大秦廟堂有內閣與軍堂之分，內閣名義上總掌國政，但實際上卻無法染指軍權，除了可以限制皇帝發動戰爭和在軍隊預算上進行抵制以外，對於軍隊的人事調動，任命，作戰以及指揮，內閣沒有任何話語權。
內閣：
中書，門下，尚書三省並稱內閣，為帝朝文官之首，除軍堂外，其餘諸省，部皆在其下。
建朝之初，大秦並無內閣之設，名義上國政由皇帝和中書宰相共同商議，起草政令，經過門下省同意後，方能交付尚書省實施。其中中書為皇帝的權力，而門下則代表貴族的勢力，是故大秦中央可以說是由貴族出身的大臣所組成的合議政體。不過開國五十年期間，太祖，太宗，武帝，三任大秦皇帝幾乎大部分的時間都是親自統率大軍在外征戰，根本無暇國事，於是太宗（曹昂）繼位後，便設立內閣，由三省宰相與他任命的大學士（兩人）一起，總理國事，即便還朝以後也只在初一與十五上朝，後來遂沿襲成為了傳統。
三省：
中書省掌詔敕，政令之立案起草；
門下負責審議中書之立案，草案，以決定實行與否；
尚書省為行政官署，其下分置吏，戶，禮，兵，刑，工六部。各設尚書一人，左右侍郎（副職）、郎中（司長）、主事等。
六部：
吏部：負責官吏的管理，考核，陞遷等
戶部：有十三個司，分別管理各地的收支與報銷
禮部：主管國家凶吉大典，教育與考試，招待外賓，宴勞功臣等
兵部：只負責後勤，兵甲等諸事，實際上是軍堂的附庸。
刑部：管理天下刑名。
工部：管理建築、後勤、水利、製造等
監察院：
直屬於皇帝的監察部門。下設左右督御史，左右副督御史，左右僉督御史。再往下設十三道監察御史和按察使，十三道監察御史和按察使與直屬於皇帝的六科給事中統稱「科道」屬於言官範疇。
六科給事中：
掌侍從、規諫、補闕、拾遺，以及稽察六部事務。享有「科抄」，「科參」及「註銷」之權，註銷是指聖旨與奏章每日歸附科籍，每五日一送內閣備案，執行機關在指定時限內奉旨處理政務，由六科核查後五日一註銷；科抄是指由六科給事中分類抄錄朝廷內外章疏及帝王諭旨，按其內容抄送有關官署承辦；科參是指上命如有不便，給事中可駁正繳還。
五寺：
大理寺：名義上的最高司法機關。與監察院、刑部構成了三法司。
太常寺：主管祭祀，禮儀。
光祿寺：主管宴享，賞賜。
太僕寺：管馬政以及驛站。
鴻臚寺：管招待外賓。
太醫院：
管理宮廷及貴族診斷，製藥。
太學府：
帝朝的最高學府，基本上所有的文官都出自太學，每年的太學秋試，等同於科舉。任何人在太學府必須完成五年的學業，方可出仕；其中法家，墨家，儒家，道家，兵家是必學的五家學說，至於某些特殊的官職則必須學習相應的學說。
軍堂：
直屬皇帝的最高軍事機構，擁有與內閣相抗衡的實力。但實際上軍堂的正式名稱是白虎節堂，只是長安都護府的參謀堂所在，不過卻是不折不扣的戰爭策源地，幾乎所有對外的戰爭都是出自這裡。
將苑：
皇帝親自任職的學府，所有千人級別的軍官必須出自將苑，時間從三月到一年不等，對一些起於戰陣，不通文墨的軍官來講，將苑的經歷非常重要。
三長官：
太尉，司馬，總長被稱為軍堂三長官，其中太尉是名義上的最高長官，司馬行副職，而總長，雖然只有參謀之權，但卻是三長官中最為重要的，因為奔赴各地，輔佐軍務的參謀軍官，除了皇帝以外，便只聽從總長的命令。
五軍都督：
除去軍堂三長官，帝國的真正軍力實際上屬於四大都護府轄制。分別為長安都護府，北庭都護府，安西都護府，金陵都護府。其中五大都護府中軍力最為強大的長安都護府分為兩部，分駐帝都內外，擁有兩位大都督，與其他三處的大都督合稱五軍都督。
藩鎮：
都護府下轄的軍鎮，軍力從三百至一萬不等，負責駐守邊疆，每隔一年便輪換士兵，至於將領則為三年以上，五年以下。
折衝府：
四大都護府的兵源所在，分上、中、下三等，上府一千二百人(有時增至一千五百人)，中府一千人，下府八百人。分佈各地，由軍堂下派的軍官進行選拔，取其中優異者進入都護府軍團。極盛期時，各地折衝府共計八百四十七處，擁有兵力達一百二十萬之巨，現在則不滿三百。