1989年蘇聯撤軍後，阿富汗陷入派別之戰。拉登似乎無意於這種權力之爭，帶著他的「弟兄們」重返沙特阿拉伯，從事建築業務。
在沙特阿拉伯，本·拉登及其追隨者們開始致力建立一個極端的宗教帝國。蘇聯部隊的撤離也給阿富汗和游擊隊留下了一大批裝備精良的武器，以及數以千計的來自世界各地的伊斯蘭戰士。
拉登利用自己強大的經濟力量和武裝力量做後盾，發起了一起針對西方的新「聖戰」，並將矛頭直接指向沙特阿拉伯和埃及等一些親西方的伊斯蘭國家。
阿富汗戰爭後，拉登發表聲明，對沙特王族進行了嚴厲批評，他指出，沙特王族允許美國軍隊駐紮在沙特的基地，對穆斯林來說是一種犯罪行為。
拉登頻頻向廣大教徒發出號召，使用暴力手段將美國軍隊趕出去，將沙特王室推翻。他領導的游擊隊也屢屢發起攻擊政府和美軍的活動。
拉登的極端主義傾向，引起了親西方沙特王室的不滿。沙特政府不能忍受他過分的要求，很快作出反應。1994年4月，拉登的沙特國籍因為其「不負責任的行為」而被取消，沙特政府將拉登驅逐出境，並凍結了拉登在沙特的財產，同時在國內外詆毀拉登的聲譽。
打那以後，拉登便四處漂泊。靠著他在建築業經營中所積累下來的數十億美元的家財，開始了他的活動。無論地球上哪一地區的穆斯林陷入爭端，他都會慷慨解囊幫著招兵買馬，甚至帶兵征戰。
拉登先是流亡到也門，後來帶著他的家人和一大幫的追隨者，遷入了蘇丹的喀土穆。據說，拉登與蘇丹領導人過從甚密。在蘇丹，拉登開設了工廠，也建立了農莊，為沒有工作的游擊隊員解決生計。
對外，他聲稱自己承建了一條由喀土穆通往蘇丹港的高速公路工程。但西方情報機構卻稱，他在蘇丹、阿爾及利亞、突尼斯等地建立了營地，招募並訓練恐怖分子。
對於阿富汗退役兵，他替他們建了訓練營地。他還為蘇丹政府修公路，建基礎設施。拉登眾多的蘇丹商業利益包括：加工山羊皮的工廠，一家建築公司，一家銀行，一個向日葵種植廠和進出口公司。
他的建築公司——「流亡建築和發展有限公司」是與國家伊斯蘭陣線以及蘇丹軍方合作的。他們修了蘇丹港的新機場和1200公里長的從喀土穆至蘇丹港的高速公路。
另一家拉登的著名公司是「綠洲與水」公司。這是一家進出口公司。他同時還經營著「塔巴投資有限公司」、喀土穆的「西北伊斯蘭銀行」，這家銀行是與國家伊斯蘭陣線合作的，其中拉登至少有5000萬美元的投資。
幾年來，本·拉登都居住在喀土穆一處由當地保安部隊駐守的居所，同時他安排了許多阿富汗退役兵遷入蘇丹。
在那些阿富汗退役兵中，有些已經回到了他們的國家，並重新開始了他們的生活。而另一些人回國後，則投入了伊斯蘭原教旨主義活動，他們要為伊斯蘭教推翻受西方影響的世俗政府。他們用自己在阿富汗戰爭中學到的知識，建立了游擊隊和恐怖基地。在埃及和阿爾及利亞，被稱為「阿富汗退役兵」的人士幫助伊斯蘭極端分子對付政府。
在大多數的阿拉伯國家，阿富汗退役兵並不受歡迎，政府一直密切注意他們的一舉一動。然而，在另一些國家，這些退役兵卻得到了熱烈的歡迎。
除了這批友善的阿拉伯國家的基地外，在阿富汗的大多數游擊隊員的訓練營地仍在運作，它們為許多正在進行戰爭的國家提供伊斯蘭僱傭軍。阿富汗還和從前一樣被看成是游擊隊員的心臟，從那裡受過訓練的戰士被派至任何他們需要的地方。游擊隊員退役兵開始出現在如索馬裡、波斯尼亞、科索沃和車臣的伊斯蘭戰鬥中。
然而，一向被美國國務院當做恐怖主義支持者的蘇丹，近年來開始倒向美國。1995年，蟄居蘇丹的拉登因涉嫌在埃塞俄比亞首都亞的斯亞貝巴謀刺埃及總統穆巴拉克，鬧得埃蘇關係行將破裂。之後，蘇丹政府迫於美國、埃及和沙特政府的巨大壓力，以及作為蘇丹政府向美國致意的一個表示，不得不奉勸拉登離開蘇丹另攀高枝，將其驅逐出境。
1996年5月，拉登輾轉返回阿富汗，尋求在那裡「避難」。直到目前，拉登一直在阿富汗定居。在此期間，他依靠衛星電話和國際互聯網與外界保持聯繫。
拉登在選擇阿富汗為最後落腳點之前，常在阿拉伯國家來往。他娶了一個菲律賓女人，在菲律賓有3家大公司。遷入阿富汗後，身後留下了阿富汗退役兵的巨大網絡和數家工廠及公司。蘇丹好幾家主要的公司都與他有著聯繫，他們為拉登的網絡提供後勤援助。
拉登領導的伊斯蘭聖戰組織也被迫從蘇丹轉移到阿富汗。受到通緝的一些阿拉伯國家的恐怖組織頭目也紛紛到阿富汗與拉登聚會。這其中包括後來成立的「伊斯蘭反猶太人和十字軍國際陣線」的創始者以及該陣線軍事部門領導人、策劃在亞的斯亞貝巴刺殺穆巴拉克未遂的主謀穆斯塔法·罕姆宰。
在阿富汗，本·拉登擁有一套房子，並由目前控制著整個阿富汗局勢的塔利班士兵保護。他很快把自己隱人了靠近坎大哈市的山區。在那裡，他受到了追隨者的崇敬，他們尊稱他為「教長」，雖然他並沒有神職。
在阿富汗鞏固了他的基地後，拉登很快就讓他龐大的國際網絡投人工作。通過高科技手段，例如電傳、衛星電話和國際互聯網，他得以同分佈在阿拉伯世界、歐洲、美國和加拿大的素未謀面的追隨者進行聯繫。
這期間，拉登曾經發佈過3次聖戰旨意和宗教命令，號召全體穆斯林拿起武器對付美國人，包括1996年8月在國際互聯網上發佈的針對美國的「戰爭宣言」。