在中路的德國裝甲部隊取得勝利的同時，掩護其兩翼的2集團軍也取得了不小的進展。在北方集團軍群右翼，第16集團軍早在6月23就佔領了考納斯。而左路第18集團軍下屬的第38軍步兵第291師則在突破國境線後，在34小時內穿44英里，兵臨.:gt;（當時被稱為利巴瓦）城下，包圍該城並很快發動了進攻。這座基地對於德軍來說十分的重要，因為，這個港口是波羅的海的一個重要的出口。如果德軍能夠順利的拿下這個港口，那麼他們強大的艦隊就能夠順利的進入波羅的海直達列寧格勒。
為了確保拿下這座蘇聯海軍基地，德國統帥部為庫特.赫爾措格中將指揮的步兵第291師配屬了大量加強部隊，其中包4機槍營、3個摩托車連、3輕型自行高炮連、2列裝甲列車和9個炮兵營、2列車炮連（2個150農炮營、2個210加農炮營、裝備280米列車重炮的第690車炮連），2空軍偵察機中隊。
蘇軍在利耶帕亞的守備部隊包括傑達耶夫少將指揮下的蘇軍第8團軍步兵第67師的5300人，以及克文斯基海軍上校領導的海軍基地守備隊，總的兵力只有13000，在人數和火力上都處於絕對劣勢。但這些部隊仍然進行了殊死抵抗。雙方在城內發生了激烈的巷戰，給德軍造成嚴重的人員傷亡。6月28，德軍終於佔領了利耶帕亞，該城的守備司令傑達耶夫本人在此前的6月25戰死，而他的部下有些一直堅守到了6月2日。在德軍第1軍和第26軍進攻下的拉脫維亞首都裡加，戰鬥同樣激烈。從6月27德軍攻入城市，到7月1日蘇軍放棄裡加前，紅軍的守備部隊重創了擔任裡加主攻任務的德軍「拉施」團群（隸屬於第1軍，指揮官拉施上校，後來的柯尼斯堡衛戍司令）。
連續丟失利巴瓦和裡加基地後，蘇軍紅旗波羅的海艦隊只得冒著德國空軍的猛烈襲擊，撤退到了塔林。在利巴瓦，該艦隊損失了「列寧」號驅逐艦和16艘潛水艇。
到6月25，德軍北方集團軍群已經在蘇聯境內推進了80∼250里。成功的控制了多個港口，包括芬蘭的科漢半島。
但出乎德國統帥部意料之外的是，在反擊失利，德軍全面推進的情況下，蘇軍西北方面軍並沒有像他們事先估計得那樣死守波羅的海地區，而是迅速進行了全面撤退，其速度每晝夜達3540里。蘇聯在戰前吞併這一地區的目的，無非是要獲得一塊掩護列寧格勒的緩衝地帶而已。從6月29日開始，西北方面軍下屬的第8集團軍和第11集團軍分別向北、南兩個不同的方向退卻，在其間出現的大缺口使已經渡過了西德維納河的德軍4甲集群得以更為順利的進攻。尤其是負責掩護普斯科夫方向的紅軍第11集團軍，此時已經陷入了無指揮狀
乘此良機，7月5日，德軍摩托化41軍的先頭部隊在克服蘇軍坦克部隊的抵抗後，撲向這座通往列寧格勒的門戶城市。設在普斯科夫的西北方面軍司令部只得匆忙撤向東北方向的諾夫哥羅德。7月9日，普斯科夫落入德軍摩托化41軍之手，納粹的鐵蹄踏入了俄羅斯領托化41軍軍長萊因特哈特喜出望外的是，在該城附近的鐵的部下還繳獲了一列滿載新式坦克的蘇軍軍列。
為了保住受到德國裝甲部隊威脅的列寧格勒，紅軍只得將從莫斯科軍區抽調來的步兵41、22軍，以及從gt;|戰鬥，並以這3軍組成了新的第11集團軍（第11集團軍原有的部隊被編入第27集團軍）。他們和新組建的盧加戰役集群（北方方面軍的部隊）的任務，是拚死擋住德國4甲集群通向十月革命之城的道路。
紅軍在波羅的海地區的撤退組織得混亂不堪，大量部隊在不知道應該撤退到什麼地方、應該從哪裡渡河的情況下和難民一道，在德國破壞分子和當地民族主義者的不斷襲擾下，亂哄哄地盲目退卻。但在德國人看來，與其他方向的蘇軍相比，紅軍西北方面軍的撤退居然還算是比較成功的。這裡的部分原因在於這個戰區的德國裝甲部隊在缺乏步兵配合的情況下，往往讓已經被截斷了後路的蘇聯軍隊從德軍鬆散的戰鬥隊形當中「漏」了出去，有時德軍摩托化部隊即使搶佔了渡口，也無法截住蜂擁而來的蘇軍。正如當時指揮摩托化第.
||B間和兵力來肅清戰區內的敵人。因此在北方集團軍群的作戰地域內，雖然繳獲了大量武器裝備，俘虜人數卻非常少，到6月28僅有約五萬六千人。這個數字大大的低於德軍原先的判斷。因為，在原先，德軍總參謀預計他們能夠俘獲10萬到20萬左右的
不僅如此，許多被擊潰的蘇軍小部隊還隱蔽在森林密佈地道路兩側，伏擊德軍的後勤部隊。有時從森林裡還會竄出個把輛倖存的蘇聯坦克。但在缺乏當地居民配合的情況下，這種戰術維持不了多久，因為波羅的海地區的居民並不喜歡蘇聯人，而寧可歡迎德國人，一些人甚至主動幫助德軍肅清當地的反抗份子和蘇聯的潛伏人員。他們對待蘇聯士兵和當地領導人的殘暴使德國北方集團軍群司令勒布元帥都感到吃驚。或許正因為如此，在所有被佔領的蘇聯領土中，波羅的海地區的『紅色份子』的「清洗」是最徹底的。難怪蘇聯二號人物莫洛托夫發出這樣的慨歎：「民族主義者，不管是俄羅斯的、德國的、波蘭的還是烏克蘭的，都一樣窮凶極惡。」
在1941年夏季的波羅的海地區，德國人所煩惱的是.::滅蘇軍。德國將軍蒂佩爾斯基在遺憾的認為北方集團軍群當時只是趕走了當面蘇軍而已，而德國陸軍總參謀長哈爾德也在工作日記中對該地段紅軍有組織的撤退感到惱火。但在蘇德戰線中部，搏克元帥指揮下的德國中央集團軍群當面，巴甫洛夫大將指揮的紅軍西方方面軍所面臨的情況要比波羅的海的西北方面軍嚴峻得多，這將為搏克提供絕好的機會。
自6月22戰爭爆發以來，蘇聯西方方面軍左右兩翼的國境線已被德國第23裝甲集群分別突破。博克元帥麾下這兩支強大的裝甲集團正如利劍般插向紅軍縱深地帶，企圖在白俄羅斯首府明斯克斬斷西方方面軍主力的退路，將其圍而殲之。因此，西方方面軍的當務之急，便是通過反突擊阻止這2德國裝甲集群的前進。
在左翼，西方方面軍準備以4團軍下屬的機械化第14軍發動反擊。但在右翼，方面軍司令巴甫洛夫卻沒有打算動用強大的兵力去抗擊在那裡實施突破的德軍第3甲集群，而只是準備以機械化第11、6軍編成一個集團，由方面軍副司令博爾金少將指揮，對事實上只是在第3甲集群側翼擔任輔助攻勢任務的格羅德諾德軍（德國第9集團軍部隊）進行反擊。或許巴甫洛夫大將覺得應該由西北方面軍去對付這個在西方、西北方面軍之間穿插的德國裝甲集群。可是正如前面已經介紹過的那樣，西北方面軍司令員庫茲涅左夫也同樣認為應該由西方方面軍去執行這一任務。由於這2個方面軍之.:|得奇怪了。而德國的第3裝|暢、戰術協同不利的福，得以順利前進。
更糟糕的是，由於害怕部隊受德國第9集團軍近距離合圍的威脅，巴甫洛夫還下令將第10集團軍調到比亞韋斯托克突出部中部的行防禦，這樣不僅使蘇軍在後方沒有足夠的兵力去對付快速推進的德國裝甲摩托化部隊，同時還把更多的部隊裝進了德國人預定的「大口袋」之中。
西方方面軍如此漏洞百出的反擊計劃，在執行上同樣極為困難。先不去說預定投入反擊的部隊是否還有時間去領取彈藥、油料，偵察敵情、地形，修理那些快要報廢的舊坦克。事實上，準備投入右翼反擊的2蘇聯機械化軍中，機械化第11軍的部分兵力早在6月22就已經投入了與德國第9集團軍的作戰，其所屬部隊中只有坦克第29師趕到預定地點，而坦克33師則在35公里以外，摩托化外。另一個機械化第6軍則:gt;.翼的機械化第14軍也是在開戰第一天就陷入了苦戰。
由於從戰爭爆發時起，西方方面軍就未能與所屬部隊建立起有效的聯繫，這位大膽的司令員巴甫洛夫只得親自去部隊佈置任務。可在他離開司令部後卻粗心的忘記了聯絡密碼，這樣一來西方方面軍、甚至莫斯科的斯大林都無法與他本人取得聯繫。西方方面軍的情況變得更加混亂，預定於6月22晚就開始的反擊因此遲遲未能發動。