以聖師元陽子、西門博文、天仙子、青姨、南宮輕侯等人為元老，以九世道君、紅蓮佛尊為國師，共同組成元老院，可諫議聖皇，有議政之權。
天朝設天策殿，輔助聖皇，總理天朝諸事。天策殿由四執殿掌管。四執殿分別為軍師、太師、太輔、太宰，軍師為首執殿，掌軍師令符。以天啟賢者為天朝軍師，第七劍君為太師，九指神輔為太輔。由於太宰暫時未有合適人選，便由天啟賢者兼任。
天策殿總理軍政大事，有議政、行政權力，決策權力受限，重大事務須取決於聖皇。聖皇缺位時，天策殿若得聖殿諸聖後、聖妃聖殿令印授權，可行使聖皇大部分權利。
天策殿下轄三輔殿，分別為太宰殿、太師殿與太輔殿。太宰殿負責天朝監察、刑制，以太宰為首長，下轄聖源九卿和長老院。聖源九卿也即藏御宮蝶仙、棠棣宮始、續、終、余、幻流宮妖瞳、律音宮八音琴魔、羿雲宮神箭翊等五宮護法和智祭祀、愚祭祀、癡祭祀、罔祭祀等四祭祀，地位崇高，可參議軍政諸事。聖源九卿亦為聖皇護衛。長老院以天心為首。
太師殿負責天朝軍事，以太師為首長。太師以下為左右二師，左師為天刑無畏，統帥天地二府眾武衛，護衛聖城。右師為原外殿掌令帝穆尊。破滅神宮四殿玄天殿、浩天殿、梵天殿、幻天殿擴成為四城，與以萬毒門人為主的萬毒城、鑄劍城、玄丹山莊並為天朝七城，環繞聖城而建。七城雖以城主為尊，但事權三分，軍事、政事、監察分別承命於太師殿、太輔殿和太宰殿。右師節制此七城軍事。
太輔殿以太輔九指神輔為首長，下設工司、戶司、禮司、士司、法司等五部司，負責天朝政事。太輔之下有少輔兩人輔佐，分別由首陽仙子和與明軒自修真界而來的上官宏擔任。
定九龍印璽為天朝皇權象徵，由聖皇親自掌管，以奉劍為神威營最高統帥。神威營是天朝選拔修為絕高者所組成，有護衛破滅神宮之責。以半月人、鐵木等為神威營戰將。破滅神宮設內府，下轄七司、三院，負責破滅神宮內務等，由萬毒妖姬任總管。以青衣、紅衣為傳令使。因奉劍、萬毒妖姬、青紅二童隨身侍奉聖皇，又稱為四常侍。
天策殿設在破滅神宮之外，總理天朝軍政諸事，與神威營、內府、四常侍等互為監督，但互不干涉份內事務。天朝各機構、人員權責行止，天朝都有明確規定，已由聖皇版令實施。
天朝建設既成，各方也已安頓入住，天朝氣象盡顯無遺，四方豪傑，紛紛來投奔者甚多。反而各宗門，雖公推明軒為天朝聖皇，卻也沒有完全投入天朝之意，除了幻劍門等少數宗派之外，並不搬入不周山之內。明軒也並不介意。
轉眼之間，登基大典之日已經來臨。四方前來聖城觀禮的人多不勝數，天朝上下自然忙碌異常。因人數過多，能進入破滅神宮之內觀禮的只不過有百分之一人眾。餘者只好遠居高空，俯瞰聖皇登基的盛況，同樣感受到無以倫比的喜慶。
辰時，日光下熠熠生輝的神宮破滅神宮之內傳來莊嚴鐘鼓之聲，三響過後，只聽軍師天啟賢者說道：「聖皇帝登基大典開始！」清朗聲音之中滿含喜悅，瞬即傳遍聖城內外。熙攘的人群瞬時靜了下來，人人屏息凝神。
只聽仙樂陣陣，頭頂九龍玉冠，身著一身大紅長袍的聖皇帝明軒現身出來，無以倫比的王者風範令無數豪傑心折，絕世無匹的俊美丰姿亦令無數少女暈眩。
明軒在青紅二童的隨侍下緩緩而行，步向皇座。隨後緩緩轉過身來，肅然面對早已分列站好的天朝眾臣。眾人以官階高低分站兩列，為首者是聖後秋雅筠，其後為聖妃端木欣兒和西門仙音、太師第七劍君、太輔九指神輔、戰神、聖源九卿、長老院主、左師天刑無畏、右師帝穆尊、二少輔、內府總管、諸城主及以下文武，足有百餘人開外。因明軒不許跪拜之禮，眾人只微微躬身而立。
眼見明軒站定，皇座之側的天啟賢者微微輕咳一聲，明軒便緩緩落座。天啟賢者緩緩展開捧在手中的神宮詔書。萬籟俱寂之下，詔書開啟的聲音竟頗有些有些驚心動魄。
天啟賢者緩緩掃了前方一眼，朗聲道：「神域天兆，得降破滅神宮，此天意也；四方豪士，奏表為請，此民心也。我再三思之，以為違眾不順，逆天不祥，故今正式昭告天下，於不周山建立始神天朝，南面稱朕，號曰聖皇。朕即帝位，自當效天刑先賢，夙夜孜孜，寤寐不遑，為久遠之基業計。共四海之利為利，以天下之心為心，柔遠能邇、休養蒼生。佈告天下，鹹使聞之。天朝元年十一月一日。」
聲音落下，眾人躬身山呼萬歲。明軒心頭大喜，朗聲道：「眾人平身！」隨後天啟賢者率眾人捧上九龍印璽。明軒推辭道：「本座才德具無，怎敢領受？」天啟賢者道：「聖皇神威蓋世，功德昭於天下，眾人欽服，陛下復何讓焉！」明軒這才受了，置於座上。眾人復又山呼萬歲。
明軒稱帝，天下欽服，除了氤氳山帝君沒有派員前來觀禮之外，一切均甚順利。
典禮之後，聖皇明軒大宴眾人。這一番慶賀，足足到了黃昏才得結束，說不盡的萬眾歡騰。眼看天色將晚，界天獄之主天刑無極、佛界紅蓮佛尊、九世道君、無絕天尊等前來觀禮眾人紛紛告辭而回，眾人也緩緩散去。
自此始神天朝正式立於天下。
天朝成立之後，破滅神宮獨為聖皇居所。臣屬中除了內府、四常侍、神威營眾武衛以及聖源九卿負有侍奉、護衛聖皇職責而仍舊居於破滅神宮之內外，軍師天啟賢者等人均都在破滅神宮之外另造府邸居住、公幹。眼看天色已晚，也各自拜別歸去。