在『企業』號航母上的觀測哨稍後也發現了那四條雪白的魚雷航跡，他激動的大聲喊道：「左舷發現4條魚雷，距離8000英尺。」
在船長室裡面的『企業』號航母艦長哈迪森上校聽到了觀測哨的報告，立即下令：「停止接收飛機，全速前進，左滿舵。」
由於此時已經是黃昏時分，在飛行甲板上的美國海軍航空軍官除了操縱探照燈發出停止降落的信號，並且向天空揮舞著手裡的螢光棒，要求在天空盤旋等待降落的飛機繼續盤旋，輪機艙裡的水兵也在瘋狂的忙碌著。而航母巨大的舵則在操縱室裡的水兵拚命操作下扭到了最大角度，『企業』號航母瘋狂的在海面上劃出了一個大圓圈，試圖躲避那四條射來的魚雷。而航母上能夠的著這些魚雷的武器則拚命向魚雷開火，試圖在魚雷接近前就能擊毀它們。
當『企業』號航母上的觀測哨看著那四條雪白的航跡快速向航母逼近，艦上的火炮發射的炮彈在水裡爆出一朵朵水花，他不知道『企業』號航母能否躲過四條魚雷，不停在祈禱上帝，並在胸口劃著十字。
上帝好像是站在美國人這邊，隨著航母的瘋狂左轉彎，四條魚雷航跡終於沒有命中『企業』號航母，從『企業』號航母的船尾射向遠方。
『企業』號航母上的觀測哨看著那四條魚雷航跡射向遠方，一邊劃著十字，一邊在嘴裡念叨：「讚美聖母瑪利亞……」
還沒有等他念完，腳下的軍艦突然猛烈的一震。隨後就聽見了沉悶的爆炸聲從下面傳了上來。
這就是多蒙德的狡猾的地方，他先是使用了4條g7a蒸汽魚雷，這種魚雷設計比較簡單，採用蒸汽驅動單槳推進，最大航速為44節，射程6千米，最大缺陷是在航行過程中產生的大量氣泡形成的明顯尾跡，但多蒙德知道自己潛艇所佔領的發射陣位並不好，距離美國航母相當遠，如果在這個距離上發射魚雷未必能擊中美國航母，但是靠近航母這個辦法也由於美國航母現在正在高速航行，憑借自己潛艇在水下的速度是很難到達一個良好的魚雷發射陣位的。現在與其猶豫浪費時間還不如鋌而走險，因此他先發射了4條蒸汽魚雷，以吸引美國航母的注意力，他估計美國航母在發現魚雷後會全速前進並使用左滿舵來躲避他所發射的魚雷。因此他還裝了兩條g7e（iii）改進型電動魚雷，此魚雷外形上和g7a區別不大，但動力裝置改為一台100馬力的電動機，魚雷尾部安裝兩個反向旋轉的螺旋槳進行推進。g7e魚雷沒有明顯的尾跡，在以30節航速航行時射程為7.5千米。向他推算美國航母在發現魚雷來襲，作出全速前進和左滿舵後的方位射了過去。
在魚雷發射結束後多蒙德上尉立即收起潛望鏡並發出命令：「航向轉向西北150度，潛深150米，潛艇雙車二分之一動力。」
『企業』號航母艦長哈迪森上校也感覺到腳下的軍艦甲板劇烈的震動了一下，經驗豐富的他很快就察覺到那是魚雷的爆炸，看來水下的敵人發射的不止那4枚被躲過的魚雷，他很快就鎮定下來，拿起通話器發出命令：「我艦已被敵潛艇發射魚雷擊中，各部門報告損失。」然後要信號兵用燈光信號告訴周圍的護航驅逐艦，航母已經被敵人的潛艇發射的魚雷給命中，要求他們派出增援部隊協助航母進行損管作業，同時命令空中盤旋待降的飛機到『大黃蜂』號航母上降落。
很快損管中心的報告就上來了，命中航母的是兩枚魚雷，一枚魚雷命中了i號鍋爐艙，造成了大量入水，損管人員和該艙的值勤水兵在損管無效的情況下被迫封閉了該艙。以阻止海水的繼續蔓延，另一枚魚雷命中了船舵，現在船舵已經被卡死，暫時失去了航行能力。在i號鍋爐艙裡工作的水兵在魚雷爆炸中和隨後的大量進水中死傷近半。
在水下的德國潛艇也聽見了兩聲爆炸，但是現在不是慶祝的時候，多蒙德他們現在顧慮的是美國護航驅逐艦將會發動的深水炸彈的攻擊。現在要做的事情就是趁著美國人還處在混亂的狀態中盡可能的逃遠一點。以更好躲避美國護航驅逐艦的深水炸彈的打擊。
很快聲納兵就報告：「警告，有主動聲納在探測我們！在我們左舷，距離我們4500米。」
多蒙德上尉知道美國護航驅逐艦已經高速從外圍的警戒陣形中趕了過來，來的肯定還不止一艘。他拿起通話器：「輪機艙，雙車動力降至五分之一。」隨後下令道：「潛艇潛深至200米。航向不變。準備施放聲納干擾。」
美國護航驅逐艦主動聲納發射的聲脈衝信號經過聲納裝置中外差振蕩器轉換為砰，砰的聲音，在水中傳播。此時在趕來的美國驅逐艦上聲納操作員聽到了嘟嘟的回聲，立即報告：「發現水下目標。」
隨即聲納操作員開始操作聲納進行轉向以探測剛才探測目標的長度，以探測他探測到的水下目標是不是潛艇。
多蒙德上尉知道在水面上的美國護航驅逐艦的聲納操作員要做的事情是探測自己的潛艇長度，以此判斷他探測的目標是水下的潛艇還是其它的什麼東西，現在要做的事情就是進行轉向，以迷惑對方的聲納操作員。他毫不猶豫下命令道：「潛艇轉向西北200度，主機三十秒鐘後停止運轉，潛深不變。」
停止主機的運轉是不在對方的聲納上產生多普勒效應，然後看對方會有什麼反應。會不會把他當作一個固定的東西。
不過顯然這個措施沒有起到什麼作用，因為一會多蒙德上尉就聽到了深水炸彈滋滋的在水中下沉的聲音。
「撞擊警報！」聲納兵通過艇內廣播發出了警告。
「轟」巨大的爆炸響起，雖然距離還遠，潛艇還是震動了一下。緊接著，巨大的爆炸聲連續響起，距離也越來越近。德國潛艇震動著，搖晃著，艇壁發出「咯咯吱吱」的扭曲聲，有燈管爆裂聲響起。此時潛艇的燈光全滅，只有紅色的警報燈和應急燈還亮著。
多蒙德上尉知道很快水面上的美國驅逐艦就會停止投擲深水炸彈，然後使用聲納探測自己是不是被擊沉了，然後根據探測的結果決定是不是再次發射深水炸彈。
他發出命令：「三十秒後施放聲納干擾，聲納探測海底深度和海床情況，準備坐沉海底。」
很快聲納兵就向他匯報了海底的深度和海床的情況，海床是一個丘陵地帶，只有很少的地方可以供潛艇坐沉，海床深度倒是符合坐沉要求。
多蒙德上尉發出命令後，一會潛艇施放了聲納干擾，然後借聲納干擾的掩護開始緩慢下潛，準備坐沉海底躲避美國驅逐艦的聲納搜索。
潛艇慢慢坐沉在海床上一塊還算是平整的地方。在坐沉後多蒙德上尉要求各艙室檢查受損情況。得到的回答令他還算滿意，基本上沒有在剛才的被攻擊中受到什麼損傷，特別是輪機艙，那修好的柴油機輸油管並沒有出問題。
果然不出多蒙德的所料，一會美國驅逐艦的聲納探測又開始了，現在潛艇內已經關閉了內部燈光，只留下應急燈做照明。在紅光照射中的日本海軍觀察員鈴木海軍中尉湊了過來問道：「多蒙德上尉，接後我們該做什麼？」
多蒙德的回答很乾脆「等待，等待有利於我們的時機。」
雖然美國驅逐艦還在海面上搜索，但是隨著返航的美國艦載機越來越多，海面上的美國艦隊開始出現了一絲慌亂，現在美國特混艦隊的三艘航母『約克城』號、『企業』號已經嚴重受損，無法迎接艦載機的降落，只有『大黃蜂』號還可以接受飛機的降落，但是由於返航的飛機油箱內的油料存量已經很少，有的只有五分鐘的油量，在軍艦上都可以聽見空中的飛機發動機粗重的喘息聲。而且由於已經陷入了黑暗，有部分飛行員還沒有接受過夜間航母降落訓練，在他們看來在海面上的軍艦的尾跡都差不多。
轉移到『大黃蜂』號航母上的斯普魯恩斯也知道了天上的情況，在『企業』號受襲後有部分艦載機已經通知他們去中途島備降。但是還有有一部分飛機要麼油料不足以飛到中途島，要麼沒有接受到命令，現在再轉到中途島已經來不及了。現在已經有部分飛機開始在海面上迫降了。
但是令斯普魯恩斯憂心的還是在美國艦隊中間還有一艘敵人的潛艇，現在美國驅逐艦群一邊要搜索反潛，另一邊還要去救援在海面上掙扎的飛行員。明顯的應付不過來。而且敵人的潛艇是不是只有一艘，如果還有別的潛艇，趁夜色掩護再次發動突襲那美國艦隊損失可就大了。而且對於航母來說，飛機失去了還可以再補充，如果失去了經驗豐富的飛行員，那損失可就大了。而且日本海軍是以夜戰擅長，他們在白天吃了大虧，肯定會想在夜色的掩護下撈回來，根據自己的情報，南雲率領的艦隊除了航母外，還有幾艘戰列艦，而自己的艦隊除了航母外，最大的軍艦就是巡洋艦，如果日本人借助夜色的掩護迅速向自己的艦隊靠攏，要和自己比試炮戰，無疑自己在白天吃下的東西要全部吐出來。
他從椅子上站了起來，下達了命令：「停止反潛，只留2艘驅逐艦監視可疑潛艇，其餘的迅速救援在海面上的飛行員。另外派出4艘驅逐艦參加『企業』號的損管作業，只要有可能就要把它給拖回去修理。」
此時經過了緊急修理，『企業』號航母恢復了部分航行能力，開始接受在空中盤旋的部分戰機。在甲板上的導航軍官揮舞著手中的螢光棒引導飛機降落，由於空中的飛機處在盤旋狀態，秩序比較混亂，有一架轟炸機和戰鬥機同時在『大黃蜂』號上降落，戰鬥機掛住了第二條阻攔索，而轟炸機則掛住了第四條。幸好空中的飛機數量不是太多，半個小時後沒有在海面上迫降的飛機就降落完畢。同時美國驅逐艦和小艇也在使用探照燈在海面上尋找倖存的飛行員。就在這個在天空的艦載機即將降落完畢的時刻，斯普魯恩斯接到報告，在外圍的警戒驅逐艦遭到了敵魚雷攻擊。斯普魯恩斯不敢怠慢，他根據對日軍作戰特點的瞭解，認定一會將會在這個海域集結大批的敵人潛艇干擾他們的撤退，以方便他們的主力艦隊趕到這個海域，他立即命令特混艦隊唯一完好的『大黃蜂』號航母立即向西撤退。留下一些驅逐艦繼續執行搜尋倖存者和救援受傷航母的任務。
在搜尋工作和救援工作完成後，已經過去了兩個小時，此時有一艘驅逐艦已經將纜繩固定在『企業』號航母上了，開始拖著它緩緩向西撤退，而整個艦隊也早就開始了向西撤退。以躲避日本艦隊有可能發動的攻擊。
多蒙德事前預料美國艦隊會因為救援掉在海裡的飛行員而亂成一團，雖然比他預料的時間晚了很久，但是畢竟還是來了，於是他借助這個機會開始脫離和美國艦隊的接觸，向東駛去他所規定的會合點。
****清晨，「大和」號已駛到中途島西北800海里處。5時35分，「大和」號收到『利根』號偵察機發來的電報，說發現了一架美軍水上飛機。山本和他的幕僚焦急地等待著，他們估計這架美軍飛機很快就能發現南雲部隊。
5點55分，『利根』號的偵察機又報告有十五架敵機飛來，南雲的編隊即將遭到攻擊。但是山本對此並不擔心，因為空襲中途島的攻擊機群已經起飛，南雲的戰鬥巡邏機很容易對付這幾架美國飛機。戰幕已經揭開，一切都在按計劃進行。人們的注意力都集中在從無線電室轉接過來的揚聲器上，揚聲器把收到的電報向全艦轉播。
南雲的旗艦還沒有發來消息，顯然還保持著無線電靜默。過了一會兒，空襲中途島的攻擊機群指揮官友永大尉報告，空襲任務已經完成，並建議實施第二次空襲。
山本和他的參謀期待著第二攻擊波起飛的消息，山本從前一天起就深受胃病的折磨，而此時卻是精神煥發。但是，接著的消息卻使他們大吃一驚，『利根』號的偵察機報告：「發現十艘敵艦。」
和戰前的估計完全相反，美軍艦隊就在附近，一支美軍艦隊進入可與機動編隊直接交鋒的距離內了。人們立刻想到，一個星期前美軍無線電通信異常頻繁，現在才明白是怎麼回事了。現在最大的懸念就是，美軍這支艦隊包括哪些兵力呢?
直到8時20分，『利根』號的偵察機才報告，敵艦隊的組成是5艘巡洋艦和5艘驅逐艦。大約十分鐘後，又補充道：「敵艦隊殿後有一艘航母。」
這可是一大塊肥肉。『大和』號艦橋上的人們興奮得不得了。聯合艦隊首席參謀黑島問道：「南雲不是要求準備好第二攻擊波，可能攻擊敵水面部隊嗎?」
航空參謀佐佐木十分自信地回答說：「是的，第二攻擊波很快就能幹掉它們。」
三和作戰參謀插話說：「第二攻擊波是不是已經出發去空襲中途島啦?」
剛才不久大家都還在期待南雲派出第二攻擊波去空襲中途島，以殲滅敵岸基航空兵呢!佐佐木顯得一陣慌亂，他急忙打電話問無線電室，有沒有第二攻擊波已經飛往中途島的消息。
「還沒有消息。」無線電室的回答是這樣的。大家這才鬆了口氣，心想敵航母很快會被第二攻擊波幹掉。
8時47分，『利根』號的偵察機再次報告，在中途島東北250海里處發現另兩艘美軍巡洋艦。
9時，偵察機報告，十架敵機正飛向南雲部隊。在這以後差不多有兩個小時，沒有任何南雲部隊的消息。
但是山本和他的幕僚們對於即將發生的戰鬥，沒有絲毫感到擔心。然而猶如晴天霹靂，10時50分，通信參謀和田雄四郎海軍中佐一言不發地把阿部海軍少將從『利根』號發來的電報送給山本。
電報說：「遭敵艦載機和岸基飛機攻擊，『赤城』號、『加賀』號和『蒼龍』號起火。擬以『飛龍』號與敵航空母艦交戰。我們暫時北撤，重新集結兵力。」
這樣的慘重損失實在令山本和所有人難以置信。現在，只有一個辦法也許還能使整個作戰計劃不致於全面失敗。那就是集中所有兵力，憑借數量優勢繼續作戰。山本決定，立即親自指揮主力編隊的戰列艦去支援已遭沉重打擊的機動編隊。12時20分，山本向各部隊下達第155號命令：
一、主力編隊12時的位置是北緯35度08分，西經171度05分，航向120度，航速20節；
二、中途島的登陸編隊(近籐部隊)派出部分兵力掩護運輸船隊並暫時撤往西西；
三、第二機動部隊(角田部隊)火速加入第一機動部隊(南雲部隊)；
四、第二潛艇戰隊和第五潛艇戰隊在丙警戒線上展開（丙警戒線的位置是在西經168度，北緯26度到36度之間。）
此時山本最關心的是在中途島海域美軍究竟還有多少兵力，因為這是制定下一步作戰計劃時必須加以考慮的。雖然機動編隊的3艘航母都失去了戰鬥力，但「飛龍」號還完好無損。此外，還可採取水面夜戰以及別的攻擊手段。但是壓制美軍岸基航空兵只能依靠航母，而第一次空襲中途島的結果還不清楚，所以聯合艦隊參謀長宇垣少將致電南雲，要求詳細報告第一次空襲的結果，但沒有回答。山本判斷，第一攻擊波的攻擊不會很成功的，這可從友永建議對中途島實施第二次空襲得到證明。山本因此擔心，如果不立即摧毀中途島的航空基地，美軍可能從夏威夷調去更多的飛機，這樣的話，佔領中途島就更難了。聯合艦隊首席參謀黑島大佐建議，派出一支水上艦艇部隊對中途島實施夜間炮擊，山本立即採納了這個建議，命令離中途島最近並有高速軍艦的近籐部隊主力去執行這一任務。山本還決定，把原定的中途島和阿留申群島的登陸作戰推遲到殲滅敵航母以後。根據這些決定，山本於13時10分又發出了第156號命令：
一、採取c號作戰方案；
二、中途島登陸編隊派出部分兵力於今夜炮擊並摧毀中途島航空基地；
三、中途島和阿留申登陸作戰暫時推遲。
𨪜𨪜『c號作戰方案』是指集中中途島和阿留申方面的全部兵力，與敵艦隊進行決戰。
在下達上述命令一個多小時以前，即11時50分，山本收到南雲轉移到「長良」號後的第一次來電，報告他的三艘航空母艦受到的破壞程度和打算用他尚存的兵力攻擊敵艦隊，然後北撤。14時30分，「大和」號又收到南雲發給在阿留申群島的第二機動部隊的電報：
一、****14時，第一機動部隊的位置是北緯30度48分，西經178度31分。我擬向東，殲滅敵特混艦隊後北上。
二、望第二機動部隊速與我會合。
𨪜𨪜16時15分，山口報告擊傷美軍兩艘航母，這使山本心裡還有一絲安慰。人們一心指望著角田海軍少將的『龍驤』號和『隼鷹』號2艘航母迅速南下，支援南雲部隊，但15時30分角田復電：「第二機動部隊收回攻擊荷蘭港的飛機後，立即南下。6日晨，我部將在北緯44度40分，西經176度20分加油後南下，與第一機動部隊會合。****15時，我部位於荷蘭港西南一百二十海里處。」
這份電報清楚表明，角田部隊仍按計劃冒著大霧襲擊了荷蘭港，但是也說明，在8日下午以前，角田部隊不可能到達中途島地區參加戰鬥。
17時55分，山本又收到南雲電報，「飛龍」號中彈起火。最後一艘航母也失去了作戰能力。
𨪜𨪜19時15分，山本向他的全體部隊下達了第158號電令：
一、敵艦隊已幾乎被我殲滅，正在東撤中；
二、附近的聯合艦隊各部隊正準備追擊殘敵，並同時佔領中途島；
三、6月5日3時正，主力將到達北緯32度08分，東經175度45分，航向90度，航速20節；
四、機動編隊、登陸編隊(除第七巡洋艦戰隊)和潛艇部隊，即將接觸並攻擊敵人。
日軍渴望通過夜戰來挽回敗局，但是這種希望顯然已不可能實現，因為21時30分，南雲報告說：「敵兵力共有5艘航空母艦、6艘巡洋艦和15艘驅逐艦。敵人在西航中。我軍掩護『飛龍號』向北西撤退，航速十八節。」
𨪜𨪜「南雲部隊不打算夜戰啦!」宇垣參謀長沮喪地說，但山本仍決意要進行夜戰，為確保夜戰勝利，必須要有統一的指揮，因此命令近籐統率夜戰部隊。
𨪜𨪜但是很明顯，拂曉前同美軍艦隊接觸的希望極小，日軍的最後一線希望也慢慢地熄滅。
『大和』號上的聯合艦隊司令部在放棄了夜戰的想法之後，馬上即轉而考慮下一步行動。每一個人心裡都認識到已經被打敗了，但沒有一個人建議中止作戰。相反地，他們都拚命想方設法要從失敗中撈回一些東西，猶如溺水者拚命抓住水中的稻草一樣。
各種各樣的補救方法都提了出來，有建議用『瑞鳳』號和『鳳翔』號兩艘輕型航母上不多的飛機，加上戰列艦、巡洋艦上的全部水上飛機組成一支航空隊，再去攻擊敵艦隊。
也有人主張，應按照原定計劃由近籐部隊的重巡洋艦執行對中途島航空基地進行夜間炮擊。
還有人樂觀地認為，戰列艦的高射炮火足以擊退美軍航母對山本部隊的攻擊。
黑島海軍大佐根據大家的意見制定出的初步方案更為荒唐，該方案要求所有戰列艦，包括「大和」號在內，於6月5日白天逼近中途島，用大口徑主炮轟擊中途島的航空基地。
這個荒唐的方案交給了聯合艦隊司令部參謀長宇垣，還有幾分理智的宇垣認為這是一個為了保全面子、不顧一切、自取滅亡的方案，他直截了當地否定了這個計劃。
有些人想到要為戰敗擔負責任，覺得不能忍受，他們為爭取一個挽回面子的機會，不惜弧注一擲。有一位軍官再清楚不過地反映了這種態度，他向宇垣抗議說：「那我們怎麼向天皇陛下交待呢?」
在一旁聽他們議論而一直保持沉默的山本這時突然開口了，他說：「這事交給我。對天皇陛下謝罪的只有我一個人。」
說完後，他走進自己的住艙，一連三天拒絕會見任何人。南雲在返航途中對自己指揮失誤深感內疚，試圖自殺謝罪，但被部下阻止。
鑒於美軍艦隊已經東撤，與其進行水面艦艇決戰的可能已不可能，如果日軍繼續東進，天亮後必將遭到美軍艦載機和岸基航空兵的攻擊，山本於6月5日2時55分，向所有部隊下令：
一、撤銷中途島作戰計劃。
二、中途島登陸編隊部隊和機動編隊(除『飛龍』號及其警戒兵力外)同主力會合，這支聯合部隊於6月6日上午在北緯33度，東經170度海域加油。
三、警戒部隊、『飛龍』號及其警戒兵力和『日進』號水上飛機母艦應開往上述地點。
四、運輸船隊西撤，擺脫中途島敵機攻擊範圍。
就在這個命令發出不久後，日本聯合艦隊旗艦接到了觀戰的德國潛艇發來的作戰報告，稱他們重創了一艘美國航母，有可能是『企業』號，但是攻擊的潛艇在隨後的反潛戰中受傷，需要回國進行修理。並糾正聯合艦隊先前錯誤的判斷，即他們攻擊的美國航母只有一艘，那就是『約克城』號。