大凌河慘敗的消息傳到江南後，朱斌把自己一個人關論部下如何勸說，整整一天，他粒米未進，誰也不知道素來樂觀的巡撫大人正在那想著些什麼！
朱斌也不知道自己是該哭還是該笑，做為一個知道歷史走向，卻根本無力改變這一現狀的人，此時的心情，也只有他自己能夠體會，也只有他自己覺得在這一刻是那麼的無用。
在朝廷的邸報上，大臣溫體仁上本，言說朝廷剛與後金開始接觸議和，兵火才息，而孫承宗、丘禾嘉卻要惹是生非，去修築什麼大凌河城，惹惱了皇太極，遂造成了長山、大凌河慘敗云云之類……
心灰意冷的在孫承宗在長山慘敗後，便以年老為由，多次上疏，要求致仕。十一月，崇禎帝批准孫承宗致仕，令驛站車馬送其回高陽原籍。不久，因言官追論孫承宗「喪師辱國」之罪，崇禎帝下令奪其官職閒居，並剝奪寧遠世蔭。
而當時已調任南京太僕寺卿的原遼陽巡撫丘禾嘉，也被追論，丘禾嘉以病為由辭職。
這一切的一切，都和歷史的走向是如此的一模一樣……
朱斌慢慢地站起了身，當他推開房門的時候，發現他的部下們都正靜靜地站在門外等候著他，見他出來，黎風第一個上前道：
「大人，大凌河之敗，大人早就有過預言，這都是……都是上面不肯聽，與大人沒有半分關係，您又何必為難自己？」
「沒事。我只是在想一些事情。」朱斌勉強笑了一下。隨即就正色問道：「我讓你們準備的兵馬，全部集結完成沒有？」
「回撫帥！」鄭天瑞大聲說道：「馬步兵一萬七千人，佛郎機、大將軍炮八十餘門全部準備完畢。隨時都可以向山東方向進軍。只是…….」
他遲疑了一下，還是問道：「撫帥怎麼知道山東方向即將再次爆發戰事？」
「孔有德！」朱斌嘴裡慢慢地吐出了這三個字來：「登州游擊孔有德，本事海盜出身，而後才被朝廷招安，這次又救援大凌河不利，像這樣的人。我從來都不相信他們會真心為朝廷效忠！」
一眾部下面面相覷，撫帥大人地想法實在有些費人理解，可他地判斷，卻往往總是準得出奇，就好像這次的大凌河之戰，若是朝廷聽了他的意見，未必便會有那樣地失敗！
「報，朝廷急報！」
正在此時。遠方快馬奔來，衝到朱斌面前，勒馬停住，馬上騎士翻身而下。喘著粗氣說道：
「朝廷急報告，登州游擊孔有德。率領耿仲明、李九成等人，於吳橋兵變，目前已殺回山東，劫掠四方，賊兵勢大，官兵皆不能勝，聖上急命江南巡撫朱斌領兵平叛！」
江南諸將大驚失色，撫帥真的神了，說孔有德要叛，孔有德果然就叛了，此時他們再看向朱斌的眼神，已經全然不同……
朱斌卻根本沒有放在心上，這是歷史書上早就清清楚楚記載著的，又有什麼可希奇的？
這批參與叛亂的將領，原都是皮島縱兵毛文龍地部將。袁崇煥誅殺毛文龍後，其舊部由副將陳繼盛統轄。但不久，參將劉興治在皮島發動叛亂，殺陳繼盛等十餘人。總兵黃龍隨即赴皮島鎮壓，皮島亂兵一哄而散。
孔有德、耿仲明原籍山東，礦徒出身，曾是遼東海盜，後投毛文龍，與尚可喜一起，被稱為「山東三礦徒」，是毛文龍手下的骨幹將領。孔、耿因不服黃龍統轄，便叛離皮島，率部來投登萊巡撫孫元化。
登州乃山東重要軍事要塞之一。在天啟初，為了協調對後金的作戰，在山東設登州、萊州巡撫，援助遼東前線。當時任登萊巡撫的是孫元化，嘉定人，舉人出身，被任命之前曾任寧前道兵備副使。
而就是這位對火器頗有研究的孫元化，竟接收了皮島的叛將孔有德、耿仲明，並委以重任。孔有德被任命為騎兵參將，耿仲明則被派往登州要塞。
大凌河被圍後，同屬孫承宗指揮的登萊巡撫孫元化，急令游擊孔有德趕赴前線增援。孔有德奉命北上，抵達吳橋時，因遇雨雪，部隊給養供不上，士兵開始搶劫。在另一位與孔有德有相同經歷的毛文龍舊部李九成地煽動之下，孔有德正式叛亂，隨即殺回山東半島。
孔有德還兵大掠，先後攻陷陵縣、臨邑、商河，接著又殺入齊東，包圍德平，不久又捨德平而去，攻陷青城、新城，向半島殺去。
山東巡撫余大成、登萊巡撫孫元化聞變，非常緊張，立即派兵來魯北應變。當時兩人都不願把事情鬧大，力主安撫孔有德，並令沿途州縣，不得出兵邀擊，以免激化矛盾。孔有德將計就計，假裝投降，迷惑孫元化，而實際上卻率兵直趨登州。由於沿途州縣不敢出兵攔截，讓出通道，孔有德便順利殺到登州城下。
孫元化急令部將張燾率遼兵守登州城外，總兵官張可大也發南兵抗擊。兩路成合擊之勢。張進兵稍勝，卻下令退兵，張可大失去策應，被孔有德殺得大敗。形勢陡然緊張起來。
張燾的兵卒，多是遼東籍，與孔有德部關係不錯。他們見此情形，紛紛投入孔有德的叛軍行列。孔有德便令這些降卒再混入登州城中，作為內應。而孫元化不察敵情，不聽勸告，同意這些早已從叛的散卒進城。
與孔有德是舊交地登州中軍耿仲明，及都司陳光福等，立即策應，舉火開門，讓叛軍從東門攻入登州城，登州便告失陷。
孫元化是南直隸嘉定人，山東巡撫余大成是南直隸江寧人，總兵官張可大是南京羽林衛軍籍。這三位南直隸人。在這場兵變中。根本不是山東、遼東人的對手，被孔有德等騙得團團轉。
登州淪陷後，孫元化自殺未成。與同城命官一起被俘。只有總兵張可大在斬殺其
後，在其官署上吊自殺。
孔有德令孫元化致書余大成，要求和談。余大成見事已鬧大，便上疏朝廷。崇禎大怒，撤掉了余大成、孫元化兩人之職。孔有德見孫元化已無利用價值，念其舊日收留之情。放其出城，放了他一馬。可是崇禎帝卻不會放過他。他與余大成兩人被逮到京師，最後余大成被充軍，孫元化被斬首棄市。
「現在山東局勢如何？」朱斌並不顯得慌張，不緊不慢地問道。
「回巡撫大人話，孔有德佔據登州後，推李九成為首領，自己居第二位。耿仲明居第三。除此之外，尚有一些將領，如李應元、陳有時、毛承祿、陳光福等皆為官，反賊刻印建官。招海盜流寇，四出焚掠。弄得山東以至遼東前線都人心不定……」
「一些海盜亂民成得了什麼氣候。」朱斌微微笑了一下，忽然大聲說道：
「黃飆、鄭天瑞、劉風、李天齊、魏重義、龍閣、李德
—
「末將在！」
「你等點齊兵馬，明日隨本撫出征，水路並進，一舉而平定叛賊！郭飛、黎風等人留守江南，接應糧草！」
「遵命！」
大凌河之敗地這一口氣早把朱斌憋壞了，他現在就等著孔有德等人謀反，好把這口氣撒到他們地身上。而最為重要地，未來一旦孔有德等人投了後金，將極大地增強後金的火炮技術的突飛猛進，為日後地大明朝廷，埋設下一枚可怕的炸彈……
第二日，一萬七千名官兵，八十門各類火炮，三十七戰船，由浙江巡撫、肅虜將軍、武英伯朱斌親自率領，浩浩蕩蕩向山東境內開拔。
誰想到，才走出不到兩日，朝廷又來急報，命朱斌所引之軍，於原地紮住營盤，不得朝廷命令，不得前行。
原來，不知出於什麼考慮，崇禎帝居然下令以徐從治為山東巡撫、謝璉為登萊巡撫，由此二人負責平叛。朱斌大惑不解，遂寫信問計於杭州的黎風。
未幾天，杭州方面送來黎風急信，上面寫得非常簡單：
「大人不贊成構築大凌城，聖上一意贊成，終致大凌河之敗。難道大人比聖上還要英明嗎？大人自為官以來，屢立戰功，朝廷又多樹政敵，在此時候，焉能不眼讒言？大人儘管在原地駐紮，屬下以為，官兵此去必不能勝，早晚要復啟用大人。
為消聖上疑心，一旦朝廷再次命大人平叛，大人可不急著進軍，當先問計於聖上，用何等方式行軍平叛，如此，平叛之功不為大人所有，乃是當今聖上親自指揮……」
朱斌苦笑著搖了搖頭，將信件付之一炬。他只想為大明朝廷好好的做一些事，卻哪裡想到這中間弄得這麼複雜，崇禎帝這人好是好，可就是有些疑心……
朱斌乾脆安下心來，駐紮在浙江和山東的鄰近地界，一邊派人多加打探，掌握山東方面的信息，一邊每日與諸將討論兵法，靜靜等候著朝廷地再次調度。
前方不斷傳來的消息，顯示出朝廷的平叛及其不順。
徐從治、謝兩位巡撫，與總兵楊御蕃分頭固守城池，拚死抵抗叛軍攻擊，形勢十分危急。而外圍的各路援兵都駐紮在昌邑，由於山東巡撫徐從治被圍在萊州城內，援軍無人督察，諸將觀望，誰也不肯拚死馳援萊州。
而兵部尚書熊明遇認為此事尚有招撫的餘地，便派主事張國臣去山東處理招撫之事，並要求徐從治不要輕易出兵，破壞撫局。徐從治當然不幹，先後三次上疏朝廷，力主撫局無望，應以武力解決。朝廷認為，兩撫臣都被困在萊州，應增設總督來山東前線，決定撫戰。
侍郎劉宇烈於是被任命為總督，赴山東統轄騎、步兵二萬五千人，平定孔有德之亂。但劉總督本無籌略，赴山東後除整天派人去招撫外，不進行任何軍事行動，以免動而取咎。
孔有德便故伎重演，說是要降，暗中卻把孫元化鑄造的大炮調到萊州城下，架起猛轟，打死了山東巡撫徐從治，萊州城危在旦夕。
其後在朝廷的在朝廷的軍事壓力下，孔有德突然又向登萊巡撫謝提出投降，並約定降期，請萊州城中地文武官員出城。已被困在城中六個月的登萊巡撫謝，在不得已之下，決定冒險，便與知府朱萬年出城受降。
但當兵出身的總兵楊御蕃堅決不去，他深知這些叛兵的品性。叛兵見到謝等人，連跪帶哭，態度誠懇，並擁之而去。謝剛被帶走，叛兵隨即攻城。他們把知府朱萬年押到陣前，要他呼喊勸降。朱萬年大聲喊道：
「吾死矣。汝等宜固守
城上地楊御蕃一看形勢危急，下令開炮，殺傷叛軍不少。而那位朱知府也在自己人的炮火下喪生。楊御蕃地幾炮，總算保住了萊州暫時不失。
消息傳到朝廷，輿論大嘩，舉朝痛憤。於是總督劉宇烈被下了詔獄，兵部尚書熊明遇被撤職。朝廷上下沒有一人再敢提撫議。
岌岌可危的形勢，終於讓崇禎意識到了問題的嚴重性。在這樣的情況下，他再次急調浙江巡撫朱斌出兵，並從遼東調勁旅約五千入關參戰。而朱斌的結拜兄弟吳三桂，正好也就在這支隊伍當中。
接到聖旨的朱斌，並沒有立即急著發兵，而是按照黎風的計策，先派快馬以密報的形式親自上書崇禎，只言叛賊勢大，自己恐怕有負皇恩，不能克盡成功。乃問計於崇禎，當如何行軍，如何克敵制勝等等之類……
不過幾天時間，崇禎回書已到，對朱斌的謹慎大加讚賞，仔細提出了自己的判斷、謀劃，最讓朱斌意想不到的是，崇禎竟然再封自己為兵部侍郎，著力勉勵自己努力平賊！