整整大半年，徐再生所有的精力，都投在蘇松二府的基礎工商發展上。私掠許可證的實行，使得海疆雖然混亂，但卻不會再有人把目光盯到他正在逐漸發展壯大的海軍上。
即使某些小海盜領了私掠許可證橫行不法，徐再生也只需發佈通緝懸賞令，立馬就會有如狼似虎的海盜們，到處搶食。如此舉措雖然也會使得海盜實力坐大，等沿海平靜後，將難以控制。但徐再生目前還是很有把握。如果駕馭得當，這些海盜，還將會成為他爭霸海洋的先鋒。
大量的稅銀投到蘇松二地的建設上，由於優厚的生活條件及待遇，大量的北地流民相繼湧入。免稅政策的實施，更加使得工商業蓬勃發展。而日月錢莊紙幣的大力推廣，更是傳播到蘇松二府之外。如此方便保值且信譽度極高的紙幣，很快受到大量商賈們的歡迎。
徐再生奏請朝廷批准，對蘇松二地的衛所邊軍，守城軍進行改變。淘汰老弱，其餘編入巡防營，主管各地治安巡邏，緝盜搜捕。
同時，在奏請朝廷的同時，他迅速對麾下軍隊進行擴建改編。
有明一朝，實行的是以文統武。明初實行軍權分制，都指揮使司練軍，兵部掌軍，只有皇上才可調兵。這樣雖然防止了唐末的藩鎮之亂，但也極大地限制了軍隊的戰鬥力。
後期衛所崩壞後，鎮戍製成為主流。負責統兵的武將主要是總兵、參將。游擊，守備等。即使這樣，諸將還是有著牽制。總兵統參將，參將統守備，副總兵佐總兵，游擊聽命於總兵、巡撫。
這樣彼此制約，大大影響軍隊地戰鬥力，絕非徐再生想要的。
他把原先的軍制全部撤銷，按照後世先進科學的三三軍制，設立軍-衛-營-所-旗-哨-隊編制。每隊12人。每哨統三隊，每旗三哨，自上而下，逐級節制，類似於現代師旅團營連排班的編制。每軍步兵二衛，騎兵一衛，另轄炮兵一營，工兵一營。輜重一營，共計一萬二千將卒。
總督府下建三軍，將官職名不變，依次為總兵。參將，游擊，守備，千總。把總，領隊。第一軍總兵官為夏廣復，第二軍總兵官為李四海。第三軍總兵官為韓章。孔有德的僱傭軍，不在新軍編組之內。
三軍統歸總督府節制，另外總督府組設參謀部，王重，普克等一干幕僚及洋人教官，進入參謀部，贊佐號令，參畫機宜。此外設軍紀官。督軍官。書記官，總軍法官。總軍需官，總軍械官，總軍醫官，總馬醫官，稽查官若干。
在發展生產，改組軍隊的同時，他還在各地設立蒙學，小學，中學。要求所有適齡孩童，必須入學，家境貧寒者，可免去學費，實行九年的基本教育。除了中國傳統的國學精粹外，主要開設六藝課程，禮，樂，射，馭，書，數。在小學時，增設西學啟蒙課。中學時，開設基本的物理，化學，自然天文學，生物地理學等西方科學。
另外開始籌建大學，招募各地年輕士子，深入學習西方地自然科學，並對相關國學分系，以供學子們繼續研讀。
這些事情，整整忙碌了近一年時間。除了把所有的海稅所得砸進去外，還依靠發行紙幣，借舉債券，籌措資金，才是一切不虞半途而廢。
一切步入正軌，徐再生所做的，只是引導作用。猶如一個掌舵者，他需要他的命令，可以得到嚴格的執行，而不要產生太多的干擾。
以前實力弱小，顧忌許多。現在編組三軍近四萬軍馬，相信朝廷即使對他極為不滿，也只能忍氣吞聲。
可剛剛達到的一紙詔書，卻讓徐再生陷入了左右為難。
詔令領軍鎮守中都，不虞皇陵有危。與詔書同來的，還有神機營彭有謨一部將士。
如果歷史記憶不差地話，農民軍張獻忠就是在年初，攻陷鳳陽，焚燒皇陵，天下震動。古人最忌諱祖墳，你說一個皇上的祖墳都被人燒了，那帶來的打擊，對百姓們的信心是多麼毀滅性地。
看來，最終還是避免不了與農民軍敵對啊！是該時候，亂起風雲了。
雖然徐再生知道張獻忠是攻打了鳳陽，但具體時間，卻模糊了。所以收到詔書後，徐再生立馬召集諸將軍議。決定親率第一軍和孔有德七千僱傭軍，協同神機營一千將士，共二萬人馬，由長江直進巢湖。入廬州，而後北上鳳陽。
留下王重等幕僚，第二軍李四海等駐守蘇松二府，護衛境安。第三軍總兵官韓章統帥海軍，巡守海疆，堤防南方的異動。
崇禎八年正月，新春才剛剛結束，大軍組建後的第一次出征，將是對一年多來訓練的終極考驗。
船隊行至南京，一條不好地消息迅速傳來。張獻忠，高迎祥部竟然奇襲鳳陽，斃殺守將朱國正，鳳陽知府顏容暄。並且焚燒了龍覺寺和朱元璋的祖墳。
怎麼說鳳陽也有一二萬的守軍，竟然土崩瓦解地敗了，實在大大出乎徐再生地意料。南京大臣聞聽此訊，嚇的魂飛魄散。皇上祖墳都被人燒了，可以想見皇帝聽見此消息後的震怒。南京兵部尚書呂維祺收到徐再生大軍趕至的消息後，連忙帶上犒銀，請求徐再生急奔廬州，滅亂賊一眾，平皇上息怒。
徐再生收到鳳陽以陷後，反而不在慌張。在南京稍作停留後，船隊緩緩向廬州府駛去。縱觀張獻忠去年入川開始，後走湖廣，又入河南，現在更是直接東進，奔襲安徽。
轉戰千里，忽東忽西，簡直深的運動戰，游擊戰之精髓啊。想要打敗他們，徐再生認為並不是難事，而要全殲乃至俘虜他們，卻比較困難。PaoShu8
如果不能達到重挫他們，他們必將逃竄，永為後患。
正月二十二日凌晨，在鳳陽稍作歇息後，張獻忠即與高迎祥到達廬州，立即命令部隊包圍該城，入夜發起攻擊。
合肥知縣吳大樸率領軍民固守，由於事先有防備，加上廬州城防嚴密，城牆堅固，每門外設吊橋，守軍輪番防守。張獻忠猛攻北門月城數天不得，反而損失戰將張進嘉。很快，又傳來漕督朱大典和四海總督徐再生率部來援的消息，形勢對張獻忠極為不利。
他當即立斷，轉攻巢縣。
巢縣位於巢湖東部，緊靠巢湖與長江的河道。當他率領三萬大軍連夜趕至巢縣前，周圍一切卻是靜悄悄，連半個百姓也看不見。
多年的征戰，立即讓張獻忠警覺起來。剛要派出大量探哨偵查，震天地炮聲從巢湖湖面上射來。
張軍頓時亂成一團，饒是他們身經百戰，也扛不住這樣密集地火炮轟擊啊。
中了埋伏？張獻忠雖然懷疑，但他還是不相信官軍有這麼快，當即果斷命令強攻巢縣。只要拿下巢縣，憑借城防炮，就不怕巢湖上的戰船火炮了。
誰知巢縣地城牆上突然亮起無數火把，上百們佛郎機火炮排的密密麻麻。咚咚咚，一輪射來，又有幾百人倒地不起。
已經快要攻到城下的張軍突然發出一聲聲痛苦的尖叫，無數人跳起摀住腳，然而倒下再也發不出聲來。火把照近，卻發現他們再也不能前進一步了，因為攔在他們面前的，竟然是一排排無比尖銳的鐵釘。這要是硬衝過去，至少得用屍體堆啊。即使把這些鐵釘對完，也還是不能靠近城牆。因為在這排鐵釘的後面，還有許多木實雜亂的拒馬。
拒馬也無所謂，頂多只會延緩他們的速度。真正的夢魘時，這些拒馬的背後，還站著一排排手持火槍的士兵。
啪啪啪！無比密集的三段射，那火力簡直無窮無盡。許多亂匪甚至還沒靠近拒馬，就紛紛倒下了。
「大帥，不能再攻了。短短半個時辰，我們已經損失了三千多名將士。」
張獻忠臉色早就鐵青，雖然他見識過火器的威力，並且也有一支火器隊。但在這個冷兵器向熱兵器過渡的時代，新興的熱兵器，並不能對抗冷兵器站到壓倒性的優勢。
他遇到無數官軍，碰到無數火炮和火槍。可從來沒有遇到任何一支軍隊，有這樣強大的火力。不，不可能，這絕對不可能是明軍。
「撤！往北撤！」
張獻忠剛要拔腳，就見高迎祥滿臉是黑灰地跑了過來，大喊道，「張兄，大事不妙。北路出現一支官軍，約有一萬之眾，火炮二百多門。我率人猛衝一陣，不到半刻，就損失二千人，我們快西撤吧！」
聽見高迎祥這傢伙竟然偷偷北撤，張獻忠不由大惱。可現在不是發火的時候，當即率軍西撤廬州。沿巢湖直奔舒城。
「報，大帥，西邊花集一帶發現官軍，約有一萬有餘，火炮無數。」
「什麼？」張獻忠立即傻了，又是一萬，官軍？這些官軍從哪裡冒出來的？東是火力兇猛的巢縣，北是一萬官軍，東又是一萬官軍，南面則是巢湖，上面有不知道多少強大火力的戰船。我們被包圍了？
天啦，難道天要亡我張獻忠，誰能告訴我，這該死的數萬官軍，是從哪冒出來的？為何有此強大火力？難不成燒了朱元璋那老兒的祖墳，犯了天怒，遭到天譴？降下天兵天將來消滅他？