黃埔軍校的設立就是要建立革命武裝，一切反對勢力自然被視為不共戴天的「反革命」。在廣東的「反革命」勢力亦就首當其衝。黃埔師生的第一仗，就是「平定商團」。……(略—編者)
不到三個月，蔣介石率領他的東征之師自潮州回廣州，平定「楊劉叛變」。……黃埔學生軍能打敗楊劉，據美國領事的觀察，「功在蘇俄軍事顧問」。(美國國務院編輯ForeignRelations，1925，1；742)
美國領事的觀察可從國民黨原始文件中得到印證。一九二五年四月六日，以廖仲愷為主席的「中央執行委員會」第七十三次會議，決議：「陸軍軍官學校教導團第二團第九連連長桂永清，此次獲敵衣物不報，違犯軍律，罪有應得，惟念該連長作戰以來……奮勇出眾，不無足錄，應免處死，著仍在連長任內，戴罪圖功，予以自新之路。」(李敖藏會議錄原件)誰要處死桂永清呢？蔣介石也，「校長以該連長不能表率全連官兵，恐貽惡風，將其判處死刑。」(李敖藏原件附錄)只因獲得敵人衣物不報，就要判處死刑，引起黃埔學生李之龍、酆悌、馮毅、薛文藻、黃傑等六十六人以「快郵代電」，急致廣州中央執行委員會廖黨代表，要求「速電校長，變更成案，從寬處治」。此前團黨代表俄顧問亦「請予從寬處治」，「未蒙邀准」，只因在孫中山喪期，沒有立即執行槍決，終得中執會決議寬恕。(見李敖藏原件附錄)此一事件可以證實，俄國顧問至少到團的一級。當時中國的軍隊，包括軍閥在內，外國軍事顧問到這一級的，可能是絕無僅有，難怪陳炯明要抗議外國軍事介入中國內戰也。此一事件也透露了蔣介石的性格，對中執會的特赦決議，有未甘，復函說：「特赦桂連長永清自當遵辦，唯須處以無期徒刑。」於是一九二五年四月十六日中執會第七十五次會議上復議，決議：「應免桂永清死罪，令蔣校長酌量減等處分。」(李敖藏會議錄原件)幸虧那時蔣介石的權力尚未至上，被中執會諸公糾正了過來，否則桂永清早以連長身份魂歸離恨天矣!
同年五月七日，中執會應蔣介石之請，因教導團改稱黨軍，校長名義不能指揮黨軍，遂「任命蔣中正為黨軍司令官」。約略同時，東江肅清後，在汕頭組織政治局，特派「許崇智、蔣中正、邵元沖、周恩來及市黨部代表一人」為五委員，「監督指揮潮、梅、陸、海豐各縣行政事宜，對中國國民黨中央執行委員會負責。」(李敖藏第七十九次會議錄原件)
一九二五年六月，黨軍克復廣州，國民黨中央黨部任命蔣介石身兼廣州市衛戍司令。他的軍權雖更上層樓，但是在孫中山死後的新政權中，他仍在核心之外。六月十五日，中國國民黨中央委員會召開全體大會。三十日中執會第九十一次會議政治委員會臨時提出推定汪精衛、胡漢民、張人傑、譚延闓、許崇智、廖仲愷等十人為國民政府委員，通過中華民國國民政府組織法(見李敖藏會議錄原件)，並於七月一日將大元帥府正式改為委員制的國民政府。周德偉回憶說：
最可注意者，此時的蔣介石尚未為國民政府委員。國民政府推汪精衛為主席、許崇智為軍事部長、胡漢民為外交部長、廖仲愷為財政部長。胡代帥被黜為外交部長，久不任官的汪精衛反為主席，漢民大憤，因辭職走俄，以後若干年汪、胡成為生死敵人，蔣介石則時而聯汪制胡，時而聯胡制汪。李著謂胡之走俄系以後之廖案嫌疑，其實非是，志此以待考訂。(《余之一生與國民黨點滴》未刊手寫本，頁九十五)
胡漢民涉廖案之說，因誤以胡為右派，其實當時胡、汪、蔣都是左派。三人成為右派是後來的事。胡到海參崴後，於赴莫斯科途中，一再寫信給「季兄」(汪精衛)，盛道俄國同志關心「中國革命事業」，感激「俄同志之招待親切周至」，讚佩新俄之建設，「唯有歡喜讚歎而已」(見李敖藏胡漢民十月十一日致汪精衛函抄本)。從胡於途中頻頻馳函看來，此時胡汪尚未成為「生死敵人」，不過胡以代理元帥不願屈就部長，自有可能，借此遊歷新俄，以廣視聽。但是周德偉所說，蔣介石在胡汪之間製造矛盾，的確成為事實。
從新成立國民政府的權力分配可知，蔣介石仍與黨政無涉，即就軍事而言，亦仍在軍事部長許崇智之下。一九二五年為統一軍事於七月三日中執會決議：「派汪兆銘、胡漢民、伍朝樞、廖仲愷、朱培德、譚延闓、許崇智、蔣介石為軍事委員會委員。」(李敖藏會議錄原件)蔣介石名列最後，汪精衛兼軍委主席。蔣之策略是先聯汪制許，於是許成為蔣之立即「鬥爭」對象。自汪於孫死後南歸，蔣即刻意承歡，尊之為大哥，自稱小弟，十分熱絡，汪亦樂得有蔣之助，信以為此老弟的崇敬為真。蔣遂以整頓軍隊為名，將軍權集中到以汪為主席、蔣為委員的軍事委員會。許崇智雖也是委員之一，無論權勢均大大地被分割了。
軍事委員會成立一個多月之後，八月二十日的早晨，廖仲愷突然被刺身亡。兇手陳順當場被抓，幕後嫌犯則為胡毅生(胡漢民之弟)、朱卓文、林直勉、林樹巍等人，皆屬右派分子。國民黨右派謀害廖仲愷的政治動機十分明朗，而廖案的最大得益者，卻是當時被稱為「左派將軍」的蔣介石。國民黨中央於廖案發生後的三人「全權應付時局」小組即由汪精衛、許崇智、蔣介石組成。許因有部下涉案被捕，十分被動，而蔣介石以左派的姿態，又身兼廣州衛戍司令，在汪之允許下，最為積極。邵元沖在八月二十五日的日記便提到「現由介石分逮多人，將興大獄」(頁一八八)。然而表面上的雷厲風行，捉拿兇犯，實際上則是雷大雨小。蔣以衛戍司令，於案發當日即全市戒嚴，特由何應欽的第一軍第一師在市區警戒，並派兵把守市區制高點，居然所有嫌犯，除林直勉一人外，全部逃往香港，而林又因「查無實據」，被驅逐了事。以蔣當日姿態之左，無人會懷疑到他，但事實上卻是「左」傾其表、右傾其實，他不喜歡廖仲愷早見之於就任黃埔校長之前。他若果真涉案刺廖，則由他緝兇，豈非猶同陳其美去追緝刺陶兇犯？蔣即使未直接或間接涉案，包庇之情狀，已無法遮掩。更值得注意的是，蔣所考慮的不是什麼「左」傾右傾的思想問題，而是權力的考量，所以他著重的不是嫌犯胡毅生，而是嫌犯的堂兄胡漢民。陳璧君在《自白書》中提到，廖死消息傳出，「全市嘩然，謂殺廖君者，必為胡漢民，工人集隊，學生亦由黃埔來，請願捕胡，全市震動。」陳璧君打電話找蔣介石，「蔣接電話曰：事很糟，君可先將胡君送東山我家，再商辦法，我說你們不可太兒戲，蔣曰否否」，但當胡漢民一家到蔣宅，「蔣未幾又來電話說，我家仍不妥，遊行者亦將來東山，請即偕我家中衛兵，由君親送胡至軍校我住宅，必妥當。」其實蔣在幕後一手操縱，因此邵元沖特別馳書給蔣，勸其「慎重處事」。(《邵元沖日記》，頁一九一)
事實上，蔣介石並沒有保護胡漢民。他把胡漢民押解到長洲要塞看管起來，且於九月二十二日，以「出使蘇俄」為名，將胡驅逐出廣東。這件事很容易說成是汪精衛想要搞掉胡漢民，然汪是國府主席，位已在胡之上，更何況胡出走後途中不時寫信給汪。要搞掉胡的意願，汪實不如蔣，而蔣顯然是散佈汪要搞掉胡謠言之人。證據是邵元沖在戴季陶家裡聽到來自廣東的消息，有這樣的一段紀錄：
適蘆隱從粵歸，為言此次之大獄，實系精衛欲掊去展堂，故羅織種種罪名而成之，以便自代，其陰賊險狠，振古所希。季陶痛人心之狡刻，為之大慟，同座相對，俱為唏噓。(《邵元沖日記》，頁一九三)
蘆隱姓劉，時為黃埔政治部副主任，他所帶來的消息，若非出自蔣介石，尚有誰人？試看刺廖一案，廖死、胡去，汪精衛亦因逐胡而名譽受損，唯有蔣介石獨獲全勝，利益獨佔，權位亦隨之上升。
廖案又為倒許提供了機會。許崇智一直是壓在蔣介石上面的軍頭，久欲取而代之，許對其舊日上司陳炯明仍有和好共存之意，更遭蔣之忌，乃借許部下有涉廖案之嫌，對許擴大偵查，既指責縱容部下，具有叛國陰謀，更進而散佈把持財政、私吞公款之罪，以資羅織。然後密令軍校備戰，廣州戒嚴，乘機監視許宅與繳粵軍第三師之械，並於一九二五年九月十九日馳書許崇智，惡言譴責，迫其下野，甚至騙許，奪其兵柄，只是代管三月，俟「師出長江」後，不僅將部隊「還歸」，而且要恢復許之令名。函長，只錄一段：
嗚呼!吾兄內阻革命事業之進行，外聯林、劉、楊、熊叛逆，以為殲除革命根本之計，各軍為疑，所部為二，空談革命，口是心非，信用已失，名譽掃地……今不惟吾軍不平，氣憤填膺，即兄之所部，亦欲食兄之肉以為快……此則吾兄行為反乎革命之常軌，弟所痛心疾首者也……
如兄不以不材為不忠，且能反躬以自省，深知既往之非，不感宵小之言，毅然獨斷，保全名節，則兄不如暫離粵境，期以三月，師出長江，還歸坐鎮，恢復令名，既朗於公，更浹於私。如蒙贊同，當可為兄準備一切，安全登艦，則兄之所部，弟當負責維持，不負兄之初意。否則兄部激變，制止無方，地方紛擾，人民杌隉，是兄不能辭其咎也。(《陸軍軍官學校校史》第五冊第七篇，頁三十三)
同日，蔣已將許之親信廣東財政廳長李基鴻、軍需局長關道職等人，以侵吞公款、接濟反革命軍隊之罪逮捕。當許崇智於二十日清晨二時，收到蔣的譴責函時，已形同軟禁的籠中鳥。就在同一天，「中央政治委員會」決議，准軍事部長兼粵軍總司令許崇智卸職。當天晚上，蔣介石就派旅長陳銘樞監送許氏登輪赴滬。
許崇智到了上海，向朋友言及此事，猶憤憤不平，連邵元沖都感到「殊可驚詫」，在九月二十五日的日記中記道：
汝為(許崇智)出示介石致彼之抨擊函件，歷數其用人不當、財政不清、撓師出發等罪名，促其從速離粵。同時有精衛一函，亦表示贊同介石之主張，而促汝為速行者；又汝為復渠之函稿，對所攻擊各點有所解釋，而介石再復一函，仍不變初旨，而促其速行，故汝為遂行。其(蔣)態度突兀至是，殊可驚詫。汝為並言：介石有時或受人挑撥，盛氣難回，然精衛不為之諒解，而反投井下石，殊非對友朋之道，言時慨然!（《邵元沖日記》，頁一九八)
此一「掊擊函件」，不見於任何一種蔣介石集，有意隱其惡聲，是顯而易見的，只奈天網恢恢疏而不漏，竟錄之於黃埔校史，被李敖發現。許崇智被人整到如此地步，還誤將「處心積慮」想作「受人挑撥」。不過，若非汪支持蔣，計必不能得逞。汪並無驅許的必要，只是聽從了蔣的要求，汪的確以國府主席及軍委主席之尊，於九月十八日授蔣以廣州衛戍司令身份，「全權處置粵局」，不啻給予倒許的合法性。益知汪當時為蔣之慇勤所迷，以蔣為可以「傾談」與「親愛」的老弟，不惜左袒其作為。從事後看，汪顯然被蔣利用了。
驅許未久，又來了熊克武及其川軍。熊字錦帆，早年參加革命，民國十三年國民黨改組，以軍人身份被選為中央委員，可知受孫中山知遇之深。孫準備北伐，熊即率師自貴州欲經湖南入粵，然為趙恆惕所阻。當熊於一九二五年九月二十四日抵達廣州，孫已逝世半年，但仍受到國民政府要員熱烈歡迎。孰料廣州衛戍司令蔣介石突於十月三日，將熊及川軍將領余際唐、喻培棣、劉稜、熊曉巖、王子騫、吳庶鹹等拘留，並送往黃埔，後來囚禁於虎門炮台。十月五日中央執行委員會第一百一十一次會議，提出「熊克武私通敵人、危害政府」案，決議將熊「先解除本會執行委員職務，聽候本會審判」。(李敖藏會議錄原本)
所謂「私通敵人」，指與陳炯明勾結，所謂「人證俱獲」，指有陳炯明手下張織萬的供詞，以及陳炯明給熊克武的親筆信雲。但關了兩年之後，蔣介石兵力抵達上海，致電李濟深釋放熊克武等人，說是由於「共產黨人誣毀所致」。然而「人證俱獲」的昭然罪狀，卻毫無共產黨誣毀的痕跡。至少熊本人不以共產黨誣毀為然，所以後來投了共，以民革中央副主席終。反而蔣介石誣毀老同志的政治動機，倒是十分昭然。熊是具有中央委員頭銜的實力派軍人，無論黨、政、軍以及革命背景，都在蔣之上，臥榻之旁豈容他人酣睡？蔣好不容易把許崇智請走，豈肯讓熊克武再來插一腳？所以熊等一行，席未暇暖，蔣介石就迫不及待採取行動，誣毀熊等將領，導致已達粵北的川軍北撤受損，再因失去領導而全軍潰亡，削弱革命軍的實力，在所不惜。蔣之得逞，再一次顯示國府主席汪精衛猶未察蔣介石的野心，受其慫恿，任其所為。
蔣介石於拘捕川軍將領之時，又大舉東征，以周恩來為東征軍政治部主任，欲徹底蕩平陳炯明的武力。十月十三日下午兩點起，開始總攻惠州，十四日下午四點半結束，整個攻城作業是俄國顧問加俄國大炮，象徵陳炯明一生大業的最後據點——惠州，惠州夙稱天險，有宋以來從未破城，就在外國現代大炮下擊毀了。十月十七日的「土蔑」西報(HongKongTelegraph)報道說，鮑羅廷於惠州攻下次日，專車抵達石龍，轉赴前線視察，蔣介石親迎之於車站。國民黨創辦的黃埔軍校得自俄國的幫助，俄國顧問前來培訓，並且俄艦運來大批槍炮，早在一九二四年十月七日，第一艘運械俄艦直抵黃埔，運來「山炮、野炮、長短槍枝、輕重機關鎗及各種彈藥」。(《民國十五年以前之蔣介石先生》第八冊，頁二)這次蔣介石借赤俄之刀，消滅了陳炯明，達到了斬草除根的心願。他並不諱言蘇俄的功勞，甚至還要拍馬屁，說是「我們今天能夠消滅叛逆，達到這個目的，大半可以說是蘇俄同志本其民族的精神、國際的實力與其革命的使命，起來以至誠與本黨合作，幫助我們中國的效力」，更大言不慚地說，如果蘇俄同志願意指揮我們革命，我們亦願意受他們的指揮；不但不足為恥，而且同列於世界革命黨員的地位。(《民國十五年以前之蔣介石先生》第十三冊，頁二十；另參閱《蔣介石年譜初稿》，頁四七三，未刪改之原文)不足為恥嗎？這種說法已經可恥，更可恥的是，蔣介石說此話實乃言不由衷的權術運用。
陳炯明失敗下野後，整個廣東的革命根據地好像是穩固了，其實第二次東征的捷報大大地穩固了蔣介石個人的權勢。而適於此時，國民黨準備召開第二次全國代表大會，最初在北京的中執會政治委員會電請各執委到京視孫中山病，並擬於五個月內在北京召開第二次全國代表大會。(見李敖藏第六十四次會議錄原件)然於一九二五年三月五日召開的第六十六次會議上，胡漢民提議「為自由安全討論黨務起見」，第二次全國代表大會應在粵開會，決議通過(見李敖藏原件)，汪精衛又以政治委員會主席名義，於十月三十一日致函再度肯定廣州為中執會以及國民政府所在地，會議須在廣州召開，終於一九二五年十二月四日發出二三一號通告，駁斥北京西山會議派「反革命」言論，強調「吾黨之革命策略不出於聯合蘇俄」，並「決定第二次全國大會會期為明年一月一日」。(李敖藏原件)
當大會於一九二六年元旦在廣州召開時，蔣介石與譚延闓二人具名，繼汪精衛的政治報告與宋子文的財政報告之後，做軍事報告。毛澤東則以代宣傳部長做工作報告，此為蔣、毛同列重要政治會議之始。(見李敖藏《出席第二次全國代表大會報告人員名單》原件)
元月六日那天下午，蔣介石以「東征英雄」，「身披斗篷大衣，足登高筒馬靴，用濃重的浙江口音在會上做軍事報告」(蔡德金《汪精衛評傳》，頁一O二)，極引人注目。報告完畢，由於東征勝利，全場歡呼，起立致敬(見《政治週報》第六、第七期合刊本)，在此聲勢下以高票當選為中央執行委員會常務委員，僅比中央政治委員會主席汪精衛少一票。汪蔣政軍體制儼然形成。此前，蔣尚是一介武夫，黨政地位在毛澤東之下，即第二次代表大會召開時，他亦非七人主席團之列，與權力核心還沾不上邊。然而二大之後，蔣氏直線竄升，已是一人之下，萬人之上了。但是抬轎子的大都是左派激烈分子，蔣是以「紅色將軍」的形象出線的。蔣與汪打得火熱，口口聲聲「汪主席」、「汪黨代表」，汪對蔣亦別具青眼，以「練成真正的革命軍隊」相期許。蔣之「左」傾言論，亦贏得蘇俄顧問的好感，以為出現了革命反帝的軍事強人，可以達成統一戰線的任務。哪裡料得到，強人「逼宮」之勢，已迫在眉睫了。