桓震擔心出現原本袁崇煥殺毛文龍之後東江舊部紛紛叛亂的情形，連夜將皮島士卒重新編伍，混雜入遼兵之中，以遼兵舊將統領，原先毛氏的將官一律暫行罷職，軟禁在一起。一面令人急速回覺華島去調集伏波軍趕來接收皮島，港口也分派重兵把守，任何人沒有桓震的親筆手令，連一條舢板也不能下海。
他生怕士卒嘩變，開了島上糧倉，增半發放口糧，普通士兵只要吃得飽，也就不在乎是誰做大將，倒也安穩了下來。毛文龍給關押在一處淨室之中，過不幾日，心病突發，一命嗚呼。桓震令人薄葬在島後，准島上毛姓的將領為其披麻戴孝。雖然如此，許多毛文龍的乾兒子乾孫子仍是紛紛請求復其本姓，例如孔有德、耿仲明、尚可喜，原本叫做毛有德、毛精忠、毛可喜，此時都爭先恐後地改回了祖宗姓氏。
這幾大反王，桓震早已經如雷貫耳，都是先叛明後叛清的變色龍一流人物。改不改姓也罷，總是不敢信任的，只淡淡敷衍幾句，卻並不給他們特殊待遇，仍是與旁人一樣不許隨意走動。過不五六天，伏波軍餘下的六個營一人不剩地來到島上，桓震大兵在手，甚麼也不怕，老實不客氣地令各部分頭將三山、廣鹿、長山、石城、小松、寬甸、鹿島等處盡皆接管了，原本就打算讓曹文詔駐守義州，多留無益，便令他帶了本部渡海北上，先去漢城拜見朝王，順便捎去一封書信。
一應事定，已經是十餘日之後了。這十餘日間，他絲毫也不理睬崇禎，存心要他自己苦惱一番，待他覺得走投無路之時，才去給他指一道生門。據負責監視的親兵說，崇禎每日除了吃飯喝水，就是躺在床上發呆，有時還重重歎氣，不知道想些甚麼。看看火候差不多了，正想前去見他，崇禎卻先忍耐不住，叫送飯的親兵傳話，說要與桓震面談。
桓震正在與彭羽商量事情，聽那親兵說崇禎傳見，心道時候終於來了，道：「我去，還是妙才去？」彭羽聞聽，立時明白巡撫大人並不想讓自己參與這場談話，否則他就不會問「誰去」，而會問「是否一起去」了。他知趣得很，當下道：「學生身體有些不爽，想同大人告假，歇息半日。」桓震會心一笑，拍拍他肩頭，起身離去。
這十幾天之間，崇禎似乎又老了許多，不單是外貌顯得滄桑，連神情也是一副萎靡不振的樣子，雙眉之間緊緊皺起一個解不開的結。桓震關好了門，自顧自地在椅子上坐了下來，道：「前些時那個問題，陛下難道已經有答案了？」崇禎喟然搖頭道：「廢立興替，此天命也，豈人力所能預哉！」桓震忍不住放聲大笑，一面笑，一面搖頭道：「我以為陛下是聰明之人，想不到也不過是一個諉過於天的懦夫而已！罷罷罷，既然如此，你我已經無話可說，告辭了。」一拱手，拂袖便走。
崇禎霍然站起身來，在後叫道：「你說是為什麼？」桓震轉過身來，細細瞧著他的表情，那裡面有困惑，有不甘，還有許多其它的東西。看起來這個問題確實把他困擾得不淺，當下回身坐定，淡然道：「無他，只不過一人之天下，天下人盡欲得之，以一人之智、力，不能勝天下欲得者之眾而已。」崇禎愕然坐倒，頭腦中一片混亂，良久，喃喃道：「那怎麼辦？怎麼辦？」全然是一副走火入魔的樣子。
桓震一字一頓的道：「以天下為主，君為客而已。」他知道不可能在幾句話之間給崇禎灌輸這種理論，只是道：「設若天下非一人之天下，而是天下人之天下，一旦有欲謀奪之者，自然天下人群起而攻之，不勞君主費心力矣。否則，我神州幅員萬里，以君之一人，加上若干臣子，能絕天下人之欲乎？朱姓得國，便說天命在朱，趙錢孫李得國，亦可以說天命在趙錢孫李。天難道是這等反覆無常的？我言盡於此，陛下聽得進去，往後做一個虛君，政事盡委大臣，臣子更替，君主萬世不易。如果聽不進去，溫體仁有膽子弒君，桓震未必就沒有了。」
崇禎怔怔地坐在那裡，望著桓震離去，一時間心亂如麻。桓震所說的東西他幾乎完全不能理解，只知道自己倘若答應，就要實實在在地做一個傀儡皇帝；然而如果不答應，瞬息間他便能夠如同捏死小蟲一般取了自己的性命。性命都沒有了，還做甚麼中興之主？如果是即位之初，剛剛剷除了魏忠賢，正在躊躇滿志的崇禎，是絕不可能答應這種條件的；但是時至如今，在瀋陽一年的俘虜生涯磨去了他的雄心與稜角，也讓他深深感受到人生在世的無常。今天自己還活在這裡與桓震討價還價，可是明天會怎麼樣，誰也不知道。
崇禎房裡的燈亮了一夜，第二天早晨，桓震再一次應他所請，走進了房門。
四月一日，桓震撤除了皮島的海禁，將「王應熊謀弒太上皇，黃道周殉難」的消息公諸天下。與此同時，崇禎在義州下詔即位，復崇禎年號，改盛德元年為崇禎四年，大赦天下。復設中書省，論迎復功，拜桓震左相國，加爵忠武伯，其餘遼東眾官將陞遷賞賜有差。桓震上表固辭，優旨報答，改拜平章政事，攝中書省事。下《與慈烺兒詔》，中有「豈期監國之人，遽攘當寧之位？」等語。另詔令在京及外廷大小官員，曰溫體仁等人結同外寇，構成邪謀，逢迎婦孺，篡位易儲，依阿從諛，內外朋奸，紊亂朝政，擅奪兵權，罪惡深重。眾官早自醒悟，朕自追究首惡，不罪其餘云云。
詔令一出，天下大嘩，士以東林黨人為首的舉子士人紛起指責桓震要君干政，厚自矜伐。溫體仁借天子之名，目桓震為叛逆，發宣府、大同兵討之。四月五日，桓震親領兵二萬餘，奉崇禎迫山海關，薊撫趙率教開關相迎，登萊徐光啟、河南范景文先後上表應和。溫體仁偽詔調巡撫延綏副都御史洪承疇東向御之，承疇既去，秦晉流賊無人可制，一發而不可收拾，原本在年初就已經流入陝西的王嘉胤等部，如滾雪球一般愈滾愈大，被貪官暴吏敲骨剝髓、無以聊生的貧民紛紛湧入，農民軍的前鋒直抵晉東南沁水、陽城一帶，幾有破晉而入河南之勢。在晉北，老回回馬守應越過大同府，輾轉移至桑乾河西。
四月二十三日，遼兵前鋒張正朝部與洪承疇部下游擊左光先遇於通州，左部本不願戰，正朝示以崇禎手詔，曉以利害，餌以官祿，光先遂下馬伏拜。越數日，桓震中軍抵通，與左光先語，因其致書洪承疇，並附各地督、撫表文。
三十日，大軍抵京城廣渠門，洪承疇射書出城，相約半夜啟門相迎，桓震兵不血刃而入京師。京營欲戰而不能，束手待降而已。溫體仁挾慈烺及官員、宮人、眷屬若幹出西城廣安門倉皇而走，為洪承疇所部截獲。溫體仁自知不免，吞金而死，餘人盡為洪部遣送回城。
桓震將幾個溫黨骨幹如張捷之流扣留下來，餘人盡皆放還回家，官職俸祿盡皆不改。溫體仁已死，遺屬未與其行，盡免株連。他記著周延儒，一心只想找他，可是搜遍全城也沒絲毫下落，不知去了何處。小慈烺迷迷糊糊的不知道怎麼回事，就給一群大人抬著東奔西跑，又餓又累又怕，給送回鍾粹宮不多久，便大哭起來，怎麼哄也不肯收聲。桓震恰好送崇禎還宮，走到鍾粹宮外，便聽見震天的哭聲，當下指著宮門道：「陛下請。」崇禎急不可待地奔了進去，一眼便瞧見慈烺給一個奶娘抱在手中，扎手紮腳地不住哭喊，時隔一年之後，終於父子重逢，卻是在這種情形之下，一時間悲喜交集，眼淚止不住地流了下來。
三步並作兩步地奔了過去，從奶娘手中接過慈烺。說也奇怪，大約是父子天性，小慈烺一到了父親手中，哭聲立刻戛然而止，伸出胖乎乎的小手來，撫弄崇禎頷下的短鬚。崇禎帶著眼淚笑了起來，高高舉起慈烺，轉了兩個圈子。
桓震在身後道：「離散的宮人都已經召回，往後陛下可在宮中安心居住，一應飲食薪柴，諸般用度自有供給。」想了一想，道：「溫逆挾幼帝踐位之時，以皇后為太后，居於慈寧宮，方才臣已經令人遷還承乾宮。陛下得閒，不妨前去看望一番。臣還有事務，這就告辭了。」深深一躬，轉身便走。崇禎忽然叫道：「你以朕為傀儡土偶，與奪我朱家天下無異，此怨此恨，子孫永誌不忘。但因你之故，讓朕父子夫妻得以重逢，我卻要衷心謝一謝你。」桓震回頭一笑，揚長而去。
此時的朝廷，相當於剛剛經歷了一次和平政變，上下官員大都恐懼不已。中書省的架子，是臨時從各部抽調官員搭起來的。桓震知道與其選擇名高望重、難以駕馭的宿耆，還不如引用那些原本萬年不得出頭的低級官吏，一來他們才是真正辦理具體政務之人，熟悉政事的運作流程，二來自己把他們提拔上來，他們也必有感恩之心，不至於處處同自己為難。
閣臣五去其四，孑余的一個鄭以偉又上了表告老還鄉，桓震心想這卻是一個去內閣的天賜良機，只是廢除內閣之後，要以甚麼機構來取代內閣，擔負起預議政事的職能，卻叫人頗費思量，頭痛得很。何況此刻不知道有多少官員在覬覦閣臣的位子，一旦裁撤內閣，勢必觸犯他們的利益，說不定會演變成戊戌變法一般的局面，那又是自己所不願見的。原本打算趁著中書省復設的機會，給這個死氣沉沉的朝廷注入一些新鮮血液，若是因為可裁可不裁的內閣耽誤了事，那就大大的划不來了。而且左右丞相之位一直虛懸，桓震不過任了平章事，已經快要給東林黨的唾沫淹死，自然不肯主動去當靶子。這就須要一個德高望重，堵得住東林攸攸之口，而又不會對自己想做的事情橫加阻撓之人出來擔當此任，想來想去，靈機一動，想到了徐光啟身上。
一面準備開恩科事宜，一面遞牒召徐光啟進京，卻從都察院揀了一個御史謝璉繼任登萊。這一年正是會試之年，二月份已經試畢，榜發之後，幾家歡喜幾家愁，許多舉子名落孫山，有的已經束裝還鄉，有的卻還奄留京中，聽說將開恩科，不由得大喜，雖說這恩科是由士林公敵桓大奸臣而開，可是倘若能夠借此高中，自己的功名前程終究比虛妄的聲名道德值錢多了。一時間闕下濟濟，都是趕來應考的舉人。何況此次恩科，言明了只要曾經入過學的，不論有無經過鄉試，只要向中書省遞交請願書一份，皆可來京會試，許多落榜的生員更加高興，爭先恐後地報名應試。
洪承疇惦記著陝西軍情，一心想要回去重掌大權。桓震知道此人不論軍事才能還是治政的本事都非同一般，雖然明知道他是往後投降了滿清的人物，仍是用之不疑，以其代楊鶴總督三邊軍務，平地連升了數級。洪承疇感激涕零，暗自慶幸自己當初臨陣倒戈的選擇果然是正確的。至於楊鶴，他原就不適合署理軍事，恰好陝西巡撫出缺，索性將山西巡撫一併調升入京，卻委楊鶴做了山西、陝西二鎮巡撫，授權節制延綏巡撫，只管民政，不理軍事。
宋應星與哥哥應升，這一年的會試果然第五次一同落榜，幸好他囊中羞澀，正在四處借貸盤費，尚未離開京師，桓震向朝中江西籍的官員打聽得兄弟兩人寄住在江西會館，當即親自前去會他。宋應星原就酷好工藝製造之學，深深信奉窮究試驗的至理，桓震盡揀些錘鍛冶鑄、五金炮矢的話題與他談論，兩人果然一見如故，宋應星對桓震在金州設立的各種的工場極感興趣，一一打聽了一遍。不知不覺之中，已經從傍午直談到了半夜，兩人的肚子不約而同，一起雷鳴起來。
桓震笑道：「我可是空了肚子來的，滿打算長庚先生要惠賜一餐，想不到先生精打細算至此！」宋應星赧然而笑，躊躇半晌，方啟齒道：「實不瞞大人說，應星已經斷炊一日了。」桓震一愕，躬身道：「這就是桓某的不是了。」說著搜搜荷包，約有七八兩碎銀子，盡數掏了出來，連黃得功身上的一些零碎銀錢也都一併要了來，總在十幾兩上下，雙手交與宋應星，道：「小小薄敬，權做先生盤費。」想了一想，又道：「先生如不嫌棄，今日便請搬來在下家中居住如何？」
宋應星與桓震十分談得來，只道他想招攬自己做一個幕客，心想幾次萬里迢迢的入京趕考，幾乎花盡了家中積蓄，如今自己已經四十五歲，兄長也有五十四歲，一再名落孫山，也該死心尋一條謀生之路了。當下歎了口氣，點頭答應了，自去與哥哥應升說知。兄弟兩個的行李不多，桓震讓親兵提著在後慢慢趕來，自己與宋應星先行一步。一面走，一面不經意的問道：「長庚先生，可還有功名之心？」
這一句話卻觸動了宋應星的傷心事，渙然歎道：「五考而不中，或者正是上天警告宋某，不可埋首故紙堆，而荒廢了實學。」桓震笑道：「那也未必。恩科將開，難道先生不願再作馮婦？」宋應星歎口氣，道：「應星已經想得明白，功名進取，不過過眼雲煙而已，人生在世不稱意事十常八九，往後唯潛心著述罷了。」桓震連連搖頭，道：「先生這話，前半句是對了，而今得八股功名，確是不值一錢；後半句卻是大錯而特錯。」頓了一頓，道：「先生負經世之才，而唯以著述自娛，且不論於世道是否有半點裨益，難道自己便甘心如此過一生麼？」
宋應星竦然動容，桓震這一句話，卻是說進了他的心裡，正中他一直以來時常苦悶的一個所在。他喜好實學，願意研究家食學問，可是這些東西在科舉八股之中卻是不值一哂的廢物。原打算一旦得中，便可以做官，可以將自己的主張躬行於世，可是老天連這麼一個機會也都不肯給他，眼看年歲愈來愈大，再過幾年，便不能再上京來趕考了，難道真的要困守書齋之中度過餘生？
兄長應升在後面插口道：「長庚啊，難得大人肯加提攜，你何不再試一科？」宋應星猶疑道：「那麼元禮大哥你呢？」宋應升搖頭笑道：「哥哥已經老了。再說有個在浙江做官的年伯一直約我去替他幫忙，我近年氣喘愈發厲害，也想遷去沿海居住，這回返鄉去接了你嫂子與侄兒，便要赴浙江去了。」宋應星默然，低頭沉思良久，忽然問道：「不才敢問大人，這次恩科的主考是誰？」桓震笑道：「是徐玄扈徐老大人。」宋應星啊了一聲，雙手一拍，決然道：「既然如此，應星就恬著臉再考一次罷！」說罷，笑了起來，似乎十分開心。