明史中把馬士英收入奸臣傳，但看明史，馬也並非一無是處。他通過科舉考試中進士後，一路陞遷。在崇禎5年做到右僉都御史。在任上，挪用公款給朝貴送禮，被告後削職為民。寓居在南京，在那裡他結識了阮大鋮。阮大鋮因為是魏忠賢的乾兒子，坐閹黨被罷官。阮因為是逆黨，無人理會他。只有馬士英與其有往來。兩人相交甚歡。
周延儒當上輔大臣後，阮大鋮找到周，送給他很多銀子，希望自己能出仕。周對阮說，我是被東林推薦出來的，你的名字在逆黨名單裡，不好辦啊。阮大鋮說，那讓馬士英出來做官吧。周同意幫忙。崇禎15年六月，經周延儒相助，馬士英出來當上了兵部右侍郎兼右僉都御史，總督廬、鳳等處軍務。因此事，馬一生都感激阮。馬士英在征剿流寇方面頗有韜略，也立了些功勞。
崇禎17年（1644年），李自成攻陷北京，崇禎帝吊死。南京的大臣們準備立新君。這時福王朱由崧，潞王朱常淓都逃難到了淮安。按照嫡庶遠近支該立福王，但東林黨人因為當初三大案和老福王有過節的原因，堅決擁立潞王。並說福王有七不可立。而馬士英等堅決立福王。並遊說江北四鎮支持。在四鎮的強力支持下，馬士英將福王迎到南京。朱由崧在南京即位，年號弘光。但內閣輔是史可法，馬士英心中不滿。命江北四鎮要求史可法督師淮、揚。而馬自己留在朝內輔政。接著，馬士英為了報答阮大鋮，推薦阮出來做官，遭到大臣們的強烈反對。福王最後啟用阮後，東林黨的大臣們紛紛辭職或是告老還鄉。弘光朝的朝政就掌握在馬士英手裡了。這時又接連生了南明的三大案，大悲，童妃，太子案。特別是太子案，使湖北的左良玉有了借口，起兵清君側，順江而下。馬士英不得不將江北的軍隊調來抵禦左軍。雖然制止了左軍東進，但清軍南下揚州失守，史可法殉國。隨後，清軍渡過長江，福王投奔黃得功，馬士英也逃出南京，沿途州縣知道他是馬士英，都閉門不納。後奔杭州投奔潞王，不久清軍到杭州，潞王投降。馬士英又逃離杭州。此時馬士英開始後悔舉薦阮大鋮了，因為阮，自己背了個罵名。馬士英又想投奔魯，唐二王，都被拒絕。後被清軍擒殺。
將馬士英列為奸臣，我覺得不盡然，充其量他只算是個不走運的權臣。他立福王是出於私心，東林他們想立潞王不也是打自己的算盤嗎？而且結果表明，哪個王當皇帝的結果大致是一樣的。東林的那些人也不是好東西，拉幫結派，對不是東林黨的大臣，都視為奸黨。弘光朝延續了明朝的黨爭，東林在裡面的角色也不光彩。而且最後，東林的不少人降了清，馬士英卻始終以明臣自居，投奔潞，魯，唐王，直到被殺也沒有降清。馬最大的錯誤就是推舉阮出仕，至於說與清議和，這不單是他一個人意思，南明好多人都是這麼想的。當時朝廷的主流是「借師助剿」，甚至於吳三桂引清兵入關的時候，還商量著要給他表彰呢。