那是兩億年以前的事了……
在茫茫宇宙的群星之中，有一個最早起源生命的行星。在這個行星上，生命與文明多次反覆地起源、發展、毀滅與重現。在這之後，終於出現一支以生命群體為特徵的文明，這支文明的生存也經歷了各種血與火、生與死的考驗。
在這個文明出現了一萬年以後，這支高度發達成熟的生命群體逐漸掌握一種稱之為「心靈幾何學」的技術，以此，這支文明的發展產生了一個質的飛躍，開始能自主掌握自身的命運，能在宇宙中自由地生存與發展。
在兩百年以前，在一位老科學家的倡議下，這支以「火鳳凰」作為圖騰標誌的文明開始了一項「心靈幾何學」的工程。工程的目的是為了促進各種宇宙生命文明的交流和生存能力，作為對宇宙的意外災害進行調控的措施。
工程進展非常順利。工程完成之後不久，在測試階段就發現了一支全憑「心靈幾何學」的力量生存下來的文明，這支文明生存的宇宙區域是個真正的不毛之地，所有的資源都非常缺乏，唯一的可以依靠的能源是一顆發光的恆星。這裡的生命體形體非常高大，具有極強烈的生存意志，在沒有任何外來援助的情況下，竟已存在了兩萬年之久。雖然這樣，惡劣環境始終沒能使這支文明發展到更高級的階段，處於苦苦支撐的求生存狀態。
憑藉工程的力量，「火鳳凰」文明與「巨人」文明取得了聯繫。在之後的一些時間裡，「心靈幾何學」工程發揮了它的巨大效能，搬運一艘無人操縱的巨型飛船，運送一批物資抵達「巨人」文明所在的星球。
「巨人」文明的發展從此開始了一頁嶄新的篇章。
為了使「巨人」文明永遠擺脫惡劣環境的影響，通過啟用「心靈幾何學」工程的力量，掃瞄宇宙環境的各個角落，尋找適合生命生存的星系。
在這一過程中，又發現了幾個存在生命的星系，其中有一個處於原始的恐龍時期；有一個雖然已經是高度發達的文明，但由於環境過於優越，那裡的生命體生存能力薄弱，雖然這些生命愛好和平，沒有戰爭，但由於過份對環境的依賴，這支文明始終沒能掌握「心靈幾何學」的力量。
這兩個存在生命的星系裡的生命都是比較低級的，沒有幫助和容納外來文明共享資源的能力。「火鳳凰」星球的人類經過商議，決定對恐龍時期的星球採取不干預的觀察措施，並且預防某些恐龍在特定的自然條件下，偶然掌握「心靈幾何學」的某些奧妙，從而引起興風作浪的破壞行為。
對於雖然經過長期發展，但仍沒能掌握「心靈幾何學」奧密的那個文明，決定視情況而定，在適當的時期派員前往傳授。「心靈幾何學」工程繼續進行宇宙生命環境掃瞄。
「心靈幾何學」工程掃瞄到宇宙的一個偏遠區域，這一區域有個寶石一樣的星系，這一星系的邊沿區的一個恆星系統裡有一個藍色星球上存在著一支比較發達的文明，星球上的文明與「火鳳凰」早期文明相差無幾，並且已經開始掌握「心靈幾何學」的某些能力。由於這支文明與現有「火鳳凰」文明差距還是較大，所以沒法子利用「心靈幾何學」工程取得聯繫。
「火鳳凰」星球的人們認為，這個星球很有希望，它的資源豐富，從它存在生命形式的多樣性來看，有著較大的包容能力，由於它所處的發展階段屬於早期，因此，有可能可以將」巨人」文明的人類運送並安排到一個沒有當地文明居住的地方生存。
「火鳳凰」文明與「巨人」文明商討之下，決定仍舊使用「心靈幾何學」工程的力量，先期派「巨人」文明的探險隊考察和適應當地的自然環境，和當地的文明建立起一定的友好聯繫，然後再進行移民，使「巨人」文明永久性地擺脫惡劣環境。事情開始非常順利地進行著，「巨人」文明的探險隊在」心靈幾何學」工程幫助下，安全地抵達這一藍色星球的一個偏僻小島上。
這個星球的文明其實已經非常發達，雖然僅是瞭解部分」心靈幾何學」的技術，但很快就知道自己的星球有外來的文明進駐，雖然他們不明就裡，但仍然能感覺到一種來自太空的巨大力量。「巨人」文明的探險隊並不被認為是友好的使者。雖然這個藍色星球上的人類的力量不足以傷害「巨人」文明探險隊的安全，然而就因為信任問題，「巨人」文明探險隊甚至在該星球發生核戰爭的時候，都不出來干預該星球的發展進程。
「巨人」文明探險隊決定憑藉自已掌握的「心靈幾何學」力量，依靠現有的資源，通過就近改造一個火紅色星球，使它的環境在改造後適於移民居住。
「火鳳凰」文明的人們沒有想到這個藍色行星上的人類會對外來的文明採取孤立和不接納的態度。在知道「巨人」文明作出的決定之後，決定幫助他們，要在那個火紅色的星球上創建「巨人」文明的新家園。
然而，就在這個時候，……。
「火鳳凰」星球的人們準備了兩艘超巨型的飛船，其中一艘準備運送物資進入藍色行星的軌道，另外一艘則運送物資進入「巨人」文明的發源地，讓「巨人」文明作好移民準備。所有的物資已然齊備，飛船已經就緒。
「心靈幾何學」工程開始啟動……
然而，不幸的事故發生了。由於一個偶然的原因，「心靈幾何學」工程發生了不該發生的數據故障，一切悔之晚矣，兩艘飛船都已經出發。「火鳳凰」星球的人們眼睜睜地看著一艘飛船撞入「巨人」文明賴於生存的發光的恆星，將這顆恆星撞成兩半，其中一半飛出恆星所在星系的軌道。「巨人」文明所在的星球頓時陷入黑暗，整個星球迅速冷卻封凍，「巨人」文明再無回天之力，安然地接受了死亡。
他們也許並不知道，遠在另一個星系的「巨人」探險隊也難逃厄運。飛往藍色行星的飛船也偏離了部分軌道，雖然，飛船也進入了藍色行星的軌道上運行，然而卻將藍色行星上的一顆衛星，藍色行星上的人們稱之為「月球」的星體撞入藍色行星的海洋裡。藍色行星頓時波濤洶湧，在此之後，沒有任何一個高級生命能夠倖存下來。「巨人」探險隊員也無一倖免，他們所在的地方只留下了在等待時刻雕刻出的「巨人」自身形象的雕像，這些雕像面向倉穹，望眼欲穿。
在軌道上的飛船也受到一定的損傷，飛船上的乘員眼看著整個星球的文明的覆滅而毫無辦法。接下來，飛船進行修補，但損傷嚴重程度遠遠超出船員的修補能力，沒其它辦法，這艘沒有動力移動自身的飛船只能依自然力量在軌道上運行。
災難遠不止這些……
在沒有意識到的情況下，宇宙時空出現了混亂，連「火鳳凰」星球本身都不能夠倖免。所有「火鳳凰」星球上的學者都被緊急動員起來，研究對付災難的對策、措施和方法。人們發現，「心靈幾何學」工程已經處於全面癱瘓的狀態。「心靈幾何學」方面成就非凡的專家們不得不使用各自原始能力面對這場浩劫。
專家們發現，宇宙的時空混亂遠遠超出所有人的想像，有些宇宙區域的時空發生漂移，有些甚至發生斷層和錯亂現象。所有這一切預示著，必須付極大的努力和代價才能使宇宙恢復到以往的有序狀態。
造成這場浩劫的是一位年青的「心靈幾何學」的工程師，這是一次操作上的失誤，它造成數據缺損並釀成大禍。年青人被「火鳳凰」的星際法庭判處最低限度存活狀態，並送入宇宙中一片最需要恢復生機的星球－－－－那個藍色行星上。
由於沒有「心靈幾何學」工程的幫助，「心靈幾何學」專家只能採用自身的「心靈幾何學」能力，將這位被判刑的年青學者的最低限度存活狀態軀體送入太空，他將在宇宙中漂流長達兩億年之久，並將在那個藍色星球的時空恢復到有序狀態前夕－－－－在一個以兩千為紀年的時刻到來之前，進入到那個行星，並以那個行星居民的身份參與宇宙時空的最後修復工作。
時間以萬年為單位迅速飛逝……
這期間，恐龍星球的一部分時空漂移到了這個藍色星球上，恐龍因此在這個行星上生存下來，它們肆劣整個行星長達一億年左右，後經由那個替代「月球」位置的飛船裡的乘員們進行基因改造及經由人為災變方式所消滅。
這個藍色星球的倖存下來的生命又以特有的方式繼續進行衍化。
「火鳳凰」行星上重建「心靈幾何學」工程，並將以更加嚴謹的態度運用它的力量。「心靈幾何學」專家們竭力在整個宇宙中搜尋「巨人」族在變異時空中的倖存者。
一部藍色星球的人類在那個愛好和平的綠色星球上被發現，他們給和平的星球帶來掠奪和戰爭，他們身上攜帶著的微生物幾乎給這個星球帶來毀滅性打擊。在「火鳳凰」行星派員的干預下，星球終於恢復和平與生機，藍色星球上來的人，一部分留在這個綠色星球上繁衍生息，有一部分自願返回原來的星球進行重建工作，並在「火鳳凰」重建後啟用的「心靈幾何學」工程的幫助下，先期返回藍色星球。
綠色星球上的人類在「火鳳凰」行星來員的傳授下，逐漸掌握「心靈幾何學」知識和力量，並在「火鳳凰」行星來員的協助下，開始建造自己的「心靈幾何學」工程。
距離那個以兩千作為紀年的時刻還有兩百萬年的時間，恢復藍色星球文明的基因改造工作接近完成，時空已不再如先前那樣的混亂，然而，時空漂移的現象仍舊時有發生……
一切秘密已昭然揭示，時鐘正一秒一秒地走向那個千年紀。