公開、秘密雙層軍統的領導人，因此對毛人鳳更是俯首貼耳。
實際上，李宗仁的特赦令一發佈，蔣介石怒不可遏，將毛人鳳劈頭蓋臉臭罵了一頓。毛人鳳在特赦令發佈的當日，就電告重慶的徐遠舉，堅決不能放人。同時，將張學良秘密轉往台北。
此時上海、廣州、武漢輿論沸騰，指責李宗仁的命令如同一紙空文。李宗仁大為光火，叫來軍統徐志道查問，徐志道支吾說：「前局長毛人鳳未把監獄交給我……」
李宗仁哪裡知道徐志道的難言之隱。大概也只有蔣介石和毛人鳳兩人才明白其中奧妙。那是蔣介石下野之前，毛人鳳奉密召前去聽候指示。
「我準備退隱了，卸下千鈞重擔，去做一個老百姓。我這次退隱，並不是由於共產黨的步步緊逼，而是由於黨內某一派系，你明白嗎？」寒暄已畢，蔣介石以他特有的談話方式，開門見山地提出問題。
「是，學生明白。」毛人鳳不由一驚：老蔣由於桂系「逼宮」準備下野，莫不是嫌未把李宗仁幹掉？幾個月前，毛人鳳曾準備暗殺李宗仁，但至今仍未成功，如今老頭子當面談起此事，難怪他有些害怕。
蔣介石一雙眼睛彷彿看透了毛人鳳的心思，用一種較溫和的語氣說：「你不用擔心，我這次叫你來，是想佈置一下將來你的工作。你可以辭去保密局長之職，但不可丟下整個組織，給李宗仁留個門面，讓他自己去應付吧！」
毛人鳳緩了口氣，懸著的心放下了。他憑著幾年工作經驗，立刻明白了老蔣的意思，略加思索，報告道：「總統，學生認為，可以把保密局遷往上海，以上海辦事處的名義繼續開展活動，一切惟總統命令是從。至於李宗仁那邊，就撥幾十個人過去，繼續以保密局的名義，留在國防部，讓李宗仁去用吧。」
蔣介石滿意地點點頭：「可以。但你要明白，我準備把台灣建成反共基地，要先把局本部運往台灣，機密文件也要一併運走，你繼續與我直接聯絡，並領導各地活動。」
毛人鳳點頭答應，並建議道：「可以讓副局長徐志道和福建站站長林超分任正副局長，與李宗仁、白崇禧他們去周旋，抗戰時這兩個人都在五戰區工作過，與李、白關係較好。」
蔣介石點頭同意。其實，毛人鳳把這兩個人交出去，還有他個人的一點隱情。徐志道是正式畢業的黃埔生，干特務工作的資歷又比毛人鳳深，一直瞧不起只在黃埔軍校呆過幾天，靠干秘書工作爬上來的毛人鳳，毛人鳳則想借此機會，把徐擠出保密局，少一個爭權奪位的對手。而他所憑藉的，是蔣介石的寵愛和浙江老鄉兩點。這些小算盤，蔣介石是無法料到的。
毛人鳳把蔣介石的指示傳達給徐志道、林超等人。為了握緊自己的權位，毛人鳳派自己的親信塗壽眉任主任秘書。「假」保密局下設總務、業務兩處，經過討價還價，毛人鳳的親信黃逸公任業務處長，徐志道的親戚鈕殿臣任總務處長，算是「毛派」和「徐派」共分天下。然而，這個「保密局」只是用來糊弄李宗仁的，並沒有真正的外勤人員和組織，只有92名內勤人員。這實際上只是一個空架子。
毛人鳳引退後不知去向，當時上海有家報紙以花邊新聞刊出：《毛人鳳何處去？》。找不到他，一個「政治犯」也放不出來。
其實，當時毛人鳳已經從溪口趕去上海，就住在上海市警察局長毛森公館內，他接到台北轉來徐遠舉的電報，當即回電：「適當釋放少許中共在押人員，以緩各方輿情。楊虎城沒有總裁指示，不得釋放，可由周養浩移送貴州暫避風聲……」
李宗仁發佈的第一號命令就此泡了湯。
蔣介石遙控政局，第一回合便取了勝，讓李宗仁身手施展不開，論功行賞，毛人鳳自是要掛頭彩的。