公元1363年五月，初置翰林國史院，設學士（正三品），侍講學士（從四品），直學士（正五品），修撰，典簿（正七品），編修（正八品）。洪武元年（公元1368年），改名翰林院。洪武二年，置學士承旨，正三品，改學士為從三品，並增設待制（從五品），應奉（正七品），典籍（從八品）等官。洪武十三年（公元1380年）增設檢閱（從九品）。洪武十四年，降翰林學士為正五品，並革除學士承旨、直學士、待制、應奉等官。明初，翰林院官員都是薦舉而入，而不從進士中選任。所以，洪武四年（公元1371年）開科，狀元吳伯宗只授員外郎，榜眼、探花僅授主事而已。至十八年（公元1385年），更定翰林品員，定進士一甲授修撰，二甲以下授編修、檢討，其品秩自學士五品以下至七品不等。據《明史amp;#8226；選舉志》載，這年廷試後，一甲進士丁顯等授翰林院修撰，二甲馬京等為編修，吳文為檢討。進士入翰林就是從這一年開始。此後，明太祖對翰林院的政治作用逐漸注意，據《明史amp;#8226；戴德彝傳》載，洪武二十七年（公元1394年），戴德彝為翰林院侍講，太祖對他說：「翰林雖職文學，然既列禁近，凡國家政冶得失，民生利害，當知無不言。昔唐陸贄、崔群、李絳在翰林，皆能正言讜論，補益當時，汝宜以古人自期」。
惠帝建文初年，復置學士承旨，改侍講、侍讀兩學士為文學博士，以方孝孺任之，參預機務，並置文翰、文史二館。以文翰館居侍講，侍讀，侍書，五經博士；文史館居修撰，編修，檢討。永樂二年（公元1404年），授一甲3人為翰林修撰、編修，再於二甲選文學優等者楊相等50人及善書者湯流等10人為庶吉士。從此以後，庶吉士便成為翰林之專官。
明代翰林院官員具有兩重意義：其一，作為參預機務的內閣成員。內閣成員稱大學士，因而內閣與翰林院為一而二，二而一的機構，這是清制只有翰林出身者才能入閣的由來。自明憲宗成化（公元1465——1487年）以後，不但內閣，就連六部長官也有定例以翰林官充任的。據《明史amp;#8226；職官志二》載：「其在六部，自成化時，周洪謨以後，禮部尚書、侍郎必由翰林，吏部兩侍郎必有一由於翰林。其由翰林者，尚書則兼學士（六部皆然），侍郎則兼侍讀、侍講學士。其在詹事府暨坊、局官，視其品級，必帶本院銜（詹事，少詹事帶學士銜，庶子，諭德，中允，贊善則帶侍講、侍讀學士以至於編修、檢討等銜）」。其二，明代的翰林院包括前代的秘書監、史館、著作局、起居郎、舍人等職；因此，這些官名均已廢除。事實上連這些官的職務也廢除了，有時不過作為裝點門面而已。
明代的翰林學士掌制誥、史冊、文翰之事，以考議制度，詳正文書，備天子顧問，其職位頗為清要。《明史amp;#8226；職官志二》說：「大政事、大典禮，集諸臣會議，則與諸司參決其可否，車駕幸太學聽講，凡郊祀、慶成諸宴，則學士侍坐於四品京卿上」。因其常在帝側，「備天子顧問」，頗能左右朝政，也可干預官吏的黜陟，所以特受尊崇，雖品列第五，侍坐則在四品京官以上。侍讀、侍講掌講讀經史。
此外，國子監也與翰林院相接近。置祭酒1人（從四品），司業1人（正六品）。其下設繩愆廳，以監丞1人（正八品）掌執學規；博士廳，有《五經》博士5人（從八品）分經講授，助教15人（從八品），學正10人（正九品），分率性、修道、誠心、正義、崇志、廣業六堂為士子肄業之所，這是明代所特設的；典簿廳，有典簿1人（從八品）；典籍廳，有典籍1人（從九品；掌饌廳，設掌饌2人（未入品）。