賴昌星通過走私，輕而易舉地成為「大亨」。他表面上熱心公益事業，廣結善源，多行善事，其目的一是為遠華公司樹立新形象，二是為自己留個好名聲。
１９９８年，江西、湖南等地遭受了百年不遇的特大洪災，各地有關部門紛紛向災區捐款捐物。遠華集團組織十幾輛大卡車，滿載各種賑災物資，從廈門浩浩蕩盪開往江西九江。在中央電視台舉辦賑災義演晚會上，賴昌星捐資上百萬元，受到全國工商聯的表彰。
在廈門，「遠華」可曾顯赫多時，它成為廈門民營企業的一面旗幟。「遠華」無所不在，無所不有，遠華牌香煙、遠華大酒店、遠華影視城……尤其是遠華足球隊，這可是一張廈門人倍感驕傲與自豪的城市特殊的燙金「名片」。１９９８年，廈門足球俱樂部成立後，想兼併廣東佛山足球隊，由市政府有關領導出面找賴昌星協商，希望他能出資四五千萬元買下新球隊的冠名權，賴昌星慨然同意。從此，新組建的廈門遠華足球隊開始招兵買馬，換將移帥，且名聲大噪，誓與名隊比高低。尤其在廈門廣大球迷心目中，「遠華」幾乎已成「偶像」。足球隊在廈門主場比賽時，廈門體育場人聲鼎沸，許多人身穿印有「遠華」字樣的廣告衫，情緒高漲，拚命地搖旗吶喊，喝彩助威。若碰到足球隊異地客場比賽時，賴昌星更是「大手筆」，他親自帶隊，包下專機，送各路權貴要員，各部門關係戶球迷到各地看球，說是看球賽，當啦啦隊，其實也是不失時機搞「攻關」，遠華實行「三包」政策，即機票、住宿、用餐「一條龍」承包。遠華足球隊果真不負所望，很快成為甲Ｂ領頭羊。廈門一些球迷至今念念不忘「遠華」當初的義舉，這也是賴昌星所謂造福廈門一方的「豐功偉績」。
賴昌星還給公安、法院等司法部門贊助過不少汽車，反正他自己走私汽車，來源便當，一些用於銷售賺錢，另一些則用於捐贈、贊助。據說漳州、晉江警方的１１０車隊，其中一些車輛就是他贊助的。
賴昌星做過一些修橋鋪路的慈善事業。他在燒厝村進出路口修建了牌坊，上面寫有旅港賴昌星先生捐建幾個燙金大字。福廈高速公路開通後，他在出口處公路上建造了一座人行天橋，福澤鄉里，為鄉親提供方便。
賴昌星「暴富」後似乎沒忘記「濟貧」。他出錢重建了他年少時就讀晉江青陽燒厝村的一所小學，後又出資數百萬元建造一所遠華中學，著實為家鄉建設作出卓越貢獻。他還在老家成立了「賴厝老年人協會」，對村裡６０歲以上老人施恩賜惠，不分貧富，每人每月統一發給５００元津貼，賴昌星為此每年要支付１００餘萬元，此舉不但減輕子女的贍養壓力，還有助於老人安享晚年。
賴昌星的慈善義舉確實感動過不少人，賴氏家鄉的父老鄉親在遠華案發後仍在為賴昌星說好話：「不管別人怎樣咒罵他，都不能否認他為我們老百姓做了一些實實在在的好事。」有個據說光腚時期就與賴昌星一起玩耍的童年夥伴，甚至為他鳴冤叫屈：「他是天下最辛苦的人，他所做的一切，全是為別人著想。」
有關賴昌星用黑錢做善事的奇聞軼事還很多，他到公安部找李紀周，正巧趕上李副部長對外接待日，李的辦公室門庭若市，不少人要投訴要上訪，賴昌星掏出大把鈔票，當場給那些上訪人群發「支助金」，他的豪舉果真達到息事寧人的作用。當時李紀周很驚歎，說他這位副部長辦不到的事賴胖子居然給辦成了。