終於張居正要開始實現他多年的抱負了，他要大明的江山變得更為強大，他要讓大明的國庫變得更為充盈。今天他終於要從這裡開始了。
萬曆元年(1573)十一月，張居正覺得是時候開始了，他決定一步一步的實行改革。
政治上，以「尊主權，課吏職，信賞罰，一號令為主」。中心是解決官僚爭權奪勢、玩忽職守的腐敗之風。他認為當時朝野洩沓成風，政以賄成，民不聊生，主要原因是「吏治不清」。他以「課吏職」即加強官吏考核為手段，「斥諸不職」，「省冗官」，淘汰並懲治了一批官員。在執行上，他「信賞罰」，「持法嚴」，使賞罰有准，不姑息。在他執政期間，「百官惕息」，「一切不敢飾非」，朝廷號令，「雖萬里外，朝下而夕奉行」，行政效力大大提高。如：黔國公沐朝弼屢次犯法，應當逮捕，但朝廷輿論認為此事很難辦，張居正就改立沐朝弼的兒子襲爵，派飛馬前去捆綁沐朝弼，沐朝弼沒有反抗，被解到京師，張居正免他一死，將他幽禁在南京。再如，張居正因御史在外常常欺凌巡撫，決定壓一壓他們的氣焰。只有他們有一件事稍不妥，馬上加以責罵，又飭令他們的上司加以考查。又如，當時天下太平已經很久了，盜賊群起，甚至搶劫官府庫房，地方政府常常隱瞞這類事情不上報，張居正下令如有隱匿不報者，即使循良的官吏也必撤職，地方官再不敢掩飾真情，抓到強盜，當即斬首處決，並追捕他們的家屬，盜賊因此衰敗。
軍事上，用戚繼光鎮薊門(今河北遷西縣西北)，李成梁鎮遼東(今遼寧遼陽)，又在東起山海關，西至居庸關的長城上加修「敵台」三千多座，加強北方的防備。並在邊疆實行互市政策，互市使馬匹大增，減少了太僕寺需的種馬，就叫老百姓折價交銀，使太僕寺積蓄金四百餘萬。互市又使邊疆在政治經濟上保持穩定、正常，如封俺答(北方蒙古首領)為順義王，在大同、宣府、甘肅等地立茶馬互市，保持貿易往來，俺答長久沒有來犯邊關。蕌
經濟上採取的主要措施有：蕌
(一)清查土地。他認為「豪民有田不賦，貧民曲輸為累，民窮逃亡，故額頓減」，是「國匱民窮」的根源。在1578年(萬曆六年)，下令在全國進行土地的重新丈量，清查漏稅的田產，到1580年(萬曆八年)，統計全國查實徵糧土地達七百零一萬三千九百七十六頃，比弘治時期增加了近三百萬頃。朝廷的賦稅大大增加，所以說：「自正(正德)嘉(嘉靖)虛耗之後，至萬曆十年間，最稱富庶。」蕌
(二)改革賦稅，實行「一條鞭法」。「一條鞭法」的主要內容是：(1)以州縣為基礎，將所有賦稅包括正稅、附加稅、貢品以及中央和地方需要的各種經費和全部徭役統一編派，「並為一條」，總為一項收入。過去田賦有夏糧、秋糧之分，徵收上又有種種名目，非常繁煩，現在統一徵收，使國家容易掌握，百姓明白易知，防止官吏從中貪污。(2)關於徭役征派，過去有裡甲、均徭、雜泛之分。裡甲按戶計征，不役者納「門銀」(戶銀)；均徭、雜泛按丁分派，應役方式又有力差(以身應服)、銀差(納銀代役)之分。現在取消裡甲之役，將應徵的全部門銀，同丁銀合併一起。「丁銀」的計算辦法，是將力差的「工」(勞動)和「食」(服役期間全部生活費用)折算為銀；如「銀差」則按納銀數再加收少量「銀耗」(碎銀化鑄銀錠時的損耗)，然後全部役銀以「丁」和「地」或(田糧)兩大類因素統一考慮編派徵收，即所謂「量地計丁，丁糧畢輸於官」。自此，戶不再是役的一種根據，丁的負擔也部分轉到「地」或「糧」中。(3)賦、役之中，除國家必需的米麥絲絹仍交實物和丁銀的一部分仍歸人丁承擔外，其餘「皆計畝征銀，折辦於官」。(4)官府用役，一律「官為僉募」，僱人從役。過去由戶丁承擔的催稅、解送田糧之差、伐薪、修路、搬運、廚役等一概免除。