東漢未年在我國誕生了三位傑出的醫學家，史稱「建安三神醫」。其中，董奉隱居廬山，留下了膾炙人口的杏林佳話；張仲景撰寫《傷寒雜病論》，理法謹嚴，被後世譽為「醫聖」；而華佗則深入民間，足跡遍於中原大地和江淮平原，在內、外、婦、兒各科的臨證診治中，曾創造了許多醫學奇跡，尤其以創麻沸散（臨床麻醉藥）、行剖腹術聞名於世。後世每以「華佗再世」、「元化重生」稱譽醫家，足見其影響之深遠。
華佗，字元化，出生在東漢未年豫州沛國譙縣（今安徽毫縣）的一個普通士族家庭，約生於漢沖帝永熹元年（公元145年），卒於漢獻帝建安十三年（公元208年）。
華氏家族本是一個望族，其後裔中有一支定居於譙縣以北十餘里處一個風景秀麗的小華莊。至華佗時家族己衰微，但家族中對華佗寄托了很大的期望。從其名、字來看，名「佗」，乃負載之意，「元化」是化育之意。華佗自幼刻苦攻讀，習誦《尚書》、《詩經》、《周易》、《禮記》、《春秋》等古籍，逐漸具有了較高的文化素養。
在華佗成長的過程中，除受到中原文化的熏陶外，盛產藥材的家鄉也給他以不少的影響。譙縣出產多種藥材，如「毫芍」、「毫菊」，早已聞名天下。再加水陸交通較為發達，所以譙縣自古就是一個藥材的集散中心。至今在毫縣的通衢大街上，中藥材貨棧比比皆是。幼年的華佗在攻讀經史的同時，也留心醫藥，當地父老傳說他曾在泥台店一帶讀書養性，學醫識藥。
在封建社會裡，讀書人大多以出仕做官為榮。而華佗則不然，他選擇了一條完全不同的人生道路，終身以醫為業，矢志不移。他青少年時期，正值東漢桓帝、靈帝之際，外戚宦官交替專權，朝綱不正，政出私門，賣官鬻爵，賄賂公行。對百姓敲骨吸髓，瘋狂搾取，人民陷入了深重的苦難之中，華佗目睹官場之腐敗和蒼生之苦難，決心棄絕仕途，以醫濟世。當時朝廷中的一些有識之士，對華佗的品行、學識很為賞識，太尉黃琬要征辟他為官，華佗謝絕了，沛相也薦舉華佗為孝廉，對此他也婉言謝絕了。這充分表明了華佗志向的堅定和品德的高尚。
華佗行醫，並無師傳，主要是精研前代醫學典籍，在實踐中不斷鑽研、進齲當時我國醫學已取得了一定成就，《黃帝內經》、《黃帝八十一難經》、《神農本草經》等醫學典籍相繼問世，望、聞、問、切四診原則和導引、針灸、藥物等診治手段已基本確立和廣泛運用；而古代醫家，如戰國時的扁鵲，西漢的倉公，東漢的涪翁、程高等，所留下的不慕榮利富貴、終生以醫濟世的動人事跡，所有這些不僅為華佗精研醫學提供了可能，而且陶冶了他的情操。
在華佗多年的醫療實踐中，他非常善於區分不同病情和臟腑病位，對症施治。一日，有軍吏二人，俱身熱頭痛，症狀相同，但華佗的處方，卻大不一樣，一用發汗藥，一用瀉下藥，二人頗感奇怪，但服藥後均告痊癒。原來華倫診視後，已知一為表證，用發汗法可解；一為裡熱證，非瀉下難於為治。又有督郵頓某，就醫後自覺病已痊癒，但華佗經切脈卻告誡說：「君疾雖愈，但元氣未復，當靜養以待完全康復，切忌房事，不然，將有性命之慮。」其時，頓妻聞知夫病已經痊癒，便從百里外趕來看望。當夜，頓某未能慎戒房事，三日後果病發身亡。另一患者徐某，因病臥床，華佗前往探視，徐說：「自昨天請醫針刺胃管後，便咳嗽不止，心煩而不得安臥。」華佗診察後，說：「誤矣，針刺未及胃管，誤中肝臟，若日後飲食漸少，五日後恐不測。」後果如所言而亡。
某郡守患疑難症，百醫無效，其子來請華佗，陳述病情，苦求救治。華佗來到病人居室，問訊中言語輕慢，態度狂傲，索酬甚巨，卻不予治療而去，還留書謾罵。郡守原已強忍再三，至此大怒，派人追殺，蹤跡全無。憤怒之下，吐黑血數升，沉痾頓愈。原來這是華佗使用的一種心理療法，利用喜、怒、優、思等情志活動調理機體，以愈其疾。
華佗對民間治療經驗十分重視，常吸取後加以提煉，以治療一些常見玻當時黃疸病流傳較廣，他花了三年時間對茵陳蒿的藥效作了反覆試驗，決定用春三月的茵陳蒿嫩葉施治，救治了許多病人。民間因此而流傳一首歌謠：「三月茵陳四月蒿，傳於後世切記牢，三月茵陳能治病，五月六月當柴燒」。華佗還以溫湯熱敷，治療蠍子螫痛，用青苔煉膏，治療馬蜂螫後的腫痛；用蒜畝大酢治蟲病；用紫蘇治食魚蟹中毒；用白前治咳嗽；用黃精補虛勞。如此等等，既簡便易行，又收效神速。
中年以後，華倫因中原動亂而「遊學徐土」。徐州是江淮重地，有郡、國六，下轄六十二個城、邑，人口二百餘萬，首府為彭城（今江蘇徐州）。民間傳說他就住在彭城附近的沛國（今江蘇沛縣）。其實華佗的行醫足跡，遍及當時的徐州、豫州、青州、兗州各地。根據他醫案中所及地名查考，大抵是以彭城為中心，東起甘陵（今山東臨清）、鹽讀（今江蘇鹽城），西到朝歌（今河南淇縣），南抵廣陵（今江蘇揚州），西南直至譙縣（今安徽毫縣），即今江蘇、山東、河南、安徽等省廣大地區，方圓達數百平方公里。在行醫的同時，為了採藥他還先後到過朝歌、沛國、豐縣（今江蘇豐縣）、彭城臥牛山、魯南山區和微山湖。由於行蹤地域廣闊，又深入民間，華佗成了我國歷史上民間傳說眾多的醫家。
不求名利，不慕富貴，使華佗得以集中精力於醫藥的研究上。《後漢書·華佗傳》說他「兼通數經，曉養性之術」，尤其「精於方藥」。人們稱他為「神醫」。他曾把自己豐富的醫療經驗整理成一部醫學著作，名曰《青囊經》，可惜沒能流傳下來。但不能說，他的醫學經驗因此就完全湮沒了。因為他許多有作為的學生，如以針灸出名的樊阿，著有《吳普本草》的吳普，著有《本草經》的李當之，把他的經驗部分地繼承了下來。至於現存的華佗《中藏經》，那是宋人的作品，用他的名字出版的。但其中也可能包括一部分當時尚殘存的華佗著作的內容。
華佗高明之處，就是能批判地繼承前人的學術成果，在總結前人經驗的基礎上，創立新的學說。中國的醫學到了春秋時代已經有輝煌的成就，而扁鵲對於生理病理的闡發可謂集其大成。華佗的學問有可能從扁鵲的學說發展而來。同時，華佗對同時代的張仲景學說也有深入的研究。他讀到張仲景著的《傷寒論》第十卷時，高興地說：「此真活人書也」，可見張仲景學說對華佗的影響很大。華佗循著前人開闢的途徑，腳踏實地開創新的天地。例如當時他就發現體外擠壓心臟法和口對口人工呼吸法。這類例子很多。最突出的，應數麻醉術—酒服麻沸散的發明和體育療法「五禽之戲」的創造。
利用某些具有麻醉性能的藥品作為麻醉劑，在華佗之前就有人使用。不過，他們或者用於戰爭，或者用於暗殺，或者用於執弄，真正用於動手術治病的卻沒有。華佗總結了這方面的經驗，又觀察了人醉酒時的沉睡狀態，發明了酒服麻沸散的麻醉術，正式用於醫學，從而大大提高了外科手術的技術和療效，並擴大了手術治療的範圍。
據日本外科學家華岡青州的考證，麻沸散的組成是曼陀羅花一升，生草烏、全當歸、香白芷、川芎各四錢，炒南星一錢。自從有了麻醉法，華佗的外科手術更加高明，治好的病人也更多。他治病碰到那些用針灸、湯藥不能治癒的腹疾病，就叫病人先用酒沖服麻沸散，等到病人麻醉後沒有什麼知覺了，就施以外科手，剖破腹背，割掉發病的部位。如果病在腸胃，就割開洗滌，然後加以縫合，敷上藥膏。四五天傷口癒合，一個月左右，病就全好。華佗在當時已能做腫瘤摘除和胃腸縫合一類的外科手術。
一次，有個推車的病人，曲著腳，大喊肚子痛。不久，氣息微弱，喊痛的聲音也漸漸小了。華佗切他的脈，按他的肚子，斷定病人患的是腸癰。因病勢凶險，華佗立即給病人用酒沖服「麻沸散」，待麻醉後，又給他開了刀。這個病人經過治療，一個月左右病就好了。他的外科手，得到歷代的推崇。明代陳嘉謨的《本草蒙筌》引用《歷代名醫圖贊》中的一詩作了概括：「魏有華佗，設立瘡科，剔骨療疾，神效良多」。可見，後世尊華佗為「外科鼻祖，」是名副其實的。
「五禽之戲」，是一套使全身肌肉和關節都能得到舒展的醫療體操。動作是模仿虎的撲動前肢、鹿的伸轉頭頸、熊的伏倒站起、猿的腳尖縱跳、鳥的展翅飛翔等。相傳華佗在許昌（縣名，在河南省）時，天天指導許多瘦弱的人在曠地上作這個體操。說：「大家可以經常運動，用以除疾，兼利蹄足，以當導引。體有不快，起作一禽之戲，怡而汗出，因以著粉，身體輕便而欲食」。
就這樣，經過數十年的醫療實踐，華佗的醫術已達到爐火純青的地步。他熟練地掌握了養生、方藥、針灸和手術等治療手段，精通內、外、婦、兒各科，臨證施治，診斷精確，方法簡捷，療效神速，被譽為「神醫」。對此，《三國誌》、《後漢書》中都有一段內容相仿的評述，說他善於養生（「曉養性之術，時人以為年且百歲而貌有壯容」），用藥精當（「又精方藥，其療疾，合湯不過數種，心解分劑，不復稱量，煮熟便飲，語其節度，捨去輒愈」），針灸簡捷（「若當針，亦不過一、兩處，下針言，『當引某許，若至，語人』，病者言『已到』，『應便拔針，病亦行差』」），手術神奇（「刳剖腹背，抽割積聚」、「斷腸滴洗」）。所留醫案，《三國誌》中有十六則，《華佗別傳》中五則，其他文獻中五則，共二十六則，在先秦和兩漢醫家中是較多的。從其治療範圍看，內科病有熱性並內臟並精神並肥胖並寄生蟲病，屬於外、兒、婦科的疾病有外傷、腸癰、腫瘤、骨折、針誤、忌乳、死胎、小兒瀉痢等等。
華佗除系統地接受古代的醫療經驗外，還能很好地重視和應用民間的醫療經驗。他一生遊歷了不少地方，到處採集草藥，向群眾學習醫藥知識。在向民間找藥的同時，還從民間搜集了不少單方，經常用這些單方來治玻有一次，華佗在路上遇見一位患咽喉阻塞的病人，吃不下東西，正乘車去醫治。病人呻吟著十分痛苦。華佗走上前去仔細診視了病人，就對他說：「你向路旁賣餅人家要三兩萍齏，加半碗酸醋，調好後吃下去病自然會好。」病人按他的話，吃了萍齏和醋，立即吐出一條象蛇那樣的寄生蟲，病也就真的好了。病人把蟲掛在車邊去找華佗道謝。華佗的孩子恰好在門前玩耍，一眼看見，就說：「那一定是我爸爸治好的病人。」那病人走進華佗家裡，見牆上正掛著幾十條同類的蟲。華佗用這個民間單方，早已治好了不少病人。
正當華佗熱心在民間奉獻自己的精湛醫術時，崛起於中原動亂中的曹操，聞而相召。原來曹操早年得了一種頭風病，中年以後，日益嚴重。每發，心亂目眩，頭痛難忍。諸醫施治，療效甚微。華佗應召前來診視後，在曹操胸椎部的鬲俞穴進針，片刻便腦清目明，疼痛立止。曹操十分高興。但華佗卻如實相告：「您的病，乃腦部痼疾，近期難於根除，須長期攻治，逐步緩解，以求延長壽命。」曹操聽後，以為華佗故弄玄虛，因而心中不悅，只是未形於色。他不僅留華佗於府中，還允許他為百姓治玻
公元208年，曹操操縱朝政，自任丞相，總攬軍政大權，遂要華佗盡棄旁務，長留府中，專做他的侍醫。這對以醫濟世作為終身抱負的華佗來說，要他隔絕百勝，專門侍奉一個權貴，自然是不願意的。何況，曹操早年為報父仇，討伐徐州的陶謙，坑殺徐州百姓數萬人，屍體壅塞，泗水為之不流，接著又連屠取慮、夏丘諸縣，所過「雞義亦盡，墟邑無復行人」。徐州是華佗後期行醫和居住之地，與百姓休戚與共，內心豈不憤慨！因而決心離開曹操，便托故暫回家鄉，一去不歸。曹操幾次發信相召，華佗均以妻病為由而不從。曹操惱羞成怒，遂以驗看為名，派出專使，將華佗押解許昌，嚴刑拷問。面對曹操的淫威，華佗堅貞不屈，矢志不移。曹操益怒，欲殺華佗。雖有謀士一再進諫，說明華佗醫術高超，世間少有，天下人命所繫重，望能予以寬容，但曹操一意孤行，竟下令在獄中處決。
華佗臨死，仍不忘濟世救民，將已寫好的《青囊經》取出，交獄吏說：「此書傳世，可活蒼生。」獄吏畏罪，不敢受書。華佗悲憤之餘，只得將醫書投入火中，一焚了之。後來，曹操的頭風病幾次發作，諸醫束手，他仍無一絲悔意，還說，「佗能愈吾疾，然不為吾根治，想以此要挾，吾不殺他，病亦難愈。」直到這年冬天，曹操的愛子曹沖患病，諸醫無術救治而死，這時曹操才悔恨地說：「吾悔殺華佗，才使此兒活活病死。」
華佗一生有弟子多人，其中彭城的樊阿、廣陵的吳普和西安的李當之，皆聞名於世。為了將醫學經驗留傳於後世，華佗晚年精心於醫書的撰寫，計有《青囊經》、《枕中灸刺經》等多部著作，可惜不傳。
華佗被害至今已一千七百多年了，但人民還永遠懷念他。江蘇徐州有華佗紀念墓；沛縣有華祖廟，廟裡的一副對聯，抒發了作者的感情，總結了華佗的一生：
「醫者刳腹，實別開岐聖門庭，誰知獄吏庸才，致使遺書歸一炬；
士貴潔身，豈屑侍奸雄左右，獨憾史臣曲筆，反將厭事謗千秋。」